대법원 2007. 1. 12. 선고 2006두9566 판결 [공사가 토지를 취득하여 건축한 아파트가 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당하는 지 여부]

상고이유에 대하여 본다.

1. 원심은, 그 채용증거들에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 주택건설촉진법 시행령(2003. 11. 29. 대통령령 제18146호 주택법 시행령으로 전문개정되기 전의 것) 제5조 제6항은 정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관은 국가기관에 준하여 주택건설사업계획을 작성하여 매년 12월 말까지 건설교통부장관에게 제출하여야 한다고 규정하고 있는바, 이는 건설교통부가 수립하는 주택건설종합계획 중 공공부문에서 건설하는 주택에 관한 계획을 구체적으로 확정하기 위한 목적에서 요구되는 것이라 할 것인데, 정부투자기관인 원고는 위 규정에 따라 1996. 12. 14. 이 사건 서울 00지구의 아파트 건설계획을 포함한 주택건설사업계획을 작성하여 건설교통부장관에게 제출하였고, 건설교통부장관은 그 내용을 반영하여 1997년도 주택건설종합계획을 수립ㆍ확정하여 1997. 3. 6. 원고에게 통보함으로써 원고에 의한 서울 00경지구의 아파트 건설계획은 건설교통부장관에 의하여 수립된 국가계획인 주택건설종합계획의 일부로 편입되었다고 할 것이며, 실제 건축된 아파트의 규모나 호수가 당초 수립된 주택건설종합계획의 내용과 다소 다르게 변경되었다고 하더라도 이는 주택건설종합계획의 구체적 실행 과정에서 발생되는 통상적인 변경에 불과하여 이로 인하여 국가계획인 주택건설종합계획에 따른 사업으로서의 성격이 상실되는 것은 아니라는 이유로, 원고가 이 사건 서울 휘경지구의 주택건설사업계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 위 지구 내의 지상 건물인 아파트에 대하여는 구 지방세법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 개정되기 전의 것) 제289조 제1항에 의하여 취득세 및 등록세가 면제된다고 판단하였다.

관련규정의 내용 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정 및 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구 지방세법 제289조 제1항의 해석적용에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소한 피고가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2006. 5. 12. 선고 2005누5408 판결】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 제1항을 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

"1. 과세처분의 경위

가. 원고는 1997. 11. 20. 총무처장관으로부터 서울 동대문구 00동 49-309 외 2필지 국립건설시험소 부지 82,663㎡(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 이 사건 부지의 취득과 관련하여, 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것) 제278조(비축ㆍ공급용 토지에 대한 감면)에 의하여 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산임을 이유로 피고에게 취득세, 등록세 면제신청을 하여 취득세와 등록세를 면제받았다.

다. 그 후 원고는 이 사건 부지 위에 공공임대주택 400호(60㎡ 이하), 공공분양주택 1,624호(60㎡ 이하 소형주택 400호, 60㎡ 초과 주택 1,224호)를 신축한 후 소유권보존등기를 하면서, 2001. 12. 11. 피고에게 공공임대주택에 대하여는 지방세법 제269조 제1항(소규모 임대주택 등에 대한 감면)에 의하여, 공공분양주택에 대하여는 구 지방세법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제289조 제1항에 의하여 지방세 면제신청을 하여 2001. 12. 12. 취득세, 등록세의 면제확인을 받았다.

