서울행정법원 2025. 8. 14. 선고 2024구합86888 판결 [법인세등부과처분취소]

피고가 2016. 10. 20. 원고에게 한 2014년 귀속 법인세 **,***,***원과 부가가치세 **,***,***원, 소득처분 **,***,***원의 각 부과처분은 모두 무효임을 확인한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 1. 27. 설립되어 인테리어 설계 및 공사업, 내외장 공사업, 산업디자인 및 용역업 등을 영위하였던 법인이다. 원고는 2016. 6. 22. 서울회생법원에 회생개시신청을 하였으나 같은 해 9. 23. 기각결정이 확정되었다. 원고는 서울회생법원으로부터 2016. 9. 23. 11:20 파산선고[2016하합112, 파산관재인 변호사 BBB(1967. 1. 2.생, 서울 중구 ***, ***), 이하 ‘이 사건 파산선고’라 한다]를 받고 2018. 12. 6. 파산종결 되어 같은 달 12. 법인등기가 폐쇄되었다. 이 사건 파산선고 당시 원고의 대표이사는 AAA이다.

나. 피고는 이 사건 파산선고가 있기 전인 2016. 7. 26. 원고에게 2014 사업연도 귀속 법인세 통합조사 사전통지(세무조사기간 : 2016. 8. 16.부터 2016. 9. 14.까지)를 하였다(이하 ‘1차 세무조사 사전통지’라 한다).

다. 원고가 2016. 8. 8. 피고에게 위 세무조사 연기를 신청하자 피고는 세무조사를 연기하고 2016. 9. 21. 원고에게 ‘2016. 9. 22.부터 2016. 10. 21.까지 세무조사를 실시하겠다’는 사전통지를 하고(이하 ‘2차 세무조사 사전통지’라 한다), 2016. 9. 22.부터 2016. 10. 11.까지 원고에 대하여 ‘2014 사업연도 귀속 법인세 통합조사’를 실시하였다 (이하 ‘이 사건 세무조사‘라 한다). 피고는 원고의 대표이사 AAA을 상대로 이 사건 세무조사를 하였고, 원고의 파산관재인은 위 세무조사절차에 참여하지 않았다.

라. 피고는 이 사건 파산선고 후인 2016. 10. 11. AAA으로부터 ’원고는 2014년 2기세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서‘라 한다)을 수취한 것으로 신고하였다. 강남세무서에서 이 거래에 대한 증거서류를 제출하라고 요구하였으나 서류를 찾을 수 없고거래 내용이 무엇인지 소명할 수 없다‘는 내용의 진술서를 교부받았다.

마. 피고는 원고에게 이 사건 매입세금계산서는 가공의 세금계산서에 해당하고, 원고가 지출한 연구인력개발비 중 연구개발 업무가 아닌 일반 매출활동에 참여하고 있는 직원의 인건비를 세액공제에서 부인하는 내용의 세무조사결과통지와 과세예고통지를 하였다. 위 통지의 구체적 내용은 아래와 같다. 피고는 AAA에게 이 사건 세무조사결과통지서를 교부하고 파산관재인에게는 교부하지 않았다.

바. AAA은 2016. 10. 20. 피고에게 이 사건 세무조사결과통지 내용 중 법인세**,***,***원 및 부가가치세 **,***,***원에 대하여 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법‘이라 한다) 제81조의15 제7항 및 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법 시행령‘이라 한다) 제63조의14 제4항 단서에 따라 과세전적부심사를 청구 하지 않을 것이므로 위 법인세 및 부과가치세를 즉시 결정·고지하여 달라는 조기결정 신청을 하였다(이하 ’이 사건 조기결정신청‘이라 한다).

사. 피고는 2016. 10. 20. 원고에게 이 사건 조기결정신청에 따른 법인세**,***,***원, 부가가치세 **,***,***원, 소득처분에 따른 원천징수세액 **,***,***원을 각 경정·고지(이하 통틀어 ’이 사건 처분‘이라 한다)하였다. 피고는 위 처분에 따른 납세고지서를 원고의 파산관재인에게 등기우편으로 송달하였고, 원고의 파산관재인은 2016. 10.31. 위 고지서를 송달받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3, 9, 10호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

