대법원 2009. 3. 26. 선고 2009두1013 판결 [주택건설등록사업자가 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 재산이라도 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 ‘매각’한 경우 및 등록세 중과배제가 되는 "정당한 사유"의 의미]

원심판결을 이 사건 기록에 비추어 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장이「상고심절차에 관한 특례법」제4조에 해당하여 이유가 없다고 인정된다.

그러므로 위 법 제5조에 의해 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2008. 12. 17. 선고 2008누1742 판결】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 5. 18. 주택건설사업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2002. 10. 23. 구 주택건설촉진법 제6조에 의하여 주택건설사업자로 등록하였다.

나. 원고는 2002. 11. 6. 00주택조합(이하 ‘소외 조합’이라 한다)과 공동으로 주택을 건설하기로 하고, 소외 조합과 공동으로 2003. 9. 19.경부터 2004. 3. 2.경까지 사이에 수원시 00구 입북동 156 외 별지 1. 세액계산표 기재 150필지 토지(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하였는데, 그 중 순번 13번 기재 토지는 원고 단독 명의로, 나머지 토지는 원고가 5분의 1, 소외 조합이 5분의 4의 각 지분비율로 소유권이전등기를 경료하고,「지방세법」제138조제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호에 따른 일반세율로 등록세와 지방교육세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 2004. 6. 15. 이 사건 부동산 중 원고의 소유 명의로 된 부분(이하, 이 사건 원고의 지분이라 한다)에 관하여 소외 조합 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

라. 피고는 2007. 3. 12. 원고가 이 사건 원고의 지분을 취득한 후 정당한 사유 없이 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 취득일로부터 2년 이내에 매각한 것으로 보아,「지방세법」제138조제1항 소정의 중과세율을 적용하여 원고에게 별지 1. 세액계산표 기재와 같이 등록세 1,252,934,930원, 지방교육세 233,736,650원을 부과하였다.

마. 피고는 당심에 이르러 별지 1. 세액계산표 순번 35번, 36번 기재 각 토지에 관한 2007. 3. 12.자 등록세 및 지방교육세 부과처분이 각 5분의 1 지분을 기준으로 하지 않고 전부를 기준으로 하여 산정되었음을 확인하고 각 5분의 1 지분에 대하여만 위 중과세율을 적용하여, 2008. 7. 24. 이 사건 원고의 지분에 관하여 등록세를 1,013,735,970원, 지방교육세를 189,107,370원으로 감액하는 처분을 하였다(이하, 2007. 3. 12.자 부과처분 중 2008. 7. 24.자 감액처분에 따라 남아 있는 부분을 이 사건 부과처분이라 한다).

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 갑 제8호증, 갑 제10호증, 갑 제13 내지 15호증(각 가지번호 포함), 을 제21호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 소외 조합과 공동으로 주택건설사업계획승인을 신청하고 이 사건 부동산을 취득하였는데, ○○시장의 주택법 시행령 제12조 또는 구 주택건설촉진법 시행령 제34조의4에 대한 잘못된 법령해석으로 인하여 부득이 이 사건 원고의 지분을 소외 조합에게 이전하여만 하였고 소외 조합과 00건설 주식회사(변경 전 상호 : 00건설 주식회사, 이하 소외 회사라고 한다)의 공동 명의로 주택건설사업계획승인을 받아 소외 조합과 공동으로 이 사건 부동산을 주택건설사업에 사용하였을 뿐, 이 사건 원고의 지분 이전등기 당시 첨부된 매매계약서에 기재된 매매대금을 수령하지도 않았고, 소외 조합과 공동사업주체로서의 지위를 유지하고 있으므로, 이 사건 원고의 지분에 대한 소외 조합 앞으로의 이전은「지방세법 시행령」제101조제2항 소정의 ‘매각’에 해당하지 않는다.

(2) 등록세 중과세의 예외에 관한「지방세법 시행령」제101조제1항 제5호 소정의 ‘3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우’에 해당하는지 여부는 이 사건 부동산을 전부 취득한 때로부터 기산하여 판단하여야 하는데, 원고는 2006. 12. 11.경 주택건설에 착공하였으므로, 이는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공한 경우에 해당한다.

(3) 이 사건 원고의 지분에 대한 이전 경위 및 이 사건 주택건설사업의 추진을 위한 학교용지의 확보와 거주자들의 이 사건 부동산에 대한 인도거부로 인한 각종 소송의 진행 경위에 비추어 보면, 이 사건 원고의 지분 이전 및 3년 이내 주택건설 미착공에는 정당한 사유가 있다.

(4) 피고는 원고가 취득한 지분의 범위 내에서만 과세를 하여야 함에도, 이 사건 부동산 전부에 대한 세액을 산정하였다.

