울산지방법원 2015. 1. 8. 선고 2013구합80 판결 [농어촌특별세 부과처분 취소]

피고가 2012. 2. 17. 원고에게 한 농어촌특별세 590,974,870원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. B중공업 주식회사, 주식회사 B미포조선(이하 ‘B중공업 등’이라 한다)은 2006. 10. 31. D지방해양수산청장으로부터 비관리청 항만공사 시행허가를 받고, 2007. 6. 20. 비관리청 항만공사 실시계획승인을 받은 후 공유수면매립을 통한 D항 E부두 축조공사에 착수하였다.

나. B중공업 등은 E부두 중 선박이 접안하는 안벽(이하 ‘이 사건 안벽’이라 한다)을 케이슨식으로 시공하였는데, 해저지층에 콘크리트 말뚝을 박는 기초공사, 그 위에 기초 사석을 쌓는 공사, 기초 사석 위에 케이슨(밑이 막혀있는 박스형의 격벽구조로 되어있는 콘크리트 구조물)을 설치하는 공사, 케이슨 공간에 슬래그와 모래를 채우는 공사, 케이슨 상부에 상치 콘크리트 거치 및 타설하는 공사의 순서로 진행되었다.

다. B중공업 등은 2009. 11. 16. E부두 축조공사에 대한 준공확인증명서를 발급받았는데, 전체 공유수면매립지(이하 ‘이 사건 공유수면매립지’라 한다)의 면적은 45,020㎡이고, 그 중 이 사건 안벽 부분의 면적이 4,320㎡, 배후부지로 조성된 부분 면적이 40,700㎡이다.

라. 원고는 2010. 7. 1. B중공업 등으로부터 이 사건 공유수면매립지를 대금 57,689,955,000원(= 배후부지가액 13,573,530,000원 + 안벽가액 44,116,425,000원)에 취득하고, 2010. 8. 18. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 원고는 2010. 7. 29. 피고에게, 이 사건 공유수면매립지의 취득가액 중 이 사건 안벽 가액을 제외한 나머지 13,573,530,000원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항, 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세액 및 등록세액을 구 D광역시 시세 감면 조례(2010. 12. 31. D광역시조례 제1182호로 개정되기 전의 것) 제27조의2에 따라 취득세 및 등록세의 면제 신청을 하였다. 이에 피고는 같은 날 원고에게 취득세 및 등록세의 면제 결정을 하였다.

바. 이후 피고는 원고에게 이 사건 안벽 가액도 과세표준에 포함될 뿐만 아니라 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세는 감면 대상이 아니라고 보아, 2012. 2. 17. 원고에게 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 590,974,870원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1 ~ 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 이 사건 안벽은 이 사건 전체매립지 중 배후부지와는 명백히 구분되는 항만법상 항만시설에 해당하는 구축물이기 때문에 부가가치세를 납부한 적이 있어 구 지방세법상 취득세 및 등록세 과세대상이 되는 토지에 해당되지 않는다. 그럼에도 이 사건 안벽 부분을 토지에 해당된다고 본 이 사건 처분은 실질과세의 원칙, 조세법률주의 원칙, 기업회계존중의 원칙, 형평성 및 합목적성의 원칙에 위반된다. ② 나아가 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 그 납세고지서에 이 사건 안벽과 배후부지에 대한 각각의 농어촌특별세 및 가산세의 산출근거를 기재하지 않았으므로, 이 사건 처분은 절차적으로도 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

위 인정 사실 및 관계 법령을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 미루어 보면, 이 사건 안벽은 그 배후부지와 함께 지적공부에 잡종지로 등록된 토지로서 취득세 및 등록세의 과세 대상에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이 사건 안벽 가액을 과세표준에 포함하여 산출한 취득세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 부과한 이 사건 처분이 실질과세의 원칙이나 조세법률주의 원칙 등에 위반된다고 볼 수 없다.

가) 구 지방세법 제104조 제3호는 취득세의 부과 대상이 되는 토지는 “측량·수로조사 및 지적에 관한 법률(이하 ‘측량수로지적법’이라 한다)의 규정에 의한 토지를 말한다.”고 규정하고 있다. 한편, 구 측량수로지적법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따르면, 토지에 대한 정의 규정을 별도로 마련하고 있지는 않지만, 구 측량수로지적법은 측량 및 수로조사의 기준 및 절차와 지적공부의 작성 및 관리 등에 관한 사항을 규정함으로써 국토의 효율적 관리와 해상교통의 안전 및 국민의 소유권 보호에 기여함을 목적(제1조)으로 하고 있고, 국토해양부장관은 모든 토지에 대하여 필지별로 소재·지번·지목·면적·경계 또는 좌표 등을 조사·측량하여 지적공부에 등록하여야 하며(제64조), "토지의 표시"라 함은 지적공부에 토지의 소재·지번·지목·면적·경계 또는 좌표를 등록한 것을 말하고(제2조 제20호), "신규등록"이라 함은 새로이 조성된 토지 및 등록이 누락되어 있는 토지를 지적공부에 등록하는 것을 말하며(제2조 제29호), 소관청은 지적공부에 등록된 토지가 지형의 변화 등으로 바다로 된 경우로서 원상으로 회복할 수 없거나 다른 지목의 토지로 될 가능성이 없는 때에는 일정한 절차를 거쳐 말소하도록(제82조) 규정하고 있고, 구 측량수로지적법 시행령(2014. 1. 17. 대통령령 제25104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항 제5호는 “공유수면매립지의 토지 중 제방 등을 토지에 편입하여 등록하는 경우”에는 바깥쪽 어깨부분을 지상경계로 결정한다고 규정하고 있다. 위 관계 법령을 종합하여 볼 때, 구 지방세법에 따른 취득세의 부과 대상이 되는 토지는 구 측량수로지적법에서 대상으로 삼는 토지를 말하고, 구 측량수로지적법의 대상인 토지는 지적공부에 등록할 수 없거나 등록말소 대상이 되는 바다에 구분되는 개념이면서, 소재·지번·지목·면적·경계 또는 좌표 등을 조사·측량을 하여 지적공부에 토지로 등록된 것으로 보는 것이 타당하다.

