서울행정법원 2003. 10. 21. 선고 2000구28687 판결 [법인세부과처분취소]

1. 처분의 경위

다음 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증의 1, 2, 갑제6호증, 갑제7호증, 을제1호증의 1부터 7의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가.동아건설산업주식회사(이하동아건설이라고 한다)는 1971. 8. 25. 설립되어 토목, 건축 등의 건설관련사업과 공유수면매립업 및 농업 등을 목적으로 하는 법인으로, 2000. 11. 24. 서울지방법원의 회사정리절차 개시결정을 받은 후 2001. 5. 11. 서울지방법원의 파산선고를 받은 뒤 파산관재인 권광중이 선임되었다가, 그후 파산관재인 권광중이 2002. 5. 30 서울지방법원의 사임허가결정을 얻어 사임하고, 파산관재인 안문태가 선임되었다.

나.동아건설은 1978년경부터 정부가 추진하던 민간기업참여에 의한 대규모간척농지개발사업의 일환으로 1980. 1. 14. 농수산부장관으로부터 인천 북구 및 경기 김포군 검단면 일원의 공유수면에 관하여 구 공유수면매립법에 의한 매립면허를 받아 간척지 매립공사를 완성한 후, 1991. 1. 8. 농림수산부장관으로부터 매립면적 16,494,121.6㎡(그 중 국가귀속 3,873,274.6㎡를 제외한동아건설귀속 12,620,847㎡를 “이 사건 토지”라 한다)에 관하여 준공인가를 받았다.

다. 파산회사는 1993 사업연도 법인세를 신고할 당시 이 사건 토지를 농경지가 아닌 미간지(未墾地, 미완성 농지)로 보고 이 사건 토지를 보유하기 위한 차입금 지급이자 상당액을 손금에 산입하여 소득금액을 신고하였는데, 1993 사업연도에 차입금이 자기자본의 2배를 초과하였다.

라. 피고는 이 사건 토지가 공유수면 매립공사 준공인가일인 1991. 1. 8.부터 농경지로 되었다고 보고서,구 법인세법(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제2항 제3호,그 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 제5항,제6항,제11항,제30조 제4호, 부칙(1990. 12. 31. 대통령령 제13195호) 제5조 제2항, 그 시행규칙(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제5호를 적용한 결과, 이 사건 토지에 관한 1993년도 차입금 지급이자 29,645,746,631원을 손금에 불산입하여 1999. 2. 1. 원고에 대하여 1993년분 법인세 17,168,604,730원을 각 부과고지하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

구 법인세법 제18조의3 제2항 제3호에 따라 차입금의 이자가 손금불산입되는 대상 은 농경지일 것을 요건으로 하나, 1993사업연도 당시 이 사건 토지는 준공검사를 받은 지 4년이 경과되지 아니한 상태이고 정부가 확보해 주기로 한 대규모 용수시설이 완성되지 아니하여 제염작업을 진행할 수 없었기 때문에 염분농도가 높아서 농경지로 사용할 수 없는 미간지로서 아직 농경지라고 볼 수 없으므로, 이 사건 토지에 관한 차입금 지급이자를 손금불산입하는 경우에 해당되지 아니한다.

즉구 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호및법인세법시행령 제43조의 2 제1항 제1호와 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제12호의 규정의 해석상 공유수면매립공사를 하여 취득한 매립지로서 당해 매립지의 소유권을 취득한 날부터 4년이 경과하지 아니한 것은 비업무용 부동산으로 보지 아니하므로, 결국 이 사건 토지의 소유권 취득일부터 4년이 경과하지 아니한 1993 사업연도에는 지급이자의 손금불산입 규정을 적용할 수 없다.

(2) 피고의 주장

이 사건 토지의 매립목적은 농경지 조성이고 공유수면매립 준공인가 당시에도 농경지로 사용하는 것을 조건으로 인가하였으며, 이 사건 토지에 관한 소유권보존등기 당시 지목이 전, 답이므로 이 사건 토지를 농경지로 보아 법인세를 부과한 이 사건 처분은 적법하고,동아건설이 이 사건 토지를 실제 농경지로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부는 이 사건 처분의 적법성과는 무관하다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 위 각 증거 및 갑제4호증, 갑제5호증, 갑제8호증, 갑제9호증, 갑제10호증, 갑제11호증, 갑제12호증, 을제2호증, 을제3호증의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

(1) 정부는 1978. 3. 17. 식량의 안정적 공급을 위한 서남해안 간척농지 개발사업에 정부의 투자재원을 충분히 확보하기 어려우므로 외국에 진출했던 대기업의 유휴장비와 기술인력을 활용하기 위하여 민간기업을 사업시행주체로 참여하도록 하고, 간척농지개발과 관련된 배후지 개발 및 농업용수시설공사를 정부가 시행하도록 함으로써 민간기업의 참여를 촉진한다는 내용의 농지개발 정책회의를 연 다음, 1979. 1. 10. 농수산부 고시 제3041호로 “민간기업 참여에 의한 대규모 간척농지 개발사업 시행규정”을 제정하였다. 위 시행규정 제4조에서는 해외건설업 면허(토목분야)를 받은 건설업체로서 해외건설 누계실적이 미화 1억 달러 이상이고 소요자금 조달능력이 있는 업체에 한하여 면허신청자격을 부여하도록 규정하였다.

