서울고등법원 2024. 7. 5. 선고 2023누46731 판결 [원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 제공하였으나 이 사건 장소의 임대료 시가를 이 사건 수수료 상당액으로 인정하기 부족함]

1. 처분의 경위

가. 원고는 **백화점, **마트 등을 운영하면서 의류, 식품류 및 각종 일용품의 제조, 가공, 도매에 관한 사업 등을 영위하는 법인이고, **쇼핑 주식회사 새마을금고(이하 ‘이 사건 금고’라 한다), **마트 신용협동조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 하고, 이 사건 금고와 함께 ‘이 사건 단체’라 한다)은 원고의 임직원 등이 출자하여 설립한 비영리법인으로 구성원의 약 99.5% 이상이 원고 소속 직원들이다.

나. 이 사건 금고는 주식회사 A와 매점 운영계약을, B주식회사와 캔음료 자동판매기 설치운영계약을, C 주식회사(이하 주식회사 A, B주식회사, C주식회사를 통틀어 ‘이 사건 운영업체’라 한다)와 커피자동판매기 설치운영계약을 각 체결하고, 이 사건 조합은 B주식회사와 캔음료 자판기 설치운영계약을 체결하는 등 이 사건 단체는 이 사건 운영업체에 원고의 사업장 중 일부 공간(이하 ‘이 사건 장소’라 한다)에 자동판매기 등 설치·운영 위탁에 관한 계약(이하 ‘이 사건 위탁계약’이라 한다)을 체결하고 그 계약에 따라 이 사건 운영업체로부터 2014년, 2018년 합계 9,156,755,866원의 수수료(이하 ‘이 사건 수수료’라 한다)를 수취하였다.

다. OO지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2019년경 원고에 대한 세무조사를 하던 중, 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 임대하여 주었고 이 사건 장소의 임대료 시가는 이 사건 단체가 이 사건 운영업체로부터 받은 이 사건 수수료로 볼 수 있다는 이유로, 법인세법 및 부가가치세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원고에게 2015 내지 2017 사업연도 법인세 및 부가가치세에 대한 과세예고통지를 하고, 2014, 2018 사업연도 법인세 및 부가가치세 수정신고를 하도록 권고하였다.

라. 위 권고에 따라 원고는 2019. 11. 22. 이 사건 수수료를 익금에 산입하여 2014, 2018 사업연도 법인세, 법인지방소득세, 부가가치세를 수정신고·납부하였다가, 법인세법 및 부가가치세법상 부당행위계산부인 규정 적용대상이 아니라는 이유로 2020. 3. 16. 피고 ***세무서장에게, 2020. 4. 16. 및 2020. 4. 19. 나머지 피고들에게 별지 2‘감액경정청구금액’란 기재 각 금액 또는 별지 3 목록 ‘경정청구금액’란 기재 각 금액에 대한 감액경정청구를 하였다.

마. 그러나 피고 ***세무서장은 2020. 5. 12. 원고에게 별지 2 목록 기재와 같이 각 감액경정 거부처분을 하였고, 나머지 피고들은 별지 3 목록 ‘경정거부처분(의제)일’란 기재 각 일자에 원고에게 별지 3 목록 기재와 같이 각 감액경정 거부처분(이하 위 각 거부처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 7. 17., 2020. 7. 20., 2020. 8. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 9. 위 청구를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 7, 15, 16, 17호증, 을가1, 2호증, 을나1 내지 94호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 본안 전 항변의 요지

법인지방소득세는 세무서장이 결정한 법인세를 과세표준으로 하여 부과하는 것으로서, 원고가 피고 남대문세무서장을 상대로 법인세 감액경정 거부처분의 취소를 구하는 것과 별개로 나머지 피고들을 상대로 법인지방소득세 감액경정 거부처분의 취소를 구할 이익이 없으므로, 이 사건 소 중 피고 남대문세무서장을 제외한 나머지 피고들에 대한 부분은 부적법하다.

