수원지방법원 2026. 5. 7. 선고 2025구합61197 판결 [부가가치세등부과처분취소]

피고 A세무서장이 2024. 3. 7. 원고에 대하여 한 별지1 기재 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 및 피고 B세무서장이 2024. 3. 8. 원고에 대하여 한 별지1 기재 종합소득세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 12. 13.부터 현재까지 ○○시 ○○구에서 ‘○○○○○○피부과의원’이라는 상호로 보건업(피부과)을 영위하고 있는 개인사업자이다.

나. 피고 A세무서장은 2023. 11. 3.부터 2023. 12. 2.까지 원고에 대한 개인사업자 통합조사를 실시한 후, 원고가 이중장부를 통해 수입금액을 신고 누락한 것으로 보아 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하여 2024. 3. 7. 원고에게 별지1 기재와 같이 2014년 제1기 내지 2015년 제2기 부가가치세 합계 67,568,270원을 경정․고지하고(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고 한다), 피고 B세무서장에게 2013년 내지 2015년 귀속 종합소득세 과소신고 자료를 통보하였다.

다. 피고 B세무서장은 2024. 3. 8. 원고에게 별지1 기재와 같이 2013년 내지 2015년 귀속 종합소득세 합계 342,745,710원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라고 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 함께 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

라. 원고는 이 사건 각 처분에 대하여 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 12. 18. 원고의 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8호증(가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

가. 원고는 비급여 진료환자에 대하여 수기로 작성한 종이 진료차트(이하 ‘이 사건 수기차트’라고 한다)의 일부 내용인 환자의 이름과 입금금액, 입금일자를 수첩(이하 ‘이 사건 수첩’이라고 한다)에 메모하였을 뿐 이중장부의 작성 등 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 한 사실이 없다. 따라서 원고의 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당된다는 이유로 10년의 부과제척기간을 적용한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 설령 10년의 부과제척기간이 적용된다고 하더라도, 피고 A세무서장은 이 사건 수첩에 기재된 2014년, 2015년의 매출금액 중 부가가치세 과세 또는 면세의 구분이 가능한 부분에 대해서는 그에 따라, 그 구분이 불가능한 나머지 부분에 대해서는 법률상 근거 없이 그중 99%를 과세대상으로 안분하여 과세표준을 산정하였다. 이는 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정한 것으로서 위법하므로, 이와 같은 위법한 과세표준 산정에 기초한 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 10년의 부과제척기간 적용 여부

1) 관련 규정 및 법리

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다[구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의2 제1항]. 「조세범 처벌법」 제3조 제6항은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’(제1호) 등의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다고 규정하고 있다.

