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법률 재정경제부 시행 2026. 7. 1.
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조세특례제한법 제99조의2 (신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. <개정 2016.1.19>

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1>

③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다. <개정 2014.1.1>

⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

개정연혁

이 조문의 문언이 바뀐 시행본입니다. 누르면 그 시점의 문언을 볼 수 있습니다.

이 조문을 인용한 판례 21건

서울고등법원 2025누63482025. 7. 11.
양도소득세부과처분취소

에 다음과 같은 내용을 추가한다. 『한편, 원고는 만약 피고가 원고에게 양도소득세 예정신고 당시 또는 이 사건 처분 이전에 이 사건 양도소득이 비과세 요건을 충족하지 못함을 제대로 안내해주었다면 자신이 조세특례제한법 제99조의2 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 따른 신고를 하여 양도소득세를 면제받고 농어촌특별세만 납부하는 길을 선택했

의정부지방법원 2024구단2022025. 2. 12.
양도소득세부과처분취소

해당한다고 알려주어 원고는 그런 줄 알았는데, 비과세 요건에 해당하지 않는다는 점을 알았다면 원고는 2013년 신축주택 특례(조세특례제한법 제99조의2)에 따라 양도소득세 감면을 받을 수 있었을 것이다. 그럼에도 피고가 뒤늦게 원고에게 양도소득세를 부과한 행위는 신뢰보호원칙에 반하는 것이다. 나. 관계 법령 별지 관련 법령 기재와 같다. 다. 판

서울행정법원 2023구단572822024. 5. 8.
양도소득세부과처분취소

원고 가) 본세 관련 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시, 원고와 그 배우자로 이루어진 원고 세대는 이 사건 주택 외에도, ① 배우자 명의로 취득하였던 구 조세특례제한법(2018. 10. 16. 법률 제15785호로 개정되어 2019. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의2소정의 감면주택인 ‘서울 강서구 ○○○’(이하 ‘감면주택’이라고 한다

서울행정법원 2023구단566852024. 4. 3.
양도소득세경정거부처분취소

2014. 1. 28. 서울 00구 00동 000외 2필지 소재 00아파트 00동 000호(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)에 대해 서울특별시 00구청장으로부터 조세특례제한법 제99조의2에 따른 양도소득세 감면대상 기존주택임을 확인받고 지분 1/2씩 원고들 공동명의로 취득하였다. 나. 이후 원고들이 취득한 이 사건 아파트는 2016. 1. 6. 주택재건축

수원지방법원 2022구단79532023. 2. 3.
양도소득세부과처분취소

류○○에게 이 사건 주택을 740,000,000원에 양도하였다. 나. 원고와 원고의 배우자 최○○(이하 ’원고 세대‘라 한다)은 이 사건 주택을 양도할 당시 이 사건 주택 외에도 아래 표 기재와 같이 조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다) 제99조의2 제1항을 적용받는 주택(이하 ‘특례주택’이라 한다) 2채를 소유하고 있었다. 특례주택의 표시 (전용면적)

서울행정법원 2022구단541322023. 7. 13.
양도소득세경정거부처분취소

유특별공제를 배제하고 기본세율에 10%를 가산하여 산출한 양도소득세 1원을 2019년 귀속 양도소득세로 신고․납부하였다. 마. 이후 원고는 이 사건 신축주택이 조세특례제한법 제99조의2에 따라 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로 이 사건 아파트의 양도에는 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8

대구지방법원 2023구합214972023. 12. 14.
양도소득소득세부과처분취소

하우스푸어 지원 및 주택거래 활성화를 위하여 신축주택 등의 양도소득세를 한시적으로 감면하는 내용의 제99조의2를 신설하였다. 그리고 조세특례제한법 제99조의2는 그 적용대상으로 “대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억 원 이하이거나 전용면적 85㎡ 이하인 주택을 2013. 4. 1.부터 2013. 12

서울고등법원 2023누523302023. 2. 2.
양도소득세경정거부처분취소

한 양도소득세 00,000,000원을 2019년 귀속 양도소득세로 신고․납부하였다. 마. 이후 원고는 2020. xx. xx. 이 사건 신축주택이 조세특례제한법 제99조의2에 따라 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로 이 사건 아파트의 양도에는 구 소득세(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제

대전고등법원 2023누108822023. 9. 19.
양도소득세부과처분취소

으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다. ○ 제1심판결 제2면 다.항의 “조세특례제한법 제99조의2 제2항 제4호”를 “조세특례제한법 시행령 제99조의2 제2항 제4호”로 고친다. ○ 제1심판결 제7면 제8행 내지 제11행의 “또한 소외 연구원은 ∼ 아니한다.”를 삭제한다. 2. 결론 그렇다면

서울행정법원 2020구단765892021. 12. 24.
양도소득세 부과처분 취소

19. 2. 15. 이 사건 주택을 XXX,000,000원에 양도하고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 2019. 4. 11. 피고에게 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 면제 규정 조세특례제한법 제99조의2를 적용하여 양도소득세 신고를 하였다. 나. 주택 상속 및 동거봉양 합가 1) 한편, 원고의 시아버지인 망 이○○(이하에서 ‘고인’이라 한다)은 서울 ○