나. 관계법령

■ 지방세법

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

■ 지방세법 시행령

제101조(대도시내 법인 중과세의 예외)

① 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.

5. 해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

■ 구 지방세법시행령 (2003. 11. 29 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것)

제101조(대도시내 법인 중과세의 예외)

① 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.

5. 해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

■ 주택법

제9조(주택건설사업 등의 등록)

① 연간 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자 또는 연간 대통령령이 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하고자 하는 자는 건설교통부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 다음 각호의 사업주체의 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제32조의 규정에 의하여 설립된 주택조합(제10조제2항의 규정에 의하여 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 하는 경우에 한한다)

제10조 (공동사업주체)

① 토지소유자가 주택을 건설하는 경우에는 제9조 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 제9조의 규정에 의하여 등록을 한 자(이하 "등록사업자"라 한다)와 공동으로 사업을 시행할 수 있다. 이 경우 토지소유자와 등록사업자를 공동사업주체로 본다.

② 제32조의 규정에 의하여 설립된 주택조합(리모델링주택조합을 제외한다)이 그 구00의 주택을 건설하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록사업자(지방자치단체·대한주택공사 및 지방공사를 포함한다)와 공동으로 사업을 시행할 수 있다. 이 경우 주택조합과 등록사업자를 공동사업주체로 본다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동사업주체간의 구체적인 업무·비용 및 책임의 분담 등에 관하여는 대통령령이 정하는 범위안에서 당사자간의 협약에 따른다.

■ 주택법 시행령

제12조(공동사업주체의 사업시행)

법 제10조의 규정에 의하여 토지소유자·주택조합(리모델링주택조합을 제외한다) 또는 고용자(이하 이 조에서 "토지소유자등"이라 한다)와 등록사업자(주택조합의 경우에는 지방자치단체, 대한주택공사법에 의한 대한주택공사 및 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택건설사업을 목적으로 설립된 지방공사를 포함한다)가 공동으로 주택을 건설하고자 하는 경우에는 다음 각호의 요건을 갖추어 법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 신청하여야 한다.

1. 등록사업자가 제13조제1항 각호의 요건을 갖춘 자이거나 건설산업기본법 제9조의 규정에 의한 건설업(건축공사업 또는 토목건축공사업에 한한다)의 등록을 한 자일 것. 다만, 지방자치단체·대한주택공사 및 지방공사의 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 토지소유자등이 주택건설대지의 소유권을 확보하고 있을 것

3. 주택건설대지가 저당권·가등기담보권·가압류·전세권·지상권 등(이하 이 호에서 "저당권등"이라 한다)의 목적으로 되어 있는 경우에는 그 저당권등을 말소할 것. 다만, 저당권등의 권리자로부터 당해 사업의 시행에 대한 동의를 얻은 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 토지소유자등과 등록사업자간에 대지 및 주택(부대시설 및 복리시설을 포함한다)의 사용·처분, 사업비의 부담, 공사기간 그 밖에 사업추진상의 각종 책임 등에 관하여 법 및 이 영이 정하는 범위안에서 협약이 체결되어 있을 것

■ 구 주택건설촉진법 (2003. 5. 29. 법률 제6916호로 전부 개정되기 전의 것)

제6조 (주택건설사업자등의 등록)

① 연간 대통령령으로 정하는 호수이상의 주택건설사업 또는 연간 대통령령으로 정하는 면적이상의 대지조성사업을 영위하고자 하는 자는 건설교통부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 하여 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다)와 제44조의 규정에 의한 주택조합 및 고용자인 사업주체는 그러하지 아니하다.

제44조 (주택조합의 설립등)

③ 제1항의 주택조합 또는 근로자를 고용하는 자(국가 또는 지방자치단체의 장을 포함하며, 이하 "고용자"라 한다)가 그 구00 또는 근로자의 주택을 건설하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 등록업자와 공동으로 사업을 시행하여야 한다. 이 경우 주택조합 또는 고용자와 등록업자를 공동사업주체로 본다.

■ 구 주택건설촉진법시행령 (2003. 11. 29 대통령령 제18146호로 전부 개정되기 전의 것)

제34조의4(공동사업주체의 사업시행)

법 제33조의4 및 법 제44조제3항의 규정에 의하여 토지소유자·주택조합 또는 고용자가 등록업자와 공동으로 주택을 건설하고자 하는 경우에는 다음 각호의 요건을 갖추어 사업계획승인을 신청하여야 한다.