나. 판단

1) 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 본문은 ‘지방소득세 소득분의 계산방법’에 관하여 ‘소득세법과 법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다’고 규정하고 있었는데, 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서 제103조의19에서 ‘법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하게 되었다. 위 법 개정시 ‘법인세법 제13조에 따라 신고하거나 결정·경정된 과세표준’이라고 규정하지 않고, ‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’이라고 규정한 것을 고려하면, 그 문언의 의미는 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 의미, 즉 법인세법에 따라 계산한 독자적인 과세표준을 갖게 되는 것으로 해석함이 타당하다. 따라서 법인지방소득세는 법인세의 과세표준 계산방법을 전제로 하고 있기는 하나, 법인세법에 의하여 계산된 과세표준이 위법하다는 이유로 법인세의 취소를 구함과 동시에 그와 별도로 법인지방소득세의 위법을 다툴 수 있다고 할 것이다(대법원 2020. 1. 16. 선고 2016두35854, 35861, 35878, 35885, 35892, 35908 판결의 취지 등 참조).

2) 위 관련 규정 및 법리에 비추어 볼 때, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장의 법인세 과세표준에 대한 경정 결정이 없더라도 법인지방소득세의 과세표준이 되는 금액의 산정이 위법한 경우, 처분청을 달리할 뿐만 아니라 그 자체로 별개의 독립된 처분에 해당하는 법인지방소득세 감액경정 거부처분은 위법하여 취소되어야 하므로, 이에 대하여 별도의 항고소송을 제기할 소의 이익이 있다고 봄이 상당하다. 따라서 위 나머지 피고들의 본안 전 항변은 이유 없다.

3. 본안에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

이 사건 처분의 적법성은 피고들이 증명하여야 하나, 피고들은 아래와 같이 이 사건 처분의 적법성에 대한 증명을 다하지 못하고 있으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 비록 이 사건 단체의 이사들이 모두 원고의 직원이고, 이는 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제2호 가목에서 ‘지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우’에 일응 해당하기는 하나, 이 사건 단체의 이사들은 이 사건 단체의 목적 달성을 위해 독립적인 지위에서 의사결정을 할 뿐 원고의 지시를 받아 이 사건 단체의 의사결정을 하지는 않는바, 원고가 이 사건 단체의 이사들을 통하여 이 사건 단체의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 단체는 법인세법 및 부가가치세법상 원고의 특수관계인에 해당하지 않는다.

2) 이 사건 처분은 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 임대 내지 제공하는 거래를 하였음을 전제로 하나, 원고는 사용자로서의 의무 이행 일환으로 단지 직원들에게 휴게공간을 제공하였을 뿐이고, 이 사건 단체와 이 사건 장소에 관하여 임대차 내지 사용대차 등 어떠한 법률관계를 맺은 사실이 없다(나아가 피고들은, 원고가 이 사건 단체에 운영권 또는 사업권을 부여한 것이라는 취지로도 주장하나, 그러한 사실도 없다). 그리고 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 사용하도록 한 행위는 위와 같이 근로자에게 충분한 휴게공간과 작업 공간을 보장하는 사용자로서의 의무 이행의 일환으로 이루어진 것인바, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 인정된다.

3) 또한, 이 사건 수수료는 이 사건 위탁계약에 따른 조정 가능성이 존재하는 점, 이 사건 수수료는 이 사건 장소의 가치와 전혀 무관하게 결정된 점, 원고가 이 사건 장소를 제3자에게 임대하는 등으로 사용·수익하는 것이 사실상 불가능하였던 점 등을 고려하면, 이 사건 수수료는 이 사건 장소 임대료의 시가로 볼 수 없다.

나. 관계 법령

별지 4 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 적법 여부

1) 감액경정 거부처분 취소소송에 있어 증명책임에 관한 판단

가) 이 사건 소송에 있어 증명책임의 소재에 관하여 당사자들 사이에 다툼이 있으므로 이에 관하여 먼저 본다. 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 해당 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조). 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있으므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라고 할 것이고, 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 감액경정 거부처분 취소소송에서도 거부처분의 적법성에 관하여 원칙적으로 과세관청이 이를 증명하여야 한다고 봄이 상당하다.

나) 살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 스스로 수정신고·납부한 금액에 대하여 피고들에게 감액경정청구를 한 것이기는 하나, 위 수정신고·납부가 이루어진 경위는 조사청이 원고에 대한 세무조사를 하던 중 원고에게 세무조사 대상 기간이 아니었던 2014 및 2018 사업연도에 대한 법인세 등의 수정신고·납부를 권고하자 원고가 이에 따른 것에 불과하고, 이 사건 처분의 적법성에 관한 증명책임에 대하여 위 법리와 달리 볼만한 특별한 사정은 찾기 어렵다. 따라서 과세관청인 피고들이 이 사건 처분의 적법성에 관하여 증명하여야 한다고 봄이 타당하다.

