부산지방법원 2005. 1. 13. 선고 2001구533 판결 [취득세등부과처분취소]

1. 처분의 경위

가. 정리회사 주식회사 삼미(이하 ‘원고 회사’라 한다)는 1991. 11. 12. 대명목재공업 ㈜(이후 삼미금속㈜에 합병되었다)와 공동으로 해운항만청장으로부터 부산 사하구 다대동 316-8 앞의 공유수면 142,178㎡에 대한 매립면허를 받은 다음, 1992. 3. 4. 부산지방해운항만청장으로부터 공유수면 매립공사에 대한 실시계획인가를 받게 되자, 삼림종합건설㈜에 위 매립공사를 도급 주어 이를 시공하게 하였다.

나. 원고 회사는 위 매립공사가 완공되자 1998. 7. 20.에 이르러 삼미금속㈜ 및 삼림종합건설㈜와 함께 부산지방해양수산청장으로부터 매립면적 140,022.5㎡에 대한 준공인가를 받는 한편, 위 매립공사와 관련하여 취득한 토지의 취득세 및 등록세 등을 신고납부하였다.

다. 그런데 피고는 2000. 8. 16.에 이르러 ‘원고가 위 매립공사와 관련하여 취득한 토지의 취득세 및 등록세 신고를 함에 있어, ① 삼미금속㈜와 공유하던 부산 사하구 다대동 1575 잡종지 10,316.5㎡를 같은동 1575 잡종지 2,589.9㎡와 같은동 1575-1 잡종지 7,726.6㎡(이하 위 1575-1을 ’이 사건 제1토지‘라 한다)로 각 분할하여 이 사건 제1토지를 원고 회사 명의로 등기하면서, 그에 대한 등록세의 과세표준을 지방세법(1999. 12. 28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제130조 제3항, 제111조 제5항 제3호의 규정에 따라 사실상의 취득가액인 법인장부상 가액에 의하여 산정하여야 함에도 불구하고 지방세법 제130조 제2항의 규정에 따라 시가표준액에 의하여 산정하였고, ② 부산 사하구 다대동 1585 잡종지 3,683.4㎡, 같은동 1588 잡종지 4,365.8㎡, 같은동 1589 잡종지 3,689.9㎡(이하 위 3필지의 토지를 통틀어 ’이 사건 제2토지‘라 한다)를 취득하고서도 그에 대한 취득세 신고를 누락하였다’는 등의 이유를 들어, 원고 회사에게 취득세 78,864,320원(가산세 포함, 이하 같다), 농어촌특별세 7,229,220원, 등록세 35,903,870원, 교육세 6,582,350원을 각 부과·고지하였다.

라. 원고 회사가 위 부과처분에 불복하여 심사청구를 제기하자, 행정자치부장관은 2000. 10. 31. ‘위 매립공사를 시행하면서 지출한 부가가치세 3,440,363,636원은 취득가액에서 제외하여야 한다’는 이유를 들어, 원고 회사에 대한 위 부과처분을 취득세 63,924,650원(가산세 포함, 이하 같다), 농어촌특별세 5,859,750원, 등록세 23,743,920원, 교육세 4,353,030원으로 각 감액하는 내용의 경정결정을 하였다(이하 당초 처분일자인 2000. 8. 16.을 처분일자로, 감액경정에 따라 감액된 세액을 부과세액으로 한 것을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[증거] 갑 1의 1, 2, 3, 갑 2, 3, 갑 4, 5, 6의 각 1, 2, 을 4의 1, 2, 을 5, 6, 을 7 내지 12의 각 1, 2, 을 13의 1, 2, 3의 각 기재, 변론의 전취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 등록세 및 교육세 부분

지방세법 제111조 제5항 제3호는 사실상 취득가액인 법인장부상 가액을 과세표준으로 할 수 있는 경우를 규정하면서, ‘증여·기부 기타 무상취득의 경우를 제외한다’라고 규정하고 있으므로, 공유물 분할과 같이 유상취득으로 볼 수 없는 경우에는 법인장부상 가액을 과세표준으로 삼을 수 없다고 할 것이고, 이러한 점은 지방세법 제110조 제4호가 공유권의 분할로 인한 취득을 무상취득에 준하는 것으로 보아 취득세 비과세 대상으로 하고 있는 점에 비추어 보아도 알 수 있는 것이므로, 공유물 분할에 따라 이루어진 이 사건 제1토지의 등기와 관련하여 그 등록세의 과세표준을 법인장부상 가액에 의하여 산정한 것은 위법하다 할 것이다.

