서울행정법원 2025. 5. 16. 선고 2024구합54300 판결 [제재조치처분취소 청구의 소]
판시사항
참조조문
참조판례
심판대상조문
판례내용
- 원고
- A 주식회사
- 피고
- 한국환경산업기술원
- 변론종결
- 2025. 3. 21.
- 판결선고
- 2025. 5. 16. **주문**
1. 이 사건 소 중 피고가 2024. 1. 17. 원고에 대하여 한 중소환경기업 환경설비 상용화 지원사업 참여제한조치 10년의 무효확인을 구하는 부분을 각하한다.
2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 원고가 부담한다.
**청구취지** 피고가 2024. 1. 17. 원고에 대하여 한 중소환경기업 환경설비 상용화 지원사업 참여제한조치 10년은 무효임을 확인하고, 원고의 피고에 대한 환수금 261,345,071원 및 제재부가금 783,000,000원 채무는 존재하지 아니함을 확인한다.
**이유**
1. 제재조치의 경위
가. 원고는 선박설계 및 감리업 등을 영위하는 회사이고, 주식회사 B(이하 ‘B’라고만 한다)는 조선, 해양플랜트 기술서비스업 등을 영위하는 회사이다. 피고는 한국환경산업기술원법에 따라 설립된 공법인으로서, 환경기술 및 환경산업 지원법(이하 ‘환경기술산업법’이라 한다) 제6조 및 같은 법 시행령 제17조에 따라 우수 환경기술을 보유하고 있는 중소환경기업의 사업화 및 환경설비의 상용화 지원을 위한 사업을 환경부로부터 위탁 받아 수행하고 있다.
나. 피고는 2021. 6. 3. 2021년도 중소환경기업 환경설비 사업화․상용화 지원사업 추진계획을 공고하였고, 원고는 위 사업에 ‘해양 환경 보호를 위한 유출기름(저유황유) 방제용 오일 회수기 상용화’ 과제(이하 ‘이 사건 과제’라 한다)를 신청하여 지원대상자로 선정되었다. 원고와 피고는 2021. 8. 25. 원고가 이 사건 과제를 수행하고, 피고는 원고에게 자금을 지원하기로 하는 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 하고, 이 사건 협약에 따른 지원사업을 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 협약의 주요 내용은 아래와 같다.
사업화 지원사업 협약서
○ 분야명: 일반환경
○ 과제명: 해양 환경 보호를 위한 유출기름(저유황유) 방제용 오일 회수기 상용화
○ 과제유형: 환경설비
○ 협약기간: 2021. 8. 25. ~ 2022. 8. 24.(12개월)
○ 총사업비: 870,000,000원
- 정부지원금 522,000,000원 - 민간부담금 348,000,000원(민간현금 174,000,000원, 민간현물 174,000,000원)
○ 협약대상자
- 전문기관: 피고 - 주관기업: 원고
중소환경기업 사업화․상용화 지원사업 관리지침의 사업화 지원사업 수행에 관하여 피고와 원고는 다음과 같이 협약을 체결한다.
제2조(사업화 지원사업의 신의성실 수행) ① 본 협약에 의한 사업에 참여하는 주관기업은 신의를 가지고 본 협약, 중소환경기업 사업화․상용화 지원사업 관리지침(이하 ‘이 사건 관리지침’이라 한다) 등이 정하는 바에 따라 사업책임자의 조정과 감독으로 사업을 성실히 수행하여야 한다. ② 주관기업은 전문기관 또는 전문기관이 지정하는 자가 과제의 개발 성과 및 참여인력 등의 정보수집․활용을 위한 사항에 동의․협력하여야 한다. ③ 주관기업의 수행자는 연구윤리에 위배되지 않도록 노력하여야 한다.
제7조(협약의 해약) ① 전문기관은 다음과 같이 협약의 해약 사유가 발생하였을 경우에는 본 협약을 해약할 수 있다.
나. 이 사건 관리지침 제40조 제1항에 따른 부정행위가 발생한 경우
② 사업책임자는 본 협약이 해약되었을 경우 사업비의 사용을 즉시 중지하고 제3조에 의거 지급받은 정부지원금의 집행내역과 사용 잔액을 전문기관에 지체 없이 보고하여야 하며, 전문기관의 정산결과에 따른 환수액을 전문기관의 통보일로부터 30일 이내에 전문기관이 지정하는 계좌로 입금하여야 한다.
제9조(관련법령 및 규정의 준수) 주관기업은 본 과제를 수행함에 있어서 이 사건 관리지침과 본 협약을 준수하여야 하며, 위반 또는 불응시 전문기관은 주관기업과 주관기업의 사업책임자 등에 대하여 참여제한 또는 정부지원금 환수 등의 제재처분을 취할 수 있다.
제10조(기타) 비실명화로 생략 ② 본 협약서에 기재하지 아니한 사항일지라도 관련 규정의 내용은 본 협약의 내용으로 본다.
다. 이 사건 협약에서 인용하고 있는 이 사건 관리지침(’중소환경기업 사업화․상용화 지원사업 관리지침‘)의 주요 내용은 아래와 같다.
■ 구 중소환경기업 사업화․상용화 지원사업 관리지침(2021. 7. 7. 녹색산업혁신과 제137호로 개정되기 전의 것)
제32조(제재처분) ① 전문기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 수행기관, 사업책임자, 사업수행자, 위탁책임자, 위탁수행자, 사업수행 지원인력 또는 수행기관 소속 임직원에 대하여 10년 이내 범위에서 지원사업의 신규참여를 제한하거나 이미 지급한 정부지원금의 5배 범위에서 제재부가금을 부과할 수 있다.