(2) 농수산부장관은 1980. 1. 14.구 공유수면매립법 제4조 제1항, 구 행정권한의위임및위탁에관한규정 제29조 제11항에 따라동아건설에 대하여 농경지조성을 목적으로 하는 위 김포지구 공유수면매립면허를 하였다. 당시동아건설은 구 농지확대개발촉진법에 의한 개간허가를 따로 받지 아니하였고, 바다에서 농업을 목적으로 하는 다른 간척사업의 경우에도 모두 농경지조성을 목적으로 하는 공유수면매립면허만 받았을 뿐 따로 개간허가를 받은 경우는 없다.

(3)동아건설은 1980. 6. 30. 제1단계 외곽공사를 시작한 후 방조제, 배수갑문, 진입도로 및 연결도로 등을 건설하기 위한 비용으로 36,259,053,000원을 투입하여 1986. 7. 15. 방조제공사를 완성하고, 1987. 10.경 내부개답 실시계획인가를 받은 후 정지비, 용수간선 및 용수지선, 용수지거, 배수간선 및 배수지선, 배수지거 등을 건설하기 위한 비용으로 46,415,663,000원을 투입하여 제2단계 내부개답공사를 완성한 후, 1991. 1. 8. 농림수산부장관으로부터 공유수면매립 준공인가를 받았다. 그 인가조건은 매립면적 16,494,121.6㎡(4,989,471평) 중 제방, 구거, 도로 등 공공시설 및 토지 3,873,274.6㎡는 국유로 하고 나머지 전 462필지, 답 832필지와 잡종지 등 합계 1,456필지 12,620,847㎡는동아건설의 소유로 하며,동아건설에 귀속된 토지는 매립목적인 농경지로 사용하여야 하고, 용도를 변경하고자 할 때에는 농지의보전및이용에관한법률 등 다른 법령의 규정에 불구하고 농림수산부장관의 승인을 받아야 하며, 매립지를 분배할 때에는 인근 영세농어민에게 우선 분배하여야 하고 구체적인 분배방법에 관하여는 농림수산부장관의 사전승인을 받아야 한다는 것이었다. 당시 농림수산부장관은 이 사건 토지가 농경지로 적합한 토질을 갖추었는가, 특히, 염분농도가 농경지로 적합한가에 관하여 따로 준공기준을 마련하지 아니하였고, 이 사건 매립공사의 시행계획대로 준공되었는가를 주로 심사하였다.

한편,동아건설은 1988. 1. 14. 원래의 전체간척지 37,302,574㎡(11,283,978평) 중 20,749,968㎡(6,276,837평)를 환경관리공단에 대금 450억원에 양도하였고, 환경관리공단은 이 토지를 쓰레기 매립장으로 개발하였다{나머지 16,552,606㎡(5,007,141평) 중동아건설에 의하여 최종적으로 준공된 면적은 위에서 본 16,494,121.6㎡(4,989,471평)이다}.

(4)동아건설은 1991. 2. 7.경 자신에게 귀속된 토지 12,620,847㎡에 관한 소유권보존등기를 하면서 지목이 전(田)인 462필지 3,383,307㎡와 지목이 답(畓)인 832필지 7,904,807㎡에 관하여 공유수면매립으로 인한 농지취득으로 구 지방세법 제108조 제3호에 따라 비과세대상이 된다고 보아 취득세를 자진신고납부하지 아니하였고, 관할관청인 인천광역시 서구청장도 취득세 비과세대상으로 보아 과세하지 아니하였다.

(5) 이 사건 토지의 염분농도

(가) 농림수산부장관이 1991. 1. 8.동아건설에 공유수면매립 준공인가를 할 당시 이 사건 토지의 염분농도가 농업에 적합한지에 관한 측정은 이를 실시하지 아니하였고 이 사건 처분의 과세연도인 1993년에 이 사건 토지의 염분농도에 관한 측정결과는 남아있지 아니하다.

(나)동아건설은 1994년경 비로소 인천 농촌지도소장을 경유하여 경기도 농촌진흥원에 토양종합검정을 의뢰하였고, 경기도 농촌진흥원은 1994. 7. 15.동아건설이 채취하여 의뢰한 8군데 토양시료와 9군데 관개수 시료의 염분농도에 관하여 ＜표 1＞, ＜표 2＞와 같이 회신하면서 “염농도는 모든 토양이 농작물피해한계농도보다 높은 경향이며 4번과 5번 토양은 특히 높음”이라는 의견을 밝혔다.

한편, 경기도 농촌진흥원은 벼의 생육시기별 장해염분 농도, 토양관개수의 염농도에 따른 벼의 수량감소율과 염농도에 따른 작물별 수량감소율 및 최대토양염농도(생육한계) 등에 관하여 ＜표 3＞, ＜표 4＞, ＜표 5＞와 같은 자료를 붙였다.

(다) 한편,동아건설이 1994. 7. 23.경 농촌진흥청 농업기술연구소에 작황조사를 의뢰하여 위 연구소 직원이 1994. 8. 3. 현지에 가서 직접 시료를 채취하여 검사한 결과, 이 사건 토지의 염분농도는 담수직파 농법(물을 댄 상태에서 볍씨를 바로 뿌려 짓는 농사법)으로 재배하는 장소에서 0.12%, 건답직파 농법으로 재배하는 장소에서 1.41%, 콩재배지에서 2.95%로 조사되었다.

그 후 농어촌진흥공사는 1996. 9. 12. 이 사건 토지 중 6군데의 시료를 채취하여 염분농도를 조사하였는데 그 결과는 ＜표 6＞과 같다.