라. 그런데, 서울특별시장이 2003. 6. 9. 원고에 대하여 실시한 세무조사 결과 원고의 이 사건 부지 및 그 지상 아파트의 취득이 원고의 자체사업계획에 따른 것이므로 지방세법 제269조 제2항에 의하여 면제되는 부동산을 제외한 나머지 부동산의 취득에 대하여는 취득세, 등록세 면제대상에 해당되지 않는다고 지적하자, 피고는 2003. 10. 8. 그 취득가액을 과세표준으로 하여「지방세법」제112조제1항의 취득세 세율과 제131조 제1항의 등록세 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,157,815,650원, 등록세 3,394,469,260원, 지방교육세 622,319,350원을, 2004. 1. 12. 위 취득세에 대한 가산세 631,563,130원을 각 부과하는 처분을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2004. 1. 5. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였고, 행정자치부장관은 2004. 4. 26. 이 사건 부지 중 지방세법 제269조 제2항에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 부분을 제외한 나머지 부지의 취득 및 등기에 대한 취득세, 등록세, 지방교육세의 부과처분은 제척기간이 도과하여 위법하고 그 지상 아파트에 대한 부과처분은 적법하다는 이유로 취득세를 1,423,271,020원, 등록세를 831,581,420원(이 사건 아파트 부분에 해당하는 등록세가 832,581,420원인 점에서 832,581,420원의 오기로 보인다.), 지방교육세를 152,639,920원으로 각 경정하는 내용의 결정을 하였으며, 이에 따라 피고는 2004. 5.경 2003. 10. 8.자 부가처분 중 취득세를 1,423,271,020원으로, 등록세를 832,581,420원으로, 지방교육세를 152,639,920원으로, 2004. 1. 12.자 취득세에 대한 가산세를 284,708,660원으로 각 감액 경정하고, 이를 2004. 11. 4.(제1심 제1차 변론준비기일)에 원고에게 통지하였다(이하 감액경정된 취득세, 등록세, 지방교육세 및 취득세에 대한 가산세 부과처분을 ‘이 사건 과세처분’이라고 한다).

갑4, 갑5의 1, 2, 3, 갑6의 1 내지 4, 갑9의 1, 2, 갑10의 1 내지 4, 을1, 을2, 3의 각 1, 2, 을4, 을21의 1 내지 7의 각 기재, 변론 전체의 취지"

2. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여(피고가 2003. 10. 8. 원고에 대하여 한 취득세 1,076,416,550원, 등록세 832,581,420원, 지방교육세 152,639,920원의 각 부과처분 및 2004. 1. 12. 원고에 대하여 한 취득세에 대한 가산세 631,563,130원의 부과처분 취소를 구하는 원고의 구소는 당심에서의 교환적 변경으로 취하되어 이에 대한 제1심 판결은 실효되었다), 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2005. 2. 1. 선고 2004구합24769 판결】

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 서울 동대문구 00동 49-309 외 2필지 국립건설시험소 부지 82,663㎡(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)를 총무처장관으로부터 1993.과 1999. 사이에 걸쳐 매입하여 1997. 11. 20. 잔금지급을 함으로써 이 사건 부지를 취득하였다.

나. 원고는 이 사건 부지에 관하여 소유권이전등기를 함에 있어 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것) 제278조(비축ㆍ공급용 토지에 대한 감면) 제1항의 규정에 따라 취득세와 등록세를 면제받기 위하여 피고에게 지방세면제신청을 하여 취득세와 등록세를 면제받았다.

그 후 원고는 2001. 11. 15. 이 사건 부지 위에 공공임대주택 400호, 공공분양주택 1,624호(60㎡ 이하 소형주택 400호, 60㎡ 초과 주택 1,224호)를 신축한 후 소유권보존등기를 함에 있어서 피고에게 공공임대주택에 대하여는 지방세법 제269조 제2항(소규모 임대주택 등에 대한 감면)에 의하여, 공공분양주택에 대하여는 구 지방세법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제289조 제1항에 의하여 지방세면제신청을 하여 2001. 12. 12. 취득세, 등록세의 면제확인을 받았다.

다. 그런데, 서울특별시장이 2003. 6. 9. 원고에 대하여 실시한 세무조사 결과 원고의 이 사건 부지 및 그 지상 아파트의 취득이 원고의 자체사업계획에 따른 것이므로 지방세법 제269조 제2항에 의하여 면제되는 부동산을 제외한 나머지 부동산의 취득에 대하여는 취득세, 등록세 면제대상에 해당되지 않는다고 지적하자 피고는 2003. 10. 8. 그 취득가액을 과세표준으로 하여「지방세법」제112조제1항의 취득세 세율과 제131조 제1항의 등록세 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,157,815,650원, 등록세 3,394,469,260원, 지방교육세 622,319,350원을 부과하는 처분을 하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2004. 1. 5. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였고, 행정자치부장관은 2004. 4. 26. 이 사건 부지 중 지방세법 제269조 제2항에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 부분을 제외한 나머지 부지의 취득 및 등기에 대한 취득세, 등록세, 지방교육세의 부과처분은 제척기간이 도과하여 위법하고 그 지상 아파트에 대한 부과처분은 적법하다는 이유로 취득세를 1,423,271,020원으로, 등록세를 831,581,420원으로, 지방교육세를 152,639,920원으로 경정하는 내용의 결정을 하였으며, 한편 피고는 2004. 1. 12. 위 취득세에 대한 가산세 631,563,130원을 부과하는 처분을 하였다(이하 경정된 위 취득세, 등록세, 지방교육세 및 취득세에 대한 가산세부과처분을 이 사건 과세처분이라 한다).

