서울행정법원 2025. 11. 12. 선고 2024구단79494 판결 [취득세등부과처분취소]

1) 원고들은 2018. 12. 12. C구역 주택재개발정비사업(사업구역: 서울 동대문구 D 일원)의 원 조합원으로부터 사업구역 내 멸실 주택의 부속토지(이하 ‘종전 토지’라 한다)를 취득하여 조합원 지위를 승계하였다. 원고들은 종전 토지의 취득 시 원 조합원에게 조합원 권리가액(521,950,000원)에 추가로 278,865,520원(‘추가분담금 및 확장비’, 이하 ’이 사건 프리미엄‘이라 한다)을 더한 800,815,520원을 매매대금으로 지급하였다. 원고들은 조합원 권리가액(521,950,000원)을 과세표준으로 하여 종전 토지의 취득세 등을 신고‧납부하였다.

2) 위 재개발사업과 관련하여 조합은 2009. 4. 9. 사업시행계획인가를 받고, 2014. 4. 17. 관리처분계획인가를 받았으며, 사업의 시행으로 서울 동대문구 E아파트가 신축되어 2019. 1. 22. 사용승인을 받았다.

3) 원고들은 2019. 1. 31. ’E아파트 F호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하고, 이 사건 아파트의 분양가액(431,550,000원)이 종전 토지의 취득가격(521,950,000원)에 미달한다는 이유로 납부할 세액을 0원으로 하여 취득세를 신고하였다.

나. 행정안전부의 질의회신 등

1) 행정안전부장관은 2023. 8. 22. 전국 광역자치단체장들에게, 다음 요지의 질의회신(행정안전부 지방세특례제도과-2207, 이하 ‘2023년 질의회신’이라 한다)을 통보하였다.

재개발 신축 아파트의 취득세 과세표준은 사실상의 취득가격을 적용하여야 하고 프리미엄은 승계조합원이 재개발사업으로 준공된 아파트를 취득하기 위하여 원 조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 신축 아파트 과세표준에 포함하는 것이 타당하다

2) 서울특별시장은 2023. 10. 19. 피고 등 자치구청장들에게, 2023년 질의회신에 기초하여 프리미엄 누락분 취득세를 과세하도록 ‘재개발 승계조합원의 초과액 상당 부동산 취득세 과세추진계획(서울특별시 세무과-19147)을 통보하였다.

3) 피고는 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제74조 제1항 제2호 및 구 지방세특례제한법 시행령(2020. 1. 15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 제2항에 따라 이 사건 아파트 취득세 과세표준을 800,815,520원(종전 토지 권리가액 521,950,000원 + 이 사건 프리미엄 278,865,520원)으로 하여 2024. 2. 5. 원고들에게 원시취득세율(2.8%)과 구 지방세특례제한법 제47조의2에 따른 감면(3%, 녹색건물 인증 건축물에 대한 감면)을 적용하여 산출한 취득세 7,573,980원 및 지방교육세 432,790원을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다, 피고는 가산세를 부과하지 않았다).

[인정근거] 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지

1) 절차상 하자

❶ 과세예고통지 생략: 과세예고안내는 과세예고통지와 다르다. ❷ 과세전적부심사의 절차상 하자: 보정기간을 20일이 아니라 5일만 부여하고(지방세기본법 제95조 제1항, 제88조 제8항 위반), 원고들의 동의 없이 우편이 아니라 이메일로 보정서 송달하였다(지방세기본법 제95조 제1항, 같은 법 시행령 제63조 제1항, 같은 법 시행규칙 제39조 제1, 2항 위반).