(2) 취득세 및 농어촌특별세 부분

㈎ 공유수면 매립준공인가필증 및 그에 첨부된 매립준공인가 내역에 의하면 이 사건 제2토지는 공유수면매립법(1999. 2. 8. 법률 제5911호로 전면개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조, 같은법시행령(1999. 8. 6. 대통령령 제16515호로 전면개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조에 의하여 국가귀속되는 것으로 기재되어 있는바, 이러한 사정에다가 공유수면매립법 제14조의 규정내용을 종합하여 보면, 이 사건 제2토지는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위한 매립지로서 준공인가시에 국가가 이를 원시취득한 것으로 보아야 할 것이므로, 원고가 위 토지를 ‘취득’한 것으로 보아 취득세를 부과한 것은 위법하다 할 것이다.

㈏ 가사 그렇지 않다 하더라도 이 사건 제2토지는 매립면허시부터 매립공사로 인하여 불용으로 되는 국유지에 갈음하여 국가가 이를 취득하는 것을 그 면허조건으로 하였고, 공유수면 매립공사 실시계획 인가시에도 같은 조건으로 인가되었으며, 매립공사 준공인가시에도 국가가 위 토지에 대한 소유권을 취득하는 것으로 인가되었는바, 이러한 사정에다가 공유수면매립법 제15조의 규정내용을 종합하여 보면, 이 사건 제2토지는 국가 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 해당한다고 할 것이므로, 지방세법 제106조 제2항에 따라 이 사건 제2토지의 취득에 대하여는 취득세를 부과할 수 없다고 할 것이다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 해운항만청장은 1991. 11. 12. 원고 회사 및 대명금속공업㈜에 대하여 16개항의 조건을 붙여 공유수면 매립면허를 발급하였는바, 그 면허조건들 중 제9항은 “불용국유지의 교환 : 본 매립면허로 인하여 관리목적을 상실하게 되는 해운항만청 관리 국유재산(부산직할시 사하구 다대동 120-14 외 4필지 등)에 대하여는 항만운영 효율제고를 위해 필요한 매립지와 교환할 수 있으며 대상 국유지, 교환조건, 교환위치 및 시기 등 제반사항은 실시계획 인가시 부산청장의 결정에 따라야 한다”라는 것이었고, 그 제10항은 “국유화 및 유지보수 : 가. 본 매립지 내의 부두운영에 필요한 공공시설부지 8,216㎡(위치도 별첨)를 포장하여 준공과 동시에 국가(해운항만청)에 귀속하여야 한다. 나. 본 매립공사 준공과 동시에 안벽, 에이프론, 파제재, 해안도로, 도시계획도로, 배수(하수)시설 및 기타 공공이용에 필요한 시설은 국가 및 지방자치단체에 귀속하되, 이의 유지보수는 준공인가일로부터 5년간 피면허자의 부담으로 하여야 하며, 귀속대상 및 규모는 부산청장이 실시계획인가시 정한다”라는 것이었다.

(2) 부산지방해운항만청장은 1992. 3. 4. 위 면허조건 제9항의 취지를 반영하여 그 인가조건 중의 하나로 “본 매립으로 인하여 관리목적을 상실하는 국유지(11,525㎡)는 공유수면매립법 제14조에 의해 국가 귀속되는 부지와 인접한 곳의 매립지와 감정가에 의해 매립준공시 등가교환하며 이에 따른 제비용은 피면허인이 부담하여야 한다”라는 인가조건을 붙여 공유수면 매립공사에 대한 실시계획인가를 하였다.

(3) 원고 회사 및 삼미금속㈜는 1998. 4.22.에 이르러 위 면허조건 제9항 및 위 인가조건의 이행을 위하여 공유수면매립법 제15조에 따라 국가(부산지방해양수산청장)와 사이에 “국가(부산지방해양수산청장)는 공유수면 매립공사 준공인가 즉시 원고 회사 및 삼미금속㈜에게 부산 사하구 다대동 120-18 잡종지 628㎡, 같은동 120-19 잡종지 5,699㎡, 같은동 120-23 잡종지 4,030㎡(이하 위 3필지의 토지를 통틀어 ‘이 사건 불용 국유지’라 한다)를 인계한다”는 내용의 양여계약을 체결한 다음, 위 양여계약에 따라 매립공사 준공인가와 동시에 위 불용 국유지를 취득하게 되자, 그 즉시 이 사건 제2토지를 국가에 귀속시킴으로써 위 토지에 관하여 1998. 9. 4. 국가 앞으로 소유권보존등기가 경료될 수 있도록 하였다.