[인정근거] 갑 제4호증, 제5호증의 2, 제6호증의 1 내지 4, 제9호증의 1,2, 제10호증의 1,2,3, 을 제1호증, 제2호증의 1,2, 제3호증의 1,2, 제4호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 관련 법령

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것)

제278조 (비축·공급용 토지에 대한 감면)

① 한국토지공사법에 의하여 설립된 한국토지공사와 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업을 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 종합토지세의 100분의 50을 경감한다.

구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것)

제260조의2 (납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 경주·마권세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

구 지방세법(2003. 12. 31. 법률 제7052호로 개정되기 전의 것)

제289조 (공공사업용 토지 등에 대한 감면)

① 한국토지공사법에 의하여 설립된 한국토지공사와 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 종합토지세의 100분의 25를 경감한다.

지방세법

제269조 (소규모 임대주택 등에 대한 감면)

① 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사(이하 이 조에서 "대한주택공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택(이하 이 조에서 "소규모주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다.

② 대한주택공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

③ 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다.

지방세법시행령

제225조 (공급목적사업의 범위) 법 제289조 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다.

2. 대한주택공사법 제3조제1항 제1호·제3호·제5호·제6호 및 제8호의 규정에 의한 사업

대한주택공사법(2002. 2. 4. 법률 제6655호, 제6656호로 개정되기 전의 것)

제1조 (목적) 이 법은 대한주택공사를 설립하여 주택을 건설·공급 및 관리하고 불량주택을 개량하여 국민생활의 안정과 공공복리의 증진에 이바지하게 함을 목적으로 한다

제3조 (업무)

① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 업무를 행한다.

1. 주택의 건설·개량(설계 및 감리를 포함한다. 이하 제2호 및 제3호에서 같다)·공급·임대 및 관리

2. 주택 및 공용 또는 공공용건축물의 건설·개량·공급 및 관리의 수탁

3. 집단적으로 주택을 건설·개량·공급 또는 관리하는 경우에 있어서 필요한 복리시설의 건설·공급 및 관리

4. 대지의 조성 및 공급

5. 도시의 조성·정비(설계 및 감리를 포함한다) 또는 이에 필요한 대지의 조성등 도시계획사업의 시행

6. 주택건설자재의 생산 및 공급

7. 다른 법률의 규정에 의하여 공사가 시행할 수 있는 사업

8. 국가·지방자치단체로부터 위탁받은 제3호 내지 제7호의 업무

9. 제1호 내지 제8호의 업무에 부대되는 업무

제9조 (공사의 국가 또는 지방자치단체 의제등)

① 공사가 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 그 업무로 행하는 경우에 토지수용법 제3조제5호, 동법 제9조제1항 및 동법 제35조제1항 제1호와 부동산등기법 제35조 및 동법 제36조를 적용함에 있어서는 공사를 국가 또는 지방자치단체로, 공사사장을 주무부장관으로 본다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택건설사업(부대사업을 포함한다) 및 대지조성사업

2. 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업

3. 도시계획법에 의한 도시계획사업

4. 도시재개발법에 의한 도시재개발사업

5. 토지구획정리사업법에 의한 토지구획정리사업

주택건설촉진법(2003. 5. 29. 법률 제6916호 주택법으로 전면 개정되기 전의 것)

제4조 (주택건설종합계획등)

① 건설교통부장관은 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각호의 사항에 관한 주택건설종합계획(장단기계획)을 수립·실시하여야 한다.

1. 주택에 관한 기본정책

2. 주택건설

3. 택지수급

4. 주택자금의 조달 및 운용

5. 기타 필요한 사항

② 제1항의 규정에 의한 주택건설종합계획에는 국민주택의 건설이 최우선적으로 고려되어야 한다.

③ 주택건설종합계획의 수립 기타 중요사항을 심의하게 하기 위하여 주택정책심의위원회를 둔다.

④ 제3항의 규정에 의한 주택정책심의위원회의 위원장은 건설교통부장관이 되고 위원은 위원장을 포함하여 20인 이내로 한다.

