서울고등법원 2024. 12. 6. 선고 2024누48352 판결 [양도소득세경정거부처분취소]

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 9. 1. 원고 A에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 46,709,280원의 경정거부처분과 원고 B에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 57,781,991원의 경정거부처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2018. 5. 31. 서울 강동구 C건물 D호(이하 ‘이 사건 주택’이라고 한다)를 1/2 지분씩 공동으로 취득하여 보유하다가, 2021. 8. 9. 이 사건 주택을 11억 6,000만 원에 양도하였다.

나. 원고들은 당초에는 이 사건 주택의 양도가 보유기간 요건 미충족으로 1세대 1주택 비과세에 해당하지 않는다고 판단하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으나, 나중에 입장을 바꿔 보유기간 요건을 충족하였으므로 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다는 취지로 2022. 7. 4. 피고에게 감액경정을 청구하였다.

다. 피고는 구 소득세법 시행령(2021. 6. 9. 대통령령 제31740호로 개정, 시행된 후 2021. 11. 9. 대통령령 제32104호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제5항 단서에 따라 원고들이 이 사건 주택을 보유한 기간이 2년 이상이 되지 않았음을 이유로 2022. 9. 1. 원고들의 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ’이 사건 각 처분‘이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

피고가 이 사건 각 처분의 근거로 제시한 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에 의하더라도 일시적 1세대 2주택자에 대해서는 위 단서의 괄호 부분에 따라 위 단서 중 괄호 부분을 제외한 나머지 부분의 적용이 배제된다. 그런데 원고들 세대의 최종 2주택은 이 사건 주택과 장기임대주택으로서 구 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따른 일시적 1세대 2주택에 해당하므로, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에도 불구하고 이 사건 주택의 보유기간은 그 취득일부터 기산되어야 하고, 이에 따라 원고들은 2년 이상의 보유기간을 충족하므로 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다. 이와 달리 원고들이 양도한 이 사건 주택의 취득일을 보유기간 기산일로 삼지 않겠다는 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 원고들의 신뢰를 과도하게 침해하여 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령 및 그 개정의 경과

1) 관계 법령은 별지 기재와 같다.

2) 1세대 1주택 비과세 및 그 보유기간 계산에 관한 소득세법 시행령의 개정

가) 소득세법은 1세대가 1주택을 보유하는 경우 그 주택의 양도로 발생하는 소득을 과세하지 아니하는 것으로 규정하면서 그 비과세의 구체적인 요건을 대통령령으로 정하도록 규정한다[소득세법 제89조 제1항 제3호 가목]. 이에 따라 소득세법 시행령은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상일 경우 그 주택의 양도로 발생하는 소득을 비과세하는 것으로 규정해 오고 있다(소득세법 시행령 제154조 제1항 본문). 즉, 1세대가 1주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여 비과세의 혜택을 받기 위해서는 원칙적으로 해당 1주택을 2년 이상 보유하여야 한다는 보유기간의 요건을 충족시켜야 한다.

나) 위 보유기간을 계산하는 방식에 관하여, 종래 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항은 “자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.”라고 규정한 소득세법 제95조 제4항에 의하도록 규정하고 있었다.

다) 그런데 구 소득세법 시행령이 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되면서, 보유기간 계산에 관한 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항에 “다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”라는 단서 규정이 신설되었다. 그리고 그 부칙(2019. 2. 21. 대통령령 제29523호) 제1조 단서 제3호는 2021. 1. 1.부터 위 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 규정을 시행하는 것으로, 제2조 제2항은 시행일(2021. 1. 1.) 이후 양도하는 분부터 위 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 규정을 적용하는 것으로 각 규정하였다.

라) 위 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 규정의 신설 취지에 관하여 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호)의 개정이유문은 “주택임대사업자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함”이라고 명시하였다.

마) 위 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 규정은 위와 같이 신설된 이후 몇 차례 소폭의 개정을 거쳤으나 그 기본적인 내용을 계속 유지한 채로 지속되어 오다가, 소득세법 시행령이 2022. 5. 31. 대통령령 제32645호로 개정되는 과정에서 삭제되었다. 그 삭제의 취지에 관하여 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32645호)은 “종전에는 다주택자가 1주택을 제외한 다른 모든 주택을 처분하여 1주택자가 된 경우에는 일반적인 1세대 1주택자의 경우와는 달리 1주택자가 된 날부터 보유기간을 다시 기산하여 양도소득세 비과세 요건의 충족 여부를 판단하도록 하였으나, 앞으로는 일반적인 1세대 1주택자의 경우와 마찬가지로 해당 주택의 취득일부터 보유기간을 기산하도록 하여 납세자의 불편을 해소하고 주택 매물이 동결되는 부작용을 방지함.”이라고 명시하였다.

