서울행정법원 2025. 6. 4. 선고 2024구합60299 판결 [등록면허세 등 부과처분 취소]

피고가 2023. 4. 10. 원고에게 한 등록면허세 893,463,360원, 지방교육세 178,692,670원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

**이유**

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 2. 4. 서울중앙지방법원 2015회합**** 사건에서 2016. 2. 4. 회생절차개시결정을 받았고, 2016. 12. 13. 회생계획인가결정을 받았다.

나. 원고는 2016. 12. 14. 인가된 회생계획에 따라 회생채권(미확정의 회생채권 포함) 74,455,280,000원을 액면가액(1주당 10,000원)으로 출자전환하여 7,445,528주의 신주를 발행하였고(이하 ‘이 사건 출자전환’이라 한다) 그중 확정된 회생채권의 출자전환으로 신주발행된 2,202,093주 전부를 무상으로 소각하였다(이하 ‘이 사건 감자’라 한다).

다. 원고에 대하여 2017. 4. 5. 회생절차가 종결되었고, 피고는 2023. 4. 10. 이 사건 출자전환에 따른 자본금 증가등기를 과세대상으로 하여 등록면허세 893,463,360원[= 변경된 발행주식의 액면총액 74,455,280,000원 × 0.012¹⁾)과 이에 대한 무신고 가산세 178,692,670원, 납부지연 가산세 531,530,280원, 지방교육세 178,692,670원(= 등록면허세액 893,463,360원 × 20%²⁾, 10원 미만 버림³⁾) 및 이에 대한 납부지연 가산세 106,306,050원을 부과ㆍ고지하였다(이하 아래 라.항 기재와 같이 가산세 부분을 취소하고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 위 각 부과처분에 불복하여 2023. 6. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023. 12. 28. 구 지방세법(2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제2항 제1호 단서에 따라 출자전환에 따른 촉탁등기도 과세대상이 되므로 등록면허세 및 지방교육세의 부과는 정당하다고 판단하면서도, 구 지방세법과 구 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2024. 2. 13. 법률 제20264호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 채무자회생법’이라 한다)이 등록면허세 과세 여부를 달리 정하고 있어 가산세를 면할 정당한 사유가 있다는 이유로 가산세 합계 816,529,000원(= 178,692,670원 + 531,530,280원 + 106,306,050원)을 취소하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 쟁점 조항 우선 적용 주장

가) 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항, 제23조 제1항 제4호(이하 위 조항들을 통틀어 ‘이 사건 쟁점 조항’이라 한다)는 법인인 채무자의 유상증자에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세를 면제하고 있는 반면, 구 지방세법 제26조 제2항 제1호는 본문에서 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록’을 비과세 대상으로 규정하면서, 단서에서 출자전환에 따른 촉탁등기를 비과세 대상에서 제외하고 있어(이하 위 단서를 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다) 서로 충돌하고 있다.

나) 회생절차에서 출자전환을 하면서 법원사무관등이 등기를 촉탁한 경우에는 이 사건 쟁점 조항이 특별법으로서 이 사건 단서 규정에 우선 적용된다고 보아야 하므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 비과세관행 성립 주장

가) 이 사건 단서 규정은 2015. 12. 29. 지방세법 개정을 통하여 추가된 것인데, 피고를 비롯한 전국 대부분의 지방자치단체는 그로부터 상당한 기간 동안 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세를 부과하지 않다가 무신고에 따른 7년의 부과 제척기간이 임박한 2023년에 이르러서야 등록면허세를 부과하였다.

나) 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세를 부과하지 않겠다는 과세관청의 묵시적인 견해 표명이 있었다고 보아야 하고, 이에 관하여 비과세관행이 성립하였다고 보아야 하므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3) 실질과세원칙 위반 주장(예비적 주장)

가) 이 사건 출자전환에 따른 자본금 증가등기 중 이 사건 감자로 자본금 감소등기가 이루어진 부분의 경우 원고에 대한 회생계획인가결정 당시부터 자본금 증가와 동시에 자본금 감소가 예정되어 있었으므로, 자본금 증가등기행위의 실질이 존재한다고 볼 수 없다.

