서울행정법원 2020. 10. 16. 선고 2019구합64297 판결 [법인세부과처분 등 취소]

1. 처분의 경위

가. 2008. 12. 12. 설립된 ○○○○(이하 ‘○○○○ 펀드’라 한다)와 2008. 12. 22. 설립된 ○○○펀드(이하 ‘○○○ 펀드’라 하고, ○○○○ 펀드와 통칭하여 ‘이 사건 펀드들’이라 한다)는 ｢중소기업창업 지원법｣(이하 ‘중소기업창업법’이라 한다)에 근거하여 중소기업의 창업자에게 투자하고 그 성과를 배분하는 것을 주된 목적으로 하는 중소기업창업투자조합이다.

나. 이 사건 펀드들의 조합원은 펀드의 채무에 대하여 무한책임을 지는 업무집행조합원과 출자가액을 한도로 유한책임을 지는 유한책임조합원으로 구성되는데, ○○○○ 펀드의 유한책임조합원은 원고(출자가액 200억 원, 66.7%)와 ○○ 주식회사(구 ○○씨앤씨 주식회사, 출자가액 97억 원, 32.3%)이고, 업무집행조합원은 ○○○○인베스트먼트 주식회사(출자가액 3억 원, 1%, 이하 ‘○○○○’라 한다)이다(○○○○ 펀드 규약 제9조).

다. ○○○ 펀드의 유한책임조합원은 원고(출자가액 200억 원, 98.5%)이고, 업무집행조합원은 ○○○○ 펀드와 동일하게 ○○○○(출자가액 3억 원, 1.5%)이다(○○○ 펀드 규약 제9조).

라. 이 사건 펀드들은 2010. 5. 24. 원○○ 및 구○○으로부터 각각 ○○○ 유한회사(이하 ‘○○○’라 한다)의 주식을 매수하는 계약을 체결하였다.

1) ○○○○ 펀드는 2010. 5. 24. 원○○로부터 ○○○ 주식 1,429주를 1주당 350만 원, 매매대금 합계 5,001,500,000원에 매수하였다(이하 ‘제1거래’라 한다).

2) ○○○ 펀드는 2010. 5. 24. 원○○로부터 ○○○ 주식 821주를 1주당 350만 원, 매매대금 합계 2,873,500,000원에 매수하였다(이하 ‘제2거래’라 한다).

3) ○○○ 펀드는 2010. 5. 24. 구○○으로부터 ○○○ 주식 4,343주를 1주당 350만 원, 매매대금 합계 15,200,500,000원에 매수하였다(이하 ‘제3거래’라 한다. 이하에서는 제1, 2, 3거래를 통칭하여 ‘이 사건 거래’라 하고, 이 사건 거래로 이 사건 펀드들이 매수한 ○○○ 주식을 통칭하여 ‘이 사건 주식’이라 한다).

마. 피고는 제1거래와 관련하여 ○○○○ 펀드가 원○○로부터 매수한 ○○○ 주식 1,429주의 매수 당사자가 ○○○○ 펀드가 아닌 그 펀드의 유한책임조합원인 원고라는 전제에서, ○○○○ 펀드의 출자지분 66.7%를 보유하고 있던 출자자인 원고가 법인세법상 비특수관계인인 원○○로부터 직접 위 ○○○ 주식 1,429주 중 66.7%를 고가에 매수하였다고 보았다.

바. 이에 따라 피고는 제1거래 관련 ○○○ 주식 매매가액 5,001,500,000원과 위 주식 시가의 130% 상당액(정상가액)의 차액중 원고의 ○○○○ 펀드에 대한 출자지분율인 66.7%에 해당하는 금액인 3,195,726,621원을 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 및 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 제2호에 따른 의제기부금으로 원○○에게 실질적으로 증여된 금액으로 보아, (ㄱ) 이 사건 거래가 이루어진 2010년도에 위 금액 상당액을 손금산입(△유보) 및 익금산입(기타사외유출)하여 원고의 2010 사업연도 과세소득을 조정하고, (ㄴ) ○○○○ 펀드가 2011년 중 위 주식 매수대금을 회수하였다는 것에 근거하여, 위 손금산입(△유보)된 금액(3,195,726,621원)을 다시 2011 사업연도 소득 계산 시 익금산입(유보)하여, 원고의 2011 사업연도 법인세를 증액 경정하였다.

사. 피고는 제2거래에 관하여도 ○○○ 펀드가 원○○로부터 매수한 ○○○ 주식 821주의 매수 당사자가 ○○○ 펀드가 아닌 그 펀드의 유한책임조합원인 원고라는 전제 하에, ○○○ 펀드의 출자지분 98.5%를 보유하고 있던 출자자인 원고가 법인세법상 비특수관계인인 원○○로부터 직접 위 ○○○ 주식 821주 중 98.5%를 고가에 매수하였다고 보았다.