다. 인정사실

1) 원고들은 2021. 5. 21. 제주시 E건물 F호에 대한 분양권을 취득함으로써 위 날짜를 기준으로 총 8주택 1분양권을 소유하였던 세대로서, 2021.경 분양권과 7채의 주택을 순차적으로 양도하여 이 사건 주택을 포함한 2주택만을 남겨둔 상태에서 2021. 8. 9. 이 사건 주택을 양도하였는바, 그 취득 및 양도의 구체적인 내역은 다음과 같다.

2) 위와 같이 원고들은 2021. 1. 1.을 기준으로 9주택을 보유한 다주택자였고, 이 사건 주택의 양도일보다 3일 앞선 2021. 8. 6. ’인천 중구 Q건물 R호‘와 ’인천 중구 O건물 S호‘를 처분하면서 과세대상 주택으로 양도소득세를 신고ㆍ납부한 바 있다.

3) 피고는 원고들에 대하여 이 사건 각 처분을 함에 있어, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에 따라 원고들의 이 사건 주택에 대한 보유기간 기산일을 직전 양도주택의 처분일인 2021. 8. 6.로 삼았다. [인정근거] 갑 제3호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

나) 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996. 10. 29. 선고 96누9423 판결 등 참조).

다) 소급입법 과세금지원칙은 비과세·세액감면·세액공제 등과 같은 조세우대조치가 축소·폐지되는 경우에도 적용된다고 할 것인바, 국가가 잠정적·시혜적으로 부여한 세제상의 특혜라고 하더라도 이미 완결된 사실 또는 법률관계에 대하여 개정 법령을 소급 적용함으로써 기존의 혜택을 박탈 또는 제한하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 반하여 허용되지 아니한다. 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지 아니면 현재 진행 중인 사실관계에 작용하는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분되고, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이며 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌법재판소 2008. 5. 29. 선고 2006헌바99 전원재판부 결정 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 앞서 본 바와 같이, 원고들은 2021. 5. 21. 제주시 E건물 F호에 대한 분양권을 취득함으로써 위 날짜를 기준으로 총 8주택 1분양권을 소유하였던 세대로서, 이후 2021. 8. 6.까지 위 분양권과 6채의 주택을 순차적으로 양도하여 이 사건 주택과 장기임대주택을 포함한 2주택 보유자로 있던 중 2021. 8. 9. 이 사건 주택을 양도하였다.

나) 그런데 위 인정사실 등을 통해 할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에 따른 이 사건 주택의 보유기간 기산점은 원고들 세대가 이 사건 주택을 취득한 시점(2018. 5. 31.)이 아니라 직전 양도주택을 처분함으로써 2주택 보유자가 된 시점(2021. 8. 6.)이라고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 주택의 보유기간 기산일을 직전 양도주택의 양도일로 보아 이 사건 각 처분을 한 것은 정당하므로, 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 이 사건 각 처분의 근거가 된 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(구 소득세법 제4조 제1항 제3호), 예외적으로 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(구 소득세법 제89조), 특히 원고들이 주장하는 일정한 요건을 충족한 2주택자의 종전 주택(이 사건 주택) 양도에 대하여 양도소득세를 부과하지 않는 구 소득세법 등 관계 법령의 해당 규정은 명백한 특혜규정이므로, 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석하여야 한다.

(2) 위 나.항에서 살펴본 바와 같이, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항은 단서를 신설하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함으로써 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정되었다.

(3) 기존주택 처분에 따른 양도소득이 비과세되기 위한 보유기산점을, 처음부터 2주택만 보유하고 있던 경우나 3주택 이상 보유자가 일부 주택만을 처분하여 2주택만 보유하게 된 경우 모두 기존주택의 취득일로 인정하여 양자를 동일하게 취급하는 것은, 1세대가 보유한 주택수에 따라 양도소득세를 달리 부과하는 관련 법령의 체계에 반하는 것이다.

(4) 3주택 이상 보유자가 잔여 주택들을 처분하여 1주택 보유자가 된 경우 1주택의 양도소득세 비과세 보유기산점은 그 취득시점이 아니라 이후 1주택 보유자가 된 시점임은 명확한데, 이 사건과 같이 3주택 이상 보유자가 잔여 주택들을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우에는 기존주택의 보유기산점을 그 취득시점으로 인정한다면, 2주택을 남기고 처분한 3주택 이상 보유자가 1주택만 남기고 처분한 3주택 이상 보유자에 비하여 오히려 유리해지는 불합리한 결과가 발생하게 된다.