2) 실체상 하자

❶ 비과세관행(지방세기본법 제20조 제3항), 소급과세금지원칙(지방세기본법 제20조 제3항) 위반 ❷ 재량의 일탈‧남용(신뢰보호 원칙, 평등 원칙, 비례 원칙 위반)

나. 절차상 하자

1) 인정사실

❶ 피고는 2023년 질의회신 및 서울시 과세추진계획에 따라 부과제척기간이 경과하지 않은 관내 재개발단지 조합원들의 취득세 과세표준을 검토하고 일률적으로 2월에 취득세를 부과하기로 하면서, 2024. 1. 10.경 원고를 포함하여 2024. 1. 10. 기준 제척기간 만료일이 3개월 이내인 승계조합원에 대하여는 ‘과세물건, 과세표준, 세율, 산출세액, 과세근거 등을 기재하여 2024년 2월 과세 예정’이라는 내용의 ‘승계조합원 취득세 부과예정 안내문’을 발송하였다. ❷ 원고들은 2024. 2. 14. 피고에게 과세전적부심사를 청구하였다. 서울특별시 담당자는 2024. 3. 11. 원고들 소송대리인(이 사건의 원고들 소송대리인이 과세전적부심사 절차도 담당한 것으로 보임)에게 이메일로 보정요구서를 받은 날부터 5일 내에, 비과세 관행 청구 주장을 확인할 수 있는 자료를 제출해 달라는 내용으로 보정요구서를 보냈다. ❸ 원고들 소송대리인은 2024. 3. 18. 위 담당자의 메일에 대한 답 메일로 보정기간을 20일이 아니라 5일로 한 근거나 보정요구서를 메일로 보낸 근거가 무엇인지를 물었다. 이에 대해 위 담당자는 2024. 3. 19. 원고들 소송대리인에게 관련 규정을 검토하겠다, 배달증명으로 보내면 시간이 걸려 메일로 보냈다는 내용을 메일로 답변하였다. ❹ 서울특별시장은 2024. 3. 20. 원고들에게, 피고의 승계조합원 취득세 부과예정 안내문을 과세예고통지와 동일하게 취급할 수 없고, 동일하게 취급하더라도 과세전적부심사청구가 부적법하다는 이유로 지방세기본법 제88조 제5항 제3호 심사하지 않음 결정을 하였다.

[인정근거] 갑 제 6 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 과세예고통지 생략의 위법 여부

가) 관련 법리(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결) • 구 국세기본법(2020. 12. 29. 법률 제17758호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제3항은 각호에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제3호(이하 ‘제3호 규정’이라 한다)에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다. 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙, 구 국세기본법 제81조의15 제1항, 제2항 제2호, 제4항, 제8항, 제9항, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항의 문언과 체계, 과세예고통지의 기능 등에 비추어 보면 제3호 규정을 과세전적부심사를 넘어 과세예고통지에 대한 예외사유로까지 확장해석할 수는 없으므로, 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항이 정한 과세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예고통지를 하여야 하고, 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 이로 인하여 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보아야 한다. • 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간의 만료일이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세처분에 앞서 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없고 과세예고통지를 하더라도 납세자가 누릴 절차적 이익도 거의 없는 등 과세예고통지를 생략하더라도 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지를 하지 않았다는 점만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵다. 이러한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 한다.

나) 처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 이 사건은 피고가 과세예고통지를 생략하였더라도 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에 해당하여, 과세예고통지를 하지 않았다는 점만으로 이 사건 과세처분을 위법하다고 할 수 없다.

❶ 부과제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하라는 이유로 과세예고통지를 생략할 수는 없다. • 원고들의 경우 세액이 30만 원 이상이고, 지방세기본법 제88조 제1항에서 정한 과세예고통지를 하지 않아도 되는 예외 사유에 해당하지 않는다. 원고들의 부과제척기간 만료일은 2024. 3. 31.까지이다. 피고는 이 사건 처분 당시 제척기간 만료일부터 3개월 이내라는 이유로 원고들에게 별도로 법에서 정한 양식에 따른 과세예고통지를 하지 않았다. • 지방세기본법 제88조 제3항 제3호는 ‘지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’ 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유로 규정하고 있는데, 이를 과세예고통지에 대한 예외사유로까지 확장 해석할 수 없다(대법원 2023두41659 판결 취지 참조). 부과 제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하라는 이유로 과세예고통지 자체를 생략할 수 없다.