아. 이에 따라 피고는 제2거래 관련 ○○○ 주식 매매가액 2,873,500,000원과 위 주식 시가의 130% 상당액(정상가액)의 차액중 원고가 ○○○ 펀드에 대한 출자지분율인 98.5%에 해당하는 금액인 2,713,349,673원을 구 법인세법 시행령 제35조 제2호에 따른 의제기부금으로 원○○에게 실질적으로 증여된 금액으로 보아, (ㄱ) 이 사건 거래가 이루어진 2010년도에 동 금액 상당액을 손금산입(△유보) 및 익금산입(기타사외유출)하여 원고의 2010 사업연도 과세소득을 조정하고, (ㄴ) ○○○ 펀드가 2011년 중 위 주식 매수대금을 회수하였다는 것에 근거하여, 위 손금산입(△유보)된 금액(2,713,349,673원)을 다시 2011 사업연도 소득 계산 시 익금산입(유보)하여, 원고의 2011 사업연도 법인세를 증액 경정하였다.

자. 피고는 제3거래에 관하여도 앞서 본 바와 마찬가지로 ① ○○○ 주식 4,343주의 매수 당사자가 ○○○ 펀드가 아닌 그 펀드의 유한책임조합원이라고 전제하고, ② 나아가 위 주식을 구○○ 소유의 주식이 아닌 최○○의 차명주식으로 보아, ○○○ 펀드의 출자지분 98.5%를 보유하고 있는 원고가 법인세법상 원고와 특수관계인인 최○○으로부터 위 ○○○ 주식 4,343주 중 98.5%를 고가에 매수하였다고 보았다.

차. 이에 따라 피고는 구 법인세법 제52조 제1항 및 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 제3거래 관련 ○○○ 주식 매매가액 15,200,500,000원과 위 주식 시가의 차액 중 원고의 ○○○ 펀드에 대한 출자지분율인 98.5%에 해당하는 금액인 14,559,447,527원을 원고가 그 특수관계인인 최○○으로부터 주식을 고가에 매입함으로써 분여한 이익으로 보아 다음과 같이 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 하였다.

1) 이 사건 거래가 이루어진 2010년도에 동 금액 상당액을 손금산입(△유보) 및 익금산입(상여)하여 원고의 2010 사업연도 과세소득을 조정하고 원고에 대하여 소득자를 최○○으로 한 2010년 상여소득 14,559,447,527원의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)

2) ○○○ 펀드가 2011년 중 위 주식 매수대금을 회수하였다는 점에 근거하여, 위 손금산입(△유보)된 금액(14,559,447,527원)을 다시 2011 사업연도 소득 계산 시 익금산입(유보)하여 원고의 2011 사업연도 법인세를 증액 경정

카. 위와 같이 피고는 이 사건 거래(제1, 2, 3거래)에 관하여 원고의 2011 사업연도 소득 계산 시 총 20,468,523,822원을 익금산입(유보)하여, 2016. 2. 15. 원고에 대하여 2011 사업연도 법인세 6,825,197,250원의 부과처분(가산세 포함)을 하였다.

타. 또한 피고는 제3거래에 관하여 2016. 2. 16. 원고에게 소득자를 최○○으로 하여 2010년 귀속 상여소득 14,559,447,527원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 법인세 부과처분과 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2. 원고의 주장

가. 이 사건 펀드들은 독립된 권리의무의 주체가 될 수 있는 비법인사단이고, 이 사건 펀드들에 대한 세법상 취급에 비추어 보아도 출자자이자 유한책임조합원에 불과한 원고를 이 사건 주식의 매수 당사자로 볼 수 없다.

나. 이 사건 펀드들은 사후에 이 사건 주식의 매매대금을 모두 회수하였는데, 이는 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정된 것이므로, 원고에게 소득이 발생하였음을 전제로 하는 이 사건 각 처분은 위법하다.

다. 이 사건 주식 중 제3거래와 관련하여 ○○○ 펀드가 매수한 주식은 최○○의 차명주식으로 볼 수 없다.

3. 판단

가. 이 사건 주식의 매수 당사자 및 소득세의 부과대상

1) 피고의 과세근거

피고는 “이 사건 펀드들은 민법상 조합으로서 독립된 권리의무의 주체가 될 수 없을 뿐만 아니라 세법상 도관에 해당하므로 이 사건 거래로 인한 법률효과가 조합원인 원고에게 귀속된다. 또한 실질과세의 원칙에 따르더라도 이 사건 주식을 실질적으로 매수한 자는 원고이다.”라고 주장한다.