2) 구 법인세법 제52조 및 구 부가가치세법 제12조 적용 여부에 관한 판단

가) 이 사건 단체가 원고의 특수관계인에 해당하는지 여부

(1) 관련 규정

(가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 따라 부당행위계산으로 부인되는 거래의 상대방인 특수관계인에 대하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항은 ‘법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다’고 규정하면서, 제3호에서 ‘법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인 등’을, 제4호에서 ‘해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 규정하고, 같은 조 제2항은 ‘제1항 제4호 및 제5호에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는지 여부는 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항에 따른다’고 규정하고 있다. 한편, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항은 부가가치세법상 특수관계인에 대하여 ‘소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호에 따른 자’라고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항은 ‘특수관계인이란 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다’고 규정하고 있다.

(나) 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제20호는 ‘특수관계인’이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다고 규정하면서, 나목에서 ‘임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계’를 들고 있다. 그 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조의2 제2항은 ‘법 제2조 제20호 나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다’고 규정하면서,제1호에서 ‘임원과 그 밖의 사용인’을 들고 있다.

(2) 구체적 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 일부 내용을 고치거나 추가하는 외에는, 제1심판결 해당 부분(제1심판결문 제6면 제16행부터 제8면 제6행까지) 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제6면 제16행, 제8면 제3행 각 “국세기본법 시행령”을 “구 국세기본법 시행령”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제7면 제8행 “어떠한 법인이”와 “거래상대방” 사이에 “그와 경제적 연관관계가 있는 자를 통하여”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제7면 제9행 “차지하는 경우” 다음에 “(즉, 어떠한 법인의 경제적 연관관계가 있는 임원과 그 밖의 사용인이 거래상대방인 비영리법인의 이사 과반수를 차지하는 경우)”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제7면 제21행 “차지 여부”를 “차지”로 고친다.

나) 구 법인세법 제52조 및 구 부가가치세법 제12조가 적용되는 거래·행위에 해당하는지 여부

(1) 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 제공하였는지 여부

(가) 관련 규정

구 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산의 유형에 대하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다’고 규정하면서, 가목에서 ‘제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우’를, 나목에서 ‘주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우’를 정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항은 ‘사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다’고 규정하고 있고, 제29조 제4항 제3호는 ‘특수관계인에 대한 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우로서 같은 법 제12조 제2항 단서가 적용되는 경우에는 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우 공급한 용역의 시가를 공급가액으로 본다‘고 규정하고 있다.

(나) 구체적 판단

원고는, 직원들에게 이 사건 장소를 휴게공간으로 제공하였을 뿐 이 사건 단체와 임대차 내지 사용대차 등의 법률관계를 맺은 적이 없으므로, 이 사건 단체와 구 법인세법 제52조 및 구 부가가치세법 제12조가 적용되는 거래를 하지 않았다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고가 직원들에게 이 사건 장소를 포함하여 자신의 사업장 중 일부 공간을 휴게공간 명목으로 사용하도록 제공한 점, ② 이 사건 단체의 구성원은 대부분 원고 소속 직원들로서 그 이사들 역시 모두 원고의 직원들로 구성되어 있는 점, ③ 이 사건 단체는 2014.경 이 사건 운영업체와 이 사건 위탁계약을 체결하였고 이 사건 운영업체는 이 사건 장소에서 매점, 자동판매기 등을 설치·운영하였는데, 이처럼 이 사건 단체가 원고 사업장의 일부인 이 사건 장소를 수년간 사용하였음에도 불구하고 원고는 그동안 이에 대하여 아무런 이의를 제기하지 않은 점 등에 비추어 보면, 원고는 직원들의 복지 증진 차원에서 이 사건 단체가 이 사건 장소를 사용하는 것을 묵시적으로 승낙하였고, 결국 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 제공하였다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 단체와 어떠한 거래도 하지 않았다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 이 사건 장소의 무상 제공 행위에 경제적 합리성 등이 존재하는지 여부