서울고등법원 2019누306302021. 5. 28.
부가가치세부과처분등취소

한 과세특례가 적용되는 ’임대주택용으로 사용되는 부분‘의 범위를 정한 구 조세특례제한법 시행령 제97조의6 제2항 제1호, ④ 구 조세특례제한법 제99조의2 제1항의 위임에 따라 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택 등의 범위를 정한 구 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제1항 제9호 등은 이 사건 면제규정의 위임에 따른 구 조세특례제

서울고등법원 2019누305622021. 3. 18.
부가가치세부과처분취소

대한 과세특례가 적용되는 ‘임대주택용으로 사용되는 부분’의 범위를 정한 구조세특례제한법 시행령 제97조의6 제2항 제1호, ④ 조세특례제한법 제99조의2 제1항의위임에 따라 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택 등의 범위를 정한 구 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제1항 제9호 등은 이 사건 면제규정의 위임에 따른 구 조세특례제한

서울고등법원 2019누501912021. 4. 28.
종합소득세 및 부가가치세 등 부과처분 취소

자자에 대한 과세특례가 적용되는 '임대주택용으로 사용되는 부분‘의 범위를 정한 같은 법 시행령 제97조의6 제2항 제1호, ④ 같은 법 제99조의2 제1항의 위임에 따라 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택 등의 범위를 정한 같은 법 시행령 제99조의2 제1항 제9호 등은 이 사건 면세조항의 위임에 따른 같은 법 시행령 제10

대법원 2020두447252021. 1. 28.
부가가치세부과처분취소등

공급 당시 공부상 용도가 ‘업무시설’인 ‘오피스텔’이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에서 부가가치세 면제대상으로 정한 ‘국민주택’에 해당하는지 여부(소극) / 공급하는 건축물이 관련 법령에 따른 ‘오피스텔’의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 ‘업무시설’로 등재된 경우, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 적용 대상이 될 수 없는 ‘오피스텔’에 해당하는지 판단하는 기준(=공급 당시 공부상 용도) 및 공급 당시 공부상 용도가 ‘업무시설’인 ‘오피스텔’에 해당하여 위 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상에서 제외된 건축물이 그

대법원 2020두432892021. 1. 14.
종합소득세등부과처분취소

공급 당시 공부상 용도가 ‘업무시설’인 ‘오피스텔’이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에서 부가가치세 면제대상으로 정한 ‘국민주택’에 해당하는지 여부(소극) / 공급하는 건축물이 관련 법령에 따른 ‘오피스텔’의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 ‘업무시설’로 등재된 경우, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 적용 대상이 될 수 없는 ‘오피스텔’에 해당하는지 판단하는 기준(=공급 당시 공부상 용도) 및 공급 당시 공부상 용도가 ‘업무시설’인 ‘오피스텔’에 해당하여 위 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상에서 제외된 건축물이 그

대법원 2020두409142021. 1. 14.
종합소득세등부과처분취소

공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에서 부가가치세 면제대상으로 정한 ‘국민주택’에 해당하는지 여부(소극) / 공급하는 건축물이 관련 법령에 따른 오피스텔의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 업무시설로 등재된 경우, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 적용 대상이 될 수 없는 오피스텔에 해당하는지 판단하는 기준(=공급 당시 공부상 용도) 및 공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔에 해당하여 위 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상에서 제외된 건축물이 나중에 실제로 주거 용도로

서울고등법원 2018누713512019. 3. 21.
양도소득세부과처분취소

전체를 양도소득세 감면대상인 주택으로 보아야 한다. 따라서 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다. 나. 판단 조세특례제한법 제99조의2 제1항에 의하면, 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택을 주택법 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 ‘최초로 매매계약을 체결’한 자가 위 규정이 요구

서울행정법원 2019구단647192019. 11. 13.
양도소득세부과처분취소

3 원고 2014. 2. 7. ○○시 ○○구 ○○동 XXXX아파트 XXX동 XXX호 이 사건 주택 나. 이 사건 주택은 조세특례제한법 제99조의2 제1항, 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제3항, 제5항에서 정한 ‘감면대상기존주택’(이하 ‘감면대상기존주택’이라 한다)에 해당하고, 원고는 이 사건 주택을 취득한 후 2014. 2. 13. ○

수원지방법원 2018구단63802018. 10. 10.
양도소득세부과처분취소

사건 주택 중 원고 부부의 각 지분의 2/1씩에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다. 3) 원고 부부는 2016. 12. 12. 피고에게 이 사건 주택의 양도에 관하여 조세특례제한법 제99조의2 제1항에 따라 양도소득세 감면을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 각 신고하였다. 다. 그러나 피고는 2017. 6. 7. 원고가 김CC로부터 이 사건 주택 분양

서울고등법원 2018재누1672018. 10. 26.
양도소득세부과처분취소

그 판결이 2018. 4. 2. 원고에게 송달됨으로써 재심대상판결이 확정되었다. 2. 재심사유의 존부 가. 원고의 주장 요지 조세특례제한법 제99조의2 제3항에 의하여 적법한 절차에 따라 정부기관에서 「1세대 1주택」임이 서면 확인된 적법한 사항임에도 불구하고, 이 사건 처분은 명확한 법적 근거 없이 쟁점의 핵심인 「1세대 1주택」이라는 법적으로

법령 계산식 확대