❷ 피고는 과세처분 전 상당한 기간을 두고 취득세 부과예정 안내문을 보냈고, 그 안내문은 과세예고통지와 마찬가지 내용이어서 과세처분의 사전통지에 해당한다. • 과세예고통지는 처분의 사전통지로서 성질을 가진다. 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 보기 위해서는, 과세예고통지가 없지만 과세예고통지가 보장하고 있는 납세자의 절차적 권리가 충분히 보장된 경우와 같이 납세자를 중심으로 특별한 사유를 한정적으로 해석하여야 한다. • 피고는 2024. 2. 5. 과세처분 전인 2024. 1. 10.경 원고들에게 취득세(부동산) 부과예정 안내문을 보냈다. 안내문에는 과세표준 산출 내역과 취득세 산정 내역이 포함되어 있어, 이 사건 프리미엄이 이 사건 아파트의 과세표준에 포함됨을 알 수 있다. 납세자가 과세처분을 예상하고 준비할 수 있는 시간적 여유가 생겼고, 과세관청에 자신의 의견을 사실상 전달함으로써 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 기회도 가질 수 있었다. • 지방세 과세예고 통지는 지방세기본법 시행규칙 제34조 별지52호 서식에 따라 이루어진다. 지방세 과세예고 통지에는 ‘과세예정내역, 가산세산출내역’과 ‘이의가 있을 경우 지방세기본법 제88조 제2항에 따라 통지받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구하시기 바란다’는 내용이 포함되어 있다. • 피고의 안내문은 과세표준 및 세액의 산출내역, 가산세 면제 등이 동일하게 포함되어 있고, 불복절차와 관련하여 ‘이번 부과에 이의가 있는 경우 향후 2월에 부과된 고지서 뒷면에 기재된 불복구제절차를 진행할 수 있다’고 기재되어 있다. 불복절차에 대하여 과세전적부심사를 거칠 수 있다고 한 부분 외에는 과세예고통지와 동일하게 과세근거에 대한 안내가 포함되어 있다.

❸ 원고들은 실제 과세전적부심사청구를 통해 의견제시 기회를 가졌다. • 원고는 과세처분을 예상하고 불복절차를 준비하여 이 사건 처분 직후 과세전적부심사를 실제로 청구하였다. • 서울특별시장은 원고들의 과세전적부심사청구에 심사하지 않는다는 결정을 하였지만, 사전구제절차로서 과세전적부심사의 역할, 절차 기회를 부여하는 취지 등을 고려하면, 과세전적부심사결정의 내용까지 고려하여 과세전적부심사에 구속되지 않는 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없다.

❹ 원고들이 재차 과세예고통지를 받더라도 이를 통해 얻을 수 있는 절차적 이익이 없다. • 이 사건 처분에는 가산세가 면제되어 있어 과세예고통지에 따른 조기확정을 신청함으로써 가산세가 감면될 수 있는 이익이 없다. • 이 사건 처분을 취소하고 피고가 다시 과세예고통지를 하고 재처분을 하더라도 원고들이 얻는 절차적 이익은 사전에 사실상 오류를 시정할 수 있도록 과세관청에 의견을 제시할 수 있는 기회를 가진다는 정도인데 그러한 이익은 이미 과세예고 안내로 충분히 달성되었다(절차상 하자의 특성상 과세관청은 지방세기본법 제38조 제2항 제1호 특례제척기간 규정에 따라 해당 처분이 위법하다는 판결 이후 과세예고통지를 함으로써 절차 하자를 보완한 후 재처분이 가능하다). • 조세 부과 처분은 각 법률에서 과세표준 등이 기재된 납세고지서에 의하여 부과하도록 별도로 규정하여 행정절차법이 적용될 수 없고(행정절차법 제3조 제1항), 심사청구 등 불복절차에 관한 사항(행정절차법 제3조 제2항 8호)도 행정절차법이 적용되지 않아, 원고들 주장과 같이 행정절차법 규정을 적용할 수 없다. 과세예고통지에 포함되어야 하는 사유는 원고들 주장과 같이 과세예고통지의 법적근거(지방세기본법 제88조 제1항 제5호 납세고지하려는 세액이 30만 원 이상인 경우)가 아니다. 양도소득세 납세고지와 마찬가지 내용(소득세법 시행령 제177조 제1항 ‘과세표준과 세율, 세액 기타 필요한 사항, 결정 또는 경정한 것은 그러한 취지)이어야 하고, 지방세기본법 시행규칙 제34조 별지52호 서식도 그러한 내용이다. 피고의 과세예고 안내에 과세근거가 포함되어 있으므로 과세예고통지와 같이 처분의 사전통지 역할을 하였다고 볼 수 있다.