1. 등록업자가 제10조의2제1항 각호의 요건에 해당하거나 건설산업기본법 제9조의 규정에 의하여 건설업의 등록(건축공사업 또는 토목건축공사업 등록에 한한다)을 한 자일 것

2. 토지소유자·주택조합 또는 고용자가 주택용 대지의 소유권을 확보할 것

3. 주택용 대지가 저당권·가등기담보권·가압류·전세권·지상권 등(이하 이 조에서 "저당권등"이라 한다)의 목적으로 되어 있는 경우에는 다음 각목의 1에 해당하는 때를 제외하고는 그 저당권등을 말소할 것

가. 저당권등의 권리자로부터 당해 사업의 시행에 대한 동의를 얻은 때

4. 토지소유자·주택조합·고용자 또는 등록업자가 대지 및 주택(부대시설 및 복리시설을 포함한다)의 사용·처분, 사업비의 부담, 시공상의 책임, 공사기간, 하자보수책임 등에 관하여 약정을 체결할 것.

다. 인정사실

(1) 원고는 2002. 11. 6. 소외 조합과 사이에 아래와 같은 내용으로 이 사건 주택건설사업에 관한 공동사업 합의약정을 체결하였다.

① 원고와 소외 조합은 사업비를 공동으로 조달하되, 사업승인 전까지는 원고가 토지매입비용을 비롯한 제반 사업비용을 책임지고 조달한다.

② 사업 수행 업무는 원고가 처리하되, 그 세부적인 내용에 대하여는 별도로 계약을 체결한다.

③ 조합원에게 717세대를 우선공급하고, 나머지를 일반분양하되, 이에 따른 손익은 원고에게 귀속한다.

④ 사업부지 확정 후 제척된 잉여토지는 그 매입가격을 사업원가에서 공제하고 원고가 처분하되, 이에 따른 손익은 원고에게 귀속한다.

(2) 원고와 소외 조합은 2003. 4. 15. 이 사건 주택건설사업에 관한 시행용역계약을 체결하였는데, 이에 따르면 소외 조합이 원고에게 ①토지매입 및 조성, 인ㆍ허가 사무보조 및 시공 후 소유권 이전시까지의 제반업무 대행, ②주택조합의 인ㆍ허가 변경, 단위조합 및 연합조합 구성, 조합원 관리, 행정사무 및 서무의 대행 및 협조, ③설계사무소, 세무사, 법무사 등 조합업무 관련업체 선정 및 계약, ④사업규모에 따른 조합원 확보 및 증감 조정, ⑤동호수 추첨시 사무지원, ⑥조합원 분담금 공동관리 등의 업무를 위탁하는 대신 시행용역비로 1세대당 300만 원 상당액을 지급하기로 하였다.

(3) 원고와 소외 조합은 2002. 12. 30. 시공자를 소외 회사로 하여 ○○시장에게 주택건설사업계획승인을 신청하였는데, 이에 대하여 ○○시장은 2004. 3. 16.까지 수차례에 걸쳐 소외 조합이 주택건설등록사업자와 공동으로 주택을 건설하고자 하는 경우 주택법 시행령 12조 또는 구 주택건설촉진법 시행령 제34조의4에 따라 조합이 주택건설 대지의 소유권을 확보하고 있다는 증빙서류 등을 제출할 것을 요구하였다. 원고와 조합은 앞서 본 바와 같이 2003. 9. 19.경부터 2004. 3. 2.경까지 이 사건 부동산의 소유권을 공동으로 취득한 후 2004. 3. 25. ○○시장에게 이 사건 부동산의 취득에 관한 서류 등을 제출하였다가 2004. 3. 26. 위 주택건설사업계획승인신청을 취하하였다.

(4) 원고와 소외 조합은 2004. 4. 1. ○○시장에게 종전과 같이 소외 회사를 시공자로 하여 다시 주택건설사업계획승인신청을 하였다. 이에 대하여 ○○시장은 2004. 4. 3. 원고와 소외 조합에게 주택법 시행령 제12조에 따라 ① 원고가 주택법 시행령 제13조의 요건을 갖춘 자이거나 건설업법에 의한 건설업등록을 한 자임을 증명하는 서류, ② 소외 조합이 대지 소유권을 확보하였음을 증명하는 서류 등을 보완ㆍ제출할 것을 요구하자, 원고와 소외 조합은 2004. 4. 19. 위 주택건설사업계획승인신청을 다시 취하하였다.

(5) 원고는 2004. 6. 15. 이 사건 원고의 지분에 관하여 소외 조합 앞으로 같은 달 4.자 매매를 원인으로 한 이전등기를 경료하였는데, 그 이전등기 당시 첨부한 매매계약서상 매매대금 10,444,655,649원은 이 사건 부동산을 매입할 당시의 매매가액에 이 사건 원고의 지분율을 적용하여 계산된 금액이고, 이 사건 부동산의 매입자금은 원고가 소외 조합과 소외 회사의 보증으로 ○○은행으로부터 대출받은 자금으로 마련하였던 것으로 소외 조합이 2008. 3.경까지 그 대출금을 모두 변제하였다.

