서울행정법원 2025. 10. 22. 선고 2024구합83131 판결 [적격분할시 분할법인의 분할 전 이익잉여금이 분할신설법인의 주식발행초과금으로 전환됨에 따라, 이를 재원으로 배당시 의제배당 해당여부]

피고들이 별지 1 부과내역 중 처분일란 기재 각 일시에 원고들에 대하여 한 같은 별지 중 세목란 및 고지세액란 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고 MMMMM 주식회사(이하 ‘원고 회사’라 한다)는 주식회사 TTT(변경 전 상호 : TTTT산업 주식회사, 이하 ‘이 사건 분할법인’이라 한다)가 2008. 10. 1. 부동산 임대사업부문과 비상장주식 투자부문 등을 인적분할(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다)하여 설립된 법인이다. 원고 회사는 이 사건 분할법인으로부터 ○○시 ○○구 ○○○○○가 ○○-○ 외 7필지 소재 토지 및 건물, ○○군 ○○면 ○○리 ○○○-○ 소재 토지(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 승계받았다.

나. 원고 유○○, 이○○, 이○○, 최○○(이하 ‘원고 주주들’이라 한다)은 원고 회사의 주주들로, 2008년경 원고 주주들의 주식 보유 내역은 아래와 같다.

다. 이 사건 분할로 이 사건 분할법인의 자본금 10억 원 중 4억 원이 원고 회사에 이전되었고, 이 사건 부동산이 시가평가되어 승계되면서 원고 회사가 승계한 자산과 자본금과의 차액 20,048,174,065원이 발생하였다. 원고 회사는 이를 주식발행초과금(이하 ‘이 사건 주식발행초과금’이라 한다)으로 계상하고, 이 사건 분할법인은 이를 감자차손으로 계상하였다.

라. 이 사건 분할법인과 원고 회사는 2008 사업연도 법인세 신고시 이 사건 분할을 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제46조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 분할(이하 ‘적격분할’이라 한다)로 보아 분할평가차익 등에 대한 법인세를 신고·납부하지 않았다.

마. 원고 회사는 2019. 2.경 발행주식 총수 40,000주(보통주식) 중 8,000주를 주주로부터 1주당 500,000원에 매입하여 소각하는 유상감자(이하 ‘이 사건 유상감자’라 한다)를 실시하고 원고 주주들에게 감자대가를 지급하였다.

바. ○○지방국세청장은 종합감사를 실시한 결과, 원고 주주들이 이 사건 유상감자로 지급받은 대가 37억 원에서 소멸주식의 취득가액인 8,000만 원을 초과하는 36억 2,000만 원(이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)이 의제배당에 해당한다고 보고, 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제17조 제2항 제3호에 따라 피고들에게 이에 대한 과세를 지시하였다.

사. 이에 따라 피고들은 아래와 같이 원고 주주들에게는 의제배당에 대한 종합소득세(이하 ‘이 사건 소득세 처분’이라 한다)를, 원고 회사에는 이 사건 소득 지급에 대한 원천징수를 하지 않았다고 하여 법인세(지급명세서 미제출가산세, 이하 ‘이 사건 법인세 처분’이라 하고 이 사건 소득세 처분과 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 각 부과하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고들의 주장 요지

1) 다음과 같은 이유로 이 사건 소득세 처분은 위법하다.

원고 회사는 이 사건 유상감자를 실시하면서 자본금 8,000만 원 및 이 사건 주식발행초과금(자본준비금) 중 36억 2,000만 원으로 원고 주주들에게 감자대가를 지급하였다.이 사건 주식발행초과금은 상법 제459조 제1항에서 정한 자본준비금에 해당한다. 그리고 원고 회사는 상법 제461조의2(준비금의 감소)에 따라 자본준비금에 해당하는 이 사건 주식발행초과금을 감액하였다. 배당소득의 범위에 대하여 정하고 있는 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법 시행령’이라 한다) 제26조의3 제6항에 따르면, 상법 제461조의2에 따라 자본준비금을 감액하여 받은 배당은 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득에 포함되지 않는다. 따라서 이 사건 소득은 소득세법상 의제배당으로 분류될 수 없고, 원고 주주들의 배당소득에서 제외되어야 한다.