피고는 이 사건 소는 법인격을 상실한 원고가 대표권이 없는 AAA을 대표자로 하여 제기한 것이어서 부적법하여 각하되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 법인이 잔여재산 없이 그에 대한 파산절차가 종료되면 청산종결의 경우와마찬가지로 그 인격이 소멸한다. 다만 아직도 적극재산이 잔존하고 있거나 어떤 권리관계가 남아 있어 현실적으로 정리할 필요가 있으면 그 범위에서는 법인격이 아직 완전히 소멸하지 않고 존속한다고 보아야 한다(대법원 1989. 11. 24. 선고 89다카2483판결). 앞서 본 바와 같이, 원고는 2018. 12. 6. 파산종결 되어 같은 달 12. 법인등기가 폐쇄되었으므로 특별한 사정이 없는 한 원고의 법인격이 소멸되었다고 할 것이고, 이러한 사실 외에 원고에게 적극재산이 잔존한다는 점을 인정할만한 아무런 증거가 없기는하다. 그러나 앞서 본 인정사실, 앞서든 증거들 및 을 제5 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들 즉, ① 피고가 원고에 대한 파산절차에서 이 사건 처분에 따른 법인세 및 부가가치세 대부분을 배당받았는데이 사건 처분이 무효가 될 경우 배당의 효력에도 영향을 미치게 되므로 원고는 파산종결 이후라도 이 사건 처분의 효력을 다툴 필요가 있는 점, ②그럼에도 파산종결 후원고에게 적극재산이 없다는 이유로 원고의 당사자능력을 부인할 경우 원고가 이 사건처분의 효력을 다투는 것이 불가능하게 되는 점, ③ 이 사건 파산선고 당시 원고의 대표이사였던 AAA이 피고에게, 파산절차 중인 2018. 3. 22. 이 사건 처분에 대한 불복이유서를 제출하고 파산종결 후인2019. 3. 22.에도 이 사건 부가가치세 처분에 대한이의신청을 제기하였다가 2019. 4. 8. 이를 모두 취하하고, 2022. 2. 21. 이 사건 처분의 무효를 주장하며 고충민원을 제기하였다가 2022. 3. 10. 거부당하였으며,국민권익위원회에도 고충민원을 제기하였다가 2022. 11. 30. 위 민원이 위법·부당하지 않다는이유로 종결된이후 2024. 11. 4. 이 사건 소를 제기해 이 사건 처분의 효력을 지속적으로 다투어 온 점 등을 종합하면,원고가 파산종결 후에도 이 사건 처분과 관련한 권리관계를 현실적으로 정리할 필요가 있다고 할 것이므로 그 범위에서는 원고의 법인격이 아직 완전히 소멸하지 않고 존속한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고는 이 사건 소를 제기할 당사자능력을 가진다고 할 것이고, 원고에 대한 파산이 종결되어 파산관재인의 관리처분권이 소멸한 이상 이 사건 파산선고 당시 원고의 대표이사였던 AAA이원고를 대표하여 이 소송을 기하였다고 하여 그것이 대표권 없는 자에 의하여 제기된 것이어서 부적법하다고 할 수 없다. 따라서 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

피고가 원고의 파산관재인에게 이 사건 세무조사 참여기회를 부여하지 않고 이 사건세무조사결과통지 및 과세예고통지를 누락한 것은 적법절차의 원칙과 국세기본법 제81조의 12, 제81조의 15를 위반하여 원고의 사전구제를 위한 절차적 권리를 침해한 것으로 위법·무효이므로, 이에 기초한 이 사건 처분 역시 당연무효이다.

나. 관련 법리

과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결 등 참고).

다. 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 원고의 파산관재인에게 이 사건 세무조사결과통지와 과세예고통지를 하지 않고 이 사건 처분을 한 것은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것이어서 위법하나 그 하자가 중대하거나 객관적으로 명백하다고 할 수 없어 이 사건 처분이 당연무효라고 볼 수 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1) 원칙적으로, 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 일정 기간 내에 조사결과를 납세자에게 설명하고 이를 서면으로 통지(세무조사결과통지)하여야 하고(국세기본법제81조의12 제1항 본문), 세무서장 또는 지방국세청장은 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)를 하여야 하며(국세기본법 제81조의15 제1항 제3호 본문), 세무조사결과통지를 받거나 과세예고통지를 받은 자는 일정 기간 내에 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있다(국세기본법 제81조의15 제2항).