3) 과세전적부심사의 절차상 하자

• 과세전적부심사는 과세관청이 조세의 부과처분을 하기 전에 처분의 내용을 납세자에게 미리 통지하고 통지내용에 이의가 있는 납세자에게 의견 진술 내지는 반증을 할 수 있는 기회를 줌으로써 납세자의 주장에 정당성이 있는 경우에 사전에 보정하는 제도이다. 과세전적부심사 결정이 과세처분을 직접 구속하는 것은 아니어서 과세처분이 별도로 있을 경우 과세전적부심사결정이 납세자의 권리의무에 직접 영향을 미치는 것은 아니다. 납세자는 과세처분을 직접 다툴 수 있다. • 과세전적부심사가 과세처분 전에 이루어지는 사전적 권리구제절차로서의 기능, 납세자는 과세처분을 직접 다툴 수 있고, 행정소송 대상은 원처분(행정소송법 제19조)인 점 등을 고려하면, 과세전적부심사 절차상 하자를 이 사건 처분 자체의 절차상 하자로 보아 이 사건 처분이 위법해진다고 할 수 없다. 원고들의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

다. 실체상 하자

1) 이 사건 아파트 과세표준에 이 사건 프리미엄의 포함 여부

가) 관계 규정 및 관련 법리

• 구 지방세특례제한법제74조 제1항 본문은 재개발사업의 시행으로 취득하는 ‘환지계획 등에 따른 취득부동산’에 대해서 취득세를 2019. 12. 31.까지 면제한다고 규정하면서, 단서 제2호에서 사업시행인가 이후 부동산을 승계취득한 자에 대하여 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있다. 구 지방세특례제한법 제74조 제2항의 위임에 따라, 구 지방세특례제한법 시행령 제35조 제2항은, 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 취득부동산의 과세표준에서 승계취득 당시 취득세 과세표준을 뺀 금액으로 하되, 취득부동산의 과세표준은 구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다고 규정하고 있다. • 구 지방세법 제10조 제1, 5항에 따르면, 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하되, 부동산 거래신고에 따라 검증이 이루어진 취득에 대하여는 ‘사실상의 취득가격’을 과세표준으로 한다. 같은 법 시행령(2018. 12. 31. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항은 ’사실상 취득가격‘을 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 시행령 제18조 제1항 각 호에서 정한 간접비용 합계액으로 규정하고 있다. 구 시행령 제18조 제2항은, ’이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용‘(제3호), ’제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용‘(제5호) 등을 사실상 취득가격에서 제외하고 있다. • 사실상 취득가격에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상 물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득 시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).

나. 판단

앞서 든 법리에 비춰 보면, 이 사건 프리미엄은 이 사건 아파트 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있어 취득세 과세표준인 사실상 취득가격에 포함된다고 봄이 상당하다. 이 사건 처분은 적법하다.