2) 이 사건 펀드들의 사법상 성격

그러나 다음 사정에 의하면, 이 사건 펀드들은 법인격 없는 사단으로서의 실체를 가진다.

가) 이 사건 펀드들은 중소기업창업투자조합으로서, 중소기업의 창업자에게 투자하고 그 성과를 배분하는 내용의 고유의 목적을 가지고 설립되었다[구 중소기업창업법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업창업법’이라 한다) 제2조 제5호].

나) 이 사건 펀드들은 창업투자조합의 효율적인 운영, 관리 및 재산의 배분 등을 위하여 업무집행조합원과 유한책임조합원 간에 합의된 사항을 규약으로 정하였는데, 위와 같은 규약은 이 사건 펀드들의 사단적 성격을 표상한다.

다) 이 사건 펀드들은 의사결정기관으로 조합원 총회를 두고 조합운영에 관한 중요한 사항을 의결하고 의사결정기관인 조합원 총회의 소집 및 운영에 관한 상세한 규정을 두고 있다.

라) 이 사건 펀드들의 업무집행조합원은 ○○○○이고, ○○○○는 조합재산의 관리, 운영, 투자대상 기업의 선정 및 투자 등 조합 전반에 관한 업무를 수행하고 조합에 관한 재판상 또는 재판 이외의 모든 행위에 대하여 조합을 대표하는 집행기관으로서의 역할을 수행한다.

마) 이 사건 펀드들의 규약에 의하면 조합원총회의 결의는 원칙적으로 일반결의(총 출자좌수 1/2 이상에 해당하는 출자자의 출석 및 출석한 출자자의 1/2 이상의 찬성)에 의하거나(○○○○ 펀드 규약 제22조 제4항) 특별결의(총 출자좌수 2/3 이상의 찬성)에 의하도록 되어 있어(○○○ 펀드 규약 제21조 제4항), 의사결정기관의 의결 방법이 미리 정하여져 있다.

바) 이 사건 펀드들은 그 존속기한을 원칙적으로 7년으로 하되, 조합원 전원 동의에 의하여 2년 연장할 수 있도록 정하고 있고, 유한책임조합원의 탈퇴나 그 지위의 양도 등 구성원의 변동에 관계없이 존속기한동안 존속된다.

사) 그 밖에 업무집행조합원의 대표 방법, 의사결정기관인 조합원 총회의 운영 방법, 펀드재산의 관리 및 운용방법 및 투자방법 등 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있다.

아) 구 중소기업창업법 제27조는 “조합원의 채권자가 조합원에 대하여 채권을 행사할 때에는 민법 제704조와 제712조에도 불구하고 그 조합원이 중소기업창업투자조합에 출자한 금액의 범위에서 이를 행사할 수 있다”고 정하고 있으므로, 구 중소기업창업법에 의하여 성립된 투자조합의 조합원은 유한책임만을 부담한다. 이와 같이 이 사건 펀드들이 독립된 권리의무의 주체인 비법인사단에 해당하는 이상, 이 사건 거래에 따른 법률효과 또한 이 사건 펀드들에게 귀속되고, 그 출자자에 불과한 원고에게 이 사건 거래에 따른 법률효과가 귀속된다거나 원고를 매수 당사자로 볼 수는 없다.

3) 이 사건 펀드들의 세법상 취급

구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항에 의하면 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우 이를 양도소득의 범위에서 원칙적으로 제외된다. 구 조세특례제한법 제14조 제5항은 중소기업창업투자조합에 귀속되는 소득으로서 이자소득(소득세법 제16조 제1항 각호) 및 집합투자기구로부터의 이익(같은 법 제17조 제1항 제5호)에 대하여는 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다고 정하고, 같은 조 제6항은 위 소득은 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용을 뺀 금액으로 한다고 규정한다. 즉 구 조세특례제한법에 의하면 원칙적으로 중소기업창업투자조합 단계에서는 양도소득이 과세되지 아니하나, 중소기업창업투자조합에게 귀속된 소득의 경우 비용을 제외하여 소득금액을 계산한 후 조합원에게 그 소득을 실제로 지급하는 시점에 그 조합원에게 법인세 등 납세의무(중소기업창업투자조합의 법인세 등 원천징수의무)가 발생하는 것이다. 그런데 이 사건 펀드들은 이 사건 거래로 인한 소득을 원고에게 지급하지 아니하였고, 그 출자자에게 소득이 분배된 바도 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 거래로 발생한 세무상의 효과를 곧바로 원고에게 귀속시켜 과세하였는바, 이는 중소기업창업투자조합에 대하여 과세특례를 정하고 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수하는 구 조세특례제한법의 규정 및 취지에 정면으로 반하는 것이다. 이에 관하여 피고는 이 사건 펀드들이 중소기업창업투자조합으로서 그 주식의 양도차익에 대해 과세되지 아니한다는 점을 근거로 이 사건 펀드들이 세법상 ‘도관’에 해당한다고 주장한다. 그러나 이러한 과세특례 규정은 벤처투자자에 대한 조세감면의 일환으로 투자조합을 통해 간접투자하는 경우에도 직접 투자하는 것과 동일하게 투자자인 조합원에게 조세감면의 혜택을 부여하는 것을 주된 내용으로 하는 것이다. 나아가 위와 같은 과세특례는 중소기업창업투자조합의 창업자에 대한 투자에 대하여만 부여되는 혜택이고, 창업자 등 이외의 자에 대한 투자에 대해서는 과세된다(구 중소기업창업법 제21조 제3항). 따라서 중소기업창업투자조합의 거래 중 구 조세특례제한법상 비과세 및 과세특례가 적용되는 거래가 존재한다는 이유만으로 이를 세법상 도관으로 보아 거래의 세법상 효과가 조합원들에게 막바로 귀속되는 것으로 볼 수는 없다.