(가) 관련 법리

구 법인세법 제52조에 규정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래하면서, 정상적 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거한 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감한 경우, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당한 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정할 수 있는 경우에만 적용하는 것이다. 이때 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는, 비정상적인 것인지 따져 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

(나) 구체적 판단

살피건대, 위 인정사실에 더하여 앞서 든 증거들, 갑 제8, 9, 19, 20, 21,24, 30호증의 각 기재 내지 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 제공한 것은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래행위라거나 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 거래행위로서 구 법인세법 및 구 부가가치세법상 부당행위계산부인의 대상에 해당한다고 보기는 어렵다. ① 원고는 사업주로서 근로자의 신체적 피로와 정신적 스트레스 등을 줄일 수 있는 쾌적한 작업환경을 조성하는 등 근로자의 안전 및 건강을 유지·증진시키고 국가의 산업재해 예방정책을 따라야 할 의무를 부담하는데(산업안전보건법 제5조 제1항), 구체적으로 사업주는 근로자들이 신체적 피로와 정신적 스트레스를 해소할 수 있도록 휴식시간에 이용할 수 있는 휴게시설을 갖추어야 하고(산업안전보건기준에 관한 규칙 제79조 제1항), 지속적으로 서서 일하는 근로자가 작업 중 때때로 앉을 수 있는 기회가 있으면 해당 근로자가 이용할 수 있도록 의자를 갖추어 두어야 하는바(위 규칙 제80조), 원고는 이러한 사업주로서의 의무 이행 및 근로자들의 복지 향상 일환으로 자신의 사업장에 이 사건 장소를 포함한 휴게공간을 마련하여, 직원들이 휴식시 간에 자유롭게 사용할 수 있도록 그 휴게공간을 제공하였다. 해당 휴게공간은 직원들에 의하여 자체적으로 관리되어 온 것으로 보이며, 여기에 원고가 관여하였다고 볼만한 사정은 없다. ② 원고가 직원들에게 휴게공간으로 이 사건 장소를 제공한 이상 원고의 직원들이 이 사건 장소를 이용하는 방식은 직원들의 자율적인 의사결정에 따라 이루어질 문제일 뿐이다. 이에 원고의 직원들로 구성된 이 사건 단체가 직원들의 복지증진을 위하여 이 사건 위탁계약에 따라 이 사건 운영업체로 하여금 매점, 자동판매기등을 설치하여 시중 가격보다 저렴한 가격으로 물품을 판매하도록 하였고, 그 계약에 따라 이 사건 단체는 이 사건 운영업체로부터 일정 금액의 수수료를 지급받았다. 이러한 매점, 자동판매기 등 설치·운영으로 인하여 원고의 직원들은 저가로 음료수 등 물품을 구입할 수 있었고, 이 사건 단체는 이 사건 운영업체로부터 지급받은 수수료를 원고 직원들의 단체보험 가입, 자녀 대학교 학자금 지원, 의료비 지원, 경조금 지급 등의 명목으로 사용하고 있는바, 위 매점, 자동판매기 등 설치·운영은 원고 직원들의 복리후생에 상당한 도움이 되었을 것으로 보인다. 한편, 위와 같이 이 사건 단체가 위 수수료를 원고 직원들의 복리후생 목적으로 사용함에 따라 원고가 그 직원들에게 지급할 복리후생비가 일부 절감되는 효과가 발생할 여지도 있다. ③ 이 사건 단체가 위탁·운영하는 자동판매기는 대부분 원고가 운영하는 백화점 또는 마트의 지하 검품장, 화물 엘리베이터 홀 내지 별도의 직원들 휴게공간에 설치되어 있고, 매점은 직원 식당 내에 위치하고 있는바, 옥상정원 등에 설치된 일부 자동판매기를 제외하고는 원고의 직원들이 아닌 일반인들은 사실상 위 자동판매기나 매점을 이용할 수 없는 것으로 보인다. 그리고 위와 같이 대부분의 자동판매기가설치된 지하 검품장, 화물 엘리베이터 홀 내지 직원들 휴게공간의 경우 다른 목적(특히 백화점이나 마트의 매장 운영 목적)으로는 사용·수익하기 적절하지 않은 장소로 보이는바, 원고가 이러한 장소를 이 사건 단체에 제공하지 않고 제3자에게 임대함으로써 임료 상당의 이익이나 기타 소득을 얻을 수 있었을 것이라고 기대하기 어렵다(이에 대하여 피고들은, 원고가 직접 또는 운영업체 등을 통하여 이 사건 장소에 매점, 자동판매기 등을 설치·운영하지 않고 이 사건 단체가 수수료를 수취하도록 하는 것은 경제적으로 합리적이지 않다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고는 관련 법령상 의무 이행의 일환으로 이미 이 사건 장소를 원고의 직원들의 복지 향상을 위하여 제공한바, 원고의 직원들이 이 사건 장소를 해당 목적에 부합하게 사용하도록 하면 족하다고 할 것이고, 원고의 직원들은 이 사건 단체를 통하여 이 사건 장소를 스스로의 복리후생에 도움이 되는 방법으로 사용하고 있다고 보이는바, 원고가 이 사건 장소에 매점, 자동판매기 등을 설치·운영하지 않고 이 사건 단체로 하여금 수수료를 수취하도록 한다고 하더라도 그것이 정상적 경제인의 합리적인 방법이 아니라고 단정하기 어렵다. 따라서 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다).