(6) 소외 조합은 2004. 6. 15. 위 매매계약서상 매매대금을 과세표준으로 하여 이 사건 원고의 지분 취득에 따른 취득세 및 등록세를 신고·납부하였다.

(7) 그 후 소외 조합은 소외 회사와 공동으로 이 사건 부동산을 사업부지로 하는 주택건설사업계획승인을 신청하였고, 2005. 10. 18. 위 주택건설사업계획승인을 받았으며, 2006. 12. 11. 착공신고필증을 교부받았다.

[인정근거] 갑 제4 내지 6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제9호증의 1 내지 4, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1 내지 5, 갑 제16호증, 을 제1 내지 10호증, 을 제18호증의 1 내지 7, 을 제20호증의 1, 2, 을 제22호증의 1 내지 3의 각 기재, 당심 증인 홍00의 증언, 당심에서의 00건설 주식회사 및 ○○시장에 대한 각 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

라. 판 단

(1)「지방세법 시행령」제101조제2항 소정의 ‘매각’ 여부

「지방세법 시행령」제101조제1항, 제2항은 주택건설등록사업자가 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 재산이라도 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 ‘매각’한 경우에는 등록세를 중과하도록 규정하고 있는바, 위 조항에서의 ‘매각’은 ‘취득’과 대비되는 용어로서 그 소유권을 제3자에게 이전하는 것을 의미하고 그 소유권의 이전이 유상이라고 할지라도 소유권 이전에 따른 대가의 수령방법, 시기 등은 ‘매각’ 여부에 대한 판단에 영향을 미치지 않는다고 보아야 할 것인 점, 위 인정사실에서 본 바와 같이 소외 조합은 이 사건 원고의 지분 취득에 따른 취득세 및 등록세를 신고·납부하였고, 이 사건 원고의 지분을 포함하는 이 사건 부동산의 매입자금인 대출금은 소외 조합이 모두 변제하였던 점, 주택법 시행령 제12조 또는 구 주택건설촉진법 시행령 제34조의4에 의하면 주택조합이 등록사업자와 공동으로 주택을 건설하고자 하는 경우 주택조합이 주택건설 대지의 소유권을 단독으로 확보하고 있어야 할 뿐만 아니라 등록사업자도 건설산업기본법에 의한 건설업등록 등 일정한 요건을 갖출 것을 사업계획승인의 요건으로 하고 있는바, 위 인정사실에서 나타난 바와 같이 원고와 소외 조합은 ○○시장의 2004. 4. 3.까지의 수차례에 걸친 보완요구에도 불구하고 위와 같은 사업계획승인의 요건을 갖추지 못하였고, 이 사건 원고의 지분이 소외 조합에게 이전된 이후에도 소외 조합은 원고와 공동으로 주택건설사업계획승인을 신청하지 아니한 채 소외 회사와 공동으로 주택건설사업계획승인을 받았던 점, 원고가 이 사건 주택건설사업에 관하여 소외 조합의 시행대행사로서의 지위를 가지고 있다고 하더라도 이는 공동사업주체와는 구별되는 지위라고 할 것인 점, 원고가 실질적으로는 이 사건 원고의 지분을 이전하지도 않고 공동사업주체로서의 지위를 유지한다는 것을 용인한다면 법이 금하는 명의신탁을 인정하고 사위의 방법에 의한 주택건설사업승인을 인정하는 것과 마찬가지의 결과를 낳으므로 허용될 수 없을 것인 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 원고의 지분 이전은「지방세법 시행령」제101조제2항 소정의 ‘매각’에 해당한다고 할 것이고, 원고는 적어도 소외 조합이 소외 회사와 공동으로 주택건설사업계획승인을 받은 2005. 10. 18. 이 사건 주택건설사업에 관한 공동사업 주체로서의 지위를 상실하였다고 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 취득 후 3년 이내 착공 여부

앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 원고의 지분 전부를 2003. 9. 19.부터 2004. 3. 2.까지 취득하여 2004. 6. 15. 소외 조합에게 매각하였고 이 사건 주택건설사업의 착공은 그 이후인 2006. 12. 11. 이루어졌으므로, 원고가 이 사건 원고의 지분을 위 착공시까지 보유함을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 정당한 사유의 존부

「지방세법 시행령」제101조제1항 제5호, 제2항의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단하는 데에는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하며(대법원 1998. 11. 27. 선고 97누5121 판결 참조), 그 취득 토지를 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 고유업무에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다 할 것이다(대법원 1997. 6. 27. 선고 96누16810 판결 등 참조).

