서울행정법원 2026. 2. 13. 선고 2023구단55460 판결 [양도소득세등부과처분취소]

1. 피고가 2020. ×. ×. 원고 AAA에 대하여 한 양도소득세 ×××원(가산세 포함)을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 이 사건 주택의 양도와 양도소득세 신고·납부

1) 원고는 1994. ×. ×. 서울 ××구 ××동 ××× ××아파트 제××동 제××호(이 하 “이 사건 주택”)를 취득하였고, 2018. 8. 13. 이를 BBB 등 2명에게 ×××원에 양도하였다(이하 이를 “이 사건 양도”라고 한다).

2) 원고는 2018. ×. ×. 이 사건 주택에 대하여 일시적 2주택 특례가 적용된다고 보아 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제(10년 이상 보유에 따른 80%)와 일반 양도소득세율을 적용하여 양도소득세 ×××원을 신고·납부 하였다.

3) 이 사건 주택의 양도 당시 원고 및 배우자 소유의 주택은 다음과 같다. (표생략)

나. 피고의 부과처분

피고는 이 사건 양도 당시 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제를 적용하지 않고 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 중과세율(기본세율에 20%를 가산)을 적용하는 방식으로 1세대 3주택에 따른 양도소득세를 산정한 다음 2020.×. ×. 원고에 대하여 양도소득세 ×××원, 가산세 ×××원 합계 ×××원을 부과하였다(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 4, 6 내지 8호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 양도에 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항, 제20항에 따라 일시적 2주택의 특례가 적용되는 이상, 이 사건 양도는 소득세법 제104조 제7항이 규정한 1세대 2주택 또는 1세대 3주택에 해당하지 않고 여기에는 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

2) 원고는 장기임대주택에 해당하는 이 사건 임대주택 외에 이 사건 대체주택을 취득하고 이 사건 주택을 양도하는 과정에서 일시적 2주택에 해당하게 되었던바, 이 사건 임대주택을 소유하고 있다는 이유만으로 장기보유특별공제가 제외되고 중과세율을 적용받는 것은 장기임대주택 없이 일시적 2주택에 해당하는 경우와 비교할 때 부당한 차별에 해당한다. 피고가 이와 관련된 행정해석을 변경한 것은 국세기본법 제18조 제1항, 제3항과 평등원칙을 위반하여 위법하다.

3) 구 소득세법 제95조 제2항은 1세대 3주택에 해당하는 주택에 대하여는 장기보유특별공제의 적용을 제외하도록 규정하고 있는바, 이는 입법목적을 달성하기 위한 부적절한 수단에 해당하고 침해의 최소성이나 법익 균형성도 갖추지 못하여 납세자의 재산권을 과하게 침해하므로 위헌에 해당한다.

4) 이 사건 양도에 대하여 일시적 2주택에 따른 비과세특례가 적용되어 장기보유특별공제가 적용된다는 견해가 우세하였고 원고는 세무사의 법령해석을 신뢰하여 이 사건 양도소득세 신고·납부를 하였는바, 원고에게는 이 사건 양도소득세를 제대로 신고·납부하지 못한 정당한 사유가 있으므로 가산세가 면제되거나 감경되어야 한다.

나. 판단

1) 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 규정된 “1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”에 해당하는지 여부

가) 소득세법상 양도소득세의 세율은 원칙적으로 일반세율이고 예외적으로 1세대 1주택 중 일정한 경우는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 과세하지 아니하되, 1세대 2주택 또는 3주택 이상의 경우는 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항, 제167조의3 제1항의 각 규정에 따라 중과세율을 적용하도록 되어 있다. 이러한 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세규정은 그 적용대상 및 주택 수 계산에 관한 내용을 독립적으로 정하고 있으므로, 해당 비과세 사유 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따지는 것이 타당하다.

나) 이 사건 양도는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조 제1항, 제20항에 따라 1세대 1주택의 특례를 적용받을 수 있다. 그렇다고 하더라도 양도가액이 9억 원을 초과하여 비과세대상에 해당하지는 않는 이상, 양도소득금액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 정한 바에 따라 산정하게 된다. 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조에 따라 계산하게 되는데, 주택의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반 양도소득세율을 적용하지만(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 양도에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 따라서 1세대 1주택의 특례에 해당하더라도 양도가액이 9억 원을 초과하는 경우, 양도소득세 세율에 관하여는 실제 보유 주택수를 바탕으로 중과세율이 적용되는지 검토하여야 하고, 중과세율 적용이 배제되는 경우에 비로소 일반세율이 적용된다고 보아야 한다. 그러므로 이 사건 양도가 구 소득세법 시행령 제155조에서 정한 1세대 1주택 특례의 적용을 받는다고 하더라도 곧 바로 중과세율의 적용을 받지 않는다고 단정할 수 없다.