2) 이 사건 소득세 처분이 위법한 이상, 원고 회사가 위 소득의 지급에 대한 원천징수를 하지 않았다고 하여 부과된 이 사건 법인세 처분 또한 위법하다.

3) 설령 이 사건 소득이 배당소득의 과세대상이 된다고 하더라도, 이 사건 주식발행초과금은 오랜 기간 원고 회사의 자본준비금으로 계상되어 관리되고 있던 점, 원고들로서는 이 사건 주식발행초과금이 최초로 발생한 11년 전 시점으로 돌아가 위 주식발행초과금의 실질이 자본준비금인지 이익잉여금인지를 판단하여 소득세를 신고·납부하는 것은 어려운 점 등을 고려하면, 원고들에게는 의무이행을 기대하기 어려운 정당한 사유가 있으므로, 적어도 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 상법 제461조의2에 따라 자본준비금을 감액하여 받은 배당의 해당 여부

1) 관련 법리

소득세법 제17조 제1항 제3호에 의하면 해당 과세기간에 발생한 의제배당은 소득세의 과세대상이 되며, 같은 조 제2항 제1호에 의하면 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 등의 가액이 그 주식을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액은 의제배당에 해당한다. 한편 소득세법 시행령 제26조의3 제6항은 ‘상법 제461조의2에 따라 자본준비금을 감액하여 받은 배당(법 제17조 제2항 제2호 각 목에 해당하지 아니하는 자본준비금을 감액하여 받은 배당은 제외한다)은 법 제17조 제1항에 따른 배당소득에 포함하지 아니한다’고 규정하고 있으며, 상법 제461조의2는 ‘회사는 적립된 자본준비금 및 이익준비금의 총액이 자본금의 1.5배를 초과하는 경우에 주주총회의 결의에 따라 그 초과한 금액 범위에서 자본준비금과 이익준비금을 감액할 수 있다’고 규정하고 있다.

2) 판단

가) 상법 제461조의2에 따라 자본준비금을 감액하기 위하여는, 적립된 자본준비금 및 이익준비금의 총액이 자본금의 1.5배를 초과하는 경우여야 하며, 주주총회의 결의가 있어야 한다.

나) 살피건대, 앞서 채택한 각 증거, 갑 제12호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 소득이 상법 제461조의2에 따라 자본준비금을 감액하여 받은 배당에 해당한다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 받아들이기 어렵다.

(1) 원고 회사가 이 사건 유상증자 당시 개최한 2019. 2. 26.자 임시주주총회(이하 ‘이 사건 주주총회’라 한다)에서는 아래와 같은 내용으로 결의되었다.

제1호 의안 자본감소에 관한 건 의장은 당 회사의 사업형편상 자본의 총액 금 400,000,000원 중 금 80,000,000원을 감소하여 금 320,000,000원으로 하여야 할 필요성을 설명하고 그 가부를 물은바, 전원 이의없이 찬성하여 만장일치로 이를 승인가결하다. <결의사항> 1. 본 회사의 자본금 400,000,000원 중 금 80,000,000원을 감소하여, 감자 후 자본금을 금 320,000,000원으로 한다. 2. 본 회사는 발행주식의 총수 보통주식 40,000주 중 8,000주를 주주로부터 유상으로 1주당 금 500,000원(주식매입가격)에 매입하여 소각하고, 발행주식의 총수를 32,000주로 감소하는 방법으로 한다.

