서울행정법원 2025. 9. 12. 선고 2023구합78767 판결 [법인세경정거부처분 취소 등]

피고 BB세무서장이 2023. 6. 20. 원고에게 한 2008 사업연도분 법인세 1**원, 2009 사업연도분 법인세 7**원, 2010 사업연도분 법인세 9**원, 2011 사업연도분 법인세 9**원 및 2012 사업연도분 법인세 1**원에 대한 경정거부처분을 취소한다. 피고 CC세관장이 2023. 1. 27. 원고에게 한 별지 1 목록 기재 각 관세 부과처분, 부가가치세 부과처분 및 가산세 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 등

1) 원고(2013. 2. 26. 변경 전 상호: 한국DD동물약품 주식회사)는 미국 법인 EE를 최종 모회사로 하는 ‘DD 그룹’에 소속되었다가, DD 그룹의 동물 의약품 사업 부문이 2012. 10.경 미국 법인 FF를 최종 모회사로 하는 ‘AA 그룹’으로 개편되는 등의 과정에서 AA 그룹에 소속되어 동물 의약품을 수입, 판매 및 유통하는 사업을 주된 사업으로 영위하고 있다.

2) 원고는 2012. 9.경까지는 DD 그룹의 EE로부터, 2012. 10경부터는 AA 그룹의 FF로부터 각 동물 의약품을 수입하였고, 구체적으로 2008. 8.경부터 2012. 10.경까지 수입신고번호가 별지 1 목록 기재와 같은 동물 의약품(이하 ‘이 사건 의약품’이라 한다)을 수입하였다.

나. 선행사건의 경과

1) 피고 CC세관장은 ‘이 사건 의약품의 신고가격이 원고와 위 수출회사들 사이의 특수관계에 영향을 받아 낮게 책정되었다’며 구 관세법(2013. 1. 1. 법률 제11602호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제3항 제4호에 따라 위 신고가격을 부인한 후, 제33조 제1항을 적용하여 산정한 과세가격에 의해 이 사건 의약품 수입에 관해 2013. 11. 26. 및 2013. 12. 7. 원고에게 관세 합계 5**원, 부가가치세 합계 2**원, 관세 가산세, 부가가치세 가산세 합계 1**원을 각 부과하였다.

2) 피고 CC세관장은 위 각 부과처분에 관해 구 관세법 제33조, 구 관세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31088호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조에 따른 동종·동류의 수입물품이 국내에서 판매되는 때에 통상적으로 부가되는 이윤 및 일반경비(이하 ‘동종·동류비율’이라 한다)를 재조사하라는 조세심판원의 2016. 6. 8. 자 재조사 결정에 따라 재조사를 한 다음, 2017. 6. 28. 원고에게 위 각 부과처분 중 수입신고번호 4****-0*-2******외 64건에 관한 감액경정처분을 하였고, 그 결과 위 각 부과처분은 관세 합계 5**원, 부가가치세 합계 2**원, 위 각 가산세 합계 1**원이 남게 되었다(이하 남은 부분만을 ‘종전 부과처분’이라 한다).

3) 원고는 2017. 9. 22. 피고 CC세관장 등을 상대로 종전 부과처분 등의 취소소송을 제기하였다. 서울행정법원(2017구합79585)은 2019. 10. 8. ‘피고 CC세관장은 관세청 심사정보 시스템에서 이 사건 의약품에 관해 동종·동류비율을 산출하는 과정에서 키스라인(KIS-Line, 신용평가기관인 나이스평가정보 주식회사에서 운영하는 기업정보시스템으로 공시된 기업정보를 확인할 때 사용하는 인터넷 사이트이다)이 제공하는 업종정보를 통하여 동종·동류비율의 산출에 필요한 비교대상업체를 추출하였다. 그런데 키스라인에서 조회되는 업종은 조회 당시를 기준으로 그 무렵의 업종만 조회가 가능하므로, 위와 같이 선정된 비교대상업체는 수입신고 당시의 적정한 비교대상업체가 아니다’라며 종전 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였다. 이에 더하여 서울고등법원(2019누64978)은 2021. 9. 3. ‘과거의 업종정보를 확인할 수 있도록 관세청 심사정보 시스템을 개선하였고, 개선된 시스템에 의해 비교대상업체를 추출하여 산정한 동종·동류비율을 적용하면 종전 부과처분 중 일부는 정당세액 범위 내에 있다’는 피고 CC세관장의 예비적 주장에 관해 ‘관세청이 2018. 8.경~ 2019.3.경 관세청 심사정보 시스템을 개선하여 비교대상업체 추출·선정 시 관세청이 누적 관리하여 온 징수·심사 데이터베이스상의 과거 업종변경이력이 반영되도록 하였으며, 위와 같이 개선된 변경 후 시스템에 의하면 조회대상 연도(과세대상 물품이 수입된 당해연도)의 업종정보를 확인할 수 있는 것으로 보이기는 한다’고 하면서도 다음 ❶, ❷의 이유로 ‘변경 후 시스템이 과세대상 물품의 수입시점 또는 그 무렵의 업종을 고려하여 비교대상업체를 추출·선정할 수 있도록 개선되었다고 인정하기에는 부족하다’면서 피고 CC세관장의 항소를 기각하였다.『❶피고 CC세관장은 수입실적 상위 100개 업체 선정 시 관세청 심사정보 시스템에 품목번호만을 입력한다고 주장하면서, 이를 전제로 변경 후 시스템은 품목번호만을 기준으로 추출한 100개 업체들의 수입 당시 업종변경 이력까지 확인할 수 있다는 취지로 주장한다. 그러나 구 관세법령 등의 취지상 상위 100개 업체 선정 시부터 품목번호와 업종조건이 함께 고려되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고 CC세관장의 주장은 그 자체로 타당하지 않다. ❷ 피고 CC세관장의 주장에 의하더라도, 변경 후 시스템은 당초 100개 업체 선정 시 수입시점으로 보정된 업종정보가 반영되는 것이 아니라, △ 우선 품목번호만을 기준으로 100개 업체를 추출하고, △ 심사·징수시스템에서 가져온 위 100개 업체의 과거 업종변경이력을 바탕으로 수입시점에 업종범위에 포함되지 않는 업체를 제외하고, △ 이와 동시에 ‘외부감사 여부’, ‘감사의견 적정’ 등 다른 조건을 함께 고려하여 30개 업체를 선별하는 방식으로 운용되는 것으로 보이고, 과세대상 물품이 수입된 당해 연도에 비교대상업체의 업종이 변경된 경우에는 변경된 후의 업종정보만을 제공할 뿐 전체 업종변경 현황이 자동적으로 반영되거나 구체적인 수입시점을 기준으로 한 업종정보가 제공되지는 않는 것으로 보인다. 그렇다면 위 변경 후 시스템에 의하더라도 기존 관세청 심사정보시스템의 문제점 중 수입시점 무렵 동종·동류의 물품 수입업체였다가 조회 당시 업종이 변동되어 비교대상업체 후보에서 배제되는 경우는 해결되지 않았다.』 대법원(2021두53559)은 2022. 2. 11. 피고 CC세관장의 상고를 기각(심리불속행)하였고, 이에 종전 부과처분을 취소하는 판결이 2022. 2. 16. 확정되었다(위 사건을 ‘선행사건’이라 한다).