다) 원고와 배우자는 이 사건 양도 당시 이 사건 주택, 이 사건 대체주택, 이 사건 임대주택의 3주택을 소유하고 있었다(위 3개의 주택은 모두 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 해당하지 않으므로 주택의 수에 산입된다). 다음으로 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 각호에 해당하는지를 살피면, 이 사건 주택은 제2호의 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하고 있고, 원고는 이 사건 임대주택을 제외하고도 2개의 주택을 소유한 경우이므로 제10호의 일반주택에도 해당하지 않으며, 그 밖의 각호에도 해당하지 않는다.

라) 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 포섭되므로, 그 양도소득금액에 대하여는 일반 세율에 20%를 더한 중과세율이 적용되어야 한다.

2) 이 사건 부과처분이 국세기본법 제18조 제1항, 제3항을 위반하였거나 평등원칙에 위반되는지 여부 위의 증거들, 갑 제5, 9 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사정들을 종합하면, 이 사건 부과처분이 장기임대주택을 보유하지 않은 일시적 2주택자와 비교할 때 원고를 합리적 사유 없이 차별하였다고 보기 어렵고, 과세관청이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 해석이나 관행과 어긋난 처분을 하였다거나 원고의 재산권을 부당히 침해한 것으로 판단하기는 어렵다. ① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). ② 이 사건 주택은 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3에 따른 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 요건을 충족하고 있으므로, 이 사건 양도에 대하여는 중과세율이 적용되고, 구 소득세법 제95조 제2항의 명문 규정에 따라 장기보유특별공제가 적용되지 않게 된다. ③ 1세대 1주택을 소유하고 있다가 대체주택을 먼저 취득하여 일시적 2주택에 해당하게 될 경우 이것이 비과세대상에 해당하는지(또는 양도가액이 9억 원을 초과하여 비과세대상에 해당하지 않는 경우 양도가액 9억 원을 초과하는 부분만 안분하여 양도차익을 산정할 것인지)와 관련하여서는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 기준에 따라 결정된다고 할 것이지만, 과세대상인 양도차익에 대하여 1세대 2주택 양도에 따른 중과세율이 적용되는지 여부는 구 소득세법 제104조 제7항 제1호, 구 소득세법 시행령 제167조의10의 기준에 따라 결정되게 된다. 장기임대주택 없이 기존 주택 외에 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적 2주택자가된 경우 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항의 기준에 의할 때 단서 제8호의 요건을 충족하여 양도소득세가 중과되는 2주택자에 해당하지 않는 반면, 원고의 경우 기존주택 외에 장기임대주택을 보유하다가 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적 3주택자가 된 경우 구 소득세법 시행령 제167조의3의 기준에 의할 때 양도소득세가 중과되는 3주택자로 인정되는 것이 부당하다고 볼 수 없으며, 장기임대주택이 없는 일시적 2주택자와 장기임대주택을 포함한 일시적 3주택자 사이에는 보유 주택 수 등에서 명백한 차이가 있으므로, 이를 두고 정당한 사유 없이 동일한 사안에 대하여 차별적 취급을한 것이라고 판단하기도 어렵다. ④ 과세관청이 장기임대주택 외에 1주택을 소유한 사람이 대체주택을 취득하는과정에서 일시적 2주택(장기임대주택이 1채일 경우 합계 일시적 3주택이고, 장기임대주택이 2채 이상일 경우 합계 일시적 4주택 또는 그 이상에 해당함)이 된 경우에도 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조 제1항, 제20항의 해석에 의할 때 ‘1세대 1주택’의 특례를 인정받아 양도소득세 비과세대상이 된다(다만 양도가액이 9억 원을 초과하는 경우 양도가액 9억 원을 초과하는 부분만 안분하여 과세대상인 양도차익을 산정함)는 취지의 해석을 여러 차례 하거나, 이를 토대로 양도소득세 부과 등 업무를 처리하였던 사실은 인정할 수 있다(피고는 이 사건 부과처분에서도 이러한 소득세법 해석은 그대로 유지하고 있다). 그렇지만 1세대 3주택에 따른 중과세율의 적용과 관련하여 장기임대주택 외에 주택을 1채 더 소유하였던 사람이 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적 3주택이 되었을 경우 양도가액 9억 원을 초과하는 양도차익 부분에 대하여 1세대 3주택에 따른 중과세율이 적용되지 않는다는 신뢰를 납세자에게 부여하였다거나 중과세율을 적용하지 않는 것이 확고한 과세관행으로 성립되어 원고가 이러한 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르렀다고 인정하기 어렵다. 더욱이 소득세법이 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정됨으로써 2018. 4. 1. 이후 양도내역부터는 1세대 3주택에 따른 중과세율 대상인 양도는 장기보유특별공제 대상에서도 제외되게 되었던바, 과세관청이 장기임대주택을 포함하여 대체주택 취득 과정에서 일시적 3주택이 된 사람에 대하여도 일반세율을 적용하거나 장기보유특별공제를 적용할 것이라는 신뢰를 부여하였다고 인정하기는 어렵다.