3. 사업수행자, 위탁수행자 또는 수행기관이 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부정행위를 한 경우 ② 제1항에 따른 참여제한 처분이나 제재부가금 부과처분은 병과할 수 있다. ③ 전문기관의 장은 제1항 및 제1항에비실명화로 생략 따른 제재처분과 별도로 이미 지급한 정부지원금 중 제재사유와 관련된 사업비를 환수할 수 있다. ④ 전문기관의 장은 제재처분을 하거나 사업비를 환수하는 때에는 제재사유의 중대성, 위반행위의 고의 유무, 위반 횟수, 지원과제의 진행 정도 등을 고려하여야 한다. ⑥ 제1항에 따른 제재사유별 참여제한 기준 및 제재부가금의 부과기준, 제3항에 따른 사업비 환수의 기준 및 범위는 별표 7 및 별표 8을 따른다.
제40조(부정행위 금지) ① 사업에 참여하는 사업수행자, 위탁수행자 및 수행기관은 다음 각호의 부정행위를 하여서는 아니된다.
2. 제24조 제1항에 따른 사업비의 사용용도와 사업비 사용 기준을 위반한 행위
5. 거짓이나 그밖의 부정한 방법으로 과제를 신청하거나 이를 수행하는 행위
라. 피고는 2022. 8. 19. 원고에 ‘사업비 부적정 집행 등에 따른 협약 중단 여부 검토를 이유로 신청인에 대한 특별평가를 실시한다’는 내용의 공문을 보냈고, 2022. 8. 23. 원고에 ‘위 특별평가 결과 이 사건 관리지침 제40조 제1항 제2호, 제5호 등에 해당하는 부정행위가 있었다’는 이유로 협약중단을 통보하였다.
마. 피고는 그 후 정동회계법인을 통하여 이 사건 사업에 관한 사업비 정밀정산을 실시하였다. 정동회계법인은 정밀정산 결과 최종 환수 대상 정부지원금을 261,055,985원으로 산정하였고, 피고는 2022. 11. 15. 원고에 위 정밀정산 결과를 통보하였다. 정밀정산 결과의 주요 내용은 아래와 같다.
○ 불인정 금액: 282,268,020원
1) 주관기관: 190,071,180원
- 인건비 중 불인정금액은 타 사업과 중복하여 집행한 금액과 급여를 초과하여 집행한 금액 3,440,680원 - 재료비 중 불인정금액은 정밀정산 현장실사 전문가 의견 반영한 과다집행 금액 26,000,000원 - 시제품․설비 제작비 불인정금액은비실명화로 생략 정밀정산 현장실사 전문가 의견 반영한 과다집행 금액 153,000,000원 - 위탁사업비 불인정금액은 위탁기관 미집행 금액 7,630,500원
2) 위탁기관: 92,196,840원
위탁기관이 주관기관의 관계회사이므로 전문기관 장이 필요하다고 인정하는 사항 외에 관계회사와 거래를 할 수 없음. 따라서 위탁기관 사업비 집행금액 92,196,840원 전액 불인정함
바. 피고는 2024. 1. 17. 원고에 대하여 10년의 중소환경기업 사업화․상용화 지원사업 참여제한조치(이하 ‘이 사건 참여제한조치’라 한다), 환수금 261,345,071원(= 환수금 522,000,000원 - 기납부금 260,654,929원)의 환수조치(이하 ‘이 사건 환수조치’라 한다), 제재부가금 783,000,000원의 부과조치(이하 ‘이 사건 제재부가금조치’라 한다)를 아래와 같이 통보하였다.
○ 제재사항

| 위반사항(제재사유) | 제재대상 | 제재수위 | |
|---|---|---|---|
| [이 사건 관리지침 제40조 제1항 제2호] - 사업비 사용기준과 사용용도 위반 [이 사건 관리지침 제40조 제1항 제5호] - 거짓 또는 부정한 방법으로 과제 신 비 청 또는 수행 | (주관기업) 원고 | 참여제한 | 확정일로부터 10년 (2024. 1. 17. ~ 2034. 1. 16.) |
| 환수금 | 522,000,000원 (정부지원금 전액) | ||
| 제재 부가금 | 783,000,000원 (정부지원금 1배 + 중과 50%) | ||
| (주관기업 실명화로 대표이사) 박성재 | 생략 참여제한 | 확정일로부터 10년 (2024. 1. 17. ~ 2034. 1. 16.) |
* 정밀정산 결과 납부한 정산금은 환수금 일부를 기납부한 것으로 간주함
○ 납부액 및 납부처 고지

| 환수금 납부대상액 | 제재부가금 납부대상액 | 납부처 |
|---|---|---|
| 통지금액 522,000,000원 - 기납부금 260,654,929원 = 납부대상액 261,345,071원 | 통지금액 783,000,000원 - 기납부금 0원 = 납부대상액 783,000,000원 | 합계고지액 1,044,345,071원 납부처 생략 납기일 2024. 2. 16. |
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 7, 8, 11, 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령 등
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 소 중 이 사건 참여제한조치 무효 확인 청구 부분에 관한 판단
가. 본안 전 항변의 요지
이 사건 참여제한조치는 공법상 계약인 이 사건 협약과 이 사건 협약의 내용으로 편입된 이 사건 관리지침에 따라 행해진 조치에 불과하고 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없다.