나) 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 같은 항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제6호증, 을 제7 내지 13, 15 내지 18, 28, 29호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장으로 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 하였다고 인정할 수 있다. 따라서 원고에 대한 부가가치세, 종합소득세 부과처분의 제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 이를 부과할 수 있는 날부터 10년이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ① 원고는 2013년경부터 2015년경까지 비급여 진료환자에 대해 작성한 이 사건 수기차트에 따른 현금 매출내역 중 일부를 이 사건 수첩에 기재하였다. 이 사건 수첩에는 환자의 이름 및 생년월일, 현금입금금액, 입금일자가 기재되어 있다. ② 피고 A세무서장은 원고에 대한 세무조사 과정에서 현금영수증 발행 내역, 현금매출 명세서, 사업용 계좌를 포함한 계좌 입금 내역 등을 통해 원고의 부가가치세, 종합소득세 신고내역과 이 사건 수첩에 기재된 현금매출을 대조한 결과 위 수첩에 기재된 현금매출이 신고되지 않았음을 확인하였는데, 그 매출내역은 3년간 총 563건으로 합계 434,953,000원에 이른다. ③ A세무서 조사과의 ‘현금수입금액 누락 혐의자료’에 관한 소명요청에 대해 원고는 원고 명의 개인 계좌 및 전 배우자 명의 계좌에 대한 금융거래내역 자료를 제출하였는데, 위 제출내역을 통해 원고가 주장한 현금입금액에 의하더라도 이는 원고 명의 개인 계좌 입금액 59,530,000원과 전 배우자 명의 계좌 입금액 24,290,000원 합계 83,820,000원으로 확인되었다. 이에 의하면 원고는 이 사건 수첩에 기재된 매출금액 중 상당액을 사업용 계좌로 지급받지 않았을 뿐만 아니라 원고 명의 개인 계좌로도 지급받지 않은 것으로 보인다. ④ 원고는 이 사건 수첩에 기재된 내역 중 2015. 5. 11. C가 지급한 현금 1,100,000원 중 800,000원을 2015. 7. 31. C에게 환불하는 과정에서 같은 날 자신 명의 계좌에서 800,000원을 현금으로 출금하고(통장메모에는 ‘개인지출’로 입력), 이를 직원인 D 명의 계좌에 입급하였다가 D가 C에게 이체하는 방법으로 직원 명의 계좌를 이용하였다. 이 역시 C가 지급한 위 1,100,000원이 원고의 사업용 계좌나 원고 명의 계좌로 지급되지 않았기 때문으로 보인다. ⑤ 부가가치세, 종합소득세와 같은 신고납세방식의 조세에 있어서 세무조사에 따라 신고 누락이 확인되지 않으면 그에 해당하는 조세의 부과징수는 사실상 불가능하므로, 일부 현금매출에 대해 이 사건 수첩에 별도로 기재하여 관리하면서 해당 현금 수수액에 대한 신고를 누락한 것은 적극적 은닉의도가 나타나는 사정으로 볼 수 있다. ⑥ 이 사건 수첩에 기재된 내용이 이 사건 수기차트의 내용과 일치하여 그 내용 자체가 사실과 다른 허위가 아니라고 하더라도, 현금매출 중 일부에 대해 신고를 누락하고 그 내역을 이 사건 수첩에 따로 작성하여 관리한 행위는 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장에 해당한다.

나. 과세표준액 산정방법의 적법 여부

1) 관련 법리

부가가치세의 공급가액 등에 대한 추계사유가 있어 추계의 방법으로 그 금액을 산정하는 경우라도 그 금액을 결정함에 있어서는 가장 합리적이고 타당성 있는 근거에 의하여 이를 결정하여야 하는 것이고, 이러한 근거에 의하지 아니한 자의적인 수입금의 추계는 위법한 것으로서 허용될 수 없다(대법원 1992. 4. 10. 선고 91누12721 판결 등 참조). 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결, 대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결 등 참조). 추계과세의 적법여부가 문제된 경우 과세관청이 그 합리성, 타당성에 관하여 입증책임을 지기 때문에 과세관청이 소송에서 그 추계방법과 내용이 합리적이고 타당하다는 데 대하여 입증하거나 달리 합리적이거나 타당성 있는 별개의 추계방법을 제시 입증한 경우를 제외하고는 법원은 과세관청이 한 추계과세가 위법하다 하여 이를 전부 취소할 수밖에 없고 과세관청이 그와 같은 주장입증을 하지 아니하고 있다면 법원이 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 추계의 방법을 찾아내어 과세관청이 납세의무자에게 부과할 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1988. 3. 8. 선고 87누588 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 이 사건 부가가치세 과세처분에 관하여

(1) 구 부가가치세법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 제5호는 ‘의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 정하고 있고, 2014. 1. 1. 대통령령 제25057호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제35조에서는 위 조항에 따라 면세되는 의료보건 용역의 범위에서 ‘색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술’이 추가로 제외되는 것으로 개정되었다. 위 개정규정은 2014. 2. 1.부터 시행되었고(부칙 제1조), 위 시행일 이후 용역의 제공을 개시하는 분부터 적용되었다(부칙 제2조).