3) 구 소득세법 제95조 제2항의 괄호부분의 위헌 여부에 대한 판단

다음과 같은 이유에서 구 소득세법 제95조 제2항의 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다” 부분이 과잉금지의 원칙 등에 위배되어 원고들의 재산권을 침해한다고 볼 수 없으므로, 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다(구체적인 판단내용은 이 법원 2023아13146호 결정의 내용과 같다). ① 해당 조항은 투기 목적이 있는 주택 소유를 억제하여 국민 다수의 주거생활 안정과 주택 가격안정을 이룩하려는 공익을 위한 것이므로 입법목적의 정당성이 인정된다. ② 해당 조항은 시행일이 2018. 4. 1.로 3개월 이상의 유예기간이 부과되었을 뿐만 아니라, 1세대 2주택 이상의 다주택자의 주택양도에 관하여 예외 없이 일률적으로 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 아니고 오히려 대통령령으로 여러 예외를 규정할수 있는 여지를 두고 있다. 해당 법률조항이 앞서 본 입법목적을 달성하는 데 부절적한 수단을 채택하였다고 하기 어렵고, 침해 최소성 원칙을 벗어났다고 보기도 어렵다. 또한 해당 법률조항으로 인해 1세대 2주택 이상에 해당하는 납세의무자가 입게 되는 불이익이 이 사건 법률조항이 추구하는 공익에 비해 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수도 없으므로 이 사건 법률조항은 법익의 균형성도 충족한다. ③ 헌법재판소는 이미 ’소득세법상 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유 특별공제를 배제하고 있는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 “제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다” 부분이 과잉금지원칙에 위배되어 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다‘고 결정하였는바(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 결정 참조), 위 헌법재판소 결정과 달리 판단할 만한 사정이 확인되지 않는다.

4) 가산세에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하는 것이다(대법원 2001. 1. 30. 선고 99두7876 판결 등 참조). 살피건대, 장기임대주택 외에 1주택을 소유하고 있는 세대가 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적으로 3주택에 해당하게 되었을 때 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조 제1항에 따른 1주택 특례를 인정받을 수 있다는 점에 대하여는 확고한 과세관행으로 성립되어 있다고 할 것이나, 양도가액이 9억 원을 초과하여 비과세대상이 될 경우 9억 원 초과분을 안분하여 계산한 양도차익에 대하여 3주택 소유에 따른 중과세율이 적용되지 않는다는 점이 확고한 과세관행으로 성립되어 있었다고 보기 어렵고, 원고가 이러한 해석을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르렀다고 인정하기는 어렵다. 당시 이러한 경우에 3주택에 따른 중과세율이 적용될 것인지에 대한 법적 해석이 명확하게 확립되어 있지는 않았던 점, 소득세법이 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 적용됨에 따라 중과세율 적용 여부가 장기보유특별공제의 적용 여부에까지 영향을 미치게 되었던 점을 고려한다면, 장기임대주택을 포함하여 일시적 3주택자로서 1주택 특례를 만족할 경우에는 3주택에 따른 중과세율 적용 대상이 되지 않는다고 소득세법령을 해석한 세무사들도 다수 있었다고 하더라도 달리 과세관청의 유권해석이나 과세관행이 엇갈리고 있었던 사정 또는 원고를 비롯한 납세의무자에게 신뢰를 부여하였다는 사정이 인정되지 않는 이상, 원고가 구 소득세법 제104조 제7항, 제95조 제2항 구 소득세법 시행령 제167조의3의 해석과 어긋나게 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 것에 정당한 사유가 있다거나 자신의 귀책사유가 없음을 증명하였다고 볼 수 없다. 피고의 가산세 부과가 위법하다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다(원고가 양도소득세를 제대로 신고·납부하지 못한 데에 정당한 사유를 인정할 수 없는 이상, 위 가산세 부과가 비례원칙에 어긋난다고 볼 수도 없다).

5) 소결

피고의 이 사건 부과처분은 정당하다

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각한다.