제주지방법원 2020. 9. 8. 선고 2019구합5100 판결 [법인세부과처분취소]

피고가 2017. 11. 6. 원고에게 한 2015 사업연도 귀속 법인세 240,260,000원의 결정·고지처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다.

1. 처분의 경위

○ 원고는 ‘○○○씨 제주도 입도시조 ○○’를 공동 선조로 하는 종중이다. 원고 정관에는 다음과 같은 내용이 있다. 제1조(목적) ○○○씨 제주도 입도시조이신 ｢○○｣공의 자손으로 조상선영을 섬기고 후손의 번영을 추구하며, 종문 간의 상호 친목과 상부상조를 함으로써 문중발전을 도모함을 목적으로 한다. 제4조(회원) 본회의 회원은 ○○○씨 제주도 입도시조 ｢○○｣공의 후손으로 한다. 제14조(사업) 본회는 본회 목적의 달성을 위하여 다음과 같은 사업을 한다. ∘ 숭조사상의 고취와 친목단결을 위한 사업 ∘ 종사연구 및 간행사업 ∘ 종인의 자녀 장학사업 ∘ 문중 자산관리 및 증식에 관한 사업 ∘ 타 종친(문중)회 간의 연·유대사업 ∘ 기타 본회의 목적 달성에 필요한 사업

○ 원고는 1977. 12. 23. 제주시 조천읍 △△리 ****-* 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하고 1977. 12. 26. 소유권이전등기를 마쳤다.

○ 원고는 2015. 5. 27. 피고로부터 국세기본법 제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받았다.

○ 원고는 2015. 9. 1. 이 사건 토지를 A에게 매도하고, 2015. 12. 30. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득이 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용대상이라는 전제에서 산출세액이 15,876,031원으로 된 2015 사업연도 귀속 양도소득세과세표준신고를 하고 위 금액을 납부하였다.

○ 피고는 이후 법인단체 자경농지 부당감면 기획점검을 실시한 후 원고가 신고한 자경농지 감면 적용을 배제하여 2017. 11. 6. 원고에게 이 사건 처분을 하였다.

○ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 5. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2018. 11. 20. 기각되었다. [인정 근거] 갑 제1 내지 3, 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장 요지

가. 제1주장(자경농지 감면)

원고는 이 사건 토지를 보유한 내내 원고 종원 □□□으로 하여금 경작하게 하였다. 물리적 실체를 갖지 않은 원고가 스스로 토지를 경작한다는 것을 상정할 수는 없으므로, 원고 구성원인 □□□이 8년 이상 위와 같이 경작한 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득에 대하여도 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 규정한 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제1항, 제13항이 적용 또는 유추적용되어야 한다. 그럼에도 위 감면규정의 (유추)적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 제2주장(법인 고유목적사업 직접 사용 고정자산 감면)

원고는 이 사건 토지를 보유한 내내 원고 종원 □□□으로 하여금 경작하게 하고 그 경작으로 얻은 수입을 대부분 선대 묘소 벌초, 이 사건 토지 재산세 납부 등의 비용으로 사용하였으며, 1948년부터 2003년까지 원고 종원들의 선조인 망 △△△의 묘가 이 사건 토지에 소재하기도 하였다. 그렇다면 이 사건 토지는 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2호에 따른 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산’에 해당하므로, 원고가 이 사건 토지의 처분으로 인하여 얻은 양도소득은 과세대상에서 제외된다. 그럼에도 위 비과세소득에 대하여 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 판단

가. 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등). 한편, 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등).

나. 제1주장에 관하여

구 조세특례제한법 시행령 제66조 제1항, 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따를 때 법인이나 단체가 아닌 개인(자연인)만이 ‘거주자’에 해당할 수 있음이 문언상 명백하므로 원고의 양도소득에 구 조세특례제한법 제69조 제1항을 그대로 적용할 수는 없다. 나아가, 육농정책의 일환이라는 입법목적에 따른 조세부담 경감대상을 정함에 있어서 자연인과 법인이 그 법적 지위나 성격, 설립 및 활동상 차이가 있음에 기초하여 위와 같은 입법목적에 충실하게 자연인과 법인에 각각 걸맞는 다른 요건을 둘 수 있는 것인데(헌법재판소 2003. 11. 27.자 2003헌바2 전원재판부 결정 참조), 법인세를 납부하는 법인 등에 대하여는 구 조세특례제한법 제66조 제1항, 제68조 제1항에서 법인세를 감면하는 특례를 따로 두고 있는 점 등에 비추어 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 양도소득세 감면 대상을 개인에 한정한 것이 조세형평의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없으므로, 개인이 아닌 단체에 대하여까지 위 규정을 굳이 유추적용할 합리적 이유가 있다고 보기 어렵다. 오히려 원고가 주장하는 ‘물리적 실체를 갖지 않은 원고가 스스로 토지를 경작하는 것을 상정할 수 없다’는 사정은 구 조세특례제한법이 개인과 법인 등을 구별하여 조세감면의 특례를 따로 정한 근거 중 하나가 된다고 봄이 상당하다. 이와 다른 원고의 제1주장은 이유 없다.