또한 이 사건 주주총회의사록에는 각 주주별 감자 주식 수, 감자 후 주식 수가 기재되어 있고, ‘귀사가 2019. 2. 26. 임시주주총회에서 자본의 총액 400,000,000원 중 금 80,000,000원을 감소하여 금 320,000,000원으로 하고 발행주식 총수 40,000주를 32,000주로 할 것을 결의한 자본감소에 있어서, 그 방법으로 귀사가 희망하는 주주들로부터 유상으로 매입하여 소각하는데 동의한다’는 내용의 원고 주주들 명의의 동의서가 첨부되어 있으며, 원고 회사와 주주들 사이의 주식매매계약서도 첨부되어 있다.

(2) 유상감자는 회사가 주식을 소각하거나 액면가를 줄이는 방식으로 자본금을 감소시키면서 주주에게 그에 상응하는 금액을 현금 등으로 지급하는 것인 반면, 자본준비금의 감소는 회사가 적립해둔 자본준비금을 감소시켜 이익잉여금 등으로 전환하는 것으로, 양자는 별개의 개념이다. 또한 회사의 자본준비금은 이를 배당재원으로 사용할 수 없으므로, 자본준비금을 배당에 사용하려면 주주총회의 결의를 거쳐 이를 이익잉여금으로 전입한 후에야 비로소 이를 배당의 재원으로 사용할 수 있다. 그런데 이 사건 주주총회의사록에 의하면, 유상감자를 함으로써 자본금을 감소한다는 내용만 있을 뿐, 자본준비금(이 사건 주식발행초과금)을 이익잉여금으로 전입한다는 내용이나, 이를 배당재원으로 하여 배당한다는 내용이 전혀 들어있지 않다. 따라서 이를 두고 자본준비금 감액에 대한 주주총회 결의가 있었다고 할 수 없다.

(3) 이에 대하여 원고들은, 원고 회사가 이 사건 소 제기 후인 2025. 5. 28.자로 임시주주총회를 개최하여 자본준비금 감액에 대한 추인결의를 하였다고 주장하나, 당초 이 사건 주주총회 시 자본준비금 감액 결의 자체가 있었다고 보기 어려운 점, 원고 회사는 이 사건 주주총회 후 자본금 감소에 대한 공고 및 채권자 이의절차를 거쳤을 뿐 자본준비금의 감소에 대하여는 이러한 절차를 거친 바도 없는 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고들이 드는 사정만으로 자본준비금(이 사건 주식발행초과금) 감소에 관한 주주총회 결의가 있었다고 보기 어렵다.

(4) 따라서 상법 제461조의2에 따른 자본준비금의 감액이 있었다고 볼 수 없고, 이 사건 소득은 유상감자에 따라 지급된 금원으로 봄이 타당하다.

다) 설령 이 사건 유상증자 당시 자본준비금 감소에 관한 주주총회의 결의가 적법하게 있었다고 가정하더라도, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 소득은 의제배당으로서 소득세의 과세대상이 된다는 결론은 동일하다.