나) 실질과세의 원칙은 등록면허세에 관하여도 적용되므로, 이 사건 처분 중 이 사건 감자로 소각된 주식(2,202,093주)에 대한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 회생법인 촉탁등기 비과세 규정의 입법 연혁

가) 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기(이하 ‘회생법인 촉탁등기’라 한다)에 대한 등록면허세 비과세는, 구 지방세법이 1976. 12. 31. 법률 제2950호로 개정되면서 도입된 것으로, 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전에는 제128조(신탁으로 인한 재산권의 취득 및 기타 등기등록에 관한 비과세) 제4항에서, 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전에는 제128조(형식적인 소유권의 취득등기 등에 대한 비과세) 제3호에서 각각 규정하고 있었고, 2010. 3. 31. 개정된 이래 현재까지 제26조(비과세) 제2항 제1호에서 규정하고 있다.

나) 이 사건 단서 규정(구 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서)은, 회생법인 촉탁등기에 대한 등록면허세 비과세 대상에서 ‘법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록’을 제외하는 내용으로, 구 지방세법이 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되면서 신설되었다가 2023. 12. 29. 개정되면서 회생법인 촉탁등기 전부에 대하여 등록면허세가 비과세됨에 따라 삭제되었다.

2) 이 사건 단서 규정의 신설 경위 및 입법 취지

가) 이 사건 단서 규정이 신설되기 전 과세실무 및 등기실무에서는 구 지방세법의 문언이 동일하였음에도 불구하고 회생법인 촉탁등기에 대한 등록면허세 비과세 대상의 범위에 관하여 아래와 같은 혼선이 있었다.

(1) 과세실무의 경우, 등록면허세의 소관부처인 행정자치부(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 정부조직법이 개정되면서 행정안전부가 되었다)는 2004. 12. 2. 자로 ‘회사정리계획에 따라 정리회사의 차입금 출자전환에 따른 신주발행에 대하여 정리법원의 촉탁에 의하여 등기하는 경우에는 등록세의 비과세 대상에 해당하나, 정리회사의 유상증자에 의한 자본증자 등기는 이에 해당하지 않는다’는 취지의 유권해석을 하였다가(이하 ‘제1 유권해석’이라 한다), 2009. 8. 3. 자로 ‘유상증자에 의한 신주발행등기가 구 채무자회생법에서 정한 규정에 따라 법원의 촉탁으로 이루어지는 경우라면 등록세 비과세 대상이다’는 취지의 유권해석을 하고, 2009. 9. 8. 자로 ‘구 회사정리법에서 정한 규정에 따라 제3자 배정 유상증자를 실시하여 법원의 촉탁으로 이루어지는 자본증자 등기 또한 등록세 비과세 대상’이라는 취지의 유권해석을 하여 당초의 유권해석을 변경하였다(이하 변경된 유권해석을 통틀어 ‘제2 유권해석’이라 한다. 각 유권해석의 내용은 대법원 2014. 1. 16. 선고 2012다23382 판결의 판시사항을 참조하였다).