⑤ 주택정책심의위원회의 구성 및 운영 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 국민주택사업주체는 주택건설종합계획이 정하는 바에 따라 주택건설사업 또는 대지조성사업을 시행하여야 한다.

⑦ 건설교통부장관은 주택건설종합계획을 효율적으로 수립ㆍ시행하기 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 주택에 관하여 필요한 조사를 할 수 있다.

주택건설촉진법시행령(2003. 11. 29. 대통령령 제18146호 주택법 시행령으로 전문 개정되기 전의 것)

제5조 (주택건설종합계획)

① 특별시장·광역시장 및 도지사(이하 "도지사"라 한다)는 다음 연도의 주택건설계획서를 작성하여 매년도 11월말까지 건설교통부장관에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 다음 연도 주택건설계획서에는 다음 각호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 주택 및 택지현황

2. 다음 연도의 주택건설계획

3. 다음 연도의 택지수급계획(아파트지구 택지수급에 관한 계획을 포함한다)

4. 주택자금조달계획 및 투자계획

5. 주택자재 수급계획

6. 주택개량에 관한 계획

7. 기타 건설교통부령으로 정하는 사항

③ 건설교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 도지사로부터 다음 연도의 주택건설계획서를 제출받은 때에는 이를 총괄 조정한 후 당해연도 2월말까지 주택건설종합계획을 수립하여야 한다.

⑥ 국가기관(정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관을 포함한다)이 주택을 건설하고자 하거나, 그 소속직원을 위하여 주택을 건설·공급하고자 하는 때에는 건설교통부령으로 정하는 바에 의하여 주택건설사업계획을 작성하여 매년 12월말까지 건설교통부장관에게 제출하여야 한다.

⑦ 건설교통부장관은 5년 이상에 걸친 주택건설종합계획을 수립하기 위하여 필요하다고 인정할 때에는 도지사로 하여금 제2항 각 호의 사항을 포함한 주택건설장기계획을 작성하여 제출하게 할 수 있다.

나. 인정사실

(1) 원고는 1996. 11. 6. 건설교통부장관으로부터 주택건설촉진법 시행령 제5조 제6항의 규정에 의한 원고의 1997년도 주택건설사업계획을 첨부된 작성지침에 따라 작성하여 1996. 11. 25.까지 제출하라는 요구를 받고, 1996. 12. 14. 서울 00지구의 공공임대주택 1,000호, 공공분양주택 1,000호를 포함한 공공임대주택 15,000호, 공공분양주택 30,000호, 근로자주택 15,000호 등 총 60,000호의 주택건설사업계획과 주택자재 및 인력수급계획 등이 담긴 1997년도 주택건설계획서를 작성하여 제출하였다.

(2) 건설교통부장관은 1997. 3. 6. 주택건설촉진법 제4조 및 같은 법 시행령 제5조의 규정에 의하여 원고의 1997년도 주택건설사업계획을 포함하여 수립된 1997년도 주택건설종합계획을 확정하여 원고 등에게 통보하면서 주택건설관련 업무추진시 위 계획을 반영할 것과 위 계획에 따른 세부추진계획을 각 시ㆍ도 및 기관별로 시행할 것을 지시하였다.

위 계획에 의하면 사업주체별로는 공공부문이 지방자치단체에서 시행하여 공급하는 물량이 13,273호, 원고가 공급하는 물량이 60,000호, 정부가 발주하여 민간주택건설업체가 공급하는 물량이 126,727호 등 총 200,000호, 민간부문이 대략 350,000호 등 대략 550,000호를 공급하는 것으로 되어 있으며, 공공부문에서는 전량을 전용면적 60㎡ 이하의 소형주택으로 건설하도록 되어 있다.

한편, 원고는 1997. 12. 24. 서울특별시장으로부터 00지구에 대한 주택건설사업계획(공공임대 800호, 공공분양 1,224호)을 승인받았다.