나) 구 공유수면관리법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 “공유수면”을 바다·바닷가 등으로 정의하고 있고(제1호), “바닷가”라 함은 만조수위선으로부터 지적공부에 등록된 지역까지의 사이를 말한다고 규정하고 있으며(제2호), “매립”이라 함은 공유수면에 토사·토석 기타의 물건을 인위적으로 투입하여 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다고 정의하고 있고(제3호), 같은 법 제25조 제1항에 따르면, 면허를 받은 자가 매립공사를 완료한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그가 소유권을 취득하려는 매립지의 위치와 지목(「지적법」 제5조에 따른 지목을 말한다)을 정하여 면허관청에 준공검사를 신청하여야 하며, 같은 법 제26조 제1항에 따르면 면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공검사를 받은 날에 매립지의 소유권을 취득한다고 규정하고 있다. 위 관계 법률의 각 규정을 종합하여 보면, 공유수면매립 면허를 받은 자는 공유수면 매립을 통하여 토지를 조성하고, 매립공사를 완료하여 준공검사를 받은 날에 그 토지의 소유권을 취득하게 되는 점, 국가소유로서 매립공사 완료 전 공유수면과 개인 소유권이 될 수 있는 매립공사 완료 후의 토지는 분명히 구분되어야 하는 점, 매립공사 완료 후의 토지는 그 자체로서 개인의 소유권 대상이 될 수 있는 점에서 해수면 밖으로 드러나지 않는 이 사건 안벽의 해저 지반 부분을 이 사건 안벽과 별도로 개인 소유권의 대상이 된다거나 지적 공부에 등록될 수 있는 토지라고 할 수 없다.

다) 구 공유수면매립법 제2조 제3호는 “‘매립’이라 함은 공유수면에 토사·토석 기타의 물건을 인위적으로 투입하여 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.”라고 규정하고 있다. 그렇다면 공유수면 매립으로 인한 토지의 조성에서 공유수면을 어떤 물건 또는 물질로 채우는지는 매립의 본질적인 요소는 아니므로, 매립지를 전부 토사·토석으로 조성하지 않고 안벽이라는 기능을 수행하기 위한 케이슨을 투입하였더라도, 매립의 결과 해수면 밖으로 드러나는 부분은 전체 매립지를 전부 토사·토석으로 조성한 경우와 큰 차이가 없다. 나아가 이 사건 안벽 부분은 그 상부를 사람이 통행할 수도 있고, 배후부지와 바로 접하고 있을 뿐 아니라 배후부지를 포함한 전체 매립지를 조성하는데 필수적인 구성부분에 해당하여 안벽 부분을 제외한 다른 매립지 부분과 기능적으로 명확히 구분된다고 볼 수도 없으며, 배후부지와 함께 지적공부에도 등록될 수 있는바, 구 지방세법에 따른 취득세 등의 부과 대상이 되는 ‘토지’에서 제외할 이유가 없어 보인다.

라) 안벽이 배후부지와는 구별되어 구 항만법상 항만시설로 분류되고는 있으나, 구 항만법(2011. 4. 14. 법률 제10599호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 도로[제2조 제5호 가.목 (3)]나 항만시설용 부지[제2조 제5호 나.목 (7)]와 같은 사실상의 토지도 항만시설로 규정하고 있는바, 구 항만법상 항만시설에 해당한다고 하여 구 지방세법에서 규정하는 ‘토지’에 해당하지 않는다고 단정할 수 없다.

마) 한편 원고는, B중공업 등이 이 사건 안벽과 관련하여 매출 부가가치세를 납부한 적이 있다고 주장하나, 이는 부가가치세법에 따라 납부한 것으로 구 지방세법에 따른 이 사건 처분에 영향을 미친다고 할 수 없다.

바) B중공업 등은 D광역시 울주군에 이 사건 안벽을 포함하여 이 사건 전체매립지에 대하여 신규등록을 하였고, 이 사건 전체매립지의 소재·지번·지목·면적은 ‘D C 방어동 F 잡종지 45,020㎡’로 지적공부에 등록되었다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

가) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조). 다만 납세고지서에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세고지서의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면, 이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2001. 3. 27. 선고 99두8039 판결 참조).

나) 이 사건에서, 을 제1, 2, 12, 13호증의 각 기재에 따르면, 피고가 2012. 2. 17. 이 사건 처분을 함에 있어 그 납세고지서에 이 사건 안벽과 배후부지에 대한 각각의 농어촌특별세 및 가산세의 산출근거를 기재하지 않은 사실, 피고는 위 납세고지서를 발부하기 전인 2011. 11. 21. 원고에게 이 사건 안벽과 배후부지에 대한 각각의 농어촌특별세 및 가산세의 산출근거와 종류를 적시한 후 농어촌특별세 및 가산세의 합계액을 별도로 표시한 지방세과세예고서를 발송하여 이는 그 즈음 원고에게 도달한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정 사실에 앞서 본 법리를 비추어 보면, 위 납세고지서에는 농어촌특별세 및 가산세의 산출근거나 종류 등이 기재되어 있지 않으나 피고가 농어촌특별세 및 가산세에 관하여 기재해야 할 사항을 지방세과세예고서를 통하여 원고에게 미리 고지하였으므로 농어촌특별세 및 가산세의 납세고지에 관한 위 하자는 보완되었거나 치유되었다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.