(2) 등기실무의 경우, 당초 1998. 6. 5. 대법원 등기예규 제935호로 제정되었다가 2006. 3. 29. 폐지된 ‘회사정리절차와 관련된 상업등기에 관한 사무처리지침’은 ‘회사정리절차와 관련하여 정리법원이 촉탁하는 등기에 관하여는 등록세, 교육세, 등기신청수수료 등은 면제된다. 그러나 정리법원의 촉탁에 의한 등기의 경우에도 순수한 정리절차에 관한 사항 이외의 등기(예를 들어, 정리계획의 수행에 따른 자본증가의 등기, 회사의 합병에 따른 설립등기 등)에 대하여는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있었다(이하 ‘제1 등기예규’라 한다). 그런데, 2006. 3. 29. 제정된 ‘채무자회생법에 따른 법인등기 사무처리지침’ 제8조는 제2항에서 ‘회생계획의 수행에 따른 법 제266조(납입 등이 있는 신주발행에 관한 특례)의 규정에 의한 신주발행 등이 있는 경우에, 법원사무관 등이 그 등기를 촉탁하는 경우에는 등록세 및 등기신청수수료가 면제된다’고 규정하면서 제3항에서 ‘제1항, 제2항의 규정에 의한 등기를 제외하고는 회생계획의 수행이나 법의 규정에 의한 등기{예를 들어, 법 제265조(납입 등이 없는 신주발행에 관한 특례)의 규정에 의한 신주발행에 따른 등기 등}를 법원사무관등이 촉탁하는 경우에도 다른 법령에 특별한 규정이 없으면 등록세는 면제되지 아니한다’고 규정하여 제1 등기예규와 내용을 달리 하였는데(이하 ‘제2 등기예규’라 한다), 제2 등기예규에서 회생계획의 수행에 따른 자본증가의 등기 중 구 채무자회생법 제265조(납입 등이 없는 신주발행에 관한 특례)의 규정에 의한 신주발행(출자전환이 이에 해당한다)에 따른 등기와 제266조(납입 등이 있는 신주발행에 관한 특례)에 신주발행(유상증자가 이에 해당한다)에 따른 등기를 달리 취급한 것은, 구 채무자회생법 제23조(법인에 관한 등기의 촉탁) 제1항 제4호에서 등기촉탁사유로 제266조(납입 등이 있는 신주발행에 관한 특례)의 규정에 의한 신주발행만을 규정하고 있었기 때문으로 보인다. 다만, 구 채무자 회생 및 파산에 관한 규칙(2024. 3. 28. 대법원규칙 제3139호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 채무자회생규칙’이라 한다) 제9조 제1항은 ‘법 제23조 제1항 제4호에서 규정하는 사항 이외에도 회생계획의 수행이나 법의 규정에 의하여 회생절차의 종료 전에 법인인 채무자나 신회사에 관하여 등기할 사항이 생긴 때에는 법원사무관등은 직권으로 지체없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(괄호 생략)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다’고 규정하고 있어 회생계획의 수행에 따른 출자전환으로 인한 신주발행의 경우에도 등기의 촉탁이 이루어졌고, 제2 등기예규는 2014. 4. 24. 등기예규 제1518호로 개정되면서 제8조 제3항이 ‘제1항, 제2항의 규정에 의한 등기 외에 구 채무자회생규칙 제9조 제1항에 따라 회생계획의 수행이나 법의 규정에 의한 등기를 법원사무관등이 촉탁하는 경우에는 등록세 및 등기신청수수료가 면제된다’로 개정되었다(이하 ‘제3 등기예규’라 한다).

나) 한편 대법원 2014. 1. 16. 선고 2012다23382 판결은, 제1 유권해석과 제1 등기예규가 시행 중이던 2006. 1. 25. 회생절차에서 유상증자에 따른 촉탁등기가 마쳐지고 등록세 등을 신고ㆍ납부한 후, 제2 유권해석과 제2 등기예규가 시행 중이던 2009년 무렵 그 신고행위가 당연무효라고 주장하면서 기납부 등록세 상당액의 부당이득반환을 구한 사안에서, 회생절차에서 유상증자에 따른 촉탁등기는 등록세 비과세 대상에 해당하므로 그 신고행위에 중대한 하자가 인정된다고 판단하면서도, ① 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제128조는 그 제목이 ‘형식적인 소유권의 취득등기 등에 대한 비과세’라고 되어 있는 점 등에 비추어 실질적으로 자본이 증가하는 유상증자에 의한 등기는 위 규정 제3호가 규정한 비과세 대상인 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록’에 포함되지 아니한다고 해석하더라도 합리적 근거가 결여된 것이라고 쉽게 단정할 수 없고, ② 신고ㆍ납부 당시 시행 중이던 제1 유권해석과 제1 등기예규는 회사정리절차와 관련하여 정리법원이 촉탁하는 등기에 관하여는 등록세 등을 면제하되, 정리계획의 수행에 따른 자본증가의 등기, 회사의 합병에 따른 설립등기 등은 면제 대상에서 제외되는 것으로 보고 있었고, 그에 따른 실무례도 별 이의 없이 받아들여지고 있었다는 등의 사정을 들어 그 하자가 명백하다고 할 수 없다는 이유로, 원고의 청구를 받아들인 원심판결을 파기ㆍ환송하였다.