[인정근거] 갑 제11호증의 1,2,3, 제14호증의 1,2,3, 제15호증의 1,2,3, 제16호증의 1,2의 각 기재, 변론전체의 취지

라. 판단

행정계획은 행정에 관한 전문적·기술적 판단을 기초로 하여 도시의 건설·정비·개량 등과 같은 특정한 행정목표를 달성하기 위하여 서로 관련되는 행정수단을 종합·조정함으로써 장래의 일정한 시점에 있어서 일정한 질서를 실현하기 위한 활동기준으로 설정된 것을 말하는 바(대법원 1996. 11. 22. 선고 96누8567 판결 참조), 건설교통부장관이 수립하였던 1997년도 주택건설계획은 주택건설촉진법 제4조와 그 시행령 제5조의 규정에 따라 수립된 행정계획으로서 ‘국가의 계획’에 해당한다 할 것이다(주택건설촉진법 제4조 제3,4,5항은 행정계획 수립 전의 사전적인 행정절차로서 주택정책심의위원회에 의한 심의절차까지 마련하고 있다).

주택건설촉진법 시행령 제5조 제6항에 의하면 정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관은 국가기관에 준하여 취급되어 주택건설사업계획을 작성하여 매년 12월 말까지 건설교통부장관에게 제출하여야 하는 것으로 규정되어 있는 바(그 이외에 같은 조 제1,2항에 의하여 시ㆍ도지사 역시 주택건설계획서를 작성하여 매년 11월 말까지 건설교통부장관에게 제출하여야 하는 것으로 되어 있다), 이는 건설교통부가 수립하는 주택건설계획 중 공공부문에서 건설하는 주택에 관한 계획을 구체적으로 확정하기 위한 목적에서 요구되는 것이라 할 것이다. 이에 따라 위 인정사실과 같이 정부투자기관의 하나인 원고는 1996. 12. 14. 건설교통부장관에게 이 사건 서울 00지구의 건설계획을 포함한 주택건설사업계획을 작성하여 제출하였고, 이를 수용하여 건설교통부장관은 1997년도 주택건설계획을 수립ㆍ확정하여 1997. 3. 6. 원고에게 통보함으로써 원고에 의한 서울 00지구의 주택건설사업계획은 건설교통부장관에 의하여 수립된 국가계획인 주택건설계획의 일부로 되었다고 해석된다.

또한 위에서 본 바와 같이 원고에 의하여 실제로 건설된 이 사건 서울 00지구의 아파트의 호수나 규모가 건설교통부장관에 의하여 수립되었던 당초 주택건설계획에 포함되어 있던 내용과 다소 다르더라도 당초 수립되었던 주택건설계획의 취지와 내용을 본질적으로 벗어나지 아니하는 한 이는 주택건설계획의 구체적 실행 과정에서 발생되는 통상적인 변경으로서 그러한 사실로 인하여 국가계획인 주택건설계획에 따른 사업으로서의 성격을 상실하는 것은 아니라 할 것이다.

따라서 원고가 이 사건 서울 00지구의 주택건설사업계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 위 지구 내의 지상 건물인 아파트에 대하여는 구 지방세법 제289조 제1항에 의하여 취득세 및 등록세가 면제된다 할 것이고, 결국 이 사건 과세처분은 취득세 및 등록세가 면제되는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세 등을 부과하는 처분을 한 것으로서 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분이 위법함을 전제로 한 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【행정안전부 행심2004-0038, 2004. 4. 26.】