살피건대, 앞서 본 사실관계에 의하면 원고가 주택건설등록사업자로서 주택건설용으로 취득한 이 사건 원고의 지분을 주택건설사업에 사용하지 못하게 된 것은 원고가 소외 조합과 공동으로 주택건설사업을 시행할 경우의 법률적 요건을 제대로 살피지 아니한 데에 그 원인이 있고 원고가 이 사건 원고의 지분을 취득한 이후 변경된 법령상 제한 또는 행정관청의 제한에 그 원인이 있다고 볼 수 없는 점, 원고가 이 사건 원고의 지분을 소외 조합과 공동으로 주택건설사업을 추진하는 데 사용하는 외에 다른 방법으로 주택건설사업에 사용하려는 시도를 하였다고 볼만한 사정은 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 원고의 지분을 주택건설사업에 사용하지 아니하고 소외 조합에게 매각하게 된 것은 원고의 내부적 사정에서 비롯된 것이라고 할 것이고, 달리 이 사건 원고의 지분을 매각한 데에 정당한 사유가 있었음을 인정할만한 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다(학교용지의 확보나 거주자들의 이 사건 부동산에 대한 인도거부 등은 이 사건 원고의 지분에 대한 소외 조합으로의 이전이 매각에 해당되지 아니함을 전제로 한 사유들로서 원고가 이 사건 원고의 지분 전부를 2004. 6. 15. 소외 조합에게 매각하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 위와 같은 사유들이 3년 이내 미착공에 정당한 사유로 되는지에 관하여 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다).

(4) 세액산정의 위법 여부

피고의 당초 부과처분 중 별지 1. 세액계산표 순번 35번, 36번 기재 각 토지에 대하여는 전부가 아닌 각 5분의 1 지분을 기준으로 세액을 다시 산정하여 2008. 7. 24. 감액처분이 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 채택한 증거들에 의하면 나머지 토지들에 대하여는 이 사건 부동산 중 원고의 소유로 등기되어 있던 부분에 국한하여 세액이 산정된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분은 적법하여 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하여, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하고(제1심 판결의 주문 제1항 중 당심에 이르러 원고가 청구를 감축한 부분은 실효), 제1심 판결의 나머지 부분은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2007. 11. 28. 선고 2007구합4859 판결】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 5. 18. 주택건설사업 등을 영위할 목적으로 대도시 내에 설립된 법인으로, 2002. 10. 23. 주택법 제9조, 같은 법 시행령 제11조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제6조 제2항 소정의 주택건설사업자등록을 마쳤다.

나. 원고는 2002. 11. 6. 00주택조합(이하 ‘소외 조합’이라 한다)과 사이에 수도권정비계획법상 과밀억제권역 내에 위치한 수원시 00구 00동 156 일대에 아파트를 공동으로 건설할 목적으로 뒤에서 보는 바와 같이 공동사업 합의약정을 체결한 후, 이에 따라 2003. 9. 19.경부터 2004. 3. 2.경까지 사이에 수원시 00구 00동 156 외 별지 기재 150필지의 토지(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 소외 조합과 공동으로 취득하였는데, 그 중 순번 13, 35, 36번 기재 토지는 원고 단독 명의로, 나머지 토지는 원고가 5분의 1, 소외 조합이 5분의 4의 각 지분비율로 소유권이전등기를 경료하였다. 원고는 취득 당시「지방세법」제138조제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호에 따른 표준세율로 등록세와 지방교육세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 2004. 6. 15. 이 사건 부동산 중 원고의 소유 명의로 된 부분에 관하여 소외 조합 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

라. 피고는 2007. 3. 12. 원고가 이 사건 부동산 중 동인 소유 명의로 되어 있던 부분을 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유 없이 주택건설에 착공하지 아니한 채 취득일로부터 2년 이내에 매각한 것으로 보아「지방세법」제138조제1항 소정의 중과세율을 적용하여 원고에게 별지1 기재와 같이 등록세 1,252,934,930원, 지방교육세 233,736,650원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 갑 제8호증, 갑 제10호증, 을 제11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법성 판단

가. 원고의 주장

⑴ 원고는 소외 조합과 공동으로 주택을 건설하기로 약정하고 원고의 자금으로 이 사건 부동산을 매입하였고, 당초 2002. 12. 30. 원고와 소외 조합 공동 명의로 주택건설사업계획승인신청을 하였으나, 주택법 시행령 제12조 제2호의 규정을 들어 토지의 소유권을 전부 소외 조합 명의로 하라는 ○○시장의 보완요구가 있자, 2004. 3. 26. 사업의 원활한 진행을 위하여 부득이 소외 조합 앞으로 소유 명의를 이전한 후, 2004. 4. 1. 소외 조합과 시공사인 00건설 주식회사(변경 전 상호 : 00건설 주식회사, 이하 ‘소외 회사’라고 한다) 공동 명의로 주택건설사업계획승인신청을 하였을 뿐이므로, 소외 조합 앞으로의 소유권 이전은「지방세법 시행령」제101조제2항 소정의 ‘매각’에 해당하지 않는다.