다) 위 대법원 판결이 선고된 이후인 2015. 12. 19. 구 지방세법이 개정되면서 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 중 ‘법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환’에 따른 등기를 등록면허세 비과세 대상에서 제외하는 이 사건 단서 규정이 신설되었다. 이 사건 단서 규정은, 위 대법원 판결에서 비과세 대상에서 제외되는 것에 합리적 근거가 결여된 것이라고 단정할 수 없다고 판단한 회생절차에서 유상증자에 따른 촉탁등기뿐만 아니라, 제1 유권해석에서 비과세 대상에 해당한다고 본 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기 또한 비과세 대상에서 제외하고 있다. 을 제1호증의 기재에 의하면, 이 사건 단서 규정이 시행된 직후인 2016. 1. 5. 소관부처인 행정자치부가 전국 지방자치단체에 송부한 ‘지방세법 적용요령’ 중 이 사건 단서 규정에 관한 부분(이하 ‘이 사건 적용요령’이라 한다)에 아래와 같은 내용이 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있는데, 그 문언이 제1 등기예규의 문언과 유사한 점 등을 고려할 때, 이 사건 단서 규정은 제1 등기예규의 내용을 입법화한 것이라고 보이고, 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기가 비과세 대상에서 제외된다고 명시한 것은 제1 유권해석, 제3 등기예규에서 정한 내용과 제2 등기예규에서 정한 내용이 서로 충돌하여 입법을 통하여 혼동을 방지할 필요가 있었기 때문으로 보인다. <개정내용⁴⁾>

○ (종전) 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록인 경우에는 촉탁의 실질적 내용을 고려하지 않고 등록면허세 일괄 비과세 적용(구 지방세법 제26조 제2항 제1호) - 법원촉탁에 따른 비과세는 신속한 정리절차의 수행을 지원하기 위해 정리절차 관련 등록면허세를 비과세 하고자 한 것임에도, 정리절차가 아닌 자본증자등기, 회사의 합병등기와 같은 실질적 재산권변동 등기까지 비과세하는 것은 취지에 부합하지 않음 ※ 대법 판례(2012다23382)의 경우 현 법 규정으로는 유상증자 등기도 비과세 대상이라고 판시

○ (개정) 회사정리에 관한 법원촉탁에 따른 비과세 대상을 회사정리 절차에 관한 것으로만 한정하도록 관련 규정 개정 - 자본금(출자금)의 납입, 증자 및 출자전환 등 재산권의 변동을 수반하는 법인 등기는 비과세 대상에서 배제 <적용요령>

○ 구 채무자회생법과의 관계

- 구 채무자회생법 제25조 제4항에서 증자등기 등에 대하여 등록세를 비과세한다고 규정하고 있으나, - 지방세특례제한법 제3조에서 지방세특례제한법, 지방세법, 조세특례제한법에 의하지 않고서는 지방세 특례를 정할 수 없도록 규정하고 있으므로, - 구 채무자회생법상 등록세 면제에 관한 규정은 지방세특례제한법에 위배되는 규정이므로 적용 불필요 ☞ 구 채무자회생법 제25조 제4항에도 불구하고 납입, 증자, 출자전환에 대하여는 등록면허세를 부과함