(2) 앞서 든 증거들, 을 제14, 20, 30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 A세무서장은 이 사건 수첩에 기재된 2014. 2. 1.부터 2015. 12. 31.까지의 매출금액 합계 319,858,500원 중 이 사건 수기차트의 내용에 의하여 ① 과세되는 의료용역에 해당하는 매출금액을 149,625,000원, ② 면세되는 의료용역에 해당하는 매출금액을 1,700,000원으로 각 특정하였으나, ③ 과세용역과 면세용역이 공통으로 공급되었거나 이 사건 수기차트의 내용을 확인할 수 없어 과세 또는 면세의 구분이 불가능한 매출금액 168,533,500원에 대하여는 위 과세와 면세의 비율(149,625,000원:1,700,000원≒98.87659:1.12341)을 기준으로 위 168,533,500원 중 과세비율 98.87659%에 해당하는 166,640,178원(원 미만 반올림)을 과세매출로 안분하여 이 사건 부가가치세 부과처분의 과세표준액을 산정한 사실이 인정된다.

(3) 위 인정사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 부가가치세 부과처분은 그 과세표준 산정방식이 위법하다고 봄이 타당하다. ① 피고 A세무서장은 이 사건 수첩에 기재된 매출금액 중 이 사건 수기차트를 통해 과세대상 여부가 확인되는 매출금액의 경우 과세 또는 면세대상으로 분류하고, 위 수기차트를 통해 그 시술내용 또는 단가를 확인할 수 없는 매출금액의 경우 전체 매출누락금액 중 확인되는 과세대상 금액의 비율을 곱한 금액을 과세대상 매출금액으로 보아 부가가치세 과세표준액을 산정하였다. 그중 위 피고가 이 사건 수기차트를 바탕으로 확인된 내용에 따라 과세대상으로 분류한 부분은 실지조사 방법에 의한 것이고, 위 과세대상 비율을 적용해 과세대상 매출금액을 산정한 부분은 ‘기타 간접자료 등에 의하여 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 조사방식’인 추계조사 방법에 의한 것이라 할 수 있다. 이와 같이 피고 A세무서장은 단일한 과세목적물에 대하여 일부는 실지조사의 방법으로, 일부는 추계조사의 방법으로 부가가치세 과세표준을 산정하였다. ② 이에 대하여 피고 A세무서장은, 과세표준의 안분계산에 대한 부가가치세법 관련 규정인 구 부가가치세법 제29조 제8항 및 같은 법 시행령 제63조에 따라 과세표준을 산정하였을 뿐, 추계조사의 방법으로 과세표준을 산정한 사실이 없다고 주장한다. 그러나 구 부가가치세법 제29조 제8항 및 같은 법 시행령 제63조는 ‘과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용된 재화를 공급하는 경우’의 공급가액 계산에 관한 것이므로, 의료용역의 공급이 문제되는 이 사건에 적용되는 규정이라고 보기 어렵다. ③ 한편 피고 A세무서장은, 위와 같은 과세표준액의 산정은 ‘면세용역과 과세용역으로 구분되는 것과 구분되지 않는 것을 함께 제공하는 경우 공급가액은 실지귀속에 따라 계산하되, 그 실지귀속을 구분할 수 없는 때에는 공급 당시 구분되는 과세공급가액과 면세공급가액의 비율에 따라 산정된 가액으로 하여 각각 계산하도록 한다’는 내용의 국세청 질의회신에 따른 것으로 적법하다는 취지로 주장한다. 그러나 위 국세청 질의회신 내용이 대외적 법적 구속력을 가지는 규범이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 위 내용은 ‘면세용역과 과세용역으로 구분되는 것과 구분되지 않는 것을 함께 제공하는 경우’, 그 실지귀속을 구분할 수 없는 때에는 ‘공급 당시’ 구분되는 과세공급가액과 면세공급가액의 비율에 따라 공급가액을 산정한다는 것으로, 이 사건 수기차트의 내용을 통해 면세 또는 과세 여부가 구분되지 않는 2014년부터 2015년까지의 의료용역에 대해 2014년, 2015년 전체 과세공급가액과 면세공급가액의 비율에 따라 공급가액을 산정한 이 사건과는 그 내용이 다르다고 보이므로, 위 국세청 질의회신 내용이 이 사건에 그대로 적용된다고 보기도 어렵다. ④ 또한 위와 같은 추계조사의 방법 자체를 놓고 보더라도, 이는 시술내용 또는 단가를 확인할 수 없는 매출금액에 대해 임의로 과세대상 비율을 적용해 공급가액을 산정한 것으로 관계 법령에 근거가 없는 방식일 뿐만 아니라, 그 추계의 방법과 내용이 합리적이라거나 타당성이 있다고 보기도 어렵다.

