서울행정법원 2025. 7. 16. 선고 2024구단14305 판결 [부과 제척기간 만료 3개월 이내인 경우 과세전적부심사를 제외하고 양도소득세를 처분한 것이 절차적 하자에 해당한다고 할 수 없음]

1. 처분의 경위

가. 원고는 1966. 6. 13. 00시 00면 00리 산100-1 임야 17,000㎡와 같은 리 산100-2 임야 2,000㎡[위 각 임야는 2018. 12. 1. 같은 리 산100-1 임야 19,000㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다)로 합병되었다] 및 같은 리 산101 전 3,700㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 한다)에 관하여 1966. 6. 15. 자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를, 1966. 4. 22. 같은 리 산102 임야 9,600㎡에 관하여 1966. 4. 17.자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를, 1966. 4. 21. 같은 리 산103 임야 37,000㎡에 관하여 1966. 4. 19. 자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 원고 앞으로 각 마쳤다.

나. 00시 00면 00리 산102 임야 9,600㎡는 2008. 12. 11. 같은 리 산102 임야 3,600㎡(이하 ‘이 사건 제3 토지’라 한다) 및 같은 리 산102-1 임야 5,900㎡로 분할되었고, 같은 리 산103 임야 37,000㎡는 2008. 12. 13. 같은 리 산103 임야 28,000㎡(이하 ‘이 사건 제4 토지’라 하고, 이 사건 제1 내지 4 토지를 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다) 및 같은 리 산103 임야 8,800㎡로 분할되었다.

다. 원고는 2018. 11. 22. 주식회사 ○○ 농업회사법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)과 사이에, 원고가 이 사건 법인에 이 사건 각 토지를 매도하기로 하는 4건의 부동산 매매계약(이하 합하여 ‘이 사건 부동산 매매계약’이라 한다) 및 이 사건 각 토지 지상 임목 일체(이하 ‘이 사건 수목’이라 한다)를 매도하기로 하는 4건의 임목 매매계약(이하 합하여 ‘이 사건 임목 매매계약’이라 하고, 이 사건 부동산 매매계약과 이 사건 임목 매매계약을 합하여 ‘이 사건 각 매매계약’이라 한다)을 각 체결하고, 2018. 12. 6. 이 사건 각 토지에 관하여 이 사건 법인 앞으로 소유권이전등기를 각 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다). 이 사건 각 매매계약상 매매대금 액수는 다음 표 기재와 같다. (표 생략)

라. 원고는 2019. 1. 10. 피고에게 이 사건 양도에 관하여 양도가액을 150,000,000원(이 사건 부동산 매매계약상 이 사건 각 토지 매매대금 합계액)으로 하여 산출한 2018년 귀속 양도소득세 44,000,000원을 예정신고ㆍ납부하였다.

마. ◇◇세무서장은 2024. 2. 22. 피고에게 이 사건 임목 매매계약 관련 자료를 통보하였다.

바. 위 자료를 통보받은 피고는 2024. 3. 8. 원고에게 원고가 이 사건 양도의 양도가액에서 이 사건 임목 매매계약상 임목 매매대금(이하 ‘이 사건 수목 가액’이라 한다)을 제외하여 과소신고하였으므로 예상 총 고지세액이 134,000,001원이라는 내용의 과세예고통지서를 발송하고, 2024. 4. 15. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 134,000,000원(가산세 47,000,000원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 한편 원고는 위 과세예고통지서를 송달받고 2024. 4. 6. 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 2024. 4. 26. 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하라는 이유로 심사제외 결정을 하였다.