라) 앞서 살펴 본 입법 연혁, 입법 경위, 제1 등기예규의 내용 등을 종합하면, 이 사건 단서 규정의 입법취지는 등록면허세 비과세 대상인 회생법인 촉탁등기를 회생계획인가ㆍ회생계획인가취소ㆍ회생절차종결의 결정, 관리인 선임에 따른 등기 등 순수한 절차에 관한 사항에 대한 것으로 한정하고, 회생계획의 수행에 따른 유상증자 및 출자전환 촉탁등기 등 회생법인의 재산권이 실질적으로 변동하는 경우에는 비과세 대상에서 제외하고자 한 것이라고 봄이 타당하다.

3) 이 사건 쟁점 조항 우선 적용 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 참조).

나) 구체적 판단

(1) 원고는 이 사건 쟁점 조항(구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항, 제23조 제1항 제4호)이 적용될 경우 이 사건 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세가 면제된다는 전제 아래, 이 사건 쟁점 조항을 이 사건 단서 규정보다 우선하여 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 구 채무자회생법에서 등록면허세 면제에 관하여 규정하고 있는 이 사건 쟁점 조항은 구 채무자회생법 제266조(납입 등이 있는 신주발행에 관한 특례)의 규정에 의한 신주발행, 즉 회생계획의 수행에 따른 유상증자 촉탁등기만을 등록면허세 면제 대상으로 정하고 있을 뿐이고, 구 채무자회생법 제265조(납입 등이 없는 신주발행에 관한 특례)의 규정에 의한 신주발행, 즉 회생계획의 수행에 따른 출자전환 촉탁등기를 등록면허세 면제 대상으로 정하고 있지 않으므로, 이 사건 쟁점 조항이 이 사건 단서 규정보다 우선하여 적용된다고 보더라도, 이 사건 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세가 면제된다고 보기 어렵다. 이에 대하여 원고는, 이 사건 쟁점 조항(구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항, 제23조 제1항 제4호)은 회생절차에서 등록면허세가 면제되는 등기에 관하여 예시적으로 규정한 것이므로, 구 채무자회생규칙 제9조 제1항에 근거하여 회생계획의 수행에 따른 출자전환 촉탁등기를 하는 경우에도 등록면허세가 면제되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 법리에 따라 조세법률주의 원칙상 비과세요건 또는 조세감면요건에 관한 조세법규의 해석은 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것이 허용되지 않는 것인데, 회생계획의 수행에 따른 출자전환으로 인한 신주발행은 유상증자로 인한 신주발행과 달리 구 채무자회생법 제23조, 제24조가 정한 등기촉탁사유에 해당하지 않으므로, 이 사건 쟁점 조항이 이 사건 출자전환에 따른 촉탁등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 근거가 된다고 볼 수는 없다.

(2) 나아가 지방세특례제한법 제3조 제1항은 ‘이 법, 지방세기본법, 지방세징수법, 지방세법, 조세특례제한법 및 조약에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다’고 규정하고 있으므로, 구 채무자회생법에 규정된 이 사건 쟁점 조항이 구 지방세법에 규정된 이 사건 단서 조항보다 우선하여 적용된다고 단정하기도 어렵다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

4) 비과세관행 성립 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

지방세기본법 제20조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 참조). 그리고 그러한 비과세관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조).