(4) 한편, 부산지방해양수산청장은 위 매립공사에 대한 준공인가를 하기에 앞서 사업비 정산 등의 절차를 거쳐 원고 회사 등이 취득할 매립지의 범위를 결정하였는바, 부산지방해양수산청장은 원고 회사 등이 지출한 사업비(공유수면매립법 제14조 제1항)를 43,492,362,829원(순공사비 : 27,791,790,115원, 조사비 : 1,919,909,820원, 보상비 : 1,808,500,000원, 기타 비용 : 11,972,162,894원)으로, 그 총사업비(공유수면매립법시행령 제20조 제2항)를 52,847,570,072원(사업비 : 43,492,362,829원, 이윤 : 4,349,236,282원, 건설이자 : 5,005,970,961원)으로 각 산정한 다음, 원고 회사 등이 공사에 투자한 총사업비가 공용 및 공공부지 69,403.5㎡를 제외한 나머지 매립지 70,619㎡(여기에는 이 사건 제2토지가 포함되어 있다)의 감정가격을 상회하므로 국가에 귀속될 잔여매립지는 없으며, 결과적으로 원고 회사 등이 취득할 매립지는 70,619㎡가 된다는 내용의 정산결과를 토대로 위 매립공사에 대한 준공인가를 하였다(원고 회사 등은 70,619㎡의 매립지를 취득하고도, 총사업비의 일부에 대하여는 분배받을 매립지가 더 이상 없는 관계로 그에 상응한 매립지를 취득하지 못한 결과가 되었다).

그런데 원고 회사 등이 부산지방해양수산청장으로부터 교부받은 준공인가필증에는 ‘매립공사의 준공면적이 모두 140,022.5㎡인데 그 중 사유지는 70,619㎡{매립자 취득 : 58,879.9㎡, 국가귀속(국유지와 교환) : 11,739.1㎡(이 사건 제2토지의 면적을 모두 합한 것이다)}이고 공공부지는 69,403.5㎡인 것’으로 기재되어 있어 이 사건 제2토지가 당초에는 사유지였다가 국유지와 교환된 것처럼 기재되어 있지만, 그에 첨부된 매립준공인가 내역에는 이 사건 제2토지의 소유자가 국가(해양수산부)인 것으로 기재되어 있는 한편, 국가가 공유수면매립법 제14조 및 같은법시행령 제20조에 근거하여 위 토지를 취득한 것처럼 기재되어 있다.

(5) 한편, 원고 회사와 삼미금속㈜는 준공인가와 동시에 두 회사가 공동으로 취득하여 공유하게 된 매립지인 부산 사하구 다대동 1575 잡종지 10,316.5㎡에 대하여 1998. 11. 19. 공유물 분할 약정을 체결한 다음, 위 약정에 따라 1998. 12. 10. 이 사건 제1토지에 대하여는 원고 회사 앞으로, 부산 사하구 다대동 1575 잡종지 2,589.9㎡에 대하여는 삼미금속㈜ 앞으로 공유물 분할에 따른 등기를 각 경료하였다.

[증거] 위 각 증거, 갑 7의 1 내지 5, 을 22의 1 내지 5, 을 23의 1, 2의 각 기재, 변론의 전취지

라. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 대하여

공유물 분할은 공유자들이 대상 물건에 관하여 추상적으로 갖고 있던 소유지분을 해소하고 대신 대상물건을 구체적으로 나누어 그것을 단독소유하게 하는 것으로서 그 실질은 단독소유부분에 해당 공유자의 지분이 집중하는 것에 다름 아니며 그를 반영하여 그 법률적 성질을 공유자 상호간의 지분의 교환 또는 매매로 보고 있는 것이 통설적 견해인바 사정이 위와 같다면 공유물 분할을 가리켜 지방세법 제111조 제5항 본문 소정의 ‘증여·기부 기타 무상취득’에 해당하는 것이라고 볼 수 없음이 명백하고, 비록 지방세법 제110조 제4호가 공유권의 분할로 인한 취득을 형식적인 소유권의 취득에 해당하는 것으로 보아 취득세를 비과세하고 있다고 하더라도, 그것은 위 공유물 분할이 새로운 소유권의 취득이 아니라 기존 소유권의 내용변화에 불과한 점을 감안하여 그렇게 규정한 것이므로 그로써 위 결론을 달리할 수도 없다. 따라서, 공유물 분할에 대하여 지방세법 제111조 제5항을 적용시킬 수 없음을 전제로 한 원고의 첫 번째 주장은 받아들일 수 없다(지방세법은 제110조 제4호의 규정을 통해 공유권의 분할을 형식적인 소유권의 취득에 해당하는 것으로 보아 그에 대한 취득세는 부과하지 않도록 하고 있지만, 제128조, 제131조 제1항 제5호의 규정을 통해 등록세는 부과하도록 하면서 다만 그에 대한 세율만을 일반적인 소유권이전등기 등에 비하여 현저히 낮게 정하고 있는바, 원래 등록세는 새로운 소유권의 취득에 대하여 과세하는 취득세와는 달리 실질적인 소유권의 득상변경과는 관계없이 원칙적으로 그 사실을 공부에 등재하는 행위 자체에 대하여 과세하는 세목이므로 공유물 분할에 따른 등기에 대해서 취득세의 비과세와는 태도를 달리하여 과세하는 것은 그 실질에 비추어 당연하고 다만 공유물 분할의 위에서 본 바와 같은 성질을 참작하여 정책적으로 그 세율을 통상에 비하여 현저히 낮게 정하였을 뿐이므로 이에 비추어 공유물의 분할을 무상취득에 준하는 것으로 보아 장부가액이 아닌 시가표준액에 의하여 그 과세표준을 정하여야 한다면 그것은 세율에 이어 과세표준에서도 우대를 받음으로써 결과적으로 이중으로 감액 받게 되는 현상을 초래하여 이 점에서도 부당하므로 원고의 위 주장은 어느 모로 보나 받아들일 수 없다).