❶ 구 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제35조 제2항은, ’환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액‘ 계산에 대해 프리미엄 포함 여부를 별도로 규정하고 있지 않고, 모두 구 지방세법 및 시행령에 따른 ’사실상 취득가격‘에 따르도록 규정하고 있다. ❷ 이 사건 프리미엄은 이 사건 아파트 자체의 대가이고, ‘입주권’이라는 권리에 대한 대가가 아니다. • 원고들은 2019. 1. 22. 이 사건 아파트의 사용승인 직전에 원 조합원으로부터 종전 토지를 매수하여 승계조합원이 되었다. 종전 토지의 권리가액 외에 추가로 원 조합원에게 지급한 금원(이 사건 프리미엄) 명목은 원고들이 설명하듯 원 조합원이 부담하였던 ‘추가분담금 및 확장비’이다. 해당 금원은 그 자체로 신축된 이 사건 아파트 자체의 가격에 포함되고, 원고들이 이 사건 아파트의 취득을 목적으로 이 사건 아파트 취득 전에 원 조합원이 조합에 지출한 금원을 지급한 것일 뿐이다(일반적으로 ‘조합원 분양가’는 종전 토지 권리가액에 추가 분담금을 더한 금원이다). • 이 사건 프리미엄은 종전 토지를 취득하기 위해 원 조합원에게 추가로 지급한 금원이 아니어서, 원고들은 종전 토지 취득 당시 이 사건 프리미엄을 종전 토지 과세표준에 포함하지 않고 종전 토지 권리가액만 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고․납부하였다. ‘종전 토지를 취득하기 위해 원 조합원에게 추가로 지급한 금원(프리미엄)’이 종전 토지 취득세 과세표준 뿐 아니라 신규 취득 부동산 과세표준에도 포함되어야 하는지 다투는 사안들과 원고들 주장 프리미엄은 금원 성격이 다르다(이 사건 프리미엄은 아래에서 보는 행정안전부의 질의회신과는 상관없이 그 자체로 사실상 취득가격에 포함되어, 비과세관행 등에 대해서 더 검토할 필요도 없다). ❸ 종전 토지를 취득하기 위해 원 조합원에게 추가로 지급한 금원이 있더라도, 이를 종전 토지의 대가가 아니라 별도로 입주권을 취득하기 위한 금원으로 분리할 수 없다. • 도시정비법에 따른 재개발정비사업은 정비구역 내의 토지 등 소유자가 종전자산을 출자하고 공사비 등을 투입하여 공동주택 등을 건설한 후 조합원에게 배분하고 남는 공동주택 등을 일반에게 분양하여 발생한 개발이익을 조합원들 사이의 출자 비율에 따라 나누어 가지는 사업이다(대법원 2015. 11. 26. 선고 2014두15528 판결 참조). 즉 조합원은 소유 종전 토지를 재개발 사업에 현물출자하고 그 대가로 사원의 지위를 취득하며, 재개발 사업 완료 후 관리처분계획에 따라 신 주택을 취득하게 된다. • 원 조합원은 종전 토지의 소유권을 상실함으로써 조합원 지위에서 탈퇴하고, 승계조합원은 종전 토지를 매수하여야 비로소 조합원 지위를 승계하는 것이 가능하다. 현물출자 대상인 토지를 매수하여 승계조합원이 되는 경우 종전 토지와 무관하게 별도로 권리를 취득하는 것이 아니어서 원 조합원에게 권리가액에 추가하여 지급한 금원을 별도로 입주권이나 분양권이라는 권리만 취득하는 것에 대한 대가로 상정할 수 없다. • 원고들이 주장하는 사례나 해석(갑 제14호증)은, 수분양자의 현물출자 없이 법인이 주택 시공 후 새로운 주택을 분양하는 경우에 관한 것이거나, 토지 없이 건축물만 소유한 조합원으로부터 철거 건축물의 지분을 승계 받고 그 대가로 프리미엄 등을 지급한 경우 조합원 지위 승계 시점에 과세 대상인 건축물이 존재하지 않아 과세할 수 없고, 출자한 토지가 없어 지급한 프리미엄을 ’재개발 조합원이 향후 신규 주택을 분양받을 수 있는 권리‘를 취득한 것으로 볼 수 있는 사안이다. ❹ 이 사건 프리미엄은 새로 취득하는 부동산의 가액 중 종전 부동산보다 증가된 재산적 가치에 해당하여, 구 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호에서 과세대상으로 삼은 부분에 해당한다. • 구 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호의 규정 취지는 사업시행인가 후 사업구역 내 부동산을 승계취득하는 경우에도 사업시행인가 당시 소유자와 마찬가지로 종전 부동산 가액 만큼에 대해서는 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 경우에도 종전 부동산 자체보다 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 목적이 있다고 보아 새로 취득하는 부동산의 가액 중 종전 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라 취득세를 과세하려는 데에 있다(대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두1736 판결 참조). • 원고들 주장과 같이 구 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호의 ’환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액’에서 이 사건 프리미엄을 제외하여야 한다고 해석하는 것은 새로 취득하는 부동산의 가액 중 종전 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여 일부 과세하지 못하는 결과가 초래되어 구 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호의 규정 취지를 도외시하는 것일 뿐만 아니라 조세평등의 원칙에 위배될 우려도 있다.

