서울행정법원 2025. 11. 12. 선고 2024구단78675 판결 [취득세부과처분취소]

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고들의 취득세 신고 등

1) 원고들은 2014. 10.경부터 2018. 11.경까지 A구역 B지구주택재개발정비사업(사업구역: 서울 은평구 C 일원)의 원 조합원들로부터 사업구역 내 멸실 주택의 부속토지(이하 ‘종전 토지’라 한다)를 취득하여 조합원 지위를 승계하였다. 원고들은 종전 토지의 취득 시 원 조합원에게, 조합원 권리가액에 추가 금원(이하 ’이 사건 프리미엄‘이라 한다)을 더하여 매매대금을 지급하고, 그 매매대금을 종전 토지의 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고‧납부하였다.

2) 위 재개발사업의 시행으로 서울 은평구 D아파트가 신축되어 2018. 10. 10. 사용승인을 받았다. 원고들은 2018년 10월경 별지1. 과세처분 ‘과세대상(물건지) 주소’란 기재와 같이 분양받은 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하였다. 원고들은 이 사건 아파트의 총 공급가액[조합원 분양가액(권리가액+분담금) + 옵션가액]에서 종전 토지의 매매대금을 차감한 금액을 과세표준으로 하여, 원시취득세율(2.8%)과 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의2에 따른 감면(10%, 녹색건물 인증 건축물에 대한 감면)을 적용한 취득세 등을 신고‧납부하였다.

나. 행정안전부장관의 질의회신 등

1) 행정안전부장관은 2023. 8. 22. 전국 광역자치단체장들에게, 다음 요지의 질의회신(행정안전부 지방세특례제도과-2207)을 통보하였다. 재개발 신축 아파트의 취득세 과세표준은 사실상의 취득가격을 적용하여야 하고 프리미엄은 승계조합원이 재개발사업으로 준공된 아파트를 취득하기 위하여 원 조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 신축 아파트 과세표준에 포함하는 것이 타당하다

2) 서울특별시장은 2023. 10. 19. 피고 등 자치구청장들에게, 위 질의회신에 기초하여 프리미엄 누락분 취득세를 과세하도록 ‘재개발 승계조합원의 초과액 상당 부동산 취득세 과세 추진계획(서울특별시 세무과-19147)을 통보하였다.

3) 피고는 구 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제35조 제2항에 따라 승계조합원의 재개발주택 취득시 취득세 과세표준에서 이 사건 프리미엄을 누락하고 신고한 것으로 보아 2023. 11. 10. 원고들에게 별지. 과세처분 ’취득세‘란 기재와 같이 각 취득세 등을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다, 피고는 가산세를 부과하지 않았다). [인정근거] 갑 제1 내지 9호증, 을 제5호증의 1 내지 68의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지

1) 절차상 하자

피고는 원고들에게 과세예고통지를 하지 않았다. 과세예고통지는 과세전적부심사를 청구할 수 있는지와 무관하게 생략할 수 없는 절차이다.

2) 실체적 하자

피고는 행정안전부의 유권해석 변경에 따라 취득세를 추가 고지하였다. 이 사건 처분은 지방세기본법 제18조에서 정한 신의성실원칙이나 같은 법 제20조에서 정한 소급과세금지 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 절차상 하자의 존재 여부

1) 관계 법령

별지2. 관계 법령 기재와 같다.

2) 관련 법리(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결) • 구 국세기본법(2020. 12. 29. 법률 제17758호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제3항은 각호에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제3호(이하 ‘제3호 규정’이라 한다)에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다. 다만 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙, 구 국세기본법 제81조의15 제1항, 제2항 제2호, 제4항, 제8항, 제9항, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항의 문언과 체계, 과세예고통지의 기능 등에 비추어 보면 제3호 규정을 과세전적부심사를 넘어 과세예고통지에 대한 예외사유로까지 확장해석할 수는 없으므로, 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항이 정한 과세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예고통지를 하여야 하고, 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 이로 인하여 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보아야 한다. • 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간의 만료일이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세처분에 앞서 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없고 과세예고통지를 하더라도 납세자가 누릴 절차적 이익도 거의 없는 등 과세예고통지를 생략하더라도 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지를 하지 않았다는 점만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵다. 이러한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 한다.