나. 관련 법리
1) 항고소송의 대상이 되는 행정청의 처분이라 함은 원칙적으로 행정청의 공법상의 행위로서 특정사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 등 국민의 권리의무에 직접 관계가 있는 행위를 말하고(대법원 1993. 10. 26. 선고 93누6331 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두18362 판결 등 참조), 행정청이 자신과 상대방 사이의 법률관계에 관하여 일방적인 의사표시를 하였다고 하더라도 곧바로 그 의사표시가 행정청으로서 공권력을 행사하여 행하는 행정처분이라고 단정할 수는 없고, 관계 법령이 상대방의 법률관계에 관하여 구체적으로 어떻게 규정하고 있는지에 따라 그 의사표시가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것인지 아니면 공법상 계약관계의 일방 당사자로서 대등한 지위에서 행하는 의사표시인지 여부를 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1996. 5. 31. 선고 95누10617 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2015두41449 판결 등 참조).
2) 공기업․준정부기관이 법령 또는 계약에 근거하여 선택적으로 입찰참가자격 제한 조치를 할 수 있는 경우, 계약상대방에 대한 입찰참가자격 제한 조치가 법령에 근거한 행정처분인지 아니면 계약에 근거한 권리행사인지는 원칙적으로 의사표시의 해석 문제이다. 이때에는 공기업․준정부기관이 계약상대방에게 통지한 문서의 내용과 해당 조치에 이르기까지의 과정을 객관적․종합적으로 고찰하여 판단하여야 한다. 그럼에도 불구하고 공기업․준정부기관이 법령에 근거를 둔 행정처분으로서의 입찰참가자격 제한 조치를 한 것인지 아니면 계약에 근거한 권리행사로서의 입찰참가자격 제한 조치를 한 것인지 여부가 여전히 불분명한 경우에는, 그에 대한 불복방법 선택에 중대한 이해관계를 가지는 그 조치 상대방의 인식가능성 내지 예측가능성을 중요하게 고려하여 규범적으로 이를 확정함이 타당하다(대법원 2019. 2. 14. 선고 2016두33223 판결 참조).
다. 구체적 판단
앞서 든 증거들, 을 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 협약은 대등한 당사자 사이의 의사표시의 합치로 성립하는 공법상 계약에 해당하고, 이 사건 참여제한조치는 피고가 이 사건 협약에 따라 대등한 당사자의 지위에서 하는 의사표시일 뿐, 행정청이 우월한 지위에서 행하는 공권력의 행사로서 행정처분에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 참여제한조치 무효 확인을 구하는 부분은 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다(설령 이 부분 청구가 당사자소송으로서의 무효 확인 청구라고 하더라도, 확인의 이익이 없어 부적법하다).
1) 이 사건 사업은 환경기술산업법 제6조 및 같은 법 시행령 제17조에 따른 중소환경기업 사업화ㆍ상용화 지원산업 중 중소환경기업 환경설비 상용화 지원사업에 해당하고, 이 사건 협약은 이 사건 사업에 정부지원금을 지원하기 위하여 대등한 당사자 사이의 의사표시의 합치로 성립되었다.
2) 환경기술산업법은 환경기술개발사업과 중소환경기업 사업화ㆍ상용화 지원산업을 구분하고 있다. 환경기술개발사업에 대하여는 환경기술산업법 제5조의2 제1항에서 환경부장관에게 참여제한 및 사업비 환수 등의 처분을 할 권한을 부여하고 있고, 피고는 같은 법 제31조 제2항 제1호에 따라 그에 대한 권한을 위탁받아 행사할 수 있다. 그러나 환경기술산업법 제6조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제17조 제4호에 근거한 우수 환경기술 실용화 촉진을 위한 자금 지원사업에 관하여는 참여제한조치에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않다.
3) 이 사건 협약 제9조는, 이 사건 참여제한조치의 근거와 요건 등을 정하고 있는 이 사건 관리지침을 준수할 의무를 원고에게 부과하고 있다.
4) 이 사건 참여제한조치에 이르는 과정에서 이루어진 피고의 원고에 대한 각종 통지[특별평가 실시 및 결과 알림(을 제7호증), 정밀정산 결과 통보(을 제8호증), 제재조치 사전통보서(을 제10호증), 제재조치 확정통보서(을 제11호증)]에는 근거규정으로 이 사건 관리지침만 기재되어 있다. 따라서 원고는 이 사건 참여제한조치가 이 사건 협약 및 이 사건 관리지침에 따라 결정되었다는 것을 알 수 있었을 것으로 보인다.
4. 환수금 및 제재부가금 지급채무 부존재확인 청구에 관한 판단
가. 원고의 주장 요지
1) 원고는 이 사건 관리지침을 위반하지 않았으므로, 원고의 피고에 대한 환수금 및 제재부가금 지급 채무는 존재하지 않는다.
2) 원고의 이 사건 관리지침 위반이 인정되더라도 환수금 및 제재부가금 금액이 과도하므로 감액되어야 한다.