2) 비과세관행 등의 존재 여부

가) 인정사실

❶ 승계조합원의 신규 취득 부동산 과세표준에 종전 토지 권리가격을 초과하여 지급한 프리미엄을 포함시켜야 하는지에 대해, ‘2010. 4. 9. 행정안전부 지방세운영과-1880(이하 ‘2010년 질의회신’이라 한다)’은 마이너스 프리미엄과 마찬가지로 법인장부에 의하여 입증되는 가액에서 종전 토지가액을 공제한 금액이라고 회신하였다.

❷ 다음과 같이 ’2015. 11. 9. 행정안전부 지방세운영과-3536‘(이하 ‘2015년 질의회신’이라 한다)은 마이너스 프리미엄과 구분하여 명확히 하였고, 2015년 질의회신의 적용 시점에 대해 해석이 있은 날 이후 플러스(+) 프리미엄이 포함된 분양권을 취득한 납세자부터 적용한다고 질의회신을 하였다(2016. 1. 21. 행정안전부 지방세운영과-231).

2015. 11. 9. 행정안전부 지방세운영과-3536 분양으로 인한 부동산 취득은 분양회사로부터 소유권을 이전받는 거래이므로 분양회사의 장부상 가액을 기준으로 취득가격을 적용(프리미엄(-) 배제)하며, 부동산을 취득하기 위해 제3자에게 지급한 분양권 프리미엄 가액은 직·간접비용에 해당하므로 사실상 그 가액이 입증되는 경우라면 취득세 과세표준에 포함(프리미엄(+) 적용)함.

❸ 2019. 6. 26.경 신문에서 ‘행정안전부의 유권해석이 변경되어 재개발 승계조합원 취득세 폭탄 및 이중과세 소지가 있다’는 취지의 신문기사가 보도되자, 행정안전부는 2019. 6. 26. 해명자료를 통해 프리미엄은 2015년 질의회신을 통해 이를 명확히 하였고, 마이너스 프리미엄은 지방세법 시행령 제18조 제3항을 신설하여 2016년부터 취득세 과세표준에서 공제한다고 해명하였다. ❹ 행정안전부의 2019. 6. 26. 해명자료 후 대구시 등은 이를 근거로 프리미엄을 신규 취득 부동산 과세표준에 포함하여 과세하였다. ❺ 서울시, 부산시, 경기도 등 지방자치단체는 준공 아파트의 조합원 분양가액에서 승계취득 시 신고‧납부한 취득세 과세표준을 공제한 차액을 과표로 취득세를 신고‧납부하였으나, 부동산 가격 폭등에 따라 높은 프리미엄으로 인해 청산금 부분이 미과세되는 문제가 발생하였고, 행정안전부는 불공평 과세를 개선하기 위해 지방자치단체에 2023년 질의회신을 보내 내용을 명확히 하였다.