3) 판단

처분의 경위에서 알 수 있는 다음 사정 고려하면, 피고가 부과제척기간 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하라는 점을 들어 과세예고통지를 하지 않고 이 사건 처분을 한 것은, 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차적 하자이다. 원고가 주장하는 나머지 사유에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다. ❶ 원고들은 과세예고통지 대상이고, 예외 사유가 없음에도 과세예고통지를 생략한 것은 그 자체로 위법하다. • 원고들의 경우 세액이 30만 원 이상이고, 지방세기본법 제88조 제1항에서 정한 과세예고통지를 하지 않아도 되는 예외 사유에 해당하지 않는다. • 원고들의 부과제척기간 만료일은 2023. 11. 26.부터 2024. 2. 6.까지이다. 피고는 이 사건 처분 당시 제척기간 만료일부터 3개월 이내라는 이유로 원고들에게 별도로 과세예고통지를 하지 않았다(다툼 없는 사실). • 지방세기본법 제88조 제3항 제3호는 ‘지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’ 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유로 규정하고 있는데, 이를 과세예고통지에 대한 예외사유로까지 확장 해석할 수 없다(대법원 2023두41659 판결 취지 참조). 부과 제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하라는 이유로 과세예고통지 자체를 생략할 수 없다. • 지방세기본법 시행령 제58조 제2항은 과세전적부심사 청구서를 제출받은 지방자치단체의 장은 그 결정 전에 과세표준 및 세액의 결정을 유보하도록 규정하면서, 단서에서 지방세기본법 제88조 제3항 각호에서 정한 경우에는 그 결정 전이라도 과세표준 및 세액을 결정할 수 있도록 규정하고 있다. 즉 과세관청은 과세예고통지 후 납세의무자가 과세전적부심사를 청구하더라도 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우를 이유로 그 결정 전에 과세처분을 할 수 있다. ❷ 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간 만료일이 임박하게 되었다고 할 수 없다. • 원고들은 2018년 10월경 이미 이 사건 아파트에 관한 취득세 신고‧납부를 마쳤다. • 원고들의 경우, 과세관청이 세무조사 등을 통해 추가적인 사실관계 확인이 필요하다는 등으로 과세요건사실을 포착하기 어려운 사안이 아니다. 승계조합원이 원 조합원에게 지급한 이 사건 프리미엄이 신축 아파트의 취득세 과세표준에 포함되는지, 법령 해석에 다툼이 있을 뿐이다. • 피고는 지방세 부과 및 징수에 관한 권한과 책임이 있다. 피고가 과세권 행사에 관해 어떠한 노력을 기울였는지 알 수 있는 자료도 없다. 피고가 2023년경 있은 상급관청의 질의회신이나 과세 추진계획 따랐다는 것만으로 피고에게 과세처분 지연에 대해 귀책사유가 없다고 할 수 없다. ❸ 과세예고통지를 생략하더라도 이 사건 처분에 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 있다고 할 수 없다. • 과세예고통지는 처분의 사전통지로서 성질을 가진다. 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 보기 위해서는, 과세예고통지가 없지만 과세예고통지가 보장하고 있는 납세자의 절차적 권리가 충분히 보장된 경우와 같이 납세자를 중심으로 특별한 사유를 한정적으로 해석하여야 한다. • 피고는 이 사건 처분에서, 원고들에게 별도로 가산세를 부과하지 않았다. 원고들이 과세예고통지에 따라 조기결정 요청을 함으로써 가산세를 줄일 수 있는 이익은 없다. • 그러나 과세예고통지를 받은 납세자는 과세관청에 자신의 의견을 사실상 전달함으로써 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 기회를 가질 수 있다. 가산세가 부과되지 않았다고 하여, 처분의 사전통지로서 과세예고통지 실익이 전혀 없다고 할 수 없다(피고는 납부고지서와 함께 취득세 추가 부과에 따른 안내문을 보내 납세자로서는 과세처분에 대하여 대비할 시간적 여유나 과세관청에 자신의 의견을 전달할 만한 시간적 여유가 전혀 없었다). • 피고가 주장하는 사정(부과제척기간이 임박하여 행정안전부의 통보, 서울시의 추진계획 통보가 있었고, 추진계획에서 부과제척기간이 임박한 경우 과세예고통지를 생략하도록 안내되어 있었다. 피고는 이 사건 사업 관련 아파트를 포함하여 12개 신축 아파트 단지 내 3,500여명에 대한 대량의 취득세를 함께 검토하여야 했던 상황이었다)은 과세관청 측의 사유이고, 그 사유가 납세자의 절차적 권리를 보장한 것도 아니다. ❹ 과세예고통지를 하지 않고 한 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자에 해당한다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 참조). • 과세예고통지를 하지 않은 것은 경미한 하자가 아니고 중대한 하자에 해당하여 과세처분 전체가 위법하고, 과세처분 자체를 취소할 수 밖에 없다. • 그러나 절차적 하자의 특성상 과세관청은 지방세기본법 제38조 제2항 제1호 특례제척기간 규정에 따라 해당 처분이 위법하다는 판결 이후 과세예고통지를 함으로써 절차 하자를 보완하여 재처분이 가능하다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지1. 과세처분

별지2. 관계 법령 ▣ 지방세기본법 제88조
【과세전적부심사】 ① 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

5. 납세고지하려는 세액이 30만원 이상인 경우(「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우는 제외한다) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지받은 날부터 30일 이내에 지방자치단체의 장에게 통지내용의 적법성에 관한 심사(이하 "과세전적부심사"라 한다)를 청구할 수 있다.

1. 세무조사결과에 대한 서면 통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

2. 범칙사건조사를 하는 경우

3. 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 법령과 관련하여 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 ⑦ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 그 통지를 한 지방자치단체의 장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정 또는 경정결정을 해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 지방자치단체의 장은 신청받은 내용대로 즉시 결정 또는 경정결정을 하여야 한다. ▣ 지방세기본법 시행령 제58조
【과세전적부심사】 ② 제1항에 따라 과세전적부심사청구서를 제출받은 지방자치단체의 장은 그 청구부분에 대하여 법 제88조제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보해야 한다. 다만, 법 제88조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그렇지 않다. ③ 법 제88조제1항제5호에서 "「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우

2. 납세의무자가 신고한 후 납부하지 않은 세액에 대하여 납세고지하는 경우

3. 세무서장 또는 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료에 따라 지방소득세를 납세고지하는 경우

4. 「지방세징수법」제22조제2항 전단에 따라 납기 전에 징수하기 위하여 고지하는 경우

5. 「지방세법」제62조ㆍ제98조ㆍ제103조의9ㆍ제103조의26 및 제128조제2항 단서에 따라 수시로 그 세액을 결정하여 부과ㆍ징수하는 경우

6. 법 제88조제5항제2호 단서, 제96조제1항제3호 단서 또는 제96조제7항 및 「국세기본법」제81조에 따라 준용되는 같은 법 제65조제1항제3호 단서에 따른 재조사 결정을 하여 그 재조사한 결과에 따라 과세하는 경우. 끝.