⑵ 원고는 소외 조합과 공동으로 주택을 건설할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였으므로, 중과세의 예외에 관한「지방세법 시행령」제101조제1항 제5호 소정의 ‘3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우’에 해당하는지 여부는 이 사건 부동산을 전부 취득한 때로부터 기산하여 판단하여야 하는데, 원고는 2006. 12. 11.경 주택건설에 착공하였으므로, 이는 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공한 경우에 해당한다.

⑶ 그 동안의 경과에 비추어 볼 때, 원고로서는 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 못한 정당한 사유가 있다.

⑷ 설령 그렇지 않다 하더라도, 피고는 원고가 취득한 지분 또는 토지 범위 내에서만 과세를 하여야 함에도, 이 사건 부동산 전부에 대한 세액을 산정하여 원고에게 부과하였다.

나. 관계법령

■ 지방세법

제138조 (대도시 지역내 법인등기 등의 중과)

①다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

제260조의3 (과세표준과 세율)

①지방교육세는 다음 각 호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분 과세표준 표준세율

1 이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액 100분의 20

■ 지방세법 시행령

제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외)

①법 제138조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

5.「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및「주택법」제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

②제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다.

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

②법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

■주택법 시행령

제12조 (공동사업주체의 사업시행) 법 제10조의 규정에 의하여 토지소유자·주택조합(리모델링주택조합을 제외한다) 또는 고용자(이하 이 조에서 "토지소유자등"이라 한다)와 등록사업자(주택조합의 경우에는 지방자치단체, 대한주택공사법에 의한 대한주택공사 및 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택건설사업을 목적으로 설립된 지방공사를 포함한다)가 공동으로 주택을 건설하고자 하는 경우에는 다음 각 호의 요건을 갖추어 법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 신청하여야 한다.

2. 토지소유자 등이 주택건설대지의 소유권을 확보하고 있을 것

다. 인정사실

⑴ 원고는 2002. 11. 6. 소외 조합과 사이에 아래와 같은 내용으로 공동사업 합의약정을 체결하였다.

① 원고와 소외 조합은 사업비를 공동으로 조달하되, 사업승인 전까지는 원고가 토지매입비용을 비롯한 제반 사업비용을 책임지고 조달한다.

② 사업 수행 업무는 원고가 처리하되, 그 세부적인 내용에 대하여는 별도로 계약을 체결한다.

③ 조합원에게 717세대를 우선공급하고, 나머지를 일반분양하되, 이에 따른 손익은 원고에게 귀속한다.

④ 사업부지 확정 후 제척된 잉여토지는 그 매입가격을 사업원가에서 공제하고 원고가 처분하되, 이에 따른 손익은 원고에게 귀속한다.

⑵ 원고와 소외 조합은 2003. 4. 15. 원고에게 위탁ㆍ처리하여야 할 용역의 구체적인 범위를 정하기 위하여 시행용역계약을 체결하였는데, 이에 따르면 소외 조합이 원고에게 ①토지매입 및 조성, 인ㆍ허가 사무보조 및 시공 후 소유권 이전시까지의 제반업무 대행, ②주택조합의 인ㆍ허가 변경, 단위조합 및 연합조합 구성, 조합원 관리, 행정사무 및 서무의 대행 및 협조, ③설계사무소, 세무사, 법무사 등 조합업무 관련업체 선정 및 계약, ④사업규모에 따른 조합원 확보 및 증감 조정, ⑤동호수 추첨시 사무지원, ⑥조합원 분담금 공동관리 등의 업무를 위탁하는 대신 시행용역비로 1세대당 3백만 원 상당액을 지급하기로 하였다.