[인정근거] 갑 제19 내지 13호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 서울특별시에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

나) 판단

처분의 경위, 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 원고들 주장과 같이 종전 토지 취득을 위해 원 조합원에게 추가로 지급한 금원(프리미엄)을 신규 취득 부동산 과세표준에 포함시키지 않았던 비과세관행이나 납세자에 대한 신뢰부여가 있었다고 할 수 없다(이 사건 프리미엄은 질의회신 등에서 문제가 된 프리미엄이 아니다).

❶ 재개발 승계조합원의 신규 취득 부동산 과세표준에 프리미엄이 포함되는지 여부는 구 지방세법에 따른 취득세 과세대상인 해당 부동산의 ‘사실상 취득가격’에 대한 해석 문제이고, 그 해석은 변경된 게 없다. ❷ 행정안전부는 2010년 질의회신에서 마이너스 프리미엄과 플라스 프리미엄을 구분하지 않고 모두 장부가액을 기준으로 과세표준을 산정할 것처럼 답변하였으나 2015년 질의회신을 통해 양자를 구분하여 명확히 하였다. ❸ 원고들은 2015년 질의회신은 ‘분양권’에 관한 것으로서 승계조합원에게 그대로 적용할 수 없다고 다툰다. 분양권도 신규 부동산의 취득 대가인 사실상 취득가격의 해석 문제여서, 승계조합원의 경우 신규 취득 부동산의 과세표준에 대하여 다르게 해석할 이유가 없다. ❹ 행정안전부 2015년 질의회신 및 이후 질의회신 적용 시점에 대하여 명확하게 추가질의회신이 있었던 점, 2019년 해명자료, 시행령 개정으로 마이너스 프리미엄까지 과세표준에 반영된 점, 이후 일부 지자체의 과세 등을 고려하면, 행정안전부는 2015년 질의회신을 통해 종전 부동산 취득을 위해 권리가격을 초과하여 지급한 프리미엄이 신규 취득 부동산 과세표준에 포함된다고 해석하여 왔고, 2023년 질의회신으로 비로소 이러한 해석이 있었다고 할 수 없다. 지방자치단체 마다 차이가 있었고 2019년경 부동산 가격이 급등하며 조합원분양가격과 프리미엄 사이에 차이가 커지면서 과세누락 문제가 기사화되었던 것이지 과세관청의 공적인 견해표명이나 비과세관행이 있었다고 보기 어렵다. ❺ 원고들이 신뢰의 근거로 드는 조합의 안내문이나 법무사의 조력 내용 등은 과세관청의 공적인 견해가 아니다[조합 안내문(갑 제4호증)에도 과세표준은 ‘(조합원분양가+옵션금액(부가세제외)-선납할인액) - (프리미엄+권리가액)’이다. 이 사건 프리미엄은 조합원분양가나 옵션금액으로 과세표준에 포함된다]. 게다가 앞서 본 바와 같이 원고들이 드는 유권해석은 종전 토지를 현물출자하여 승계조합원이 된 것이 아니라 실제 권리만 취득한 것으로 볼 수 있는 경우이다. 부동산이 아니라 입주할 권리만 취득할 경우 입주할 권리가 과세대상이 아니고 실제 부동산 취득 시 과세되는데, 승계조합원은 종전 토지 취득시 부동산을 취득하였기 때문에 종전 토지에 대한 취득세를 납부하여야 하고, 신규 주택 취득시 신규 주택에 대한 취득세를 납부하면서 종전 토지에 대한 취득세를 공제하게 된다. 종전 토지를 취득한 승계조합원에 대해서는 종전 토지 취득이 과세 대상인 부동산의 취득이지 과세 대상이 아닌 입주할 권리의 취득이라고 볼 수 없고 그 과세문제는 소득세법상 취득세 과세대상에 관한 문제여서 별도로 유권해석이 변경된 것도 아니다.