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 6. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 그로부터 90일이 지나기까지 결정 통지를 받지 못하자 2024. 10. 17. 이 사건 소를 제기하였고, 조세심판원은 2024. 12. 31. 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8, 9호증, 을 제1, 2, 4, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 피고는 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 않다가 뒤늦게 이 사건 처분을 하여 원고의 과세전적부심사청구권을 침해하였으므로, 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 존재한다(이하 ‘주위적 주장’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 각 토지를 취득하고 ‘●●회’를 결성한 다음 이 사건 각 토지에서 잣나무 등을 식재ㆍ관리하였고 이 사건 양도 당시 조세를 부당하게 감소시킬 목적 없이 매수인과의 의사 합치에 따라 이 사건 각 토지 및 이 사건 수목에 관하여 별도로 이 사건 각 매매계약을 체결하였으므로, 이 사건 각 토지의 양도가액에서 이 사건 수목 가액이 제외되어야 한다(이하 ‘예비적 주장’이라 한다).

나. 주위적 주장에 관한 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항 제3호에 의하면, 납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 세무서장 또는 지방국세청장은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)하여야 한다. 같은 조 제2항 제2호는 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있다’고 규정하는 한편, 같은 조 제3항 제3호는 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다.

나) 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들과 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 처분에 원고의 과세전적부심사청구권을 침해한 절차상 위법이 있다고 보기 어려우므로, 원고의 주위적 주장은 받아들이지 아니한다.

가) 과세전적부심사 제도는 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우 등에는 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니다. 이 사건 처분과 관련하여 그 양도소득세 부과제척기간은 2024. 5. 31.까지인바[구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제1항, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 본문], 이 사건 처분일인 2024. 4. 15.부터 그 부과제척기간의 만료일까지의 기간은 3개월 이하인 경우에 해당하므로, 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다.

나) 부과제척기간은 과세관청과 납세의무자간 조세채권채무관계를 조속히 종결지어 납세의무자의 법적 안정성을 보장하려는 데 그 취지가 있는 것으로 과세관청으로서는 부과제척기간을 도과하지 않는 한 제척기간 내이기만 하면 언제든지 부과권을 행사할 수 있다. 이러한 부과제척기간 제도의 취지나 특성상 단지 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 이를 두고 위법하다고 할 수 없다.

다) 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없다. 또한 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다. 실제로 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 6. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

라) 구 국세기본법은 과세전적부심사의 예외와 관련하여 그에 해당하는 일정한 사유의 발생 경위, 과세관청의 고의 또는 과실 여부 등의 다른 요건을 규정하지 않고 있을 뿐만 아니라, 피고가 원고의 과세전적부심사 기회를 박탈하기 위하여 과세자료를 고의로 장기간 방치하였다거나 이 사건 처분절차를 고의로 지연하였다고 볼 만한 자료도 찾기 어렵다(원고도 2019. 1. 10. 이 사건 양도에 관한 양도소득세 신고 당시 이 사건 임목 매매계약서를 제출하지 않았다고 주장하고 있고, 이 사건 수목에 관하여 입목에 관한 법률에 따른 입목등기가 이루어지지도 않았는바, 피고로서는 2024. 2. 22. 이 사건 법인의 법인세 관할 과세관청인 ◇◇세무서장으로부터 이 사건 임목 매매계약 관련 자료를 통보받고 비로소 원고가 이 사건 양도의 양도가액에서 이 사건 수목 가액을 제외하여 양도소득세를 과소신고하였다고 파악한 것으로 보인다).

마) 원고는 피고가 이 사건 처분에 앞서 ‘양도소득세 사무처리규정’에 따른 ‘양도소득세 해명자료 제출 안내’ 등의 절차를 거치지 않은 절차상 위법이 있다고도 주장하나, ‘양도소득세 사무처리규정’은 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로, 그 위반만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