⑶ 원고는 2002. 12. 30. 시공자를 소외 회사로 하여 ○○시장에게 주택건설사업계획승인신청을 하였다. 이에 대하여 ○○시장은 주택법 시행령 제12조 제2호를 들어 소외 조합이 대지의 소유권을 확보하고 있다는 등의 증빙서류를 제출할 것을 요구하였다. 그 후 원고는 2004. 3. 15.까지 사이에 수회에 걸쳐 보완기간의 연장을 요청하여 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산을 모두 취득한 다음, 최종 시한인 같은 달 25. ○○시장에게 토지소유권 확보 증빙서류 등의 보완서류들을 제출하였다. 그러나 ○○시장이 주택건설등록사업자인 원고가 소유권을 취득한 것을 주택조합인 소외 조합이 소유권을 확보한 것으로 인정하지 않자, 원고와 소외 조합은 2004. 3. 26. 위 주택건설사업계획승인신청을 취하하였다.

⑷ 원고와 소외 조합은 2004. 4. 1. ○○시장에게 종전과 같이 소외 회사를 시공자로 하여 다시 주택건설사업계획승인신청을 하였다. 이에 대하여 ○○시장이 2004. 4. 3. 원고와 소외 조합에게 ①원고가 주택법 시행령 제13조의 요건을 갖춘 자이거나 건설업법에 의한 건설업등록을 한 자임을 증명하는 서류, ②소외 조합이 대지 소유권을 확보하였음을 증명하는 서류 등을 보완ㆍ제출할 것을 요구하자, 원고와 소외 조합은 2004. 4. 19. 위 주택건설사업계획승인신청을 다시 취하하였다.

⑸ 원고는 2004. 6. 15. 이 사건 부동산 중 원고의 소유 명의로 된 부분에 관하여 소외 조합 앞으로 같은 달 4.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료하였는데, 그 매매계약서상 대금 10,444,655,649원 전액을 계약 당일 지급하는 것으로 되어 있다.

⑹ 그 후 소외 조합과 소외 회사가 공동 사업주체가 되어 주택건설사업계획승인신청을 하자, ○○시장은 2005. 10. 18. 소외 조합 및 소외 회사의 주택건설사업계획을 승인하였고, 그로부터 수회에 걸쳐 주택건설사업계획변경승인이 있은 후, 소외 조합과 소외 회사는 2006. 12. 11. ○○시장으로부터 착공신고필증을 교부받았다.

[인정근거] 갑 제4 내지 6호증, 갑 제7호증의 1, 갑 제9호증의 1 내지 4, 갑 제10호증, 을 제1, 3, 7호증, 갑 제11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판 단

⑴「지방세법」제138조제1항 제3호, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호, 제2항, 제102조의 규정에 의하면 과밀억제권역인 대도시 내에서의 법인의 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세율을 당해 세율의 100분의 300으로 중과하되, 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득ㆍ등기하는 부동산으로 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하고, 다만 등기일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나, 2년 이상 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 등록세를 중과하도록 되어 있다. 한편, 지방세법 제260조의3 제1항의 규정에 의하면 지방교육세의 세액은 위 법에 의하여 납부하여야 할 등록세액의 100분의 20으로 되어 있다.

⑵「지방세법」제138조, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호가 대도시 내에서의 인구집중이나 공해를 방지하기 위하여 대도시 내의 법인설립, 부동산취득 등을 억제하기 위한 조세정책적인 이유에서 일정한 경우 등록세를 중과하면서 그 예외의 하나로 주택법 제9조 소정의 건설교통부에 등록된 주택건설사업자에 대하여는 그 등록세의 중과를 배제하도록 규정하고 있다. 이는 대도시 내에서 주택건설을 촉진함으로써 주택이 없는 국민의 주거생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는 데 그 취지가 있다(대법원 1992. 11. 10. 선고 91누10077 판결 참조).

앞서 인정한 바와 같이 원고는 주택건설사업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 소외 조합과 공동으로 이 사건 토지 일대에 아파트를 건설하기 위하여 공동사업 합의약정 및 시행용역계약을 체결하였고, 실제로 처음에는 원고와 소외 조합이 공동사업자가 되어 소외 회사를 시공자로 하여 주택건설사업계획승인신청을 하였으며, 나중에는 원고 대신 시공자인 소외 회사가 공동사업주체가 되어 주택건설사업계획승인을 받았지만, 그 후로도 원고와 소외 조합 사이에 체결된 공동사업 합의약정 등은 해제 또는 해지되지 아니한 채 그대로 유지되었고, 원고와 소외 조합 사이의 이 사건 토지에 관한 2004. 6. 4.자 매매계약서상 대금 10,444,655,649원이 계약 당일 지급된 것으로 되어 있으나, 실제로는 당시 소외 조합이 원고에게 위와 같은 거액의 대금을 지급할 수 있는 처지가 아니었던 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 부동산 중 원고 지분 또는 토지에 관하여 소외 조합 앞으로 위 매매를 원인으로 소유권이전등기가 경료되었다고 하더라도, 실제로는 원고가 주택건설사업을 중단한 채 이를 소외 조합에 매각한 것으로 보기는 어렵고, 오히려 원고는 이 사건 부동산을 그 취득 목적대로 주택건설사업에 사용하기 위하여 소외 조합에 그 소유 명의를 이전하였고, 이를 토대로 한 소외 조합과 소외 회사의 주택건설사업계획승인을 통하여 이 사건 부동산을 주택건설사업에 직접 사용한 것으로 보는 것이「지방세법」제138조, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호의 취지에 부합한다 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