나) 구체적 판단

(1) 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는 사정이나 현재까지 제출된 증거만으로는 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세를 부과하지 않겠다는 과세관청의 묵시적인 견해 표명이 있었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. ① 등록면허세의 소관부처인 행정자치부가 이 사건 단서 규정이 시행된 직후인 2016. 1. 5. 전국 지방자치단체(과세관청)에 송부한 이 사건 적용요령에 ‘구 채무자회생법 제25조 제3항에도 불구하고 납입, 증자, 출자전환에 대하여는 등록면허세를 부과함’이라고 안내되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같다. 과세관청은 이 사건 적용요령에 따라 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세가 신고ㆍ납부된 경우 이를 수령하였을 뿐만 아니라, 납세자가 비과세 결정을 구하는 취지로 경정청구를 제기하는 경우 이를 거부하고, 납세자가 제기한 거부처분 취소소송에서 위 촉탁등기는 이 사건 단서 조항에 따라 비과세 대상에서 제외된다고 적극적으로 다투었던 것으로 보인다[서울고등법원(춘천) 2017. 11. 15. 선고 2017누362 판결 참조]. ② 원고의 주장과 같이 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등록면허세가 부과되지 않은 경우가 상당수 있었던 것으로 보이기는 하나, 이는 신고납부방식의 조세인 등록면허세에 있어 무신고에 따른 과세누락에 해당한다고 보일 뿐이고, 특히 피고는 지방세법 제33조, 제22조에도 불구하고 등기관서의 장으로부터 회생절차에서 출자전환에 따른 촉탁등기에 관하여 등기자료의 통보를 받지 못하였다고 주장하고 있는데, 이 사건 단서 규정이 신설되었음에도 불구하고 회생법인 촉탁등기 전부에 대하여 등록면허세를 면제하는 제3 등기예규가 개정되지 않았음을 고려할 때, 피고의 위 주장은 충분히 개연성 있다. ③ 이 사건 단서 규정이 신설되었음에도 불구하고 법원이 회생법인 촉탁등기 전부에 대하여 등록면허세를 면제하는 제3 등기예규를 개정하지 않은 것을 두고 과세관청이 공적 견해를 표명한 것이라고 볼 수도 없다.

(2) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

5) 실질과세원칙 위반 주장에 관한 판단

가) 액면발행 출자전환 후 무상감자의 경제적 효과: 채무면제 및 법인세 비과세

(1) 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우 발행주식의 시가를 초과하는 부분에 대하여는 회생법인이 채무를 면제받는 것과 동일한 경제적 효과가 발생하는 것처럼 보이고(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결 참조), 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 해석서 제2119호(지분상품에 의한 금융부채의 소멸) 역시 소멸된 채무의 장부가액과 발행된 주식의 공정가치(다만, 주식의 공정가치를 신뢰성 있게 측정할 수 없는 경우에는 소멸된 채무의 공정가치)의 차이를 당기손익으로 인식한다고 설명하고 있다.

(2) 한편 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결 참조). 실무상 회생법인이 회생채권자들로부터 채무의 일부를 면제받는 경우 채무면제이익에 대하여 법인세가 과세될 수 있기 때문에 출자전환하는 방법을 선택하는 경우가 대부분이고, 신규 투자 유치를 위해서는 자본금의 규모를 적정한 수준으로 유지하는 것이 중요하기 때문에 할증발행방안의 출자전환을 선택할 수도 있겠으나(헌법재판소 2021. 11. 25. 선고 2017헌바280 전원재판부 결정의 사안이 그러하다), 할증발행방안의 경우 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서에 따라 주식발행액면초과액에 대하여 법인세가 과세될 수 있기 때문에, 최근에는 액면발행방안의 출자전환 후 전부 또는 일부 무상감자(주식의 소각, 병합)가 이루어지는 경우가 대부분이다. 대법원은, 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우에는 출자전환되는 채무 전부가 주식에 대한 인수가액으로 납입된 것으로 인정되어야만 발행예정주식 전부에 대하여 신주발행의 효력이 발생하는 것이므로, 그 결과로서 나타내는 경제적 측면에서의 효과를 이유로 출자전환되는 채무 중 발행되는 주식의 시가를 초과하는 부분만을 따로 떼어내어 주식에 대한 납입금으로서의 실질을 부인할 수는 없다고 판단한 바 있고(위 대법원 2010두17564 전원합의체 판결 참조), 과세관청 역시 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여 액면발행방안의 출자전환을 익금에서 제외되는 ‘자본의 납입’이라고 보아 법인세를 과세하지 않고 있다(법인세법 제15조 제1항 참조). 그리고 액면발행방안의 출자전환 후 무상감자가 이루어지는 경우에도 감자차익은 익금에 산입되지 않으므로 법인세가 과세되지 않는다(법인세법 제17조 제1항 제4호 참조).