농업과학기술원과 농어촌진흥공사가 1998. 5. 18. 이 사건 토지의 염분농도를 공동으로 조사한 결과는 ＜표 7＞과 같다. 공동조사보고서에서는 작물별 생육한계염도에 관하여 농업진흥청이 발간한 토양화학분석법을 기초로 한 이론값을 제시하면서, 절대적인 내성은 기후, 토양조건, 농업양식에 따라 좌우되고 칼슘과 철이 많은 토양에서는 2 ds/m 정도 높은 토양에서도 내염성을 가질 수 있다는 점 등을 근거로 경험에 따라 수확량 감소를 가져오지 아니하는 염도를 경험값으로 제시하였는데, ＜표 8＞에서 보는 것처럼 이론값보다는 경험값이 월등히 높았다. 공동조사보고서의 검토결과에서는 “1996. 9. 12. 농어촌진흥공사가 6개소를 조사한 결과에 비하여 37개소를 정밀조사한 결과 조사시기 및 측정위치에 따라 큰 진폭을 보이고 있으며, 용수공급이 충분한 벼재배지역(6-1-1)에서는 2,900ppm 정도로 낮은 염도를 유지하고 있다”는 내용의 분석을 하였다.

(라) 간척농지는 갯벌에 방조제를 건설하여 바닷물을 차단함으로써 항상 수면 위로 드러나게 된 간석지(干潟地)를 농지로 조성한 토지이다. 방조제를 막은 직후에 간석지의 염분농도는 일반적으로 바닷물의 염분농도인 약 3%(연안 2.5%～심해 3.8%) 정도로 높게 나타나는데, 그 후 제2단계 내부개답공사와 빗물에 의한 자연적 제염과정을 거치면서 공유수면매립공사의 준공인가 시점에는 통상 1～2% 수준으로 낮아진다. 간척농지의 토양염도는 갯골이었던 저습지에서는 높고, 약간 높은 갯벌 부분에서는 낮게 나타나며, 가뭄이나 고온시기에는 높고, 비 온 후에는 낮게 나타나는 등 조사지점과 조사시기 등에 따라 다르게 나타난다. 간척농지의 벼생산량은 초기 수년간 보통답보다 낮으나 석고, 생짚시용, 유기물 등의 개량제와 염분을 지하로 배출시킬 수 있는 지하암거 배수시설 등을 통하여 제염기간을 단축시킬 수 있다.

(마) 전남 영암군 일대의 영산강 II지구의 경우 1976년에 매립공사를 시작하여 1981. 12. 8. 방조제 공사가 준공되고 1992. 10. 30. 매립공사가 준공되었으며 1983년부터 가경작이 시작되었는데, 그 경작면적과 토양염도 및 단위생산량은 ＜표 9＞와 같다.

충남 당진군의 대호지구의 경우 1980년에 매립공사를 시작하여 1985. 9. 30. 방조제 공사가 준공되고 1996. 3. 22. 매립공사가 준공되었으며 1991년부터 일시경작이 시작되었고, 전남 해남군의 해남지구의 경우 1985년에 매립공사를 시작하여 1988. 10. 30. 방조제 공사가 준공되고 2001. 7. 25.경 매립공사가 준공되었으며 1992년부터 일시경작이 시작되었는데, 그 경작면적과 토양염도 및 단위생산량은 ＜표 10＞과 같다.

(6) 한편,현대건설주식회사가 매립한 충남 서산AB지구(농지면적 10,121ha)의 경우 1980년에 매립공사를 시작하여 1984. 3. 10. 방조제 공사가 준공되고 1995. 8. 14. 매립공사가 준공되었으며 1985년부터 경작이 시작되었는데, 1980년에 매립공사를 시작하여 1986. 7. 15. 방조제 공사가 준공되고 1991. 1. 8. 매립공사가 준공되었으며 1989년부터 경작이 시작된 이 사건 토지(농지면적 1,129ha)와 그 경작면적(경작비율)을 비교하면 ＜표 11＞과 같다.

동아건설은 이 사건 토지에 관하여 1991년부터 1994년까지 4년 동안은 공유수면매립 준공인가일부터 4년이 경과되지 아니한 토지로 종합토지세의 분리과세를 받았으나, 1995년부터 1997년까지 3년 동안은 종합합산과세를 받음으로써 누진율이 적용되어 17 내지 50배의 중과세를 받게 되자, 1998년 및 1999년에는 이 사건 토지에 사료작물 등을 재배함으로써 “매립간척에 의하여 농지를 취득한 법인이 과세기준일 현재 직접 경작하는 농지”에 대한 분리과세규정의 적용을 받게 되었다. 그 결과 ＜표 12＞와 같이 종합토지세의 절세를 하게 되었는데, 1998년 및 1999년에 이 사건 토지의 염분농도나 용수시설에 관하여 현저한 개선이 있었던 것은 아니었고, 농업용수는 이 사건 매립공사의 준공인가 당시부터 존재하던 공촌천과 심곡천의 물을 양수하여 이용하였다.

한편,동아건설의 영농사업소에서 1996년에 펴낸 자료에 의하면 이 사건 토지의 쌀 재배면적과 생산량은 ＜표 13＞과 같다.

