서울행정법원 2025. 8. 13. 선고 2024구합88952 판결 [종합소득세부과처분취소]

【사건】 2024구합88952 종합소득세부과처분취소
【원고】 A
【피고】 B세무서장
【변론종결】 2025.6.18.
【판결선고】 2025.8.13.

피고가 2024. 1. 5. 원고에게 한 2018년 귀속 종합소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 7. 8. 서울 중랑구 ○○○로00길 00-00(면목동)을 사업장 소재지로 하여(이하 ‘이 사건 사업장 소재지’라 한다) 주택신축판매업의 사업자등록을 하였고, 2017. 3. 9. 서울 강동구 △△로00길 00, 000호(천호동)을 사업장 소재지로 하여 부동산중개업의 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 이 사건 사업장 소재지에 근린생활시설과 다세대주택(7세대)으로 구성된 5층 규모의 건물을 신축한 다음, 2018. 1. 15. 총 22억 5,000만 원에 이를 분양하였다.

다. 원고는 2019. 5. 31.‘소득세 집행기준 80-143-4(2 이상의 사업장을 가진 경우 등의 수입금액 계산방법) 제1항에 의하면 단순경비율 적용대상자 여부를 판단함에 있어 사업장별로 판단하지 않고 사업자별로 판단하는 것이므로, 원고는 2018년에 주택신축판매업의 사업을 개시하여 주택신축판매업과 부동산중개업을 겸영하는 계속사업자에 해당하고, 2017년에 부동산중개업으로부터 발생한 수입금액이 000만 원으로 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제143조 제4항 제2호 (다)목에서 정한 2,400만 원에 미달하므로, 주택신축판매업의 2018년 귀속 수입금액에 대하여도 단순경비율법(주-2000.12.19. 개정 전의 표준소득률 방식과 사실상 동일한 소득금액의 추계방법으로서, 수입금액에서 기준경비(= 수입금액 × 단순경비율)를 공제하여 소득금액을 추계한다.)이 적용되어야 한다’고 주장하면서, 위 22억 5,000만 원에 2018년 주택신축판매업(코드번호 451102) 단순경비율인 91%를 곱한 20억 4,750만 원을 필요경비로 하여 2018년 귀속 종합소득세 00,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.

라. 피고는 2024. 1. 5. ‘단순경비율 제도의 취지, 조세의 형평성 등을 고려하면, 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제2호에서 규정한 직전 과세기간의 수입금액은 해당 과세기간의 사업과 실질적 동일성 또는 밀접한 관련성이 있는 사업의 수입금액으로 한정하여 해석함이 타당한데, 부동산중개업이 주택신축판매업과 실질적 동일성 또는 밀접한 관련성이 있다고 보기 어려우므로, 원고는 2018년에 주택신축판매업의 사업을 개시한 신규사업자에 해당하고, 주택신축판매업의 2018년 귀속 수입금액이 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제1호, 제208조 제5항 제2호 (나)목에서 정한 1억 5,000만 원 이상이다’는 이유로, 기준경비율법(주-추계과세방식과 근거과세방식의 절충형에 해당하는 소득금액의 추계방법으로서, 수입금액에서 주요경비(매입비용, 임차료, 인건비)와 기준경비(= 수입금액 × 기준경비율)를 공제하여 소득금액을 추계한다. 2018년 주택신축판매업(코드번호 451102) 기준경비율은 12.9%이다.)을 적용하여 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 199,032,370원(가산세 포함)을 부과하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2023. 10. 10. 국세청에 ‘2017년에 부동산중개업의 사업을 개시하여 수입금액 11,527,555원이 발생한 상황에서 2018년에 화장품 도ㆍ소매업의 사업을 개시하여 수입금액 254,000,000원이 발생한 경우, 2018년 귀속 종합소득세 신고와 관련하여 ①복식부기의무 부담 여부를 사업장별로 판단하는지, ② 화장품 도ㆍ소매업에 대하여 단순경비율법과 기준경비율법 중 어느 것에 따라야 하는지 질의하였고, 같은 날 국세청으로부터 아래와 같은 답변을 받았다.

○ 구 소득세법 시행령 제143조 제7항, 제208조 제7항에 의하면, 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에 단순경비율법과 기준경비율법 중 어느 것에 따라야 하는지는 복식부기의무를 부담하는지에 따르는 것이고, 2018년 귀속 종합소득세 신고 시 단순경비율법 적용 여부 및 복식부기의무 존부는 아래와 같이 계산되는 2017년 귀속 환산수입금액을 기준으로 판단하여야 할 것입니다. ○ 주업종외의 업종(귀 질의의 경우 화장품 도ㆍ소매업)이 사업 개시 전이어서 2017년 수입금액이 없다면, 2017년 귀속 ‘주업종외의 업종의 수입금액’은 0원으로 하여 계산하여야 할 것입니다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 2018년에 주택신축판매업의 사업을 개시하였는데, 2017년에 부동산중개업으로부터 790만 원의 수입금액이 발생한 바 있으므로 2018년에 신규로 사업을 개시한 사업자에 해당한다고 볼 수는 없고, 2018년 기준으로 직전 과세기간(2017년)의 수입금액이 2,400만 원에 미달하는 사업자에 해당한다고 보아야 한다.