4) 실질과세원칙에 관한 판단

피고는 이 사건 각 처분의 근거로 이 사건 거래의 실질은 원고가 이 사건 펀드들을 통하여 이 사건 주식을 매수한 것이므로 국세기본법 제14조의 실질과세원칙에 따라 원고를 이 사건 거래의 당사자로 보아야 한다고 하면서, 그 근거로 이 사건 펀드들이 사실상 대표이사인 김○○의 1인 회사였고 김○○이 원고의 상무로 근무하였던 점, 이 사건 거래 당시 ○○ 주식회사의 부회장이자 대표이사이고 원고의 사내이사였던 최○○이 이 사건 거래에 관여한 점을 든다. 살피건대 실질과세원칙에 근거하여 이 사건 주식의 매수 당사자를 원고로 재구성하기 위해서는 이 사건 거래를 실질적으로 원고가 주도하거나 적어도 적극적으로 관여하였다는 사정이 인정되어야 할 것이나, 다음과 같은 이유들을 종합하여 보면 위와 같은 사정이 인정된다고 보이지 아니한다.

가) 이 사건 펀드들의 투자대상 기업을 선정하는 권한은 업무집행조합원인 ○○○○에게만 있다(○○○○ 펀드 규약 제24조 제1항, ○○○ 펀드 규약 제23조 제1항).

나) 원고는 이 사건 펀드들의 유한책임조합원으로, 이 사건 거래와 같은 투자대상의 선정 및 주식 매수 과정에 관여할 법 및 규약상의 권한을 보유하고 있지 아니하다.

다) 한편 관련 형사사건의 판결문(서울고등법원 2013. 9. 27. 선고 2013노*** 판결, 2014. 2. 27. 대법원에서 상고가 기각되어 같은 날 확정)에 의하면 ○○ 주식회사의 부회장･대표이사이자 원고의 사내이사인 최○○이 이 사건 거래에 관여하였다는 사정이 나타나 있기는 하다. 그러나 최○○이 이 사건 거래에 관여하였다는 사정이 원고 등의 ○○그룹 계열사가 이 사건 거래의 실질적 매수당사자라는 점을 뒷받침하는 사정이 되는 것은 아니다. 오히려 위 관련 형사사건에 의하면 이 사건 거래의 경위는 최○○이 이 사건 펀드들의 대표인 김○○ 등과 공모하여 사적인 이익을 얻기 위한 목적이었던 것으로 보일 뿐이고, 이 사건 주식에 대한 투자의사결정 또한 출자자인 원고의 의사와는 무관하게 이루어진 것으로 보인다. 관련 형사사건에서는 ○○○ 펀드의 경우 이 사건 거래 과정에서 단독 유한책임조합원인 원고와 협의절차를 전혀 거치지 아니하였다는 사실이 인정되기도 하였다.

나. 결론

위와 같이 이 사건 펀드들의 사법상 성격이 비법인사단이고, 이 사건 펀드들의 세법상 취급에 비추어 그 유한책임조합원에 불과한 원고를 이 사건 거래의 당사자로 볼 수 없으며, 실질과세의 원칙에 의하더라도 원고가 이 사건 거래의 당사자로 인정되지 않는다. 따라서 이 사건 각 처분은 이 사건 주식 매매대금이 사후적으로 회수되어 소득이 실현되지 아니한 것으로 볼 것인지 여부 및 제3거래의 대상이 되는 주식이 최○○의 차명주식인지 여부에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하여 모두 취소되어야 한다.