3) 재량의 일탈‧남용 여부

과세처분은 과세관청이 임의로 부과 여부를 결정할 수 있는 게 아니라 조세법령에 따라 과세하여야 하는 기속행위이다. 재량행위임을 전제로 한 원고들의 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

3. 결 론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지. 관계 법령

▣ 지방세기본법 제88조
【과세전적부심사】 ① 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

5. 납세고지하려는 세액이 30만원 이상인 경우(「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우는 제외한다) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지받은 날부터 30일 이내에 지방자치단체의 장에게 통지내용의 적법성에 관한 심사(이하 "과세전적부심사"라 한다)를 청구할 수 있다.

1. 세무조사결과에 대한 서면 통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

2. 범칙사건조사를 하는 경우

3. 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 법령과 관련하여 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 ⑦ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 그 통지를 한 지방자치단체의 장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정 또는 경정결정을 해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 지방자치단체의 장은 신청받은 내용대로 즉시 결정 또는 경정결정을 하여야 한다.

▣ 지방세기본법 시행령 제58조
【과세전적부심사】 ② 제1항에 따라 과세전적부심사청구서를 제출받은 지방자치단체의 장은 그 청구부분에 대하여 법 제88조제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보해야 한다. 다만, 법 제88조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그렇지 않다. ③ 법 제88조제1항제5호에서 "「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우

2. 납세의무자가 신고한 후 납부하지 않은 세액에 대하여 납세고지하는 경우

3. 세무서장 또는 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료에 따라 지방소득세를 납세고지하는 경우

4. 「지방세징수법」제22조제2항 전단에 따라 납기 전에 징수하기 위하여 고지하는 경우

5. 「지방세법」제62조ㆍ제98조ㆍ제103조의9ㆍ제103조의26 및 제128조제2항 단서에 따라 수시로 그 세액을 결정하여 부과ㆍ징수하는 경우

6. 법 제88조제5항제2호 단서, 제96조제1항제3호 단서 또는 제96조제7항 및 「국세기본법」제81조에 따라 준용되는 같은 법 제65조제1항제3호 단서에 따른 재조사 결정을 하여 그 재조사한 결과에 따라 과세하는 경우

▣ 구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다. <개정 2010.12.27> ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

▣ 구 지방세법 시행령(2018. 12. 31. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것) 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

8. 제1호부터 제7호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기·가스·열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조제5항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장·군수·구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다. ④ 부동산을 취득할 수 있는 권리를 타인으로부터 이전받은 자가 법 제10조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 부동산을 취득하는 경우로서 해당 부동산 취득을 위하여 지출하였거나 지출할 금액의 합(이하 이 항에서 "실제 지출금액"이라 한다)이 분양·공급가격(분양자 또는 공급자와 최초로 분양계약 또는 공급계약을 체결한 자 간 약정한 분양가격 또는 공급가격을 말한다)보다 낮은 경우에는 부동산 취득자의 실제 지출금액을 기준으로 제1항 및 제2항에 따라 산정한 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 특수관계인과의 거래로 인한 취득인 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2016.4.26> ⑤ 법 제10조제6항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격"이란 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다. <개정 2011.5.30, 2013.6.28, 2015.6.30, 2016.4.26>

1. 제3항제2호에 따른 법인장부로 증명된 금액

2. 제3항제2호에 따른 법인장부로 증명되지 아니하는 금액 중 「소득세법」 제163조에 따른 계산서 또는 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서로 증명된 금액

3. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 금융회사등 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

▣ 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제74조
【도시개발사업 등에 대한 감면】 ① 「도시개발법」에 따른 도시개발사업과 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획 등에 따른 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다. ② 제1항제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

▣ 구 지방세특례제한법 시행령(2020. 1. 15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것) 제35조
【환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등】 ② 법 제74조제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」 제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다. 끝.