⑶ 등록세는 공부상 등기행위에 대한 과세이므로, 그 요건 역시 개개의 등기행위를 기준으로 판단하여야 하고, 원고 주장과 같이 하나의 주택건설사업을 목적으로 수개의 부동산을 취득한 경우라고 하더라도 달리 볼 것은 아니다.

따라서 이 사건 부동산 중 착공신고가 수리된 2006. 12. 11.로부터 소급하여 3년 이내, 즉 2003. 12. 11. 이후에 소유권이전등기가 경료된 별지 순번 34 내지 37번 기재 토지에 대하여는 중과세가 배제되나, 달리 특단의 사정이 없는 한, 그 이전에 소유권이전등기가 경료된 나머지 토지들은 중과세대상이 된다.

⑷ 나아가, 중과세대상인 토지에 대하여 원고가 3년 이내에 착공하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여 보기로 한다.

「지방세법 시행령」제101조제2항의 규정에 의하면 주택건설사업을 영위하는 자가 당해 사업에 사용하기 위하여 취득한 재산을 등기일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 지방세법 제1항 본문을 적용하여 등록세를 중과세하도록 되어 있다. 여기서 말하는 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 당해 사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 주택건설사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 사업자가 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 주택건설사업에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 주택건설사업에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 사업자가 토지를 주택건설사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1998. 11. 27. 선고 97누5121 판결 참조).

한편, 주택법 시행령 제12조 제2호의 규정에 의하면 토지소유자ㆍ주택조합 또는 고용자 등이 주택건설사업자와 공동으로 주택을 건설하고자 하는 경우에는 토지소유자ㆍ주택조합 또는 고용자 등이 주택건설부지의 소유권을 확보하여 주택건설사업계획승인을 신청하도록 되어 있다.

이 사건의 경우 원고나 소외 조합이 이 사건 부동산을 매입하는데 소요된 기간이 통상의 주택건설사업에 비하여 장기간이라고 보기 어렵고, ○○시장이 주택법 시행령 제12조의 규정을 들어 주택조합인 소외 조합이 주택건설부지의 소유권을 확보하고 있다는 증빙서류를 제출하도록 보완을 요구한 것은 정당하고, 주택건설사업자인 원고로서는 이와 같은 법규에 대하여는 사전에 충분히 알 수 있었을 것으로 보이며, 이 사건 부동산의 소유권을 모두 확보한 2004. 3. 2.경에는 이 사건 부동산 전부에 관하여 소외 조합 명의로 소유권이전등기를 경료하여 쉽게 승인권자의 요구사항을 보완할 수 있었을 것임에도 그러하지 아니한 채 2004. 4. 19. 주택건설사업계획승인신청을 취하하였고, 그 후 2004. 6. 15. 소외 조합 앞으로 소유권이전등기를 경료한 후 다시 주택건설사업계획승인을 신청하여 이 사건 부동산의 소유권이 모두 확보된 때로부터 1년 반 이상이 지난 2005. 10. 18.에야 비로소 주택건설사업계획승인을 받았으며, 그로부터 다시 1년 이상 지난 2006. 12. 11. 착공신고를 마쳤다는 점에 비추어 볼 때, 원고가 최초 소유권을 확보한 2003. 9. 19.경으로부터 3년 이내에 착공하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑸ 마지막으로, 피고가 이 사건 부동산 중 원고 소유로 되어 있었던 부분에 국한하지 않고 이 사건 부동산 전체에 대한 세액을 산정하여 부과하였는지 여부에 대하여 살피건대, 앞서 채택한 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 이 사건 부동산 중 원고 소유로 되어 있었던 부분에 국한하여 세액을 산정하였으나, 다만 원고에게 보낸 지방세 세무조사 결과통보서(갑 제2호증)의 기납부세액란에 원고와 소외 조합이 납부한 세액 모두를 합쳐 표기하였을 뿐인 사실이 인정된다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 정당한 세액

원고에 대한 정당한 등록세 및 지방교육세액을 계산하면 별지 2 기재와 같이 등록세의 경우 941,736,770원, 지방교육세의 경우 175,673,920원이 된다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.