다. 피고들의 원고에 대한 이 사건 부과처분, 이 사건 거부처분

1) 피고 CC세관장은 이 사건 의약품 수입에 관해 비교대상업체를 재선정하여 동종·동류비율을 산출한 다음, 2023. 1. 27. 원고에게 별지 1 목록 기재와 같이 관세 합계 4**원, 부가가치세 합계 2**원, 관세 가산세 합계 1**원, 부가가치세 가산세 합계 1**원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

2) 원고는 2023. 4. 17. 피고 BB세무서장에게, 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세조정법’이라 한다) 제19조 제1항을 적용하여 이 사건 부과처분을 위해 피고 CC세관서장이 경정한 이 사건 의약품에 대한 관세 과세가격(이하 ‘이 사건 관세 과세가격’이라 한다)과 이 사건 의약품 수입신고가격의 차액을 원고의 각 사업연도 손금에 산입하여야 한다며, 2008 사업연도분 법인세 1**원, 2009 사업연도분 법인세 7**원, 2010 사업연도분 법인세 9**원, 2011 사업연도분 법인세 9**원 및 2012 사업연도분 법인세 1**원의 환급을 구하는 취지의 각 경정청구를 하였으나, 피고 BB세무서장은 국제조세조정법 제19조 제3항에 따른 2개월의 기간 내에 과세표준 및 세액을 경정하거나, 경정을 거부한다는 통지를 하지 않았다[이하 그 2개월이 되는 날(토요일, 일요일인 경우에는 그 다음 날)의 다음 날인 2023. 6. 20.부터 거부처분이 있었던 것으로 보아 불복할 수 있는 것으로 보고 ‘이 사건 거부처분’이라 한다]. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을나 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 피고 CC세관장에 대한 청구에 관한 판단: 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 구 관세법 제21조 제2항 제3호의 특례제척기간 적용 여부

1) 원고의 주장 요지

피고 CC세관장은 구 관세법 제21조 제2항 제3호가 정하고 있는 특례제척기간을 적용하여 이 사건 부과처분을 하였다. 그러나 특례제척기간 규정의 입법취지나 분쟁을 일회적으로 해결하여 당사자들에게 법적 안정성을 부여하기 위한 재판제도의 존재 의의 등에 비추어 보면 과세가격의 적법성에 대한 증명이 부족하다는 이유로 선행처분이 취소된 경우 특례제척기간을 이유로 재처분을 하는 것은 허용되지 않는다.

2) 관련 법리

구 관세법 제21조는 제1항에서 관세 부과권의 일반 제척기간에 관하여 규정한 다음, 제2항 제3호에서 ‘행정소송법에 따른 소송에 대한 판결이 있은 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 판결이 확정된 날부터 1년까지 해당 판결에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다’고 규정하고 있다. 구 관세법 제4조 제1항은 수입물품에 대하여 부과·징수하는 부가가치세에 관하여 관세법을 우선하여 적용하도록 하고 있으므로, 수입물품에 대하여 부과되는 부가가치세에도 위와 같은 제척기간이 적용된다. 구 관세법 제21조 제2항 제3호에 규정된 특례제척기간을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조). 다만 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결 등 참조).

3) 판단

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 이 사건 부과처분은 구 관세법 제21조 제2항 제3호에서 정한 선행사건의 확정판결에 따른 처분으로 볼 수 있다. 나아가 2023. 1. 27. 내려진 이 사건 부과처분이 선행사건 판결 확정일인 2022. 2. 16.로부터 1년 이내에 이루어졌음은 역수상 명백하므로, 이 사건 부과처분은 구 관세법 제21조 제2항 제3호가 정하고 있는 특례제척기간 내에 이루어졌다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

가) 선행사건에서 법원은 ‘원고와 이 사건 의약품 수출회사 사이의 특수관계가 이사건 의약품의 수입가격에 영향을 미친 경우로서 구 관세법 제30조 제3항 제4호에 해당한다’는 점은 인정하였으나 구 관세법 제33조 제1항에서 정한 ‘국내판매가격을 기초로 한 과세가격’을 결정함에 있어 동종·동류비율의 산출에 필요한 비교대상업체의 추출·선정 방법이 잘못되었다는 이유로 종전 부과처분을 취소한 것이었다. 이에 피고 CC관세관장은 뒤에서 보는 바와 같이 선행사건에서 지적된 문제들을 시정할 수 있는 방법으로 비교대상업체 선정을 다시 하고 이에 근거하여 이 사건 부과처분을 하였다.

나) 종전 부과처분은 수입신고번호가 별지 1 목록 ‘수입신고번호’란 기재와 같은 이 사건 의약품의 수입에 관한 관세, 부가가치세, 각 가산세에 관한 것이고, 이 사건 부과처분도 수입신고번호가 별지 1 목록 ‘수입신고번호’란 기재와 같은 이 사건 의약품의 수입에 관한 관세, 부가가치세, 각 가산세에 관한 것으로서 그 세목, 과세기간, 과세대상이 동일하다. 즉 피고 CC세관장은 선행사건에서 지적된 위법사항을 시정하여 종전 부과처분과 동일한 세목, 과세기간, 과세대상에 관하여 이 사건 부과처분을 하였다. 여기에 이 사건 부과처분이 종전 부과처분의 세액 범위 내에 있는 점까지 고려하여 보면, 피고 CC세관장은 선행사건 확정판결에 따라 이 사건 부과처분을 한 것으로 볼 수 있고, 선행사건 확정판결과 별개의 새로운 과세처분을 하였다고 볼 수 없다.

다) 원고는 선행사건에서 과세가격에 대한 증명이 부족하다는 이유로 취소 판결이 확정된 이상, 새로운 증거자료를 제출하여 재처분을 하는 것은 특례제척기간 제도의 취지에 반하고 납세의무자의 법적 안정성을 심각하게 침해하며 분쟁의 일회적 해결을 불가능하게 하여 재판제도의 존재 의의를 상실시킨다고 주장한다. 그런데 선행사건에서 법원은 종전 부과처분의 과세원인사실 자체에 대한 증명이 부족하다는 것을 이유로 종전 부과처분을 취소한 것이 아니라, 구 관세법 제30조 제3항 제4호에 따라 이 사건 의약품의 신고가격을 부인한 것까지의 적법성을 인정하면서도 과세표준 산정을 위한 구 관세법 제33조 제1항의 요건 충족에 대한 증명부족을 이유로 종전 부과처분을 취소한 것으로서 실질적으로는 정당세액에 대한 증명이 부족하다는 취지에서 종전 부과처분을 취소한 것에 불과하다. 특례제척기간에 관한 구 관세법 제21조 제2항 제3호는 증거를 보완하여 판결에 따른 처분을 하는 것을 금지하고 있지 않고, 세액을 다투는 납세자로서는 과세관청의 세액 산정 방식의 잘못으로 과세처분이 취소되더라도 재차 과세처분이 내려지리라는 것을 충분히 예상할 수 있으며 과세관청이 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니므로, 정당세액에 대한 증명 부족을 이유로 과세처분이 취소된 경우에 재처분을 허용한다고 하더라도 납세자의 법적 안정성이 심각하게 침해되지도 않는다. 행정소송은 국민의 권리 또는 이익의 침해를 구제하는 것뿐만 아니라, 공법상의 권리관계 또는 법적용에 관한 다툼을 적정하게 해결하는 것도 그 목적으로 하는 것으로서(행정소송법 제1조), 분쟁의 일회적 해결만을 추구하지 않고 정당세액의 증명이 문제되는 이 사건과 같은 경우에 특례제척기간 규정을 적용하여 재처분을 허용한다고 하더라도 재판제도의 존재 의의가 상실되지도 않는다. 이와 다른 전제에 있는 원고 주장은 이유 없다.

나. 동종·동류비율 산출을 위한 비교대상업체 선정방식의 위법 여부

1) 원고의 주장 요지

이 사건 부과처분에는 동종·동류비율 산출을 위한 비교대상업체 선정에 있어 선행사건에서 법원이 지적하였던 문제(수입시점 무렵 동종·동류의 물품 수입업체였다가 조회 당시 업종이 변동되어 비교대상업체 후보군에서 배제되는 문제 내지 그 반대의 문제)가 남아있고, 비교대상업체 선정에 국세청 업종코드를 활용한 것도 위법하다.