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1997.12.4. 서울특별시 ○○○구 ○○동 XX-39번지외 2필지 대지 82,633㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득하고 그 지상에 주택건설사업계획을 승인을 받아 2001.11.15. 아파트 2,024세대(연면적 293,106.37㎡, 이하 "이 사건 건축물"이라 함)를 신축 취득한데 대하여 이 사건 토지 및 건축물 중 1,624세대(토지 54,293㎡, 건축물 152,967㎡, 이하 "쟁점 아파트"라 한다)는 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 취득한 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2003.6.9. 세무조사 결과 쟁점 아파트는 청구인의 자체사업계획으로 신축 취득한 것으로 보아 그 취득가액(157,890,782,979원)을 과세표준으로 구 지방세법(2003.12.31. 법률 7052호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,157,815,650원, 등록세 3,394,469,260원, 지방교육세 622,319,350원, 합계 7,174,604,260원을 2003.10.8. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 지방세법 제289조 제1항 및 같은법시행령 제225조 제2호에서 대한주택공사법에 의하여 설립된 청구인이 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 구 대한주택공사법(2002.2.4. 법률 제6655호로 개정된 것, 이하 같다) 제3조 제1호ㆍ제3호ㆍ제5호ㆍ제6호 및 제8호의 규정에 의한 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 쟁점 아파트는 주택건설촉진법 제4조 규정에 의한 건설교통부의 주택건설종합계획과 정부투자기관관리법 제5조 및 대한주택공사법 제3조 제1호 규정에 의한 업무(주택의 건설ㆍ공급 및 관리업무)에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당되어 취득세 등의 면제대상이라 할 것인데도 처분청은 막연히 쟁점 아파트가 국가계획이 아닌 청구인 자체사업계획으로 취득하였다고 보아 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대한주택공사가 토지를 취득하여 건축한 아파트가 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당하는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제269조 제1항에서 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사(이하 이 조에서 "대한주택공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택(이하 이 조에서 "소규모주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 제2항에서 대한주택공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 제3항에서 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제223조 제1항에서 법 제269조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소규모 주택용 부동산"이라 함은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 법 제269조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 시간"이라 함은 소규모의 주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종 취득일 이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다고 규정하고 있고, 같은법 제289조 제1항에서 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제225조 본문 및 제2호에서 법 제289조 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업"이라 함은 구 대한주택공사법 제3조 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제5호ㆍ제6호 및 제8호의 규정에 의한 사업을 말한다고 규정하고 있고, 구 대한주택공사법 제3조 제1항 본문 및 제1호ㆍ제3호ㆍ제5호ㆍ제6호ㆍ제8호에서 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 주택의 건설ㆍ개량(설계 및 감리를 포함한다. 이하 제2호 및 제3호에서 같다)ㆍ공급ㆍ임대 및 관리, 집단적으로 주택을 건설ㆍ개량ㆍ공급 또는 관리하는 경우에 있어서 필요한 복리시설의 건설ㆍ공급 및 관리, 도시의 조성ㆍ정비(설계 및 감리를 포함한다) 또는 이에 필요한 대지의 조성 등 도시계획사업의 시행, 주택건설자재의 생산 및 공급, 국가ㆍ지방자치단체로부터 위탁받은 제3호 내지 제7호의 업무를 행한다고 규정하고 있으며, 구 주택건설촉진법(2000.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것, 이하 같다) 제9조 제1항 본문 및 제1호 내지 제4호에서 공사가 주택건설촉진법에 의한 주택건설사업(부대사업을 포함한다) 및 대지조성사업, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 도시계획사업, 도시재개발법에 의한 재개발사업을 그 업무로 행하는 경우에 토지수용법 제3조 제5호, 동법 제9조 제1항 및 동법 제35조 제1항 제1호와 부동산등기법 제35조 및 동법 제36조를 적용함에 있어서는 공사를 국가 또는 지방자치단체로, 공사사장을 주무부장관으로 본다고 규정하고 있고, 정부투자기관관리기본법 제5조에서 투자기관의 사장은 다음 연도의 경영목표를 설정하여 10.31.까지 기획예산처장관 및 주무부장관에세 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