나) 무상감자가 이루어지는 부분은 등록행위의 실질이 없다고 볼 수 있는지

(1) 관련 법리

등록면허세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기 또는 등록행위 자체를 과세물건으로 하는 조세로서, 그 등기 또는 등록의 유ㆍ무효나 실질적인 권리귀속 여부는 등록세 과세대상이 되는 데에 아무런 영향이 없다(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누14855 판결 참조).

(2) 구체적 판단

(가) 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 출자전환에 따른 자본금 증가등기 중 이 사건 감자로 자본금 감소등기가 이루어진 부분에 대하여 등기행위의 실질이 존재하지 않는다거나 위 부분에 대한 등록면허세 과세가 실질과세의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. ① 앞서 본 법리에 따라 등록면허세는 등기행위 자체를 과세물건으로 하는 조세로서, 그 등기의 유ㆍ무효나 실질적인 권리귀속 여부는 등록세 과세대상이 되는 데에 아무런 영향이 없고, 출자전환으로 주식을 발행하는 경우 출자전환되는 채무 전부가 주식에 대한 인수가액으로 납입된 것으로 인정되어야만 발행예정주식 전부에 대하여 신주발행의 효력이 발생하는 것이므로, 비록 회생계획안에 이 사건 출자전환으로 신주발행되는 주식 중 이 사건 감자가 이루어지는 부분이 소각될 것이 예정되어 있다고 하더라도, 이 사건 출자전환에 따른 등기행위 자체는 존재한다고 봄이 타당하다. ② 앞서 본 바와 같이, 이 사건 단서 규정의 입법취지는 등록면허세 비과세 대상인 회생법인 촉탁등기를 순수한 절차에 관한 사항에 대한 것으로 한정하고, 회생계획의 수행에 따른 출자전환 촉탁등기 등 회생법인의 재산권이 실질적으로 변동하는 경우에는 비과세 대상에서 제외하고자 한 것이라고 봄이 타당하다. 비록 회생계획안에 이 사건 출자전환으로 신주발행되는 주식 중 이 사건 감자가 이루어지는 부분이 소각될 것이 예정되어 있다고 하더라도, 어디까지나 회생계획의 수행에 따른 것으로 이를 등록면허세 비과세 대상인 순수한 절차에 관한 사항에 대한 것이라고 볼 수는 없고, 구 지방세법 제28조 제1항 제6호 가목 2)는 상사회사의 자본증가 또는 출자증가 시 ‘납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4’를 그 세액으로 한다고 규정하고 있는바, 이 사건 감자에 따라 자본금 감소등기가 마쳐졌다고 하여 이 사건 출자전환과 관련하여 소멸된 채무의 장부가액이 되살아나는 것이 아니므로, 회생법인인 원고의 재산권이 실질적으로 변동하지 않았다고 볼 수도 없다. ③ 앞서 본 바와 같이, 회생채권자들로부터 채무를 면제받으면서 자본금의 규모를 적정한 수준으로 유지하려는 경제적 목적을 달성하는 데에는 이 사건과 같이 액면발행방안의 출자전환 후 무상감자를 하는 방식 이외에도, 할증발행방안의 출자전환 후 무상감자의 규모를 줄이는 방식, 회생채권자들로부터 채무면제를 받는 방식이 있고, 후자로 갈수록 과세될 수 있는⁵⁾ 법인세가 늘어나지만 등록면허세는 줄어들게 된다.⁶⁾ 그렇다면 이 사건 출자전환에 따른 하나의 등기행위에 대하여 법인세가 적용되는 국면에 있어서는 등기행위의 실질이 존재한다고 보면서, 등록면허세가 적용되는 국면에 있어서는 등기행위의 실질이 존재하지 않는다고 보기는 어렵다. 나아가 이 사건의 경우 액면가액방안의 출자전환 후 일부 무상감자가 이루어졌을 뿐인데, 이 사건 출자전환에 따른 하나의 등기행위에 대하여 이 사건 감자로 자본금 감소등기가 이루어지는 부분만을 따로 떼어내어 등기행위의 실질이 존재하지 않는다고 볼 수도 없다.