(7) 농업용수 개발문제

(가) 정부는 1978. 3. 17. 앞에서 본 것처럼 간척농지개발과 관련된 배후지 개발 및 농업용수시설공사를 정부가 시행하도록 함으로써 민간기업의 참여를 촉진한다는 내용의 농지개발 정책회의를 열었다. 농수산부장관은 1980. 3. 13.동아건설에 공유수면매립공사 실시계획을 인가하면서 “담수호 규모는 한강농지개량조합 신곡양수장으로부터 용수공급될 1,700ha에 대한 필요수량 확보와 한강지구 서해용수간선계획으로 용수공급이 가능한지를 검토하고 그 경과에 따라 결정하여야 한다”는 인가조건을 붙였다. 그 후 농업진흥공사는 1987. 8.경 김포지구 간척농지개발(내부공사)사업 기본계획서에서 “용수원은 담수호 수질이 농업용수이용에 부적합하며 경지 2,600ha의 관개용수 전량을 한강농지개량조합의 신곡양수장을 수원으로 하고 용수로는 한강농지개량조합 서해 1간선 종점부터 계획”하는 것으로 변경하였고, 농림수산부장관은 1988. 7. 5.동아건설에 대하여 “한강농지개량조합과 협의하여 용수공급계획을 수립시행”하도록 김포지구 간척농지개발 내부개답계획의 변경인가를 한 후, 1989. 8. 14. 이 사건 공유수면 매립공사의 준공과 관련하여 종합개발과장과 개량과장에게 “한강지구에서 용수를 공급토록 계획되어 있는 간척농지 1,211ha에 대한 용수로공사가 시행되지 않아 영농에 지장을 초래할 것으로 예상되오니 조속히 한강지구 서해용수간선공사가 이루어지도록” 조치하여 달라는 공문을 발송하였으나, 1991. 1. 8. 이 사건 매립공사의 준공인가가 이루어진 후동아건설이나 한강농지개량조합에서는 용수로공사를 적극적으로 추진하지 아니하였다.

(나) 그런데 앞에서 본 것처럼동아건설이 1988. 1. 14. 전체간척지 11,283,978평 중 6,276,837평을 환경관리공단에 대금 450억원에 양도하여 환경관리공단이 이 토지를 쓰레기 매립장으로 개발하고, 정부지원 용수공급대상인 간척지 인근의 기존 농지가 급속하게 도시화산업화됨에 따라, 농림수산부장관이 1995. 7. 31.동아건설에 “당초 민간기업 참여에 의한 간척농지개발사업의 배후지개발 및 용수시설은 정부에서 시행하되 용수시설비는 관개면적 비율로 민간이 부담하도록 함으로써 간척농지 조성뿐 아니라 농업용수시설까지도 사실상 피면허자의 부담으로 시행하도록 하였는데, 그 후 배후농지가 제반여건의 변동으로 개발대상에서 제외됨에 따라 용수공급대상이 김포지구 간척농지에 국한되어 농업용수개발사업은 피면허자의 부담으로 추진하는 것이 불가피한 실정”이라는 취지의 공문을 발송하는 등 여러 차례에 걸쳐동아건설의 비용부담으로 용수개발사업을 추진할 것을 지시하였다. 이에동아건설은 1995. 10. 23. 및 1997. 4. 18. 등 여러 차례에 걸쳐 매립면허의 조건을 모두 이행하여 준공검사를 받은 후 농업용수시설의 수혜자라는 이유로 용수시설을동아건설의 비용부담으로 해결하라는 것을 납득할 수 없다는 취지로 반발하다가, 1997. 7. 19. 농림부장관에게 1996. 9. 19.자 협의에 의한 인천용수간선을 보강하여동아건설의 비용부담으로 농업용수로를 설치하는 방안을 수용하겠다고 통지하였고, 농림부장관은 1997. 12. 15.동아건설에 대하여 사업대상 “한강농조관리 기설인천용수간선 확장 및 연결공사(인천용수간선 확장 및 연결 9.664 km, 경인운하 통과구간 0.944 km) 및 당하양수장 보강공사”, 사업기간 “1997. 12. 15.부터 2001. 5. 31.”, 사업비 “259억8천만원”으로 정하여 김포간척농지 농업용수개발사업 시행인가를 하였다.

(다) 그 무렵인 1997. 12. 15.경 농림부장관은 농촌용수과 토목사무관이봉훈이 작성한 “김포간척지 현황”에 관한 보고서를 당시동아건설의 국세심판을 심리하던 국세심판소장에게 송부하였는데, 그 중에는 “일반적으로 간척농지는 염분농도가 높아 주로 벼경작을 실시하고 있음. 벼는 농업용수를 순환시켜 토양염분농도를 낮게 유지함으로써 경작이 가능. 밭작물의 경우 염분농도가 지나치게 높은 간척지(농도 2.5% 이상)에서는 재배가 어려움. 김포간척지는 한강물을 급수할 수 있는 용수로공사가 시행되지 않아 농업용수 부족으로 영농을 못하고 있음.……따라서 농업용수로가 2001년에 설치되어 충분한 영농급수가 이루어질 때까지는 정상적인 영농은 어려울 것으로 사료됨”이라는 내용이 포함되어 있다. 이 보고서의 작성경위와 관련하여 당시 농촌용수과장이던 허유만은 2000. 3. 20. 영농의무를 게을리하던동아건설에 대하여 국세심판소장에 대한 행정협조를 통하여 용수로 공사를 촉구하자는 취지에서동아건설에 대한 위 김포간척농지 농업용수개발사업 시행인가를 한 날인 1997. 12. 15. 위 “김포간척지 현황”에 관한 보고서를 발송하게 된 것으로, 김포매립지가 어떠한 상황에서도 영농이 불가능한 미간지라는 뜻이 아니라 용수로 공사가 되기 전의 시점에서 “정상적”인 영농이 어렵다는 의견을 제시한 것이라는 취지의 경위서(을 13호증의 2)를 농림부장관에게 제출하였다.