다. 예비적 주장에 관한 판단

1) 관련 규정 및 법리

구 소득세법 제19조 제1항은 사업소득으로 과세되는 소득을 열거하면서 제1호에서 ‘임업에서 발생하는 소득’을 규정하고 있다. 한편 같은 조 제3항에 따르면, ‘제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있는데, 한국표준산업분류는 임업(020)에 속하는 세세분류 항목의 하나인 육림업(02012)을 ‘임목을 생산하기 위하여 산림에서 나무를 심고, 가꾸고, 보호하는 산업 활동을 말한다’고 정의하고 있다. 그리고 소득세법 시행령 제51조 제8항 전문은 ‘임지의 임목을 벌채 또는 양도하는 사업의 수입금액을 계산하는 경우 임목을 임지와 함께 양도한 경우에 그 임지의 양도로 발생하는 소득은 총수입금액 계산시 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다. 임목이 임지와 함께 양도된 경우 임목의 양도로 발생하는 소득이 사업소득에 해당하는 경우에는 원칙적으로 임목의 양도로 발생하는 소득을 제외한 나머지 소득만이 임지의 양도에 따른 양도소득세의 과세 대상이 된다고 봄이 타당하다. 그리고 이때 임목의 양도로 발생하는 소득이 사업소득에 해당하는지는 임목을 생산하기 위한 육림 활동이 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 그 내용, 규모, 기간, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 한다. 그리고 임목이 임지와 함께 양도되었더라도 임목을 생산하기 위한 육림 활동이 없었거나 육림 활동이 있었더라도 거기에 사업성이 인정되지 아니하는 경우에는 임목이 임지와는 별도의 거래 대상이 되었다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 그 양도로 발생하는 소득 전부가 양도소득세의 과세 대상이 되고, 여기서 임목이 임지와는 별도의 거래 대상이 되었는지는 당사자의 거래 목적, 계약서의 기재 내용, 임목의 가치에 대한 평가 여부, 인근의 임지 등에 대한 거래의 실정 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 9. 13. 선고 2011두6493 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 각 토지에서 임업을 영위하기 위하여 사업자등록을 한 사실이 없고, 그 임업과 관련하여 소득을 신고한 사실도 없으며, 이 사건 수목에 관하여 입목에 관한 법률에 따른 등기를 하거나 명인방법을 갖춘 사실도 없는 점, ② 원고가 이 사건 각 토지를 소유하면서 ‘●●회’ 등을 통하여 수익을 목적으로 한 사업 활동으로 평가할 수 있을 정도로 육림 활동을 계속적, 반복적으로 하였다고 볼 만한 수목의 구입, 식재, 관리에 들인 비용에 관한 자료나 수목 매도 실적에 관한 자료를 찾을 수 없는 점, ③ 이 사건 임목 매매계약서에는 매매의 목적물로 ‘이 사건 각 토지에 설치한 시설물(임목 일체) 등’이라고만 기재되어 있을 뿐, 수목의 종류, 나이, 수량 및 개별적인 가격이 기재되어 있지 않은 점, ④ 원고의 주장에 의하더라도 원고와 이 사건 법인 사이에 이 사건 각 토지의 매매대금 액수와 이 사건 수목의 매매대금 액수에 관한 개별적인 협의가 존재하지 않았고, 다만 원고는 이 사건 법인의 요구에 따라 이 사건 부동산 매매계약서와 이 사건 임목 매매계약서를 별도로 작성한 것이며, 원고와 이 사건 법인이 이 사건 수목의 종류, 나이, 수량을 확인하거나 이 사건 수목의 객관적인 가치를 평가하는 절차를 거쳤다고 볼 만한 자료도 발견되지 않는 점, ⑤ 이 사건 법인은 이 사건 각 토지에 관하여 이 사건 법인 앞으로 소유권이전등기를 마치고 곧바로 제3자에게 이 사건 각 토지를 매도하는 매매계약을 체결하였는바, 이 사건 법인이 이 사건 수목을 이 사건 각 토지와 구분되는 별도의 거래 대상으로 삼기 위하여 이 사건 부동산 매매계약서와 이 사건 임목 매매계약서를 별도로 작성하고자 하였는지 의문이 드는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 수목 가액 260,000,000원을 포함한 410,000,000원을 이 사건 양도의 양도가액으로 본 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 예비적 주장도 받아들이지 아니한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.