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법률 재정경제부 시행 2026. 7. 1.
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법인세법 제99조 (외국법인의 국내원천 인적용역소득에 대한 신고ㆍ납부 특례)

제99조(외국법인의 국내원천 인적용역소득에 대한 신고ㆍ납부 특례)

① 제93조제6호에 따른 국내원천 인적용역소득이 제98조제1항제4호의 세율로 원천징수되는 외국법인은 국내용역 제공기간(용역 제공기간이 불분명할 때에는 입국일부터 출국일까지의 기간)에 발생한 제93조제6호에 따른 국내원천 인적용역소득에서 그 소득과 관련되는 것으로 입증된 비용을 뺀 금액(이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)을 용역 제공기간 종료일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부할 수 있다. <개정 2018.12.24>

② 제1항을 적용할 때 과세표준에 제98조제1항제4호에 따라 원천징수된 소득이 포함되어 있으면 원천징수세액은 이미 납부한 세액으로 공제한다. <개정 2018.12.24>

③ 제1항에 따라 신고ㆍ납부하는 경우 세액의 계산방법ㆍ세율ㆍ신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수방법에 관하여는 제95조 및 제97조를 준용한다.

개정연혁

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이 조문을 인용한 판례 24건

광주고등법원 2017누45662018. 7. 12.
조사대상자 선정 및 가공매출원가 산정방식은 적법하고 재조사결정의 기속력에 반하지 않음.

에 있어서 영향을 미치지 않는다. 마. 조세감면규정의 적용 여부 1) 구 조세감면규제법 제67조 제1항에 따른 감면 여부 가) 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 내지 제108조는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대한 특별부가세를 규정하고 있었다. 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률

광주지방법원 2014구합102952014. 7. 17.
양도소득세부과처분취소

대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금 액"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99 조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의 하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

광주지방법원 2014구합102882014. 7. 17.
양도소득세부과처분취소

대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금 액"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99 조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의 하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

대법원 2011두44112013. 7. 11.
법인세 부과처분 취소

구 법인세법 제92조 제2항 제2호, 제98조 제1항 제4호에서 정한 ‘수입금액’이나 ‘지급액’ 또는 ‘취득가액’의 의미(=실지거래가액) 및 외국법인에 대하여 국내원천 유가증권 양도소득의 금액을 지급하는 자가 그 유가증권의 실지양도가액이 확인되는 경우 그 소득에 대한 법인세로 원천징수하여야 하는 세액의 산정방법과 외국법인이 유가증권을 교환의 방법으로 양도하였다고 하여 달리 볼 것인지 여부(소극)

서울행정법원 2011구합214472012. 1. 20.
법인세부과처분취소

관련 없는 자산 관련 비용을 손금불산입하는 것과 관련된 것일뿐, 이 사건 쟁점과는 무관하므로, 위 주장은 이유 없다}. 나) 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 내지 제108조에 의한 특별부가세가 폐지된 이후, 부동산 투기 등에 탄력적으로 대처하기 위하여 일정한 지가급등지역에 있는 토지 등을 양도하는 경우에

헌법재판소 2010헌바212011. 10. 25.
법인세법 제55조의2 제6항 위헌소원

가. 법인의 토지 등 양도소득을 토지 등의 양도소득에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 하도록 규정하고 있는 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되고, 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제55조의2 제6항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 청구인의 재산권을 침해하는지 여부(소극)나. 이 사건 법률조항이 청구인의 평등권을 침해하거나 조세평등주의에 반하는지 여부(소극)다. 이 사건 법률조항이 조세법률주의에 반하는지 여부(소극)

서울행정법원 2010구합108842010. 7. 9.
토지의 양도와 관련한 수수료 등 비용은 장부가액에 포함되지 않음

비로 공제하도록 하는 규정 을 두고 있어 구 법인세법이 토지 등의 양도소득을 산정할 때 양도비용을 공제하지 않을 이유가 없고, 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 또한 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 양도차익 산정 시에 공제하도록 규정하고 있었으며, 양도 당시의 장부가액에 양도비용이 포함되지

대법원 2008두682010. 10. 14.
특별부가세부과처분취소

구 법인세법 시행령 시행 전에 취득한 토지를 그 시행 후에 양도한 경우 특별부가세의 과세표준 계산을 위한 취득가액의 산정에 구 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호가 적용되어야 하는지 여부(적극)

대법원 2007두141072010. 2. 11.
법인세등부과처분취소

2000. 1. 27. 헌법불합치결정이 선고된 구 법인세법 제59조의2 제1항의 ‘특별부가세의 과세표준’ 규정 외에 특별부가세의 양도시기나 세율에 관하여는 모든 구 법인세법의 규정이 적용되고, 과세표준에 관해서만 위 불합치결정 이후 개정된 구 법인세법이 적용될 뿐이므로, 1994. 10. 25.에 이루어진 부동산 양도에 대하여도 여전히 특별부가세를 부과할 수 있고, 그 특별부가세의 미납부가산세와 관련하여 납세의무자에게 납세의무의 불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다고 한 사례