나. 환수금 및 제재부가금 지급채무의 존부
앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제4, 7호증, 을 제12 내지 17, 19 내지 22호증의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 거짓 또는 부정한 방법으로 이 사건 과제를 신청하였고 사업비 사용기준과 사용용도를 위반하여 사업비를 사용하였으므로, 이 사건 협약 및 이 사건 관리지침에 따라 피고에게 환수금 261,345,071원 및 제재부가금 783,000,000원을 지급할 의무가 있다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1) 원고는 거짓 또는 부정한 방법으로 이 사건 과제를 신청하였다. 그 이유는 다음과 같다.
가) 원고 대표이사의 배우자 C는 이 사건 협약 체결 당시 B의 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 최대주주였으므로, 원고와 B는 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2020. 12. 29. 법률 제17729호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2호 및 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2021. 12. 28. 대통령령 제32274호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1호 가목에 따른 기업집단 관계에 있는 기업이고, B는 이 사건 협약에 관하여 이 사건 관리지침 제3조 제29호에서 정한 원고의 ’관계회사‘에 해당한다. 그러나 원고는 위탁기관을 B로 하여 이 사건 사업 계획서를 작성․제출하면서도 위탁기관이 관계회사에 해당하지 않는다고 기재하였고(을 제1호증 9면), 경영정보 중 관계회사 란에도 “해당사항 없음”이라고 기재하였다(을 제1호증 24면).
나) 피고가 2021. 6. 3. 공고한 2021년도 중소환경기업 환경설비 사업화․상용화 지원사업 추진계획에는 신청자격 제한 요건으로 ’동일 사업계획으로 정부의 지원을 받은 경우‘를 명시하고 있다(을 제18호증의2 10면). 원고는 이 사건 사업을 신청하고 이 사건 협약을 체결할 무렵 중소기업기술정보진흥원이 주관하는 디딤돌창업과제에서 B를 주관연구개발기관으로, 원고를 참여기업으로 하여 이 사건 과제와 사실상 동일한 내용의 과제(과제명: 해양 유출 기름을 신속하게 포집 및 분리하여 회수하는 일괄처리 장비 개발)를 수행하면서 정부지원금을 수령하고 있었음에도, 이 사건 사업 계획서 중 ’현재 수행 중인 타 과제 현황(수행 중인 정부지원 과제 작성 필수)‘란에 위 디딤돌창업과제를 기재하지 않았다(을 제1호증 7면).
다) 이 사건 관리지침 제15조 제7호는 ’피고는 동일 사업계획으로 정부의 지원을 받은 신청기업에 대하여 당해 연도 지원사업의 참여를 제한할 수 있다‘고 규정하고, 제17조 제1항 제3호 및 제2항은 ’피고는 지원사업의 신청기업 및 신청과제에 대하여 제15조에 따른 제한대상 여부를 사전 검토하여야 하고, 검토 결과 제한대상에 해당하는 경우에는 탈락조치 할 수 있다‘고 정하고 있다. 같은 지침 제18조 제3항은 ’피고는 협약을 체결하기 전에 사업화계획서와 구비서류 등이 허위로 작성되었거나 동일 과제가 중복되어 선정된 사실을 확인한 경우 해당 과제의 선정을 취소할 수 있다‘고 정하고 있다.
라) 원고가 ’위탁기관 B가 관계회사이고, 동일한 사업계획으로 정부의 지원을 받고 있다‘는 것을 사실대로 기재하여 이 사건 사업을 신청하였다면, 피고와 이 사건 협약을 체결할 수 없었을 것으로 보인다.
2) 원고는 거짓 또는 부정한 방법으로 이 사건 과제를 수행하였다고 볼 수 없다. 그 이유는 다음과 같다.
가) 원고는 위탁기관 B와 관계회사인 사실을 숨기고 피고의 승인 없이 B에 위탁사업비를 지급하였고, IBMT와 이 사건 과제 시제품 등 환경설비 제작 용역계약을 체결하고 용역비를 지급한 후 관계회사인 B의 계좌로 용역비 환급을 요구한 사실이 있다. 그러나 이는 거짓 또는 부정한 방법으로 이 사건 과제를 수행한 것이 아니라, 사업비 사용기준과 사용용도를 위반하여 사업비를 사용한 것에 해당한다.
나) 피고는 원고가 주식회사 D(이하 ’오로라‘라고만 한다)로부터 용역비 일부를 되돌려 받는 방식으로 정부지원금을 착복한 것으로 의심된다고 주장한다. 그러나 원고가 오로라에 세금계산서를 발행하지 않고 개인계좌로 착수금을 지급하였다는 사정만으로 용역비 일부를 되돌려 받았다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고가 이 부분에 관하여 거짓 또는 부정한 방법으로 과제를 수행한 것이라 볼 수 없다.
다) 피고는 위탁기관에 위탁된 과제를 제외한 나머지 부분을 직접 수행하여야 함에도 장비 및 부품을 외주하여 제작하였으므로 거짓 또는 부정한 방법으로 이 사건 과제를 수행한 것이라고 주장한다. 그러나 이 사건 협약서 및 이 사건 관리지침에 주관기관이 환경설비를 반드시 자체 제작하여야 한다는 명시적인 규정은 발견하기 어려운 점, 이 사건 관리지침 별표9는 환경설비 상용화 지원사업의 위탁기관을 혁신기술을 공급하는 기술공급기관으로 한정하고 있어 설비 제작 외주는 위탁기관에 관한 제한 규정과는 무관한 점, 피고는 이 사건 사업 특별평가의 계기가 되었던 국민신문고 제보 이전에는 원고의 외주제작 비용을 문제 삼지 않고 원고가 신청한 대로 지급하였던 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 과제 완성에 필요한 장비 또는 부품을 외주 제작하였다는 사실만으로 거짓 또는 부정한 방법으로 이 사건 과제를 수행한 것이라고 단정하기 어렵다. 따라서 원고가 오로라 및 주식회사 E에 장비 및 부품을 외주 제작한 것이 거짓 또는 부정한 방법으로 과제를 수행한 것이라 볼 수 없다.