2) 이 때 세무조사결과통지 및 과세예고통지의 상대방은 ’납세자‘이다. ’납세자‘는납세의무자(연대납세의무자와 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 경우의 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는자이다(국세기본법 제2조 제10호).

3) 채무자회생 및 파산에 관한 법률에 따르면, 파산선고에 의하여 채무자가 파산선고 당시에 가진 국내외의 모든 재산은 파산재단을 구성하고(제382조 제1항), 그 파산재단을 관리 및 처분할 권리는 파산관재인에게 전속한다(제384조). 파산관재인은 파산재단에 속하는 재산을 환가하여 파산채권자들에 대한 배당을 실시할 뿐만 아니라 재단채권 역시 파산재단에 속하는 재산에서 수시로 변제하게 된다. 따라서 재단채권이나 파산채권에 해당하는 조세채권의 납세의무자는 파산관재인이다(대법원 2017. 11. 29. 선고 2015다216444 판결).

4) 그렇다면 피고는 납세의무자인 원고의 파산관재인에게 이 사건 세무조사결과를통지하고 이 사건 처분 전에 과세예고통지를 하여 과세전적부심사를 청구할 기회를 부여하였어야 한다. 그럼에도 피고가 이러한 절차를 거치지 않고 이 사건 처분을 한 것은 절차적 하자가 존재하여 위법하다.

5) 다만, ① 피고가 이 사건 파산선고가 있기 전 원고에 대하여 2차례에 걸쳐 세무조사사전통지를 하였고 원고의 요청에 따라 세무조사가 연기되었다가 파산선고 하루전 날 이 사건 세무조사가 개시된 점, ② 피고가 원고의 경영사정을 잘 아는 AAA을세무조사에 참여하도록 하여 소명기회를 부여한 것이 특별히 원고에게 불리하다고 보이지 않는 점, ③ AAA이 소명기회를 부여받고도 ’소명자료 제출이 불가능하다‘는 취지의 진술서만 제출하고 달리 이 사건 매입세금계산서가 가공의 것이 아님을 적극적으로 다투지 않은 것으로 보이는 점, ④ AAA에 대하여 세무조사결과통지 및 과세예고통지가 이루어졌으므로 파산관재인이나 파산채무자인 원고가 위 세무조사결과와 과세예고의 내용을 충분히 알았거나 알 수 있었던 점, ⑤ 그럼에도 AAA이 과세전적부심사를 포기하고 이 사건 조기결정신청을 한 점, ⑥ 파산관재인이 이를 송달받고도 불복기간이 도과할 때까지 과세처분의 위법을 다투는 등의 조치를 취하지 않은 점 등을 종합하면, 피고가 원고의 파산관재인에게 이 사건 세무조사 참여 기회를 부여하지 않고세무조사결과통지와 과예고통지를 하지 않고 이 사건 처분을 한 것이 헌법 제12조제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙상 세자의 절차적 권리를 침해하여 그 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자에 해당한다거나 그 하자가 객관적으로 명백하다고 볼 수 없다(설령 원고의 주장과 같이 이 사건 처분이 당연무효이므로 피고가 이 사건 처분에 따라 징수한 세액을 법률상 원인 없는 부당이득이라 보더라도, 이러한 부당이득반환청구권의 소멸시효는 이를 행사할 수있는 때로부터 5년이라 할 것인데, 원고의 파산절차는 2018. 12. 6. 종결되어 피고가그 이전에 이 사건 처분에 따른 세액을 원고로부터 징수한 것으로 보이고, 원고는 그로부터 5년이 훨씬 경과한 2024. 11. 4. 이 사건 소를 제기하였으므로, 위 부당이득반환청구권의 소멸시효도 완성된 것으로 보인다는 점을 덧붙여 둔다).

6) 이에 대하여 원고는 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326, 대법원 2016. 12.27. 선고 2016두49228 판결을 근거로 들며 이 사건 처분이 당연무효라고 주장하나, 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326은 과세예고통지를 누락하여 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 것이고, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결은 과세예고통지는 있었으나 과세전적부심사청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 한 것 으로, 피고가 세무조사 실시 당시 적법한 원고의 대표이사이자 원고의 사정을 제일 잘알 수 있는 AAA에게 세무조사결과통지와 과세예고통지를 하는 등 절차적 참여권을보장한 이 사건과는 사안을 달리하여 그대로 적용할 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.