(4) 피고 A세무서장은 위와 같이 과세표준액을 안분계산한 부분이 일부 부적법하다고 하더라도, 이 사건 수기차트의 내용에 따라 과세대상으로 구분한 원고의 매출누락금액(149,625,000원)에 대한 부가가치세 13,602,272원(= 149,625,000원 × 10/110, 원 미만 버림)은 정당한 세액으로 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 위법하여 허용될 수 없으므로, 피고는 원고의 매출금액 전부에 대하여 실지조사의 방법 또는 추계조사의 방법으로 과세표준을 산정하고, 이와 같이 산정한 과세표준액을 기초로 원고에게 각 과세기간별 부가가치세를 부과하여야 한다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 전부 취소되어야 하고, 피고 A세무서장의 위 주장은 받아들일 수 없다.

나) 이 사건 종합소득세 과세처분에 관하여

(1) 피고 B세무서장은, 이 사건 수첩에 기재된 현금매출액을 전부 원고의 신고누락 수입금액으로 보아 종합소득세 과세표준을 산정하였으므로, 이 사건 종합소득세 과세처분은 추계조사가 아닌 실지조사에 의한 것으로 추계조사의 위법이 없고, 설령 이 사건 부가가치세 부과처분의 일부 취소로 인해 부가가치세가 과세되지 않는 부분이 있다면, 그 금액은 원고의 종합소득에 합산하여 과세되어야 한다고 주장한다.

(2) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고에 대한 2013년 귀속 종합소득세 과세처분의 경우 피고 B세무서장은 이 사건 수첩에 기재된 2013년 신고누락금액 105,815,000원을 과소신고수입금액으로 보아 종합소득세를 증액경정한 사실이 인정되므로, 이 부분 종합소득세 과세처분은 실지조사에 의한 것으로 과세표준액 산정에 잘못이 없다고 봄이 타당하다.

(3) 그러나 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고에 대한 2014년, 2015년 귀속 각 종합소득세 과세처분의 경우 피고 B세무서장은 이 사건 수첩에 기재된 2014년, 2015년 매출금액(2014년 186,779,100원, 2015년 142,359,500원)에서 위 각 매출금액을 과세표준으로 하여 산정된 부가가치세 경정세액(가산세 제외, 2014년 15,966,269원, 2015년 12,785,110원)을 공제한 금액을 과소신고수입금액(2014년 170,812,831원, 2015년 129,574,390원)으로 보아 해당 금액에 대해 종합소득세를 증액경정한 사실이 인정된다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하므로, 위 부가가치세 부과처분을 전제로 산정한 수입금액에 따라 종합소득세를 산출한 2014년, 2015년 귀속 각 종합소득세 부과처분 역시 위법하다.

(4) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 그런데 이 사건의 경우 이 사건 부가가치세 부과처분이 전부 취소되어야 함은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 변론에 나타난 자료들만으로는 원고의 정당한 수입금액을 반영한 2014년, 2015년 귀속 각 종합소득세액을 계산할 수 없으므로, 결국 원고에 대한 2014년, 2015년 귀속 각 종합소득세 부과처분은 전부 취소할 수밖에 없다.

다. 소결론

따라서 피고 A세무서장이 원고에 대하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분 및 피고 B세무서장이 원고에 대하여 한 이 사건 종합소득세 부과처분 중 2014년, 2015년 귀속 각 종합소득세 부과처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 피고 A세무서장에 대한 청구는 이유 있어 인용하고, 원고의 피고 B세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.