2) 국내판매가격을 기초로 한 과세가격의 결정 방법, 이른바 제4방법의 개요 구 관세법 제33조 제1항은 제30조부터 제32조까지에 규정된 방법(이른바 제1 내지 3방법)으로 과세가격을 결정할 수 없을 때 국내판매가격을 기초로 하여 과세가격을 결정하도록 정하고 있다(이른바 제4방법). 구체적으로는 ‘해당 물품, 동종·동질물품 또는 유사물품이 수입된 것과 동일한 상태로 해당 물품의 수입신고일 또는 수입신고일과 거의 동시에 특수관계가 없는 자에게 가장 많은 수량으로 국내에서 판매되는 단위가격을 기초로 하여 산출한 금액(제1호)’에서 ‘국내판매와 관련하여 통상적으로 지급하였거나 지급하여야 할 것으로 합의된 수수료 또는 동종·동류의 수입물품이 국내에서 판매되는 때에 통상적으로 부가되는 이윤 및 일반경비에 해당하는 금액(제2호)’ 및 ‘수입항에 도착한 후 국내에서 발생한 통상의 운임·보험료 등(제3호)’과 ‘수입 및 국내판매와 관련하여 납부하였거나 납부하여야 하는 조세와 그 밖의 공과금(제4호)’을 뺀 가격을 과세가격으로 산정하도록 규정하고 있다. 구 관세법 시행령 제27조 제4항은, 구 관세법 제33조 제1항 제2호에 따른 이윤 및 일반경비는 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 작성된 회계보고서를 근거로 하여 다음 각호의 구분에 따라 계산하도록 하면서, 제1호에서 ‘납세의무자가 제출한 회계보고서를 근거로 계산한 이윤 및 일반경비의 비율이 제5항 또는 제7항에 따라 산출된 동종·동류비율의 100분의 110 이하인 경우’에는 ‘납세의무자가 제출한 이윤 및 일반경비’로, 제2호에서 ‘제1호 외의 경우’에는 ‘동종·동류비율을 적용하여 산출한 이윤 및 일반경비’로 각 계산하도록 규정하고 있다. 그리고 구 관세법 시행령 제27조 제5항은 ‘세관장은 관세청장이 정하는 바에 따라 해당 수입물품의 특성, 거래 규모 등을 고려하여 동종·동류의 수입물품을 선정하고 이 물품이 국내에서 판매되는 때에 부가되는 이윤 및 일반경비의 평균값을 기준으로 동종·동류비율을 산출하여야 한다’고 규정하고 있다. 이에 따라 구 수입물품 과세가격 결정에 관한 고시(2014. 1. 3. 관세청고시 제2014-1호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘과세가격 결정고시’라 한다)는 제1-2조 제7호에서 동종·동류비율을 동종·동류의 수입물품을 거래하는 업체(이하 ‘비교대상업체’라 한다)의 매출액 총 합계액에서 매출총이익 총 합계액이 차지하는 비율로 정의하면서, 제4-5조에서 동종·동류비율의 산출 방법을 구체적으로 규정하고 있다. 제4-5조 제1항은 ‘동종·동류비율을 산출하기 위한 비교대상업체 선정은 다음 각호에서 정하는 바에 따른다’라고 규정하면서, 제1호에서 ‘동종·동류의 수입물품에 대한 품목번호의 범위는 납세의무자의 수입신고 실적을 고려하여 결정한다’고, 제2호에서 ‘비교대상업체의 업종범위는 당해업종과 연계업종을 고려하여 결정한다’고 각 규정하고 있다. 제2항은 ‘동종·동류의 수입물품에 대한 연도별 수입실적을 기준으로 상위 100개 업체 중 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 상위 30개 업체를 비교대상업체로 선정한다. 다만, 비교대상업체의 수가 30개 미만인 경우에는 선정된 업체만을 비교대상업체로 한다’고 규정하고 있다. 제3항 내지 제8항은 그 밖의 동종·동류비율 산출 방법 등에 관해 규정하고 있다.

3) 구체적 판단

가) 피고 CC세관장은 종전 부과처분을 위해 동종·동류비율을 산출함에 있어 키스라인에서 제공하는 업종정보를 토대로 비교대상업체 후보군을 추출하였다. 위와 같은 비교대상업체 선정방식에 관해 선행사건 판결은 키스라인에서 조회되는 업종은 그 조회 무렵의 업종이므로 위와 같이 선정된 비교대상업체는 수입신고 당시의 적정한 비교대상업체가 아니라는 점을 지적하였다. 구체적으로 ➊ 수입시점에 동종·동류의 물품 수입업체가 아니었으나 조회 당시 업종이 변경되어 동종·동류의 물품 수입업체로 조회되는 업체와 ➋ 수입시점에 동종·동류의 물품 수입업체였으나 조회 당시 업종이 변경되어 동종·동류의 물품 수입업체로 조회되지 않는 업체가 있을 수 있다는 점이 지적되었다. 선행사건 항소심에서 피고 CC세관장은 예비적으로 ‘우선 품목번호만으로 수입실적 상위 100개 업체를 선정한 다음, 그 100개 업체들의 업종변경 이력까지 확인하여 한 비교대상업체 선정방식은 적법하다’는 취지로 주장하였다. 항소심은 구 관세법령 등의 취지상 상위 100개 업체 선정 시부터 품목번호와 업종조건이 함께 고려되어야 한다는 점과 위 방식에 의하더라도 수입시점에 동종·동류의 물품 수입업체였으나 조회 당시 업종이 변경되어 동종·동류의 물품 수입업체로 조회되지 않는 업체가 있을 수 있다는 문제가 남아있다는 점을 지적하며 피고 CC세관장의 예비적 주장을 받아들이지 않았다.

나) 피고 CC세관장은 이 사건 부과처분을 위해 동종·동류비율을 산출함에 있어 비교대상업체 선정을 위해 다음의 방식을 사용하였다. ❶ 해당 기간의 전체 수입업체 중 구 관세·통계통합품목분류표(2021. 12. 9. 기획재정부고시 제2021-31호로 개정되기 전의 것)의 품목번호(HS CODE)가 3***.3*(동물의약용 백신), 3***(의약품)인 물품을 수입하는 업체(이하 ‘1차 선정 업체’라 한다)를 추출함 → ❷ 개선된 관세청 심사정보시스템을 활용하여 1차 선정 업체의 업종변경 이력을 구 한국표준산업분류(2017. 1. 13. 통계청고시 제2017-13호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘제9차 한국표준산업분류’라 한다)상 분류코드에 기반하여 확인하되, 키스라인에 등록되어 있지 않은 업체의 경우에는 국세청 업종코드를 활용하여 그 업종변경 이력을 확인함 → ❸ 제9차 한국표준산업분류상 분류코드에 따라 1차 선정 업체 중 수입시점에 동물용 의약품 제조업(21230), 완제 의약품 제조업(21210), 의약품 도매업(46441)을 영위하는 업체를 추출하되, 한국표준산업분류에 따른 업종이 조회되지 않는 업체의 경우에 한하여 보충적으로 국세청 업종코드를 기준으로 완제 의약품 제조업(242301), 의료용품 및 기타 의약 관련 제품 제조업(242309), 의약품 도매업(513311)을 영위하는 업체를 추출하고, 그중 선행사건에서의 조세심판원 결정 취지에 따라 HS CODE가 3***.3*(동물의약용 백신)인 물품을 수입한 이력이 있는 업체(이하 ‘2차 선정 업체’라 한다)를 다시 추출함 → ❹ 외부감사의견 ‘적정’ 여부 등 과세가격 결정고시에 따른 나머지 조건을 고려하여 2차 선정 업체 중 최종 비교대상업체를 선정함.