한편, 구「지방세법」제30조의 4 제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간(납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년간) 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 하면서 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제14조의 2 제1항 본문에서 법 제30조의 4 제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다고 규정하고 있으며, 그 제1호에서 법령에서 신고 납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날, 제2호에서 제1호의 규정에 의한 지방세외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무 성립일이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 주택건설ㆍ공급 및 관리와 불량주택 개량을 목적으로 정부에서 자본금 전액을 출자하여 설립한 정부투자기관으로서 1993.11.26. 당시 총무처장관 최종잔금 지급일을 1997.9.30.로 하여 이 사건 토지에 대한 연부계약을 체결하였고, 1996.8.31.에 정부투자관리기본법 제5조의 규정에 의하여 총 60,000호의 공동주택(공공임대 15,000호, 공공분양 30,000호, 근로자주택 15,000호)을 건설하는 내용의 1997년도 경영목표(안)을 건설교통부장관에게 제출하였으며, 1996.10.26. 재정경제원장관으로부터 같은 내용의 1997년도 경영목표를 확정 통보받았고, 1996.11.6. 건설교통부장관으로부터 1997년도 주택건설계획서를 작성하여 제출하라는 요구를 받아 1996.12.14. 총 주택건설사업량 60,000호에 서울 △△지구(공공임대 1,000호, 공공분양 1,000호) 사업량을 포함한 1997년도 주택건설계획서를 제출하였으며, 1997.3.6. 건설교통부장관은 청구인의 1997년도 주택건설계획을 포함하여 작성한 정부의 1997주택건설종합계획을 확정ㆍ통보하였고, 1997.11.20. 청구인은 이 사건 토지를 취득한 다음 1997.12.4. 소유권이전등기를 하였으며, 1997.12.24. 청구인은 서울특별시장으로부터 △△지구에 대한 주택건설사업계획(공공임대 800호, 공공분양 1,224호)을 승인받았고, 1998.6.29. 착공신고를 한 다음 2001.11.15. 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받아 취득한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 쟁점 아파트는 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당되므로 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제289조 제1항에서 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 동 규정의 제목이 "공공사업용 토지 등에 대한 감면"으로 정하여진 것과 대한주택공사가 국가 등의 계획에 따라 일시 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 취지는 사실상 국가 등이 공공사업으로 시행하여야 할 사항을 대한주택공사 등으로 하여금 대행하도록 한 경우 당해 사업용 부동산에 대하여 취득세 등을 면제함으로써 당해 공공사업을 지원하고자 하는 데 그 입법목적이 있다고 보는 것이 타당하다 할 것으로서, 청구인의 경우 정부투자기관관리기본법 제5조 규정에 의하여 경영목표로서 매년 공급할 주택물량 등을 건설교통부장관 등에게 제출하고 있으나, 건설교통부장관은 이러한 주택공사 등의 건설물량 뿐만 아니라 민간 주택공급자의 물량도 감안하여 정부에서 추진하여야 할 중장기 주택정책방향으로서의 주택건설종합계획을 수립하고 있으므로, 이러한 주택건설종합계획을 특정 사업분야에 대한 특별하고 구체적인 계획으로 보기는 어려울 뿐만 아니라, 동 계획상 주택공급량에 민간 주택공급자의 물량도 포함된 이상 청구인이 경영목표로서 설정한 주택공급 계획상 물량이 주택건설종합계획에 반영되어 있다 하더라도 당해 경영목표로서 설정한 주택공급사업에 따라 취득하는 부동산이 국가 등의 계획에 의하여 일시 취득하는 부동산이라고 인정하기도 어렵다 하겠고, 청구인의 주장을 인정한다면 사실상 대한주택공사의 모든 사업용 부동산이 과세면제대상에 해당하는 결과를 초래하여 특별히 국가 등의 계획에 따라 일시 취득하는 부동산에 한정하여 면제하고자 한 취지에 비추어 그 면제대상이 지나치게 확대되어 입법목적에 어긋나는 결과를 초래하게 된다고 보아야 할 것이며, 일반 주택공급사업자와의 과세형평에도 어긋난다 하겠으므로, "국가 또는 지방자치단쳬의 계획"의 범위에는 건설교통부장관 또는 지방자치단체장이 지정 고시한 택지개발사업계획, 주거환경개선사업계획 등 구체적인 사업지역이나 시행방법 등을 정한 사업계획만 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 쟁점 아파트가 국가 등의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

다만, 이 사건 아파트의 토지 부분에 대한 취득세 등은 부과제척기간을 계산함에 있어 처분청은 전체 토지를 구 지방세법 제269조에 의한 "소규모 주택(전용면적 60㎡이하)용" 토지로 보아 동 규정에서 유예기간을 4년으로 규정하고 있으므로 4년이 경과된 시점을 추징할 수 있는 날로 보고 이 사건 건축물의 사용승인일인 2001.11.15.부터 5년간 제척기간을 계산하여야 한다고 보았으나 이 사건 토지의 경우 주택건설사업계획승인(소규모주택 일부가 포함된 계획)을 받아 착공한 날인 1998.6.29. 현재 전체 토지 중 일부는 소규모주택용 토지로, 일부는 소규모주택이 아닌 주택의 건설용 토지로 명확하게 구분되어 있으므로 이 사건 추징대상이 된 쟁점 아파트의 부속토지에 대한 부과제척기간의 기산일은 이 사건 토지에 대한 주택건설사업계획승인을 받아 착공한 날인 1998.6.29.부터 30일이 경과한 1998.7.29.부터 기산함이 마땅하나 할 것임에도 처분청은 이 사건 토지 취득일부터 4년이나 경과한 이 사건 건축물의 사용승인일인 2001.11.15.부터 기산하여야 한다는 이유로 부과제척기간(5년)이 경과한 2003.10.8.에 취득세와 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장인 이유가 없다고 하겠으나 처분청은 부과제척기간 기산일 적용에 있어서 일부 잘못이 있다 하겠으므로「지방세법」제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.