(5) 소득세법이 일시적 1세대 2주택의 경우에도 양도소득에 대한 비과세가 가능하도록 규정한 것은, 상속·부양·혼인 등의 다양한 사유로 1세대 2주택이 될 수밖에 없는 상황이 발생하는 현실을 반영하여 1세대 1주택에 대한 예외를 규정한 것이므로(관련 규정인 구 소득세법 시행령 제155조의 조문명은 ‘1세대1주택의 특례’이다), 엄격한 요건 하에서만 이를 인정함이 타당하다. 그런데 이 사건에서 원고들의 주장과 같이 기존주택 처분에 따른 양도소득이 비과세되기 위한 기존주택의 보유기산점을 직전 양도주택을 처분한 시점이 아니라 기존주택의 취득시점으로 보게 될 경우, 2주택 보유자의 기존주택이 일시적 1세대 2주택에 해당하지 아니하여 그 양도소득에 대하여 과세되는 상황에서 1주택을 추가로 취득함으로써 기존주택의 양도소득을 비과세되도록 악용하는 것이 가능하다.

(6) 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에서는, 양도소득 비과세 특례 적용대상인 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ’소득법세 제95조 제4항에 따라 해당 자산의 취득일로부터 양도일까지로 하되, 다만 2주택 이상(구 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다‘고 정하고 있다. 위와 같이 양도소득 비과세 특례 적용요건으로서의 보유기간 계산에 관한 규정은, ① 구 소득세법 시행령 제155조 등에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우(1개의 주택을 보유한 1세대가 신규로 1개의 주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우)나 ② 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우(다만 이 경우에는 주택의 최초 취득일이 아니라 다른 주택 처분 후 해당 1주택을 보유하게 된 날부터 비로소 보유기간을 기산하게 된다)만을 상정하고 있을 뿐, 원고들과 같이 총 8주택 1분양권을 보유한 세대가 6주택 1분양권을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우를 상정하고 있지는 않다.

(7) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항에서, 1세대 2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 경우에 ‘일시적 1세대 2주택’으로 보아 1세대 1주택과 동일하게 양도소득 비과세 특례가 적용될 수 있도록 한 것은, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것이다. 위와 같은 관계 법령 규정의 입법 목적이나 취지에 비추어 보면, 원고들과 같이 3주택 이상을 보유하다가 그중 일부 주택들을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로서 1세대 2주택이 된 경우는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 봄이 타당하고, 원고들의 주장 취지와 같이 직전 양도주택이 처분되었다고 해서 원고들을 비과세 대상인 1세대 2주택으로 취급하게 되면, 종전에 과세대상이 되었던 다주택 소유관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 초래되어 타당하지 않다.

(8) 그 외에 원고들이 이 사건 주택 등을 취득할 당시 1세대 1주택이나 그에 준하는 일시적 1세대 2주택의 양도소득세 비과세 적용을 위한 보유기간을 계산하는 방식에 관하여 자산의 취득일부터 양도일까지로 하는 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항, 소득세법 제95조 제4항의 적용을 계속 받을 수 있으리라 신뢰하였다고 하더라도, 소득세법 등과 같은 부동산 관련 법령은 부동산 정책의 방향, 경제적 상황의 변천 등에 따라 개편 및 조정 등이 이루어지는 것이 일반적인 점, 조세감면 또는 우대에 있어서 한 번 혜택을 보았다고 하여 그것이 지속되어야 하는 것은 아니고(헌법재판소 2012. 4. 24. 선고 2010헌가87 전원재판부 결정 참조), 이러한 조세우대조치의 범위를 축소하기 위해서 반드시 경과규정을 두어야 하는 것도 아닌 점 등에 비추어 보면, 기존의 소득세법 등이 변함없이 유지되어 1세대 1주택이나 그에 준하는 일시적 1세대 2주택의 양도소득세 비과세 적용을 위한 보유기간 계산에 관한 종래의 규정을 계속 적용받을 수 있을 것이라는 원고들의 신뢰는 헌법상 보호하여야 할 가치나 필요성이 크다고 보기 어렵다.

(9) 한편 원고들은, 원고들 세대의 최종 2주택은 이 사건 주택과 장기임대주택으로서 구 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따른 일시적 2주택에 해당하므로, 이 사건 단서 제외 규정에 해당한다고 주장하는 것으로 보인다. 그러나 위 구 소득세법 시행령 제155조 제20항은 ‘장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우 생에 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다고 되어 있다. 그런데 원고들이 이 사건 주택 양도 당시 장기임대주택과 이 사건 주택만을 소유하고 있던 것은 사실이나, 기존에 보유 중이던 6주택 1분양권을 이미 처분하는 등 생애 한 차례 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 해당한다고 볼 아무런 근거가 없다. 그렇다면 원고들이 위 구 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따라 일시적 2주택에 해당하는 경우에 해당된다고 볼 수 없다. 이 부분 원고들의 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.