다) 피고 CC세관장은 이 사건 부과처분을 위해 품목번호(HS CODE)만으로 수입실적 상위 100개 업체를 선정한 다음 그 업체들의 업종변경 이력을 확인한 것이 아니라, HS CODE가 3***.3*, 3***인 물품을 수입한 전체 업체(1차 선정 업체)들의 업종변경 이력을 전부 확인하는 등의 방식으로 비교대상업체 후보군을 추출하였다. 이로써 선행사건 항소심에서 지적하였던 ‘구 관세법령 등의 취지상 상위 100개 업체 선정 시부터 품목번호와 업종조건이 함께 고려되어야 하는데, 종전 부과처분 당시 품목번호만을 고려하여 상위 100개 업체를 선정하였다’는 문제점이 시정되었다. 또한 피고 CC세관장은 1차 선정 업체의 업종변경 이력을 일(日) 단위까지 확인하여 그중 2차 선정 업체를 추출하였다. 피고가 현 시점에서의 업종코드로 수입업체들을 조회하여 비교대상업체 후보군을 추출한 것이 아니라, 우선 품목번호를 기준으로 1차 선정 업체들을 추출하고 그 업체들 전부의 업종변경 이력을 일 단위까지 확인하여 2차 선정 업체를 추출한 이상 선행사건 항소심 등에서 지적하였던 ‘수입시점에 동종·동류의 물품 수입업체였으나 조회 당시 업종이 변경되어 동종·동류의 물품 수입업체로 조회되지 않는 업체가 있을 수 있다’는 문제 내지 그 반대의 문제 역시 시정되었다1)

라) 나아가 관련 법령의 내용과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 피고 CC세관장이 비교대상업체 선정에 있어 국세청 업종코드를 보충적으로 활용한 것으로 인하여 이 사건 부과처분을 위한 비교대상업체 선정방식에 위법이 있다고 보이지도 않는다. ① 우리나라가 가입한 세계무역기구(WTO) 관세평가협정(1994년도 관세와 무역에 관한 일반협정 제7조의 이행에 관한 협정을 말한다. 이하 같다) 제5조 제1항은 ‘해당 수입물품 또는 동종·동질 또는 유사 수입물품이 수입국내에서 수입된 것과 동일한 상태로 판매된다면, 이 조의 규정에 따른 수입물품의 과세가격은 평가대상 물품의 수입시기와 동시 또는 거의 동시에 해당 수입물품 또는 동종·동질 또는 유사 수입물품이 그러한 물품의 수입자와 특수관계가 없는 자에게 가장 많은 수량으로 판매되는 단위가격에서 다음을 공제한 가격을 기초로 하여야 한다’고 하면서 (i)에서 ‘동종 또는 동류의 수입물품의 수입국내에서 판매와 관련하여 통상적으로 지급하였거나 지급할 것으로 합의한 수수료 또는 통상적으로 이윤 및 일반경비로써 부가되는 금액’을 공제하도록 정하고 있다. WTO 관세평가협정의 부속서 I ‘제5조에 대한 주해’ 제9조는 ‘제5조 제1항의 규정에 따른 수수료 또는 통상의 이윤 및 일반경비 중 어느 하나를 결정함에 있어서, 특정 물품이 다른 물품과 "동종 또는 동류" 인지 여부는 관련된 상황에 따라 사안별로 결정되어야 한다. 평가대상 물품을 포함하고 필요한 정보를 제공받을 수 있는 동종 또는 동류의 수입물품에 대한 가장 한정된 그룹 또는 범위의 수입국 내에서의 판매가 검토되어야 한다. 제5조의 목적상 “동종 또는 동류의 물품”은 평가대상 물품과 같은 국가에서 수입된 물품뿐만 아니라 다른 나라에서 수입된 물품도 포함한다’고 규정하고 있다. WTO 관세평가협정 제5조 제1항 (i)의 취지를 반영하여 구 관세법 제33조 제1항은 ‘해당 물품, 동종·동질물품 또는 유사물품이 수입된 것과 동일한 상태로 해당 물품의 수입신고일 또는 수입신고일과 거의 동시에 특수관계가 없는 자에게 가장 많은 수량으로 국내에서 판매되는 단위가격을 기초로 하여 산출한 금액’(제1호)에서 ‘국내판매와 관련하여 통상적으로 지급하였거나 지급하여야 할 것으로 합의된 수수료 또는 동종·동류의 수입물품이 국내에서 판매되는 때에 통상적으로 부가되는 이윤 및 일반경비에 해당하는 금액’(제2호) 등을 공제하여 국내판매가격을 기초로 한 과세가격을 결정하도록 정하고 있다. WTO 관세평가협정은 국가와 국가 사이의 권리·의무관계를 설정하는 국제협정으로서 특별한 사정이 없는 한 사인에 대해 직접 효력이 미치지는 않지만(대법원 2009. 1. 30. 선고 2008두17936 판결 참조), WTO 관세평가협정의 내용이 우리 관세법령에 반영되어 있고, 회원국은 자국의 법률, 규정 및 행정절차를 WTO 관세평가협정에 합치할 의무를 부담하므로(WTO 관세평가협정 제22조), WTO 관세평가협정의 내용은 관세법 제33조 제1항을 해석하는 일응의 기준이 된다. ② 관세법 제33조 제1항에 따른 과세가격의 결정을 위한 동종·동류비율 산출에 관해 과세가격 결정고시 제4-5조 제1항 제2호는 ‘비교대상업체의 업종범위는 당해업종과 연계업종을 고려하여 결정한다’고 규정하고 있고, 제1-2조 제8호는 ‘당해업종이라 함은 신용평가기관에서 조회되는 납세의무자의 업종을 말한다’고, 제9호는 ‘연계업종이라 함은 동종·동류의 수입물품과 관련하여 통계청에서 정한 한국표준산업분류표를 참고하여 세관장이 선정한 업종들을 말한다’고 규정하고 있다. 과세가격 결정고시는 신용평가기관에서 조회되는 납세의무자의 업종을 당해업종으로 정하고 있을 뿐, 신용평가기관에서 조회되는 비교대상업체의 업종을 기준으로 비교대상업체의 업종을 결정하도록 정하고 있지는 않다. 또한 과세가격 결정고시는 연계업종은 한국표준산업분류표를‘참고’하여 세관장이 선정한 업종들을 말한다고 규정하면서, 비교대상업체의 업종범위는 당해업종과 연계업종을 ‘고려’하여 결정한다고 규정하고 있을 뿐, 한국표준산업분류만을 기준으로 비교대상업체의 업종범위를 정하도록 정하고 있지는 않다. ③ 피고 CC세관장은 한국표준산업분류에 따른 업종을 주된 기준으로 삼아 1차 선정 업체의 업종변경 이력을 확인하면서, 신용평가기관 등에서 한국표준산업분류에 따른 업종이 조회되지 않는 업체에 한하여 보충적으로 국세청 업종코드를 활용하여 그 업종변경 이력을 확인하였다. 즉 피고 CC세관장은 원고에 관해 한국표준산업분류에 따른 당해업종, 연계업종을 결정한 다음, 보충적으로 그와 연계되어 있는 국세청 업종코드를 활용하여 비교대상업체 후보군을 선정한 것으로 보인다. 국세청 업종분류는 원칙적으로 한국표준산업분류 체계에 따른 것으로서 그 자체로서 한국표준산업분류를 참고한 것으로 볼 수 있는 점, 과세가격 결정고시에 따를 때 비교대상업체의 업종범위는 당해업종과 연계업종을 ‘고려’하여 결정할 수 있는 점, 신용평가기관에서 한국표준산업분류에 따른 업종이 조회되지 않는 업체는 대체로 영세업체나 비영리단체에 해당하여 최종적으로 비교대상업체에서 제외될 가능성이 큰 점, 피고 CC세관장은 통상의 이윤 및 일반경비를 산정함에 있어 특정 물품이 다른 물품과 동종 또는 동류인지 여부에 관하여 ‘평가대상 물품을 포함하고 필요한 정보를 제공받을 수 있는 동종 또는 동류의 수입물품에 대한 가장 한정된 그룹 또는 범위의 수입국 내에서의 판매가 검토되어야 한다’는 WTO 관세평가협정의 부속서 I ‘제5조에 대한 주해’ 제9조의 취지를 준수하기 위하여 한국표준산업분류 외에 피고 CC세관장이 그 정보를 활용할 수 있는 국세청 업종코드를 보충적으로 활용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 이 사건에서 비교대상업체 선정에 보충적으로 국세청 업종코드를 활용한 것을 위법하다고 보기 어렵다.