3) 원고는 사업비 사용기준과 사용용도를 위반하여 사업비를 사용하였다. 그 이유와 인정범위는 다음과 같다.
가) 이 사건 관리지침 제25조의2 제3항은 ’원고는 피고가 필요하다고 인정하는 사항 외에는 관계회사와의 거래를 할 수 없다‘고 규정하고, 별표2의 부당집행 기준 공통사항은 ’승인이 필요한 사항에 대하여 미리 승인을 받지 않고 집행하여 사용한 금액‘을 부당집행 금액으로 규정하고 있다. 원고는 피고의 승인 없이 관계회사인 B에 위탁사업비를 지급하였다.
나) 이 사건 관리지침 별표2의 부당집행 기준 공통사항은 ’과제 수행과 관련이 없거나 증명서류가 미비한 집행 금액‘을 부당집행 금액으로 규정하고 있다. 원고는 IBMT와 이 사건 과제 시제품 등 환경설비 제작 용역계약을 체결하고 용역비를 지급하였으나, 관계회사인 B의 계좌로 용역비 환급을 요구한 사실이 있다. 이는 원고가 동일한 과제에서 동일한 시제품을 사용하여 사업비를 중복 수령한 것과 관련이 있는 것으로 보이고, 원고는 위와 같은 이례적인 환급 요구에 대해 수긍할 만한 설명을 하지 못하고 있으므로, 이 부분 역시 과제 수행과 관련이 없거나 증명서류가 미비한 집행 금액으로 사업비 사용기준과 사용용도를 위반한 것으로 봄이 타당하다.
다) 한편, 원고는 오로라에 세금계산서를 발행하지 않고 개인계좌로 착수금을 지급한 사실이 있으나, 이후 오로라가 발급한 전자세금계산서, 거래명세서, 통장 사본을 첨부하여 사업비 지급 신청을 하여 피고로부터 사업비를 지급받았으며, 달리 위 사업비가 과제 수행과 관련 없이 사용되었다고 볼 증거가 없다. 따라서 오로라에 지급된 사업비가 과제 수행과 관련이 없거나 증명서류가 미비한 집행 금액으로 사업비 사용기준과 사용용도를 위반한 것이라 보기 어렵다.
4) 제재사유가 인정되는 관련 사업비는 아래와 같다.
가) 거짓 또는 부정한 방법으로 이 사건 과제를 신청한 부정행위 관련 사업비는 정부지원금 전액인 522,000,000원이다.
나) 사업비 사용기준과 사용용도를 위반한 부정행위 관련 사업비는 176,827,340원(= 위탁사업비 중 정부지원금 지분 전액 99,827,340원 + IBMT 용역비 77,000,000원)이다.
5) 이 사건 관리지침 제32조 제3항은 ’이미 지급한 정부지원금 중 제재사유와 관련된 사업비를 환수할 수 있다’고 정하고 있다. 이 사건 사업에서 제재사유와 관련된 사업비는 정부지원금 전액인 522,000,000원이므로, 원고는 피고에게 위 돈에서 기납부금액인 260,654,929원을 제외한 261,345,071원을 환수금으로 지급할 의무가 있다.
6) 이 사건 관리지침 별표8은 제재부가금 부과기준으로, 거짓 또는 부정한 방법으로 과제를 신청한 경우 및 수행한 경우 각 ‘정부지원금 전액’을, 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원금이 1억 원 초과 5억 원 이하인 경우 ‘1억 원 + (사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원금의 100분의 150)’을 정하고 있다. 아울러 하나의 지원과제에서 발생한 위반행위가 둘 이상인 경우 가장 큰 제재부가금 부과액을 기준으로 2분의 1 범위에서 가중할 수 있도록 하고 있다. 따라서 피고가 가장 큰 제재부가금 부과액인 정부지원금 전액 522,000,000원을 기준으로 2분의 1을 가중한 783,000,000원의 제재부가금을 부과한 것은 위 부과기준에 따른 것이다.
다. 채무의 감액 여부
1) 환수금 채무의 감액 여부
피고의 원고에 대한 환수금 지급 청구권은 이 사건 협약 해지에 따른 원상회복 청구권의 성질을 가지고 있으므로, 법원의 재량으로 이를 감액할 수 없다.