2) 그렇다면 원고가 주택신축판매업을 영위하면서 얻은 2018년 귀속 수입금액 22억 5,000만 원에 대하여 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제2호 (다)목에 따라 단순경비율법이 적용되어야 하므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 단순경비율 제도는 기준경비율 제도에서 요구하는 주요경비의 지출증빙에 대한 기장 능력이 부족한 소규모 영세사업자의 납세비용을 최소화하려는 취지의 제도로서,아래와 같은 구 소득세법 시행령 제143조 제4항의 개정 연혁에 비추어 보면, 입법자는 단순경비율 적용대상 사업자의 범위를 점차 축소하여 온 것으로 보인다.

(가) 당초 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제143조 제4항은‘당해 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자’ 전부에 대하여 단순경비율법이 적용되고(제1호),‘직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 기준금액에 미달하는 사업자’에 대하여 단순경비율법이 적용되는 것(제2호)으로 규정하고 있었다.

(나) 그 후 이 사건에 적용되는 2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정된 소득세법 시행령 제143조 제4항 제1호는, 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자라 하더라도 일정 규모 이상 사업자의 경우 주요 경비의 증빙 비치 및 기장이 충분히 가능한 점을 고려하여, 단순경비율법 적용을 통한 소득세액 축소를 방지하기 위하여 신규사업자 중 해당 과세기간 수입금액이 복식부기의무자 기준에 해당하는 경우에는 단순경비율 적용대상에서 배제하여 기준경비율이 적용되도록 규정하였다.

(다) 한편 2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되어 2019. 1. 1. 이후 개시하는 과세기간의 소득분에 대하여 적용되는 소득세법 시행령 제143조 제4항은, 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자(제1호)뿐만 아니라 직전 과세기간의 수입금액의 합계액이 기준금액에 미달하는 사업자(제2호)의 경우에도 해당 과세기간 수입금액이 복식부기의무자 기준에 해당하는 경우에는 단순경비율 적용대상에서 배제하여 기준경비율이 적용되도록 규정하고 있다.

2) 원고는, 구 소득세법 시행령 제143조 제4항에서 말하는 신규사업자(제1호)인지 계속사업자(제2호)인지 여부는 사업의 실질적 동일성 내지 밀접한 관련성 여부와 관계가 없고, 2017년에 부동산중개업으로부터 790만 원의 수입금액이 발생한 바 있으므로 2018년 기준으로 원고를 계속사업자로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 구 소득세법령은‘사업을 개시한 자’의 의미에 대하여 명시적인 정의 규정을 두고 있지 않은데, 소득세법 제19조 제1항 본문은 ‘사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다’고 규정한 다음, 각호에서 농업, 임업, 어업, 광업 등 사업의 종류에 따라 분류하고 있고, 제3항에서 ‘제1항 각호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있으므로, 신규사업자인지 계속사업자인지 여부를 판단할 때에는 ‘사업’의 동일성도 판단 요소로 삼아야 한다고 봄이 타당하다. 나아가 ① 소득세법령상의 단순경비율 제도는 주요 경비의 지출 증빙에 대한 기장능력이 부족한 일정 규모 이하의 소규모 영세사업자에 대해 납세부담을 최소화하려는 취지의 제도인 점, ② 앞서 살펴본 바와 같이 단순경비율 적용 요건을 규정한 구 소득세법 시행령 제143조는 직전 과세기간의 수입금액의 합계액이 기준금액에 미달하는 사업자(제2호)의 경우에도, 해당 과세기간의 수입금액이 일정 기준에 해당하는 경우에는 단순경비율 적용대상에서 배제하도록 개정되는 등 단순경비율의 적용대상 사업자의 범위를 점차 축소하는 방향으로 변화하여 왔는바, 단순경비율 제도의 취지와 입법 연혁,조세의 형평성을 고려할 때 단순경비율의 적용 요건을 가급적 엄격하게 해석․적용할 필요가 있는 점, ③ 구 소득세법 시행령은 제143조 제4항 제2호 및 제208조 제5항 제2호에서 단순경비율 적용 여부의 판단기준이 되는 금액을 업종별로 구분하여 규정하고 있고, 제208조 제7항에서 2개 이상의 사업을 겸영하는 사업자의 경우에는 수입금액이 가장 많은 주 업종의 수입금액에 그 외 업종의 수입금액을 환산하여 더한 총 수입금액을 기준으로 간편장부대상자에 해당하는지 판단하도록 규정하고 있는 점(원고 주장과 같이 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제2호에 해당하는지 판단할 때, 업종을 고려하지 않는다면 주 업종 외의 업종의 수입금액을 환산하여 계산할 이유가 없다), ④ 원고가 원용하는 소득세 집행기준 80-143-4(2 이상의 사업장을 가진 경우 등의 수입금액 계산방법) 제1항은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아닌 반면(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결 등 참조), 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것인 점(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 구 시행령 제143조 제4항 제2호에서 규정한 ‘직전 과세기간의 수입금액’은 해당 과세기간의 사업과 실질적 동일성 또는 밀접한 관련성이 있는 사업의 수입금액으로 한정하여 해석함이 타당하다.

3) 따라서 원고는 2018년에 주택신축판매업을 개시한 신규사업자에 해당하므로 구소득세법 시행령 제143조 제4항 제2호가 적용될 수 없고 제1호의 해당 여부를 판단하여야 할 것인데, 원고가 2018년에 주택신축판매업으로부터 총 22억 5,000만 원의 분양수입을 얻었음은 앞서 본 바와 같고, 이는 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제1호,제208조 제5항 제2호 (나)목에서 정한 기준금액 1억 5,000만 원을 초과함이 명백하므로, 피고가 단순경비율법을 적용하지 아니하고 기준경비율법을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.