다. 가산세 부과처분의 위법 여부

1) 원고의 주장 요지

피고 CC세관장조차 적법한 과세가격을 확인하지 못하여 선행사건에서 종전 부과처분이 취소되었던 점 등에 비추어 보면, 적어도 가산세를 면제할 정당한 이유가 있다.

2) 판단

이 사건 부과처분 중 가산세는 일반과소신고 가산세와 납부지연 가산세로 구성되어 있다. 위와 같은 각 가산세의 성격과 관련 규정의 내용과 앞서 든 증거들 및 변론전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 이 사건 부과처분은 원고가 신고한 이 사건 의약품의 수입가격(신고가격)이 특수관계에 영향을 받아 관세법상 거래가격으로 인정될 수 없으므로 관세법 제33조에 따라 과세가격을 결정한 것으로서 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 원고와 이 사건 의약품 수출회사들 사이의 특수관계에 영향을 받아 왜곡된 가격으로 수입신고를 한 귀책에 근거하여 부과된 것인 점, ② 원고는 구 관세법 제37조 제1항에 따라 과세가격 결정방법에 의문이 있을 경우 관세청장에게 미리 심사를 요청할 수 있었음에도 이를 거치지 않은 점 등에 비추어 보면 등에 비추어 보면 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

라. 소결론

원고의 피고 CC세관장에 대한 청구는 이유 없다.

4. 피고 BB세무서장에 대한 청구에 관한 판단: 이 사건 거부처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 내국세와 관세의 과세기준이 달라질 때 발생하는 납세자의 이중적 세부담을 방지하기 위한 국제조세조정법 제19조의 입법취지를 고려하면, 과세의 경정처분이 적정한 과세가격에 따라 이루어진 경우에는 원칙적으로 내국세의 과세표준 및 세액 역시 경정된 관세의 과세가격에 합치하도록 경정해야 한다.

2) 이 사건 부과처분의 전제가 되는 이 사건 의약품의 관세 과세가격(이하 ‘이 사건 관세 과세가격’이라 한다)은 관세법상 제4방법에 따라 산출되었다. 제4방법은 국제조세조정법 제8조 제1항 제2호 소정의 재판매가격방법과 본질적으로 같으므로 제4방법에 의한 과세가격은 국제조세조정법 제8조에 적합한 정상가격에 해당한다. 그렇지 않더라도 피고 BB세무서장이 이 사건 관세 과세가격이 정상가격이 부합하지 않는다는 점을 입증하지 못한 이상 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. ‘관세의 경정처분에 따른 국세의 경정청구’ 규정

1) 관세청이 국외특수관계인으로부터 물품을 수입하는 기업에 대한 세무조사 등을 거쳐 당초 신고한 수입가격보다 높은 과세가격을 산출하여 경정처분을 하는 경우 수입업체는 관세를 추가적으로 납부하게 되지만, 내국세 신고 시 적용한 낮은 수입가격은 조정되지 않으므로 물품을 수입하는 기업 입장에서는 동일한 물품에 대한 수입가격이 관세와 내국세 사이에 상이하게 되는 불합리함이 생길 수 있다. 이러한 문제점에 대응하기 위한 입법조치 중의 하나로 국제조세조정법은 2011. 12. 31. 법률 제11126호로 개정되면서 ‘관세의 경정처분에 따른 국세의 경정청구에 관한 규정’을 제10조의2로 도입하여 그 시행일인 2012. 7. 1. 이후 관세를 경정하는 경우부터 이를 적용하도록 하였다.

2) 구체적으로 구 국제조세조정법(2014. 12. 23. 법률 제12849호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조의2 제1항은 ‘국외특수관계인으로부터 물품을 수입하는 거래와 관련하여 납세의무자가 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준신고서를 제출한 후 관세법 제38조의3 제4항에 따른 세관장의 경정처분으로 인하여 관세의 과세가격과 신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 거래가격 간에 차이가 발생한 경우에는 그 경정처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 2개월 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다’고, 제2항은 ‘제1항에 따른 경정청구를 받은 과세당국은 그 청구를 받은 날부터 2개월 내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다’고 각 규정하였다. 이후 국제조세조정법이 2014. 12. 23. 법률 제12849호로 개정되면서 제10조의2 제2항이 제3항으로 이전되었고, 제2항에 ‘제1항에 따른 경정청구를 받은 과세당국은 해당 거래와 관련한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 해당 수입물품의 거래가격2)산출방법과 계산근거 등이 제5조의 규정에 적합하다고 인정되는 경우에는 세액을 경정할 수 있다’는 내용의 규정이 신설되었다. 위 조항은 국제조세조정법 부칙(2014. 12. 23.) 제3조(일반적 적용례)에 따라 2015. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용된다. 2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정된 국제조세조정법 제10조의2 제1항은 경정청구 기한을 ‘경정처분이 있음을 안 날부터 2개월 내’에서 ‘경정처분이 있음을 안 날부터 3개월 내’로 연장하였고, 국제조세조정법 부칙(2017. 12. 19.) 제1조, 제5조 제1항은 위 제10조의2 제1항의 개정 규정에 대하여 그 시행일인 2018. 1. 1. 이후 경정을 청구하는 분부터 적용하도록 하였다. 이후 국제조세조정법은 2020. 12. 22. 법률 제17651호로 전부개정되어 제19조에서 관세의 경정처분에 따른 국세의 경정청구에 관한 규정을 두고 있으나, 위 개정 법률은 국제조세조정법 부칙(2020. 12. 22.) 제1조, 제2조에 따라 그 시행일인 2021. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용된다.

3) 피고 CC세관장의 관세 경정(이 사건 부과처분)은 2023. 1. 27.에 있었고 원고의 피고 BB세무서장에 대한 경정청구는 2008 사업연도부터 2012 사업연도까지 법인세에 대한 것이므로, 위 경정청구에 대하여는 구 국제조세조정법 제10조의2(제1항은 2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정된 것)3)가 적용된다.