2) 제재부가금 채무의 감액 여부
가) 제재부가금의 성질
당사자 사이에 채무불이행이 있으면 위약금을 지급하기로 약정한 경우 그 위약금 약정이 손해배상액의 예정인지 위약벌인지는, 계약서 등 처분문서의 내용과 계약의 체결 경위, 당사자가 위약금을 약정한 주된 목적 등을 종합하여 구체적인 사건에서 개별적으로 판단해야 할 의사해석의 문제이다. 위약금은 민법 제398조 제4항에 따라 손해배상액의 예정으로 추정되지만, 당사자 사이의 위약금 약정이 채무불이행으로 인한 손해의 배상이나 전보를 위한 것이라고 보기 어려운 특별한 사정이 있을 때에는 그 위약금은 위약벌로 보아야 한다(대법원 2022. 7. 21. 선고 2018다248855, 248862 전원합의체 판결 참조). 원고가 이 사건 협약에 따른 채무를 불이행하더라도, 피고에게는 정부지원금 환수금에 대한 지연손해금 외에 발생하는 손해가 없다. 이 사건 협약에서 제재부가금을 정한 목적은 피고의 손해 전보가 아니라 원고의 채무이행을 확보함으로써 중소환경기업 환경설비 사업화․상용화 지원사업의 공익 목적을 달성하는 데 중점이 있다. 따라서 제재부가금의 법적 성질은 손해배상액의 예정이 아니라 위약벌이다.
나) 관련 법리
위약벌의 약정은 채무의 이행을 확보하기 위하여 정해지는 것으로서 손해배상의 예정과 다르므로 손해배상의 예정에 관한 민법 제398조 제2항을 유추 적용하여 그 액을 감액할 수 없고, 다만 그 의무의 강제에 의하여 얻어지는 채권자의 이익에 비하여 약정된 벌이 과도하게 무거울 때에는 그 일부 또는 전부가 공서양속에 반하여 무효로 된다. 그런데 당사자가 약정한 위약벌의 액수가 과다하다는 이유로 법원이 계약의 구체적 내용에 개입하여 그 약정의 전부 또는 일부를 무효로 하는 것은, 사적 자치의 원칙에 대한 중대한 제약이 될 수 있고, 스스로가 한 약정을 이행하지 않겠다며 계약의 구속력으로부터 이탈하고자 하는 당사자를 보호하는 결과가 될 수 있으므로, 가급적 자제하여야 한다. 이러한 견지에서, 위약벌 약정이 공서양속에 반하는지를 판단함에 있어서는, 당사자의 일방이 그의 독점적 지위 내지 우월한 지위를 이용하여 체결한 것인지 등 당사자의 지위, 계약의 체결 경위와 내용, 위약벌 약정을 하게 된 동기와 경위, 계약 위반 과정 등을 고려하는 등 신중을 기하여야 하고, 단순히 위약벌 액수가 많다는 이유만으로 섣불리 무효라고 판단할 일은 아니다(대법원 2016. 1. 28. 선고 2015다239324 판결).
다) 구체적 판단
앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉 ① 이 사건 협약은 중소환경기업의 우수 환경기술 상용화를 촉진하기 위해 무상으로 자금을 지원하는 것으로서 원고에게 결코 불리한 계약이 아닌 점, ② 원고는 거액의 정부지원금을 받는 만큼 이 사건 협약 및 이 사건 관리지침의 내용을 숙지하였어야 하고, 이를 준수하기 어렵다고 생각되면 협약을 체결하지 않을 수 있었던 점, ③ 우수 환경기술 실용화 촉진 지원사업을 위탁받은 피고로서는 이 사건 협약에 제재부가금 부과조치를 규정함으로써 원고가 정부지원금을 목적과 용도에 맞게 사용하도록 유도할 필요가 있었던 점, ④ 원고는 동일한 과제로 중복하여 정부지원금을 신청․수령하였고, 이는 우수 환경기술을 보유한 다른 중소환경기업이 정부지원금을 받을 기회를 박탈하는 것이 될 수 있는 점 등을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 관리지침 중 이 사건 제재부가금조치를 정한 내용의 일부 또는 전부가 공서양속에 반하여 무효로 된다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.
5. 결론
그렇다면 이 사건 소 중 피고가 2024. 1. 17. 원고에 대하여 한 중소환경기업 환경설비 상용화 지원사업 참여제한조치 10년의 무효확인을 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
**관계 법령**
■ 환경기술 및 환경산업 지원법 제6조(환경기술의 실용화) ② 정부는 개발된 환경기술의 실용화를 촉진하기 위하여 다음 각 호의 사업을 할 수 있다.
1. 환경기술의 실용화를 지원하는 전문기관의 육성
2. 특허기술의 실용화 사업
3. 환경기술의 실용화에 필요한 인력, 시설, 정보 등의 지원 및 기술 지도
4. 환경산업의 해외시장 개척을 위한 해외 현지 사무소 건립을 지원하는 사업
5. 그 밖에 환경기술의 실용화를 촉진하기 위하여 대통령령으로 정하는 사업
■ 환경기술 및 환경산업 지원법 시행령 제17조(환경기술의 실용화 촉진사업) 법 제6조 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.
1. 지방자치단체가 법 제7조 제1항에 따른 신기술(이하 “신기술”이라 한다) 사용하여 국가나 다른 지방자치단체로부터 보조받은 예산을 절약한 경우 그 절약한 금액의 일부를 장려금으로 지급하는 등 지방자치단체의 신기술 사용을 촉진하는 사업
2. 국가나 지방자치단체가 신기술을 사용하여 환경시설을 설치한 후 그 신기술이 성공한 것으로 판단되는 경우 그 시설의 설치비용을 지원하는 사업
3. 환경벤처기업을 발굴ㆍ육성 및 지원하는 사업
4. 우수 환경기술에 대한 실용화를 촉진하기 위하여 필요한 인력ㆍ정보ㆍ시설ㆍ자금 및 기술 등을 지원하는 사업
■ 구 중소환경기업 사업화․상용화 지원사업 관리지침(2021. 7. 7. 녹색산업혁신과 제137호로 개정되기 전의 것)
제1조(목적) 이 지침은 「환경기술 및 환경산업 지원법」 제6조 및 동법 시행령 제17조에 따라 우수 환경기술을 보유하고 있는 중소환경기업의 사업화 및 환경설비의 상용화 지원을 위해 필요한 세부 사항을 정함을 목적으로 한다.