라. 이 사건 주식발행초과금의 감액에 따라 지급받은 금원의 의제배당 여부

1) 관련 법리

소득세법 시행령 제26조의3 제6항은 상법 제461조의2에 따라 자본준비금을 감액하여 받은 배당은 법 제17조 제1항에 따른 배당소득에 포함하지 아니한다고 하면서도, 괄호에서 법 제17조 제2항 제2호 각 목에 해당하지 아니하는 자본준비금을 감액하여 받은 배당은 제외한다고 규정하고 있다. 그리고 소득세법 제17조 제2항 제2호 가목은 ‘상법 제459조 제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있다. 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제27조 제4항은 “법 제17조 제2항 제2호 가목에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 법인세법 제17조 제1항 각 호에 해당하는 금액(주식발행액면초과액, 감자차익, 분할차익 등)을 말한다. 다만, 법인세법 시행령 제12조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.”고 규정하고 있다. 즉, 원칙적으로 법인세법 제17조 제1항 각 호에 해당하는 자본준비금을 감액하여 받은 배당은 배당소득에 포함되지 않지만, 법인세법 시행령 제12조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 감액하여 받은 배당은 예외적으로 배당소득에 포함되는 것이다. 한편 구 법인세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34266호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제12조 제1항 제4호는 ‘법 제46조 제2항에 따른 적격분할(이하 ’적격분할‘이라 한다)을 한 경우 다음 각 목의 금액의 합계액. 이 경우 법 제17조 제1항 제6호에 따른 금액(이하 ’분할차익‘이라 한다)을 한도로 한다’고 하면서, 나목에서 ‘분할에 따른 분할법인의 자본금 및 기획재정부령으로 정하는 자본잉여금 중 의제배당대상 자본잉여금 외의 잉여금의 감소액이 분할한 사업부문의 분할등기일 현재 순자산 장부가액에 미달하는 경우 그 미달하는 금액. 이 경우 분할법인의 분할등기일 현재의 분할 전 이익잉여금과 의제배당대상 자본잉여금에 상당하는 금액의 합계액을 한도로 한다’고 규정하고 있다.

2) 판단

앞서 채택한 각 증거, 갑 제6 내지 11호증, 을 제5, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 주식발행초과금의 감액에 따라 지급받은 이 사건 소득은 배당소득에 포함된다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 법인세법이 2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되고 법인세법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23859호로 개정되기 전에는, 잉여금을 자본전입하여 무상주 배당을 하는 경우 무상주의 재원이 주식발행액면초과액, 합병차익, 분할차익 등의 자본준비금인 경우에는 이를 과세하지 않았다. 그러나 합병(분할)으로 피합병법인(분할법인)의 이익잉여금 등 모든 잉여금이 주식발행초과금으로 전환되어 이후 그 주식발행초과금을 자본에 전입하는 경우 과세에서 제외되는 문제점이 발생함에 따라, 위와 같이 법인세법 및 그 시행령이 개정되면서 적격합병(분할)을 통해 피합병법인(분할법인)으로부터 승계한 잉여금 중 의제배당 과세대상인 잉여금에 대해서는 과세하도록 규정하였다. 구체적으로 2012. 2. 2. 대통령령 제23859호로 개정된 구 법인세법 시행령은, 분할차익의 구성요소 중 ‘㉠ 자산조정계정(제12조 제1항 제4호 가목), ㉡ 분할법인의 자본잉여금 중 의제배당 과세대상인 자본잉여금 승계액(다목), ㉢ 이익잉여금 승계액(라목)’을 자본에 전입함으로써 분할신설법인의 주주가 취득하는 주식 등의 가액은 의제배당으로 과세하도록 규정하였다. 이처럼 법인세법 시행령 제12조가 개정된 것은 이 사건과 같은 적격분할 시 분할법인의 의제배당 과세대상인 자본잉여금이나 이익잉여금을 재원으로 하여 이를 분할신설법인의 자본에 전입하거나 감액배당하는 경우, 이를 과세대상으로 삼기 위함에 있다고 보인다. 이후 법인세법 시행령이 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되면서 제12조 제1항 제4호의 문언이 개정되었으나, 합병차익·분할차익의 구성요소·구성순서 및 자본전입 순서 등을 변경하였을 뿐 실질적인 내용에는 종전의 법령과 차이가 없다(구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제4호에서 다목, 라목의 금액을 순차(다→라)로 합산하는 것으로 규정하던 것에서, 이를 통틀어 ‘나목’에 규정하는 것으로 변경한 것으로 보인다).