(라)동아건설은 1993. 12.경 선진엔지니어링의 용역보고서인 “인천경서지구 종합개발구상”에 따라 이 사건 토지의 개발계획을 세웠는데, 그 내용은 이 사건 토지의 66.2%를 주거 및 업무관련단지, 26.7%를 관광위락단지, 나머지 7.1%를 물류단지로 조성하는 등 이 사건 토지의 용도를 상업용도 등으로 변경한다는 것이었다. 그 후동아건설은 1996. 5. 3. 개최된 인천광역시 도시기본계획 공청회와 관련하여 이 사건 토지의 용도가 변경되지 아니할 경우 5년간 실질적인 개발이 불가능하게 되어 이 사건 토지를 서북부 중심지역으로 발전시키려는 인천광역시의 당초계획에 차질이 발생하게 될 것이라는 문제점을 지적한 다음, 그 해결방안으로 현재의 자연녹지(농경지)를 용도변경함으로써 발생하는 개발이익 전액(추정액 1조2천억원)을 인천광역시에 환원하는 것을 원칙으로 하고 구체적인 금액계산 등에 관하여는 특별위원회를 설치하여 계속 검토하는 것을 전제로 이 사건 토지의 용도지역을 변경하여 달라는 취지의 의견서를 제출하였다. 그 무렵부터 인천광역시가 이 사건 토지를 관광 및 물류단지 등으로 개발할 계획임을 시의회에 상정하였다는 보도(1996. 8. 31.자 국민일보), 미합중국 대중가수인 마이클 잭슨이 이 사건 토지를 방문하여동아건설과 테마파크 등으로 개발할 것을 협의하였다는 보도(1998. 2. 26.자 동아일보, 한국일보, 중앙일보, 세계일보, 서울신문, 한겨레신문), 김대중 대통령이 한국판 뉴딜정책으로 이 사건 토지를 포함한 지역에 영세중립도시를 만든다는 월드시티 프록젝트를 비밀리에 구상하고 있다는 보도(1998. 4. 19.자 일요신문) 등이 난무하였다.

동아건설은 1998. 4. 24.경 농림부장관에게 이 사건 토지의 용도를 상업용지 등으로 변경하여 달라는 신청을 하고, 1998. 4. 27. 김포매립지와 관련하여 세계적인 투자자문 용역회사인 프라이스 워터하우스사(社)와 약 40억 달러 규모의 해외투자 유치계약을 체결했다고 발표하였다. 이에 대하여 농림부에서는 이 사건 토지를 원래의 용도대로 사용하여 식량자급을 이루어야 한다는 태도를 강경하게 주장하였고, 한겨레신문, 한국일보, 경향신문, 국민일보, 세계일보 등의 신문들은 사설에서 재벌에 대한 특혜우려와 식량자급 등의 이유로 이 사건 토지의 용도변경에 반대한다는 취지의 논조를 폈으며, 환경운동연합 사무총장이 1998. 4. 30.경동아건설이 개발이익을 노리고 의도적으로 이 사건 토지를 황무지 상태로 만든 후 용도변경을 시도하고 있다는 내용의 고발장 및 진정서를 제출하는 등 시민단체와 농민단체들이 용도변경에 반대하였다. 결국동아건설은 1998. 5. 7. 동아그룹의최원석회장이 김포간척지 개발권을 국가에 위임한다고 언론에 발표함으로써 용도변경시도를 포기하였다.

그 후 검찰은 1998. 9.경 이 사건 토지의 용도변경과 관련하여 1억여원의 뇌물을 받은 혐의로 백남치 국회의원을 조사하였으며 법원은 2000. 4.경 위 국회의원에게 뇌물을 준 동아그룹의 전회장최원석을직권으로 정식재판에 회부하였다.

(마)동아건설과 그 채권금융기관(주관은행 주식회사 서울은행)은 1999. 5. 31. 이 사건 토지(면적이 12,229,242.6㎡로 다소 조정되었다)를 농어촌진흥공사에 매도하면서 1998. 1. 1. 공시지가를 기준으로 한 9,525억7,557만6,770원에 1998년 지가하락률 및 1999년 지가상승률과 가중평균 할인매입률(0.7679)을 적용한 대금 6,342억1,312만2,870원에 매도하였다. 농어촌진흥공사의 업무를 승계한 농업기반공사는 이 사건 매립공사의 준공인가 당시부터 존재하던 공촌천과 심곡천의 물을 이용하여 1999년부터 영농면적 323만평 중 150만평에서 벼농사, 161만평에서 사료작물재배, 12만평에서 잔디 및 묘목식재를 하는 등 이 사건 토지의 대부분 지역에서 영농을 하고 있다.

라. 판 단

(1)구 법인세법(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제1호(“비업무용 규정”)의 입법취지는 타인자본에 의존한 무리한 기업확장과 대기업의 금융자본에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업의 건전한 경제활동을 유도함과 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 것이고(대법원 2000. 11. 24. 선고 98두7916 판결등 참조), 같은 조 제2항 제3호(“차입금 과다법인 규정”)의 입법취지는 타인자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 금융자산에 의한 부동산 투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하며, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 데에 있으므로(대법원 1999. 8. 20. 선고 99두3379 판결등 참조), 비업무용 규정과 차입금 과다법인 규정은 모두 타인자본에 의존한 무리한 기업확장과 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제한다는 점에서 입법목적의 공통성을 가진다.