다. 관세 경정 시 원칙적으로 그 과세가격에 따라 국세 경정이 이루어져 하는지 여부 구 국제조세조정법 제10조의2 제1항은 ‘국외특수관계인으로부터 물품을 수입하는 거래와 관련하여 납세의무자가 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준신고서를 제출한 후 관세법 제38조의3 제4항에 따른 세관장의 경정처분으로 인하여 관세의 과세가격과 신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 거래가격 간에 차이가 발생한 경우 그 경정처분이 있음을 안 날부터 2개월 내(2018. 1. 1. 이후 경정을 청구하는 분의 경우에는 3개월 내)에 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있다. 원고가 국외특수관계인과의 거래인 이 사건 의약품의 수입거래에 관하여 2008 사업연도부터 2012 사업연도까지 각 법인세 과세표준신고서를 제출하였고, 그 이후인 2023. 1. 27. 피고 CC세관장이 관세 경정을 하는 이 사건 부과처분을 하였으며 이에 원고가 그로부터 3개월 내인 2023. 4. 17. 피고 BB세무서장에게 이 사건 관세 과세가격과 이 사건 의약품 수입신고가격 사이에 차이가 있음을 이유로 법인세 과세표준 및 세액의 경정을 청구한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 본 바와 같다. 위와 같이 일응 구 국제조세조정법 제10조의2 제1항에서 규정하는 요건을 갖춘 것으로 보이는 경우 즉 ‘세관장의 경정처분으로 인하여 관세의 과세가격과 신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 거래가격 간에 차이가 발생한 경우’라면 바로 그 경정청구를 받아들여야 하는지 문제될 수 있으나, 다음과 같은 이유로 세관장의 경정처분으로 인하여 관세의 과세가격과 신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 거래가격 간에 차이가 발생한 경우라도 과세관청은 세관장의 경정처분에 따른 관세의 과세가격이 구 국제조세조정법 제5조에 적합하다고 인정되는 경우에만 법인세 또는 소득세를 경정할 수 있다고 해석함이 타당하다. 따라서 관세의 경정처분이 적정한 과세가격에 따라 이루어진 경우 원칙적으로 법인세의 과세표준 및 세액 역시 경정해야 한다는 취지의 원고 주장은 받아들일 수 없다. ① 구 국제조세조정법 제10조의2는 세관장의 경정처분을 받은 납세의무자가 과세당국에 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다는 내용뿐이어서 기본적으로 절차규정으로의 성격을 가진다. 따라서 실제 구 국제조세조정법 제10조의2에 따른 경정이 이루어지려면 실체법적으로 신고세액이 적법세액을 초과하여야 한다. 그런데 구 국제조세조정법 제4조 제1항은 ‘과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다’고 규정하고, 제5조는 정상가격의 산출방법에 대하여 규정하고 있다. 즉 구 국제조세조정법은 국외특수관계인과의 국제거래에 관하여 ‘정상가격’을 기초로 과세표준 및 세액을 결정하도록 하므로 과세관청은 세관장의 경정처분에 따른 관세의 과세가격이 구 국제조세조정법 제5조에 적합하다고 인정되는 경우에만 구 국제조세조정법 제10조의2에 따라 법인세 또는 소득세를 경정할 수 있다고 해석할 수 있다. ② 구 국제조세조정법은 제10조의2에서 관세의 경정처분에 따른 국세의 경정청구절차를 도입하는 한편, 제10조의3에서 납세의무자가 과세당국으로부터 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지받은 날로부터 30일 이내에 기획재정부장관에게 국세의 정상가격과 관세의 과세가격 간 조정을 신청할 수 있도록 하는 규정을 같이 도입하였다. 이러한 조정절차는 곧 세관장의 관세 경정처분이 있다고 하더라도 과세관청이 바로 그 과세가격에 따라 국세의 경정처분을 할 의무를 부담하는 것은 아니고, 관세의 과세가격이 국세의 정상가격으로 인정되어야 경정처분을 할 수 있음을 전제로 한다고 볼 수 있다. 구 국제조세조정법 개정 이유에도 ‘국세의 정상가격과 관세의 과세가격 간 조정 근거를 마련하였다’라고만 되어 있고, 국회 기획재정위원회 검토보고서[국제조세조정에 관한 법률 일부개정법률안(의안번호 1813317)에 관한 것]에도 ‘관세청장이 경정처분한 수입가격을 심사하여 정상가격으로 인정되는 경우에 내국세를 환급’하여 주기 위하여 구 국제조세조정법 제10조의2의 규정을 도입하였다고 되어 있다. ③ 관세법 역시 2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되면서 제38조의4에서 ‘국제조세조정법상 경정처분에 따른 관세의 경정청구’를 도입하였는데, 위 조항은 ‘세관장은 수입물품의 거래가격 조정방법 등이 관세법상 과세가격의 결정 규정인 제30조부터 제35조까지의 규정에 적합하다고 인정하는 경우에 세액을 경정할 수 있도록’ 명시하였다. 이러한 점에서도 같은 취지로 도입된 구 국제조세조정법 제10조의 2 역시 앞서 본 바와 같은 내용으로 해석함이 타당하고, 국제조세조정법이 2014. 12. 23. 법률 제12849호로 개정되면서 비로소 제10조의2 제2항에 ‘과세당국은 수입물품의 거래가격(과세가격) 산출방법과 계산근거 등이 제5조(정상가격 산출방법)의 규정에 적합하다고 인정되는 경우에는 세액을 경정할 수 있다’고 규정한 것은 단순 확인규정으로 보아야 한다. ④ 즉 세관장의 경정처분으로 인하여 관세의 과세가격과 신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 등의 산정기준이 된 거래가격 간에 차이가 발생하였고 그 과세가격이 관세법 규정에 따라 적정하게 이루어진 경우라도 과세관청은 그 과세가격에 따라 바로 내국세의 과세표준 등을 경정하여야 하는 것이 아니고, 그 과세가격이 구 국제조세조정법 제5조에서 정한 정상가격에 적합하다고 인정되는 경우에 비로소 경정할 수 있다.

라. 구 관세법상 제4방법과 구 국제조세조정법상 재판매가격방법이 본질적으로 같다는 이유로 이 사건 관세 과세가격을 바로 정상가격으로 볼 수 있는지 여부

1) 구 국제조세조정법 제5조 제1항 본문은 ‘정상가격은 다음 각호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다’고 규정하면서 각호에서 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호) 등을 들고 있다. 여기에서 재판매가격방법은 ‘거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법’을 말한다. 그리고 ‘구매자의 통상의 이윤’에 관해 구 국제조세조정법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24365호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조는 제1항에서 ‘구매자의 통상의 이윤은 구매자가 특수관계가 없는 자에게 자산을 판매한 금액에 판매기준 통상이익률을 곱하여 계산된 금액으로 한다. 이 경우 판매기준 통상이익률은 구매자와 특수관계가 없는 자의 거래 중 해당 거래와 수행된 기능, 사용된 자산 및 부담한 위험의 정도가 유사한 거래에서 실현된 매출총이익률로 한다’고 규정하면서도, 제3항에서 ‘자산 구매자가 특수관계가 없는 자와의 거래에서 적정한 통상이익률을 산출할 수 없는 경우에는 특수관계가 없는 자 간의 제3의 거래 중 해당 거래와 수행된 기능, 사용된 자산 및 부담한 위험의 정도가 유사한 거래에서 발생한 통상이익률을 제1항에 따른 판매기준 통상이익률로 사용할 수 있다’고 규정하였다.

2) 한편 구 관세법 제33조 제1항은 ‘해당 물품, 동종·동질물품 또는 유사물품이 수입된 것과 동일한 상태로 해당 물품의 수입신고일 또는 수입신고일과 거의 동시에 특수관계가 없는 자에게 가장 많은 수량으로 국내에서 판매되는 단위가격을 기초로 하여 산출한 금액(제1호)’에서 ‘국내판매와 관련하여 통상적으로 지급하였거나 지급하여야 할 것으로 합의된 수수료 또는 동종·동류의 수입물품이 국내에서 판매되는 때에 통상적으로 부가되는 이윤 및 일반경비에 해당하는 금액(제2호)’ 및 ‘수입항에 도착한 후 국내에서 발생한 통상의 운임·보험료 등(제3호)’과 ‘수입 및 국내판매와 관련하여 납부하였거나 납부하여야 하는 조세와 그 밖의 공과금(제4호)’을 뺀 가격을 과세가격으로 산정하도록 정하고 있다. 그리고 과세가격 결정고시 제1-2조 제7호는 국내에서 판매되는 때에 통상적으로 부가되는 이윤 및 일반경비를 동종·동류비율을 적용하여 산출하는 경우의 동종·동류비율을 ‘비교대상업체의 매출액 총 합계액에서 매출총이익 합계액이 차지하는 비율’로 정의하고 있다.