(2) 원고의 두 번째 주장에 대한 판단

㈎ 이 사건 제2토지를 국가가 원시취득하였는지 여부

공유수면매립법시행령 제20조 제4항의 규정에 의하면 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지의 국가 귀속에 관하여는 면허관청이 면허조건으로 지정하도록 되어 있는바, 해운항만청장이 매립면허시 부여한 조건들 중 제9항과 제10항을 대비하여 볼 때에, 공용 또는 공공의 용에 필요한 매립지의 국가 귀속에 관한 면허조건을 규정한 것은 제10항인 것으로 보이며, 제9항은 매립자가 ‘취득’할 토지와 불용 국유지의 교환에 관한 면허조건에 불과한 것으로 보이는 점{매립지의 국가 귀속에 관한 사항은 매립면허 조건으로만 이를 정할 수 있는 것이므로(대법원 1985. 5. 28. 선고 81다카490판결 참조), 준공인가 내역 등에 그와 다른 기재가 되어 있다 하더라도 이와 달리 볼 수 없다}, 부산지방해양수산청장이 이 사건 제2토지를 공용 또는 공공용으로 사용되는 부지에서 제외하여 정산대상으로 삼은 다음 위 토지를 포함한 70,619㎡를 매립면허를 받은 원고 회사 등이 취득하는 것으로 결정한 바 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 제2토지가 공용 또는 공공용으로 사용되는 토지로서 국가가 준공인가와 동시에 원시취득한 것이라고 볼 수는 없다.

㈏ 이 사건 제2토지가 국가 귀속을 조건으로 취득한 토지인지 여부

위에서 본 바와 같이 국가가 아니라 원고 회사가 준공인가와 동시에 이 사건 제2토지를 원시취득하였다고 하더라도 위 인정사실에서 본 바에 의하면, ① 원고 회사가 매립면허를 받을 당시부터 일부 매립지를 불용 국유지와 교환하는 것을 조건으로 매립면허를 받았으며, 그와 같은 조건은 실시계획 인가시에도 여전히 유지되었던 점, ② 이후 원고 회사가 준공인가와 동시에 이 사건 제2토지의 소유권을 취득한 다음 국가와 사이에 체결한 양여계약에 따라 그 즉시 위 토지를 국가에 귀속시키고 이 사건 불용 국유지를 양여받았던 점, ③ 이와 같은 사정으로 인하여 이 사건 제2토지의 소유권보존등기도 국가 앞으로 경료되었던 점을 알 수 있고, 이에 비추어 보면 원고 회사의 이 사건 제2토지 취득은 지방세법 제106조 제2항 소정의 국가 귀속을 조건으로 취득한 것으로 봄이 상당하다 할 것인바, 따라서 지방세법 제106조 제2항에 의하여 원고 회사의 이 사건 제2토지의 취득과 관련하여서는 취득세 및 농어촌특별세가 비과세된다고 할 것이므로 이와 견해를 달리하여 과세한 피고의 이 사건 처분 중 해당 부분은 위법하다고 할 것이다.

(3) 정당세액의 계산

㈎ 이 사건 제2토지의 취득과 관련하여 부과된 취득세

① 과세표준 : 11,739.1㎡(이 사건 토지의 면적 합계) × 384,023원(평방미터당 취득가액)× 1/2(원고 회사 지분) = 2,254,042,199원

② 본세 : 2,254,042,199 × 20/1000 = 45,080,840원 (국고금단수계산법 제1조에 따라 10원 미만은 버린다, 이하 같다)

③ 가산세 : 45,080,840 × 20/100 = 9,016,160원

㈏ 이 사건 제2토지의 취득과 관련하여 부과된 농어촌특별세

① 본세 : 45,080,840 × 10/100 = 4,508,080원

② 가산세 : 4,508,080 × 10/100 = 450,800원

㈐ 정당세액(가산세 포함)

① 취득세 : 63,924,650원­45,080,840원 - 9,016,160원 = 9,827,650원

② 농어촌특별세 : 5,859,750원­4,508,080­450,800 = 900,870원

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 일부 이유 있으므로 이유 있는 부분에 한하여 이를 인용하기로 하고, 나머지 부분은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.