나) 따라서 소득세법 시행령 제26조의3 제6항의 괄호 부분, 제27조 제4항 단서에 의하면, 법인세법 시행령 제12조 제1항 제4호 각 호에 해당하는 금액을 감액배당한 경우에는 의제배당의 대상이 된다. 이 사건에서, 분할에 따른 이 사건 분할법인의 자본금 및 기획재정부령으로 정하는 자본잉여금 중 의제배당대상 자본잉여금 외의 잉여금의 감소액(4억 원)이 분할한 사업부문의 분할등기일 현재 순자산 장부가액(약 204억 원)에 미달하는 경우에 해당하므로, 그 미달하는 금액(약 200억 원)은 위 규정에 따라 의제배당의 대상에 해당하고(이 사건 분할법인의 분할 전 이익잉여금(454억 원)을 초과하지 않는다), 이는 이 사건 주식발행초과금에 해당한다고 할 수 있으므로, 이 사건 주식발행초과금을 감액하여 배당하여 얻은 이 사건 소득은 소득세 과세대상이 된다.

다) 이 사건 분할 전 이 사건 분할법인의 재무제표상 이익잉여금 45,440,527,479원이 계상되어 있던 사실, 이 사건 분할 후 이 사건 분할법인은 위 이익잉여금을 그대로 둔 채 감자차손 20,048,174,065원을 계상하였고, 같은 금액이 원고 회사의 주식발행초과금으로 계상된 사실은 인정된다. 그러나 이 사건 주식발행초과금의 재원은 이 사건 분할법인의 이익잉여금이라고 봄이 타당하고, 회사의 회계처리 내용에 따라 과세 여부가 좌우된다고 보기는 어렵다.

라) 원고는, 현행법하에서 주식발행초과금을 감액하여 지급한 배당에 대하여는 전혀 과세되지 않기 때문에 최근에 정부에서 이에 관한 규정을 개정하려고 검토 중이라는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 소득세법 시행령 제26조의3 제6항은 자본준비금을 감액하여 받은 배당은 배당소득세 과세대상에 포함하지 않는다고 하면서도, ‘법 제17조 제2항 제2호 각 목에 해당하지 아니하는 자본준비금을 감액하여 받은 배당은 제외한다’고 하여 명시적으로 그 예외를 규정하고 있는 점, 원고가 드는 법개정 논의는 기업이 이익잉여금을 충분히 보유하고 있음에도 자본준비금 감액배당을 택하여 조세를 회피하는 수단으로 활용하는 현실에 대한 제도를 보완하려는 취지인바, 이 사건과 같이 분할법인의 이익잉여금을 재원으로 분할신설법인의 자본준비금이 계상되고, 이를 배당한 경우에는 소득세법 시행령 제26조의3 제6항, 제27조 제4항 단서, 법인세법 시행령 제12조 제1항 제4호 나목에 따라 의제배당 대상이 된다고 할 수 있는 점 등을 고려하면, 현행법상 주식발행초과금을 감액하여 지급한 배당에 대하여 과세되는 경우가 없다고 할 수 없다.

마) 자본준비금 감액배당을 배당소득세 과세대상에 포함하지 않는 것은, 자본준비금을 재원으로 배당을 받는 것은 주주가 납입한 출자금을 반환하는 것과 같기 때문이다. 그러나 이 사건 주식발행초과금은 이 사건 분할법인의 이익잉여금을 재원으로 하는 것으로서 원고의 주주들이 납입한 출자금이라고 할 수 없는바, 이를 과세대상에서 제외하는 것은 위와 같은 소득세법 시행령 제26조의3 제6항의 취지에도 부합하지 않는다.

마. 가산세 부분의 위법 여부

1) 법인세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 참조).

2) 살피건대, 이 사건 주식발행초과금이 자본준비금으로 계상된지 오래되어 원고들로서는 위 주식발행초과금의 실질이 이익잉여금인지 여부를 판단하기 어려웠다는 점 등 원고들이 드는 사정들은 단순한 법률의 부지나 오해에 해당한다고 봄이 타당하고, 이 사건 유상감자에 따른 소득세를 신고·납부하거나 소득세를 원천징수할 것을 기대하기 어려운 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다

3. 결론

그렇다면, 원고들의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하 여 주문과 같이 판결한다.