3) 구 국제조세조정법상 재판매가격방법과 구 관세법 제33조 제1항에 따른 과세가격 결정방법인 제4방법은 특수관계가 없는 자에 대한 판매가격을 기초로 정상가격 내지 과세가격을 산정하는 방식인 점, 재판매가격방법에 따를 때 판매가격에서 공제되는 구매자의 통상의 이윤 산정방식과 제4방법에 따를 때 판매가격에서 공제되는 통상적으로 부가되는 이윤 및 일반경비의 산정방식이 매출총이익률에 관계되어 있는 점 등에 비추어 보면 유사한 측면이 있기는 하다. 그러나 구 관세법상 과세가격과 구 국제조세조정법상 정상가격은 그 산출 목적과 구체적인 산출 방법 등에 차이가 있다. 예컨대 구 관세법 제33조 제1항은 제30조부터 제32조까지에 규정된 방법(제1 내지 3방법)으로 과세가격을 결정할 수 없을 때 비로소 국내판매가격을 기초로 하여 과세가격을 결정하도록 정하고 있다(제4방법). 이에 반해 구 국제조세조정법은 제5조 각호가 정하고 있는 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격을 정상가격으로 하도록 규정(다만 제6호의 방법은 보충적으로 적용됨)하고 있으며, 구 관세법은 구 국제조세조정법에서 정상가격 산출방법 중 하나로 규정하고 있는 이익분할방법, 거래순이익률방법에 대응하는 과세가격의 결정방법을 정하고 있지 않다. 제4방법과 재판매가격방법과 같이 유사한 것으로 보이는 방법의 경우에도 앞서 본 바와 같이 구체적인 산출 방법이 일치하지는 않는다. 따라서 이 사건 관세 과세가격이 구 관세법상 제4방법에 의하여 산정된 과세가격이라는 사정만으로 이 사건 관세 과세가격이 구 국제조세조정법 제5조에 적합한 가격, 즉 정상가격에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

마. 그 밖에 이 사건 관세 과세가격을 정상가격으로 볼 수 있는지 여부

1) 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조), 감액경정 거부처분 취소소송에서도 거부처분의 적법성에 관하여 원칙적으로 과세관청이 이를 증명하여야 하고 이는 구 국제조세조정법 제10조의2에 따라 관세의 경정처분에 따른 국세 감액경정청구를 거부하는 경우에도 마찬가지이므로, 관세의 과세가격 산출방법이 구 국제조세조정법 제5에서 정한 정상가격 산출방법 규정에 적합하지 않다는 점을 비롯하여 거부처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다. 다만 신고납세방식의 조세에서 납세의무자가 이미 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었다고 이를 감액경정하여 달라고 청구하는 경우 납세의무자에게 당초 과세표준과 세액의 신고를 잘못한 것임을 뒷받침할 자료를 제출해야 할 책임이 있는 점, 관세의 경정처분이 있었다고 하더라도 관세와 국세는 그 목적이나 과세가격 또는 정상가격의 산출방법 등에 있어서 상이하므로 과세관청이 관세의 경정처분이 있었다는 사유만으로 법인세 등 내국세를 경정하는 경우 내국세의 세수일실의 문제가 생길 수 있고 이에 앞서 본 바와 같이 관세의 과세가격이 구 국제조세조정법 제5조 등에서 정하는 정상가격에 부합하여야 비로소 법인세 등의 경정이 가능한 점, 그런데 정상가격 산출 등과 관련하여 구 국제조세조정법 제11조, 제13조, 구 국제조세조정법 시행령 제7조, 제23조 등에 따르면, 국외특수관계인과 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담하는 점, 납세의무자와 국외특수관계인 사이의 국제거래에 관한 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있으므로 과세관청이 적합한 과세가격이나 정상가격을 증명하기 어려운 점 등을 고려하면, 과세관청이 스스로 관세 과세가격과 달리 산정되는 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니고 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적인 사정을 들어 관세 과세가격이 구 국제조세조정법 제5조에 따른 정상가격이 아니라는 점에 대하여 밝히는 경우에는 관세의 과세가격을 정상가격으로 볼 수 있다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 있다고 봄이 타당하다. 나아가 납세의무자가 관세의 경정처분 과정에서 필요한 자료를 제대로 제출하지 아니하였다가 그 후 관세의 경정처분을 받은 후 그와 같은 경정처분을 이유로 국세 감액경청청구를 하면서 관세 과세가격 증액부분 상당의 매입대금을 국외특수관계인에 추가로 지급하는 등의 사정변경도 없이 단지 관세의 경정처분이 있었다는 사정만을 내세우는 한편 과세관청이 요구하는 필요한 자료도 제대로 제출하지 않는 경우 등 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 관세의 과세가격을 구 국제조세조정법 제5조에 따라 산출한 정상가격으로 볼 수 있다는 점에 대한 증명의 필요는 납세의무자에게 있다고 봄이 타당하다.

2) 앞서 든 증거들, 을 제2 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 이 사건 관세 과세가격을 구 국제조세조정법 제5조에 따라 산출한 정상가격으로 볼 수 있다는 점에 관한 증명의 필요는 원고에게 돌아간다고 봄이 타당한데, 원고는 그 증명을 다하지 못하였으므로 이 사건 관세 과세가격을 정상가격으로 인정할 수 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 이 사건 거부처분은 피고 BB세무서장이 먼저 이 사건 의약품의 수입신고가격을 부인하고 그와 다른 정상가격을 주장하면서 한 과세처분에 관한 것이 아니다. 즉 원고는 이 사건 의약품의 수입신고가격을 기초로 2008 사업연도부터 2012 사업연도까지 법인세를 신고납부하였다가, 피고 CC세관장에 의한 이 사건 부과처분을 이유로 위 법인세의 감액 및 환급을 하는 경정청구를 하였고 피고 BB세무서장은 이를 거부한 것이다.

나) 원고는 관세 부과처분에 앞선 이 사건 의약품에 대한 통관적법성 기업심사 과정에서, 피고 CC세관장으로부터 이 사건 의약품의 수입가격 산출방법 및 산출자료의 제출을 요구받았으나, 그룹의 사업 분리로 인하여 관련 자료를 찾을 수 없게 되었다는 이유로 아무런 자료를 제출하지 않았다. 그러나 원고의 그룹 개편은 2012. 10.경에 있었고 종전 부과처분이 그로부터 불과 1년 후인 2013. 11.경에 있었던 사정을 고려하면, 그룹개편으로 인하여 관련 자료를 찾을 수 없게 되었다는 주장은 쉽게 믿기 어렵다.

다) 원고는 이 사건 부과처분의 취소를 구한 선행판결 과정에서 “원고와 이 사건 의약품의 수출회사 사이의 특수관계가 이 사건 의약품의 수입가격에 영향을 미치지 않았다면서 이 사건 의약품의 수입가격이 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제2호 및 제3호에서 정한 ‘재판매가격법’ 또는 ‘원가가산법’에 따라 결정한 것”이라고 주장하기도 하였다. 선행판결은 원고의 위 주장을 배척하였으나, 그 주된 근거는 “이 사건 의약품의 수입가격이 그룹 개편 시점인 2012. 10.경 급격하게 변동하였고 이는 원고와 이 사건 의약품의 수출회사가 속한 기업 그룹의 조직 개편에 따른 정책 변화에 영향을 받았을 가능성이 크며, 원고가 수입가격의 구체적인 산출방법을 뒷받침하는 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다는 점”과 “이 사건 의약품 중 일부의 수입가격이 원고 주장과 같이 구 국제조세조정법에서 정한 정상가격 산출방법 중 하나인 ‘재판매가격법 또는 원가가산법’에 따라 산정되었다고 볼 여지가 있더라도, 관세 부과를 목적으로 하는 관세법에 의한 ‘과세가격’의 목적 및 산출방법은 내국세 부과를 목적으로 하는 국제조세조정법에의한 ‘정상가격’의 목적 및 산출방법과는 다르므로, 그러한 사정만으로 원고와 이 사건 의약품 수출회사 사이의 특수관계가 이 사건 의약품의 거래가격에 영향을 미치지 않았다고 보기는 어렵다는 점”이었다(다만 피고 CC세관장의 과세가격 결정에 잘못이 있다고 보아 종전 부과처분을 취소한 사실은 앞서 본 바와 같다).