3) 시가 산정의 적법성에 관한 판단

가) 관련 규정 및 법리

구 법인세법 제52조 제2항은 ‘부당행위계산부인을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(이하 ’시가‘라 한다)을 기준으로 한다’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은 ‘시가’를 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’이라고 정의하고 있고, 제2항에서는 ‘시가가 불분명한 경우 감정평가액 또는 상속세 및 증여세법에서 규정한 보충적 평가방법에 의한 가격을 시가로 한다’고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항 제1호에서는 ‘제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 유형 또는 무형의 자산(금전을 제외한다)을 제공하거나 제공받는 경우에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금 액을 시가로 한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법 제29조 제4항, 구 부가가치세법 시행령 제62조 등에 따르면, 거주자인 사업자가 특수관계인에게 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지아니하고 부동산을 임대 내지 제공한 경우 부가가치세법상 과세표준이 되는 부동산 임대용역의 시가는 거주자인 사업자가 특수관계인 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하여야 하고(구 부가가치세법 시행령 제62조 제1호), 그와 같은 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 감정평가액 등 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에서 정한 방법으로 계산한 금액에 의하여야 한다(같은 조 제3호). 그런데 ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있으나, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

살피건대, 위 관련 규정 및 법리에 비추어 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 수수료 상당액이 구 법인세법상 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가라거나 구 부가가치세법상 과세표준이 되는 부동산 임대용역의 시가에 해당한다고 보기 어렵다.

(1) 피고들은, 이 사건 단체가 이 사건 운영업체로부터 지급받은 이 사건 수수료 상당액은 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하는바, 해당 금액을 이 사건 장소의 임대료 시가로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 피고들의 주장과 같이 보기 위해서는 이 사건 수수료를 이 사건 장소의 임대에 따른 차임으로 볼 수 있어야 하는데, 이 사건 단체가 이 사건 운영업체와 체결한 계약은 자동판매기 등 설치·운영 위탁계약으로서, 해당 계약은 이 사건 단체가 이 사건 운영업체에 이 사건 장소에서의 자동판매기 등의 설치·운영을 위탁하고 그 수수료를 지급받는 내용일 뿐이고, 통상적인 임대차계약에서와 같이 임대차목적물, 기간, 차임 및 임대인의 임대차목적물 수선의무, 비용상환의무 등 임대차목적물의 사용·수익에 관한 계약당사자들의 제반의무에 대하여 구체적으로 정하고 있지 않다. 오히려 이 사건 위탁계약에 의하면, 이 사건 단체는 자동판매기의 설치 장소를 변경하거나 이를 철수하도록 할 수 있는 등(갑 제17호증의 2 내지 4 제2조 제2항) 그 목적물이 특정되었다고 볼 수 없고, ‘생과일쥬스 판매가격 인상에 따른 수수료 반영분은 2월분부터 적용한다’, ‘카페 추가 설치시 수수료는 추가 산정한다’고 정하는 등(갑 제17호증의 1 기타사항 제1, 2항) 이 사건 수수료는 이 사건 운영업체에 위탁된 용역의 내용에 따라 유동적으로 변경되는 것으로 보인다. 이러한 사정에 더하여 부동산 임대차계약의 경우 임대차목적물이 특정되고, 차임은 기본적으로 그 목적물 자체의 가치로 정해지는 것이 일반적이고, 임대인의 사정이나 임차인의 사용 방식에 따라 그 목적물과 차임이 수시로 달라지는 것은 통상적인 부동산 임대차의 거래 관행에 부합한다고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 이 사건 수수료를 이 사건 장소의 임대에 따른 차임에 해당한다고 보기 어렵고, 결국 이 사건 수수료 상당액을 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격으로서 이 사건 장소의 임대료에 대한 시가라고 볼 수 없다(이에 대하여 피고들은, 이 사건 위탁계약 중 일부에 ‘임대료’라는 표현이 존재하므로 이 사건 수수료를 이 사건 장소의 임대료 시가로 보아야 한다는 취지로도 주장하나, 그러한 표현이 기재되어 있다는 사정만으로 이 사건 위탁계약이나 이 사건 수수료의 성격이 앞서 본 바와 달리 통상적인 임대차계약이나 차임에 해당하게 된다고 볼 수 없다).