서울행정법원 2009구합346552009. 12. 3.
토지 등 양도소득금액에 대한 과세표준 산정

형자산 취득 시 장부에 계상하는 취득가액에 세법상의 자본적 지출액이나 감가상각 누계액, 평가차액 등을 가감한 금액이다. (2) 종래 법인세법은 제99조 내지 제108조에서 법인의 토지 등 양도소득에 대하여 일률적으로 기본적인 법인세 외에 ’특별부가세’를 부과하도록 규정하고 있었고, 제99조 제3항에서 양도가액에서 그 취득가액(1호) 및 토지 등을

서울행정법원 2009구합182642009. 10. 1.
비영리법인의 비사업용토지 양도소득 계산시 장부가액

득에 대한 법인세’를 산출하여 추가 납부하는 방법 중 어느 하나를 선택하여 법인세를 신고ㆍ납부하도록 하고 있다. (나) 한편, 종래 법인세법 제99조 내지 제108조에서는 법인의 토지 등 양도소득에 대 하여 ‘특별부가세’를 부과하도록 규정하고 있었으나, 2001. 12. 31 법률 제6558호로 법인세법이 개정되면서 위 특별부가세를 폐지하고 법

헌법재판소 2006헌바1022009. 3. 26.
구 법인세법 제99조 제1항 제1호 등 위헌소원

법인의 양도소득에 대하여 법인세 외에 특별부가세를 부과하고 있는 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호, 제2호, 제2항 전단, 제3항 제1호 본문 및 제2호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)가 조세법률주의에 위배되어 재산권을 침해하는지 여부(소극)

대법원 2008두119382008. 10. 9.
고가주택 판단에 있어 실가를 확인할 수 없는 경우 기준시가로 판단함

제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 X {(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득

서울행정법원 2008구합270012008. 12. 19.
개인 명의 특별부가세 일부를 부담한 것을 법인의 법인세로 본 처분의 당부

대납세의무) 법인세법 제15조 (익금의 범위) 법인세법 제19조 (손금의 범위) 법인세법 제21조 (제세공과금의 손금불산입) 법인세법 제99조 (과세표준) 다. 인정사실 1) 원고 회사와 신○○은 1997년경과 1998년경 이 사건 각 사업에 관하여 협약을 체결하면서 아래와 같은 내용이 기재된 협약서를 각 작성하였다. 신○○과 원고 회사

서울고등법원 2008누31202008. 6. 18.
고가주택 판단에 있어 실가를 확인할 수 없는 경우 기준시가로 판단함

제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 X {(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득

서울행정법원 2006구합335072007. 5. 10.
미등기전매 해당여부

하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. ○ 법인세법 제99조【과세표준】 ① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목

부산고등법원 2006누15862007. 6. 1.
양도 부동산이 장기할부조건부 매매에 해당되는지 여부

는 이유로 그 적용중지를 명하는 내용의 헌법불합치결정을 하였다. 위 구 법인세법 제59조의2 제1항은 1998. 12. 28. 법률 제 5581호로 전문개정된 구 법인세법 제99조 제1하아에서 동일하게 규정되어 있었는데, 국회는 헌법재판소의 위 헌법불합치결정 취지에 따라 2000. 2. 3. 법률 제6259호로 대통령령에 포괄적으로 위임되었던 과세대상과 비

인천지방법원 2007구합7992007. 11. 29.
아파트 신축분양이 부동산공급업에 해당되어 중소기업특별세액 감면배제 대상인지 여부

이를 양도하는 개인 또는 법인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다) 또는 법인세법 제99조의 규정에 의한 특별부가세(이하 “특별부가세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하는 경우 종전사

대구고등법원 2003누12102004. 3. 19.
법인세등부과처분취소

이전에 이미 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 법인세법이 전문 개정되어, 구 법인세법의 포괄위임규정이 삭제되고, 같은 법 제99조 제1항에서 특별부가세의 과세대상 범위를 구체적이고 명확하게 규정하였고, 헌법불합치결정 이후인 2000. 2. 3. 법률 제6259호로 불합치결정사유가 제거된 경과규정을 신설하여 부칙

서울행정법원 2002구합251712002. 11. 1.
법인세부과처분취소

어 법인세의 과세단위가 됨은 물론 법인세법상 특별부가세의 과세단위가 되고 있고( 1998법인세법 제59조의2, 1999법인세법 제99조), 한편 부가가치세법에 의한 세금계산서를 교부하는 경우 법인세법에 따른 계산서의 제출의무는 없는 것으로 규정하고 있는데( 1998법인세법 제66조 제3항, 1999법인

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