그러나, 비업무용 규정은 모든 법인을 대상으로 하는 규정이고 차입금 과다법인 규정은 차입금 과다법인에 대하여 특히 그 규제를 강화하는 규정이므로, 내국법인의 자산이 비업무용 규정에는 해당하지 않더라도 차입금 과다법인 규정에 해당하면 그 차입금의 이자 중 일정액을 손금에 산입하지 않게 된다. 차입금 과다법인 규정의 단서(구 법인세법 제18조 제2항 제3호괄호 안의 단서)에서는 비업무용 규정(제1항 제1호)의 적용을 받는 부동산을 제외하도록 규정하고 있는데, 이는 차입금 과다법인의 비업무용 부동산이 제1항과 제2항에 모두 해당되는 경우에 중복하여 적용하지 아니하고 제1항만 적용한다는 취지일 뿐, 나아가 비업무용 규정에서 비업무용 부동산이 아닌 것으로 판명된 부동산에 대하여는 차입금 과다법인 규정도 적용하지 않겠다는 취지라고 보기는 어렵다.

구 법인세법 시행규칙(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 제18조 제4항 제12호에서는 공유수면매립법에 의하여 매립의 면허를 받은 법인이 매립공사를 하여 취득한 매립지로서 당해 매립지의 소유권을 취득한 날부터 4년이 경과되지 아니한 것을 비업무용 부동산으로 보지 아니하도록 규정하고 있는데, 이 사건 토지는동아건설이 1991. 2. 7. 그 소유권을 취득한 매립지이고 이 사건 처분의 귀속연도는 1993년 이므로, 이 사건 처분 당시 비업무용 규정에 따라 차입금을 손금에 불산입할 수는 없다. 그러나 이 사건 처분은 비업무용 규정(제1항)을 근거로 한 것이 아니라 차입금 과다법인 규정(제2항)을 근거로 한 것이고, 매립지의 소유권을 취득한 날부터 4년이 경과되지 아니한 토지를 비업무용 부동산에서 제외하였다고 하여 위와 같은 토지에 대하여 4년간 차입금 과다법인 규정에 의한 손금불산입도 유예하는 취지로 볼 수는 없으므로, 이 사건 토지가 당시 비업무용 부동산에 해당되지 않더라도동아건설이 차입금 과다법인에 해당되는 이상구 법인세법 제18조의3 제2항 제3호에 따라 과세할 수 있는 것이다.

이와 같이 농경지로 조성된 매립지의 경우 지급이자 손금불산입에 관하여 비업무용 규정에서는 이를 4년간 유예하면서도 차입금 과다법인 규정에서는 아무런 유예기간을 두지 아니한 취지를 살펴보면, 농경지로 조성된 매립지의 경우 그 규모가 방대하고 준공 이후 초기단계에서 영농이 불가능한 것은 아니지만 높은 염분농도 등으로 말미암아 영농수익률이 낮기 때문에, 농경지로 조성된 매립지가 비업무용 부동산에 해당하더라도 이를 수익성 높은 농경지로 비옥하게 만든 후 방대한 면적을 처분하기 위해서는 유예기간이 필요하다는 이유로 비업무용 규정에서 유예기간을 설정한 것으로 볼 수 있고, 나아가 차입금 과다법인에 대하여도 일반법인과 마찬가지로 유예기간을 설정할 것인가는 입법정책의 문제라고 할 것인데, 기존의 차입금이 적정한 일반법인의 경우와 달리 차입금 과다법인의 경우에는 이미 과다한 차입금으로 말미암아 재무구조가 취약한 상태에서 유예기간을 설정하면 재무구조가 더욱 악화될 염려가 있으므로, 이와 같은 유예기간을 설정하지 아니함으로써 조기에 재무구조를 건전하게 만들 수 있도록 유도하기 위해서 입법재량의 범위 내에서 차입금 과다법인에 대하여는 유예기간을 두지 않기로 한 것으로 볼 수 있다.

(2)구 법인세법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 제5항에서는 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 법인을 차입금 과다법인으로 규정하고 있는데, 위 인정사실에 의하면,동아건설은 차입금 과다법인에 해당된다.

(3) 차입금 과다법인 규정에서는 임야목장용 부동산과 함께 “농경지”를 보유하는 경우에 차입금의 이자 중 일정액을 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제43조의2 제11항, 구 법인세법 시행규칙(1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되기 전의 것) 제18조 제21항에서도 차입금 과다법인 규정의 적용대상자산을 임야목장용 부동산연수원 또는 휴양소용 부동산과 “농경지” 등으로 규정하고 있을 뿐 농경지의 정의에 관하여 규정하지 아니하고 있다.

그런데 구 법인세법 시행규칙 제59조의4에서는 자경농지의 양도소득세 면제와 관련하여 “농지”를 “전답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지 등”을 말하는 것으로 규정하고,구 농지확대개발촉진법(1994. 12. 22. 법률 제4823호로 폐지되기 전의 것) 제2조 제2호에서는 “농지”를 “법적 지목 여하에 불구하고 실제의 토지현상이 농경지목초재배지 또는 다년성식물재배지로 이용되는 토지 등”을 말하는 것으로 규정하고 있다.