(2) 앞서 본 바와 같이 이 사건 단체는 원고 직원들의 복지 증진을 위하여 매점, 자동판매기 등에서 판매되는 물품을 시중 가격보다 저렴하게 판매하도록 하였고, 이 사건 단체는 이 사건 운영업체로부터 지급받은 이 사건 수수료를 원고 직원들의 복리후생 명목으로 지출하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이 사건 단체는 이 사건 장소의 객관적인 가치보다는 원고 직원들의 복지 향상을 염두에 두고 이 사건 수수료를 책정한 것으로 보이는 점, 이 사건 장소는 원고의 사업장 내 지하 검품장, 화물 엘리베이터 홀 등 일반인의 접근이 어려운 곳에 위치해있어 원고가 이 사건 장소를 제3자에게 임대하여 사용·수익하도록 하는 것은 사실상 불가능한 점 등을 고려하면, 이 사건 수수료를 곧바로 이 사건 장소의 임대료 시가라고 단정할 수 없다.

(3) 그리고 운영권 또는 사업권 부여가 이루어질 경우, 그 권리를 부여받은 자가 권리를 부여한 자에게 주는 대가는 사업을 운영함에 따라 얻는 수익 전부가 아니라 자신의 이익을 제외한 나머지와 같이 그 수익 중 일부로 한정되는 것이 통상적일 것이다. 따라서 피고들의 주장대로 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소 관련 운영권 내지 사업권을 부여한 것이라고 보더라도, 이 사건 수수료 상당액 전부를 위 운영권·사업권부여에 따른 적정한 대가의 시가라고 보는 것은 합리적이지 않다.

(4) 달리 이 사건 수수료 상당액이 구 법인세법 시행령 제89조에서 정하고 있는 보충적 시가 산정방법에 따라 산정된 가액에 해당한다거나 그 외에 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액에 해당한다고 볼만한 아무런 증거가 없다.

라. 소결론

이상과 같이 원고와 이 사건 단체는 구 법인세법 및 구 부가가치세법상 특수관계가 존재한다고 할 것이나, 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 제공한 행위를 경제적 합리성 없이 조세부담을 부당하게 감소시킨 행위라고 볼 수 없고, 나아가 설령 원고의 위 행위가 부당행위에 해당한다고 하더라도 이 사건 수수료 상당액을 이 사건 장소의 임대료 시가라고 보기도 어려운바, 이와 다른 전제에 선 피고들의 이 사건 처분은 어느 모로 보나 위법하므로 취소되어야 한다(한편 피고 ***세무서장을 제외한 나머지 피고들은, 납세지 관할 세무서장에 의하여 경정되기 전까지는 법인지방소득세 경정거부처분이 위법하다고 볼 수 없다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 납세지 관할 세무서장의 법인세 과세표준에 대한 경정 결정이 없더라도 법인지방소득세의 과세표준이 되는 금액의 산정이 위법한 경우 법인지방소득세 경정거부처분은 그 자체로 위법하여 취소되어야 하는바, 위 피고들의 주장은 이유 없다).

4. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고들의 항소를 모두 기각한다.