(나) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

▣구 채무자회생법 제23조(법인에 관한 등기의 촉탁) ① 법인인 채무자에 대하여 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소(외국에 주된 사무소 또는 영업소가 있는 때에는 대한민국에 있는 사무소 또는 영업소를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다.

1. 회생절차개시(제293조의5제4항에 따라 회생절차가 속행된 경우를 포함한다)ㆍ간이회생절차개시 또는 파산선고의 결정이 있는 경우

2. 회생절차개시결정취소ㆍ간이회생절차개시결정취소, 회생절차폐지ㆍ간이회생절차폐지 또는 회생계획불인가의 결정이 확정된 경우

3. 회생계획인가 또는 회생절차종결ㆍ간이회생절차종결의 결정이 있는 경우

4. 제266조의 규정에 의한 신주발행, 제268조의 규정에 의한 사채발행, 제269조의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환, 제270조의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전, 제271조의 규정에 의한 합병, 제272조의 규정에 의한 분할 또는 분할합병이나 제273조 및 제274조의 규정에 의한 신회사의 설립이 있는 경우

5. 파산취소ㆍ파산폐지 또는 파산종결의 결정이 있는 경우

② 법인인 채무자에 대하여 제43조(가압류ㆍ가처분 그 밖의 보전처분)제3항, 제74조(관리인의 선임)제1항ㆍ제3항, 제355조(파산관재인의 선임) 또는 제636조(외국도산절차에 대한 지원)제1항제4호에 따른 처분이 있는 때⁷⁾에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 그 처분의 등본 또는 초본을 첨부하여 그 처분의 등기를 채무자의 주된 사무소 및 영업소의 소재지의 등기소에 촉탁하여야 한다. 등기된 처분이 변경 또는 취소된 때에도 또한 같다.

제25조(등기소의 직무 및 등록세 면제) ① 등기소는 제23조 또는 제24조(등기된 권리에 관한 등기 등의 촉탁)의 규정에 의한 등기의 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하여야 한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

제265조(납입 등이 없는 신주발행에 관한 특례) ① 제206조제1항 및 제4항의 규정에 의하여 회생계획에서 채무자가 회생채권자ㆍ회생담보권자 또는 주주에 대하여 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하지 아니하고 신주를 발행할 것을 정한 때에는 이 권리자는 회생계획인가가 결정된 때에 주주가 된다. 다만, 회생계획에서 특별히 정한 때에는 그 정한 때에 주주가 된다.

제266조(납입 등이 있는 신주발행에 관한 특례) ① 제206조 제2항ㆍ제3항의 규정에 의하여 회생계획에서 채무자가 신주를 발행할 것을 정한 때에는 회생계획에 의하여 신주를 발행할 수 있다.

▣ 지방세특례제한법 제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 「지방세기본법」, 「지방세징수법」, 「지방세법」, 「조세특례제한법」 및 조약에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다.

▣ 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 「지방세법」 및 「조세특례제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다. 부칙 <법률 제10220호, 2010. 3. 31> 제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「지방세법」의 규정(종전의 「지방세법」 제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

▣ 구 지방세법(2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것) 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기ㆍ등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.

1. 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록. 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다.

▣ 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.

1. 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록

끝.