제3조(용어의 정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
1. “전문기관”이라 함은 환경부장관으로부터 지원사업을 위탁받아 운영 및 관리 업무를 수행하는 기관으로 한국환경산업기술원을 말한다.
7. “수행기관”이라 함은 지원과제를 수행하는 주관기업, 위탁기관, 수요기관을 말한다.
8. “주관기업”이라 함은 지원과제를 주관하여 수행하는 기업을 말한다.
9. “위탁기관”이라 함은 협약으로 정하는 바에 따라 주관기업으로부터 지원과제의 일부를 위탁받아 수행하는 기관을 말한다.
10. “수요기관”이라 함은 환경설비의 도입을 목적으로 사업비의 일부를 부담하여 주관기업의 현장 실증을 지원하는 민간기업, 지방자치단체, 공공기관 등을 말한다.
20. “사업비”란 지원과제의 수행을 위하여 필요한 자금으로 정부지원금과 민간부담금을 합산한 금액을 말한다.
21. “정부지원금”이란 지원사업의 목적 달성을 위하여 국가가 주관기업에 지급하는 사업화 소요자금을 말한다.
22. “민간부담금”이란 지원과제 수행을 위해 주관기업 및 수요기관이 부담하는 비용을 말한다.
29. “관계회사”라 함은 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조 제2호 및 동법 시행령 제3조에 의한 “기업집단”에 해당하는 관계에 있는 기업(개인기업도 포함)을 말한다.
제15조(신청자격의 제한) 전문기관의 장은 사업의 효율적인 수행을 위하여 다음 각 호에 해당하는 신청기업에 대하여 당해 연도 지원사업의 참여를 제한할 수 있다.
7. 동일 사업계획으로 정부의 지원을 받은 경우(단, 투자유치 활동 목적으로만 신청한 경우는 제외)
제17조(사전검토) ① 전문기관의 장은 지원사업의 신청기업 및 신청과제에 대하여 다음 각 호의 사항을 사전 검토하여야 한다.
3. 제15조에 따른 제한대상 여부
② 전문기관의 장은 제1항 각 호의 검토 결과, 자격요건을 구비하지 못한 경우 및 제한대상에 해당하는 경우에는 탈락조치 할 수 있다. 다만, 필요한 경우 일정 기간을 정하여 제출서류의 보완을 요청할 수 있다.
제18조(지원과제 확정) ③ 전문기관의 장은 협약을 체결하기 전에 사업화계획서와 구비서류 등이 허위로 작성되었거나 동일 과제가 중복되어 선정된 사실을 확인한 경우 해당과제의 선정을 취소할 수 있다.
제24조(사업비의 계상) ① 사업비는 직접비, 간접비로 구분하고 별표 2의 기준에 따라 계상한다.
제25조의2(사업비의 관리) ③ 주관기업의 장은 전문기관의 장이 필요하다고 인정하는 사항 외에는 사업비에 대한 자사계좌 이체 및 관계회사와의 거래를 할 수 없다.
제32조(제재처분) ① 전문기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 수행기관, 사업책임자, 사업수행자, 위탁책임자, 위탁수행자, 사업수행 지원인력 또는 수행기관 소속 임직원에 대하여 10년 이내 범위에서 지원사업의 신규참여를 제한하거나 이미 지급한 정부지원금의 5배 범위에서 제재부가금을 부과할 수 있다.
3. 사업수행자, 위탁수행자 또는 수행기관이 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부정행위를 한 경우 ② 제1항에 따른 참여제한 처분이나 제재부가금 부과처분은 병과할 수 있다. ③ 전문기관의 장은 제1항 및 제1항에 따른 제재처분과 별도로 이미 지급한 정부지원금 중 제재사유와 관련된 사업비를 환수할 수 있다. ④ 전문기관의 장은 제재처분을 하거나 사업비를 환수하는 때에는 제재사유의 중대성, 위반행위의 고의 유무, 위반 횟수, 지원과제의 진행 정도 등을 고려하여야 한다. ⑥ 제1항에 따른 제재사유별 참여제한 기준 및 제재부가금의 부과기준, 제3항에 따른 사업비 환수의 기준 및 범위는 별표 7 및 별표 8을 따른다.
제40조(부정행위 금지) ① 사업에 참여하는 사업수행자, 위탁수행자 및 수행기관은 다음 각호의 부정행위를 하여서는 아니된다.
2. 제24조 제1항에 따른 사업비의 사용용도와 사업비 사용 기준을 위반한 행위
5. 거짓이나 그밖의 부정한 방법으로 과제를 신청하거나 이를 수행하는 행위
[별표2] 사업비 계상․사용 및 정산기준
3. 부당집행 기준

| 구분 | 부당집행 기준 | |
|---|---|---|
| 비목 | 세목 | |
| 공통사항 | - 과제 수행과 관련이 없거나 증명서류가 미비한 집행 금액 - 승인이 필요한 사항에 대하여 미리 승인을 받지 않고 집행하였거나 규정된 범위를 초과(세목별 예산 초과 등)하여 사용한 금액 및 사업비 사용실적보고를 허위로 한 금액 | |
| 직접비 | 장비․ | - 수행기관 상호 간 및 내부기관 거래 금액(관계회사 거래 포함) |

[별표8] 제재부가금의 처분기준
1. 일반기준
가. 가중기준
처분권자는 위반행위자가 다음 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2호의 개별기준에 다른 제재부가금 부과액의 2분의 1범위에서 가중할 수 있다 이 경우 가중하여 정하는 제재부가금 부과액은 이미 지급한 정부지원금의 5배를 한도로 한다.