라) 원고는 피고 BB세무서장에 대한 법인세 경정청구 과정에서도 피고 BB세무서장으로부터 요구받은 자료를 제대로 제출하지 않고 있다. 원고는 2008. 8.경부터 2012. 10.경까지 수입된 이 사건 의약품 수입에 관한 계약서조차 제출하지 않은 채, 막연히 거래상황에 특별히 변동이 없었다고 주장하면서 위 의약품 거래 이후인 2012. 10. 29.에 체결된 원고와 GG와의 계약서만을 제출하였을 뿐이다. 그 밖에 일부 제출한 자료들도 원고나 이 사건 의약품의 수출회사에 관한 것이 아니라 DD 그룹의 연결재무제표 등 DD 그룹에 관한 것이거나, 이 사건에서 법인세 경정이 문제되는 2008~2012 사업연도 중 일부 내지 다른 사업연도에 관한 자료만을 제출하는 등 원고는 성실하게 자료를 제출하지 않고 있다. 2008~2012 사이에 이루어진 이 사건 의약품 수입거래에 관한 자료가 오래 전의 것이기는 하나, 원고는 2013. 8. 12.경부터 피고 CC세관장으로부터 기업심사를 받고 2013. 11.경 관세에 관한 종전 부과처분을 받은 후 2013. 12. 28. 당시 법인세 관할 과세관청이었던 HH세무서장에게 역시 구 국제조세조정법 제10조의2에 따른 법인세 감액 경정청구를 하였으며 이후 선행판결 사건이 진행되면서 분쟁이 계속되었던 사정 등을 고려하면, 이 사건 의약품 거래나 거래당사자에 관한 자료 등 정상가격 산정과 관련하여 필요한 자료들이 그 보존기한 도과 등 사유로 폐기하였다고 보기는 어렵고 설령 여하의 사정으로 원고가 그와 같은 자료를 실제 보유하고 있지 않더라도 그로 인한 책임은 위와 같은 분쟁경과 등에 비추어 원고가 부담하는 것이 타당하다.

마) 원고는 제4방법과 재판매가격방법의 유사성만을 근거로 이 사건 관세 과세가격이 정상가격에 해당한다고 주장하고 있을 뿐이고, 앞서 본 바와 같이 구 관세법상 과세가격과 구 국제조세조정법상 정상가격은 그 산출 목적과 구체적인 산출 방법 등에 차이가 있으므로 제4방법과 재판매가격방법이 유사하다는 것만을 근거로 이 사건 관세 과세가격이 정상가격에 해당한다고 볼 수는 없다. 이 사건 관세 과세가격은 구 국제조세조정법이 정하고 있는 재판매가격방법에 의하여 산출된 가격도 아니다. 원고는 위와 같이 추상적인 유사성만을 근거로 이 사건 관세 과세가격이 정상가격에 해당한다고 주장하고 있을 뿐이므로, 피고 BB세무서장도 그와 같은 유사성만을 근거로 하여서는 이 사건 관세 과세가격을 정상가격으로 볼 수 없다는 점을 밝히면 충분하고 그 밖에 이 사건 관세 과세가격을 정상가격으로 볼 만한 아무런 근거가 없는 상황에서 피고 BB세무서장이 이 사건 관세 과세가격과 달리 산정되는 이 사건 의약품의 정상가격이 있다는 점까지 밝혀야 한다고 보기는 어렵다.

바) 애초에 원고가 특수관계의 영향을 받은 가격을 이 사건 의약품의 거래가격(신고가격)으로 정한 귀책으로 인하여 이 사건과 같은 문제가 발생하였다. 원고가 당초부터 특수관계의 영향을 받지 않은 가격을 이 사건 의약품의 거래가격으로 정한 경우라도, 원고는 그 거래가격과 관련하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담하였어야 하는 것인바, 원고는 적어도 경정된 관세 과세가격에 대하여도 위와 동등하거나 유사한 수준의 자료를 제출하도록 최선의 노력을 다하여야 하고, 원고가 그러한 노력을 다하지 않은 경우에 특수관계의 영향을 받은 가격을 이 사건 의약품의 거래가격으로 정한 원고의 귀책으로 인한 불이익은 원고가 부담하여야 한다고 봄이 형평에 부합한다. 2017년 OECD 이전가격 과세지침(OECD Transfer Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administrations 2017) 문단 4.16은 ‘과세당국은 입증책임이 납세자에게 있더라도 자신의 이전가격이 정상거래 원칙에 부합한다는 점을 납득시킬 수 있는 준비가 되어야 하며, 마찬가지로 납세자도 입증책임을 누가 부담하든 자신의 이전가격이 정상거래 원칙에 부합한다는 점을 납득시킬 수 있다는 준비가 되어야 한다’고 규정하고 있는바, 과세관청인 피고 BB세무서장이 신고가격과 다른 가격을 정상가격이라고 주장하는 사안이 아니라, 원고가 당초 자신의 신고가격과 다른 가격이 정상가격이라고 주장하는 이 사건에서 원고로서는 피고의 입증책임만을 주장할 것이 아니라 그 다른 가격이 정상가격에 해당한다는 점을 뒷받침할 만한 자료를 제출하여야 한다.

바. 소결론

이 사건 관세 과세가격을 구 국제조세조정법 제5조에 적합한 정상가격으로 보기 어려운 이상, 구 국제조세조정법 제10조의2가 정하고 있는 법인세의 경정사유는 존재하지 않는다. 따라서 원고의 피고 BB세무서장에 대한 청구는 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 과세가격 결정고시에 따라 품목번호와 업종 모두를 고려하여 비교대상업체 후보군을 선정하여야 하는 이상, 품목번호를 기준으로 동종·동류의 물품을 수입하는 업체 전부(이 사건에서 1차 선정 업체)를 선정한 다음, 그 전부의 업종변경 이력을 조사하여 수입시점 당시의 업종을 확인하면 특별한 사정이 없는 한 수입시점에 동종·동류의 물품 수입업체였으나 조회 당시 업종이 변경되어 동종·동류의 물품 수입업체로 조회되지 않는 업체가 발생하는 문제 내지는 그 반대의 문제가 발생하지 않는다.

2) 관세에 관한 경정처분이 있을 때 법인세 또는 소득세에 관해 경정청구권을 부여하는 구 국제조세조정법 제10조의2의 취지상 제1항의 ‘관세의 과세가격’과 ‘신고한 법인세 또는 소득세의 과세표준 및 세액의 산정기준이 된 거래가격’ 중 전자를 말한다.

3) 원고의 피고 BB세무서장에 대한 경정청구는 2023. 4. 17.에 있었으므로 경정청구 기한에 대하여는 2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정된 제10조의2 제1항에 따라 ‘경정청구를 안 날로부터 3개월 내’가 적용되나, 경정청구 기한이 연장된 것 외에는 구 국제조세조정법 제10조의2 제1항의 내용과 별반 차이가 없고, 제1항 외 제10조의2의 나머지 항에 대해서는 구 국제조세조정법이 적용되므로 이하에서는 달리 구분할 필요가 없는 한 구 국제조세조정법만을 기재한다.