따라서 차입금 과다법인 규정에서 말하는 “농경지”는 농지 중 목장용 부동산(목초재배지) 또는 다년성식물재배지 등을 제외한 것으로서 “지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 전답”을 말하는 것으로 볼 수 있다.

(4) 한편,구 농지확대개발촉진법 제2조 제1호에서는 “미간지(未墾地)”를 “임야, 황무지, 초생지, 소택지, 폐염전, 하천, 공유수면매립법에 의하여 방조제가 수축된 간척지 등 법적 지목 여하에 불구하고 농지조성에 적합한 토지로서 농지로 이용되고 있지 아니하는 토지”로 정의하고, 같은 조 제4호에서는 “미간지를 농지로 조성하고 그 부대시설을 설치 또는 변경하는 것”을 “개간”이라고 규정하였다.

따라서 “공유수면매립법에 의하여 방조제가 수축된 간척지”는 아직 “미간지”이고 개간이 이루어져야 비로소 “농지”가 된다고 볼 것이며, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 토지는 1986. 7. 15. 방조제가 수축됨으로써 “미간지”가 되었다고 할 것이므로, 이 사건의 쟁점은 1991. 1. 8. 이 사건 매립공사의 준공인가와 동시에 이 사건 토지가 “미간지”에서 “농경지”로 바뀌었는가 하는 점이다.

(5) 위 인정사실에 의하면,동아건설은 1980. 1. 14.구 공유수면매립법(1997. 4. 10. 법률 제5337호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항, 구 행정권한의위임및위탁에관한규정(1983. 4. 30. 대통령령 제11120호로 개정되기 전의 것) 제29조 제11항에 따라 이 사건 토지 등에 관하여 농경지조성을 목적으로 하는 매립(바다에서 농업을 목적으로 하는 매립)의 면허를 받은 후, 1991. 1. 18. 구 공유수면매립법 제12조, 구 행정권한의위임및위탁에관한규정(1998. 8. 11. 대통령령 제15864호로 개정되기 전의 것) 제41조 제9항에 따라 공유수면매립 준공인가를 받았을 뿐, 구 농지확대개발촉진법에 의한 개간허가를 따로 받음으로써 같은 법 제30조 제1항 제1호에 따라 구 공유수면매립법 제4조에 의한 매립면허를 받은 것으로 의제되었다거나 또는 구 농촌근대화촉진법(1995. 12. 29. 법률 제5077호로 폐지되기 전의 것) 제2조 제1호 라목에 의한 “농지개량사업”으로 이 사건 매립공사를 시행함으로써구 농촌근대화촉진법(1989. 4. 1. 법률 제4118호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1호에 따라 구 공유수면매립법 제4조에 의한 매립면허를 받은 것으로 의제되었다거나, 개간공사에 관한 준공인가를 따로 받지 아니하였으므로, 공사의 “준공인가”에 따라 바로 “개간”이 완성되었다고 볼 수는 없고, 공유수면매립공사의 준공인가가 이루어진 상태에서 이 사건 토지가 실지로 경작에 사용되는 전답의 형상을 갖추었는가에 따라 “농경지”로 바뀌었는가를 판단하여야 한다.

(6) 위 인정사실에 의하면,동아건설은 이 사건 토지 등에 관하여 1980. 1. 14. “농경지조성”을 목적으로 공유수면매립면허를 받아 1986. 7. 15. 방조제공사를 완성할 때까지 약 6년 동안 360억여원을 투입함으로써 “갯벌” 상태이던 이 사건 토지 등을 “미간지”로 만들었고, 그 후 1991. 1. 8. 공유수면매립 준공인가를 받을 때까지 약 4년 반 동안 460억여원을 투입하여 제2단계 내부개답공사를 함으로써 “미간지” 상태이던 이 사건 토지 등에 대하여 “개간작업”을 하였으며, 1991. 2. 7.경 스스로 이 사건 토지의 지목을 전, 답 등으로 기재하여 소유권보존등기를 마치면서 공유수면매립으로 인한 농지취득이라 하여 취득세 비과세대상의 혜택을 받았으므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 토지는 1991. 1. 8. “농경지조성”의 목적달성에 따른 준공인가를 받음으로써 개간을 완성하여 “농경지”로 조성되었다고 보아야 한다.

다만, 공유수면매립 준공인가를 받은 경우에도 이 사건 토지를 “실지로 경작에 사용되는 전답”이라고 볼 수 없는 예외적인 사정이 있는 경우에는 이 사건 토지를 농경지라고 볼 수 없다고 할 것인데, 이 경우에도 이 사건 토지의 형상을 객관적으로 관찰하여 농경지 여부를 가려야 할 것이고, 이 사건 토지의 객관적 형상을 그대로 둔 채 농업용수시설이 완성되면 농경지로 볼 수 있으나 농업용수시설이 완성되기 전에는 농경지로 볼 수 없다고 판단할 수는 없으며, 만일 원고가 주장하는 것처럼 농업용수만 공급되면 이 사건 토지에서 영농을 할 수 있었음에도 국가가 자기책임을 이행하지 아니함으로써 농업용수시설이 완성되지 못하였다고 하더라도, 이는 이 사건 토지가 완성된 농경지임을 전제로 거기에서 충분한 수확을 올리지 못한 책임이 누구에게 있는가 하는 문제일 뿐, 이 사건 토지를 아직 농경지로 볼 수 없다는 근거로 삼을 수는 없고, 다만, 이 사건 토지의 “염분농도”가 과다하여 농사를 지을 수 없는 사정이 있다면 이는 이 사건 토지를 “실지로 경작에 사용되는 전답”이라고 볼 수 없는 예외적인 사정에 해당된다고 볼 수 있다.