1) 하나의 지원과제에서 발생한 위반행위가 둘 이상인 경우. 이 경우 제2호의 개별기준에 따른 제재부가금 부과액 중 가장 큰 제재부가금 부과액을 기준으로 한다.
2. 개별기준
가. 수행기관에 대한 제재부가금
1) 제32조 제1항 각 호의 위반행위(같은 항 제3호에 따른 위반행위로서 제40조 제1항 제2호에 해당하는 부정행위는 제외한다)에 대한 위반행위별 제재부가금 부과액은 다음과 같다.

| 위반행위 | 근거조항 | 제재부가금 부과액 |
|---|---|---|
| 다) 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하 는 부정행위를 한 경우 | 제32조 제1항 제3호 | |
| (4) 거짓이나 그밖의 부정한 방법으로 과제를 신청하는 행위를 한 경우 | 정부지원금 전액 | |
| (5) 거짓이나 그밖의 부정한 방법으로 과제를 수행하는 행위를 한 경우 | 정부지원금 전액 |
2) 제32조 제1항 제3호에 따른 위반행위로서 제40조 제1항 제2호에 해당하는 부정행위에 대한 제재부가금 부과액은 다음과 같다.

| 위반행위 | 제재부가금 부과액1) |
|---|---|
| 1) 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원 금이 1,000만원 이하인 경우 | 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원금 전액 |
| 2) 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원 금이 1,000만원 초과 5,000만원 이하인 경우 | 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원금 전액 |
| 3) 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원 금이 5,000만원 초과 1억원 이하인 경우 | 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원금 전액 |
| 4) 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원 | 1억원 + (사용용도와 사용기준을 |

| 금이 1억원 초과 5억원 이하인 경우 | 위반하여 사용한 정부지원금의 100분의 150) |
|---|---|
| 5) 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원 금이 5억원 초과인 경우 | 7억원 + (사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원금의 100분의 150) |
■ 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2020. 12. 29. 법률 제17729호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
2. “기업집단”이라 함은 동일인이 다음 각목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.
가. 동일인이 회사인 경우 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나이상의 회사의 집단
나. 동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2이상의 회사의 집단
■ 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2021. 12. 28. 대통령령 제32274호로 개정되기 전의 것) 제3조(기업집단의 범위) 법 제2조 제2호 각 목 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.
1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 “동일인관련자”라 한다)와 합하여 해당 회사의 발행주식(「상법」 제344조의3제1항에 따른 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의2, 제17조의5, 제17조의8 및 제18조에서 같다) 총수의 100분의 30이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사
가. 배우자, 6촌 이내의 혈족, 4촌이내의 인척(이하 “친족”이라 한다)
나. 동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 총출연금액의 100분의 30이상을 출연한 경우로서 최다출연자가 되거나 동일인 및 동일인관련자중 1인이 설립자인 비영리법인 또는 단체(법인격이 없는 사단 또는 재단을 말한다. 이하 같다)
다. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 임원의 구성이나 사업운용등에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 비영리법인 또는 단체
라. 동일인이 이 호 또는 제2호의 규정에 의하여 사실상 사업내용을 지배하는 회사
마. 동일인 및 동일인과 나목 내지 라목의 관계에 해당하는 자의 사용인(법인인 경우에는 임원, 개인인 경우에는 상업사용인 및 고용계약에 의한 피용인을 말한다)
2. 다음 각목의 1에 해당하는 회사로서 당해 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사
가. 동일인이 다른 주요 주주와의 계약 또는 합의에 의하여 대표이사를 임면하거나 임원의 100분의 50이상을 선임하거나 선임할 수 있는 회사
나. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 당해 회사의 조직변경 또는 신규사업에의 투자등 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하고 있는 회사
다. 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우에는 동일인을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)와 당해 회사간에 다음의 1에 해당하는 인사교류가 있는 회사
(1) 동일인이 지배하는 회사와 당해 회사간에 임원의 겸임이 있는 경우
(2) 동일인이 지배하는 회사의 임ㆍ직원이 당해 회사의 임원으로 임명되었다가 동일인이 지배하는 회사로 복직하는 경우(동일인이 지배하는 회사중 당초의 회사가 아닌 회사로 복직하는 경우를 포함한다)
(3) 당해 회사의 임원이 동일인이 지배하는 회사의 임ㆍ직원으로 임명되었다가 당해 회사 또는 당해 회사의 계열회사로 복직하는 경우
라. 통상적인 범위를 초과하여 동일인 또는 동일인관련자와 자금ㆍ자산ㆍ상품ㆍ용역 등의 거래를 하고 있거나 채무보증을 하거나 채무보증을 받고 있는 회사, 기타 당해 회사가 동일인의 기업집단의 계열회사로 인정될 수 있는 영업상의 표시행위를 하는 등 사회통념상 경제적 동일체로 인정되는 회사
끝.