다. 제2주장에 관하여

1) 경작하여 수입을 얻은 사정 관련

갑 제7 내지 12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 보유한 일부 기간 동안 원고 종원 □□□이 이 사건 토지를 경작하고 그 수입 일부를 종중에 지급하였으며, 원고가 이를 선조 분묘 벌초 비용 등에 사용한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 위 사실들만으로는 아래의 사정들에 비추어 이 사건 토지를 ‘원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당한다고 볼 수 없다. ◎ 종중은 공동선조의 분묘수호와 봉제사 및 종원 상호간의 친목을 목적으로 형성되는 종족단체로서 공동선조의 사망과 동시에 그 후손에 의하여 자연발생적으로 성립하는 것인데(대법원 2005. 7. 21. 선고 2002다1178 전원합의체 판결), 원고 정관 제1조, 제4조에 비추어 볼 때 원고는 위의 요건에 부합하는 전형적인 종중에 해당한다. 따라서 원고의 고유한 목적은 “공동선조의 분묘수호와 봉제사 및 종원 상호간의 친목”이라고 볼 것이다. ◎ □□□이 이 사건 토지를 경작한 것은 원고가 종원인 □□□을 이용하여 스스로 농사를 한 것이거나 또는 □□□에게 이 사건 토지를 임대한 것 등으로 볼 수 있는데, 재산 보유 여부와 무관하게 자연발생적으로 성립하는 종중의 특성에 비추어 볼 때 농사나 토지임대가 종중의 고유한 목적에 포함된다고 볼 수는 없다. ◎ 원고 정관 제14조에 열거된 사업들은 원고의 고유목적 자체가 아니라 그것을 달성하기 위한 수단으로 정한 것임이 그 문언상으로 명백하다. ◎ 따라서 원고가 이 사건 토지에서 얻은 수익으로 원고의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 비용을 충당하였다고 하더라도 이 사건 토지가 원고의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것을 넘어 ‘직접 사용’되었다고 보기는 어렵다. ◎ 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2호는 비영리법인이라도 그 고정자산의 처분수익을 과세대상소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되 고정자산 처분일 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 요건을 갖춘 경우에 한하여 예외적으로 비과세대상으로 삼고 있는데, 원고 주장과 같이 종중의 지출비용을 충당하기 위한 사업이 고유목적사업에 해당한다고 해석한다면 결국 종중의 거의 모든 수익사업을 고유목적사업으로 볼 수 있다는 결론이 되어 예외를 과도하게 확장하여 원칙을 무색하게 하는 불합리를 초래하므로, 그와 같은 해석은 조세법률주의에 반하여 허용될 수 없다.

2) 선조 분묘가 소재하였다는 사정 관련

원고가 이 사건 토지를 선조의 묘지로 사용하였다면, 이 사건 토지를 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 있을 것이다. 그런데 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2호에 따라 고정자산의 처분수익이 과세대상에서 제외되려면 그 고정자산이 ‘처분일 당시 3년 이상 계속하여’ 고유목적사업에 직접 사용된 것이어야 하는데, 원고의 주장에 의하더라도 원고 종원들의 선조인 망 △△△의 묘가 이 사건 토지에 존재한 것은 1948년부터 2003년까지였다는 것이므로, 원고가 이 사건 토지를 그 처분일인 2015. 9. 1. 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하고 있었다고 할 수 없음은 분명하다. 따라서 과거 이 사건 토지에 망 △△△의 묘지가 존재하였다는 사정만으로 이 사건 토지의 양도소득이 비과세대상이 된다고 볼 수는 없다.

3) 소결

달리 이 사건 토지가 처분일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라는 점에 관한 증거가 없는 이상, 원고의 제2주장도 이유 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.