(7) 위 인정사실에 의하면, 경기도 농촌진흥원이 1994. 7. 15.동아건설의 채취로 의뢰한 토양시료의 염분농도를 측정한 결과 8군데에서 2.66%～5.41%의 높은 염분농도가 나왔고, 이와 같은 수치는 벼의 생육한계 0.74%(7,400ppm), 보리, 밀의 생육한계 1.79%, 1.28%, 사료작물의 생육한계 1.47%, 0.99%(이상 표 8)와 밭작물들의 생육한계 0.256%～0.96%(표5)를 훨씬 넘는 것이기는 하나, 한편, ① 일반적으로 간척지의 염분농도는 조사지점과 조사시기에 따라 다르게 나타나고 염분농도에 따른 작물별 생육한계에 관한 이론값보다 경험값이 월등히 높으며(표 8), 다른 간척지 중 해남지구의 경우 염분농도가 1996년에 3.71%～5.76%, 1997년에 0.67%～4.58%, 1998년에 1.28%～5.70%로 매우 높게 나타났음에도 786ha～1,529ha의 간척면적 전부에서 벼농사를 지어 높은 단위생산량(376kg/10a)을 얻은 후 1999년에도 2.81%～6.20%의 높은 염분농도에서 단위생산량 340kg/10a을 나타낸 점(표 10), ② 농촌진흥청 농업기술연구소 직원이 위 경기도 농촌진흥원의 측정기준일부터 보름 후인 1994. 8. 3. 현지에 가서 직접 시료를 채취하여 검사한 결과 이 사건 토지 중 담수직파 농법으로 재배하는 지역에서는 벼의 수확량감소가 전혀 없는 염분농도인 0.12%를 나타내고 건답직파 농법 재배지의 경우 1.41%, 콩재배지의 경우 2.295%로 조사된 점, ③ 그 후에도 이 사건 토지의 염분농도가 농어촌진흥공사의 1996. 9. 12.자 측정결과 0.58%～2.40%(표 6), 농업과학기술원과 농어촌진흥공사의 1998. 5. 18.자 공동조사결과 0.29%～6.37%(표 7)로 나타났는데, 1991. 1. 8. 이 사건 토지에 대한 준공인가 이후 강우량에 따른 자연제염 외에 농업용수시설의 개선에 의한 인공제염은 따로 이루어지지 아니한 점, ④ 다른 간척지 중 영산강 II지구의 경우 1981. 12. 8. 방조제 공사가 준공된 후 1년 남짓 지난 1983년부터 가경작을 시작하였는데(매립공사의 준공은 1992년), 염분농도가 모두 1% 이하로 나타났고 1983년부터 농지면적 5,500ha 중 3,841ha에서 바로 가경작을 하는 등 활발하게 경작을 하였으며, 방조제 공사 준공 후 가경작을 시작하기까지의 기간을 보면, 대호지구의 경우 5년 반, 해남지구의 경우 3년 반, 서산지구의 경우 1년(10% 이상 경작시까지는 2년, 50% 이상 경작시까지는 4년)이 걸린 점, ⑤ 이 사건 토지의 경우에도 매립공사의 준공인가 이전부터 경작가능한 지역이 조성되어 1989년부터 1.1%의 지역에서나마 경작을 시작한 후 이 사건 처분의 과세연도인 1991년, 1992년에는 4.9%, 7.3%의 경작률을 나타냈고, 무엇보다동아건설이 경작곤란의 이유로 주장하던 농업용수시설에 관하여 아무런 개선이 없는 상태에서 종합토지세의 절세 목적으로 1998년, 1999년에 갑자기 기존의 공촌천과 심곡천의 물만 이용하여 이 사건 토지의 90%가 넘는 지역에서 농사를 지었고, 농업기반공사가 이 사건 토지의 소유권을 승계한 후 2000년부터 이 사건 토지의 현황에 관한 특별한 사정변경 없이도 이 사건 토지의 대부분의 지역에서 영농을 하고 있는 점, ⑥동아건설은 1993년경 이 사건 토지의 용도를 상업용도 등으로 변경한다는 계획을 세운 후 1996년의 인천광역시 도시기본계획 공청회, 1998년의 40억달러 투자유치계약 등을 거치면서 국회의원에게 뇌물을 주는 방법까지 동원하여 이 사건 토지의 용도를 변경하려고 시도하는 과정에서 이 사건 토지에서 영농을 하려는 적극적인 의사를 나타내지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분의 과세연도인 1993년 당시에 이 사건 토지의 염분농도를 경작이 불가능할 정도로 높다고 볼 수는 없고, 이 사건 토지는 오히려 영농의 의사만 있으면 초기에 수확량이 적게 나타나는 것을 감수하는 가운데 언제든지 농사를 지을 수 있는 상태로서 충분한 농업용수가 공급되면 그 수확량을 높여가면서 좀더 비옥한 농경지로 만들 수 있는 상태였다고 보아야 한다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 토지를 농경지로 보고서 차입금 과다법인인동아건설에 대하여 차입금의 이자 중 일정액을 손금에 불산입하여 1993년분 법인세를 부과한 이 사건 처분은 적법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.