서울고등법원 2026. 2. 12. 선고 2024누58045 판결 [법인세부과처분취소]

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 1. 10. 원고에게 한 2012년도 귀속 법인세40,742,950원의 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 일부 고치거나 추가하고, 원고가 이 법원에서 추가하는 주장에 관하여 ‘2. 추가판단’을 기재하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재(약 어와 별지 포함)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의 하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

1) 조사관서는 CC에 대한 세무조사 과정에서 김기천에게서 위법수집증거인 불기소이유통지서(을 제2호증)를 제출받아 이를 근거로 세무조사를 진행함으로써 세무조사권을 남용하였고, 위 세무조사는 중복조사 및 재조사 금지 규정에도 위배된다. 또한 조사관서는 국세기본법 제81조의11에서 정한 통합조사의 원칙에 따라 원고와 CC에 대한 통합세무조사를 진행하거나 이 사건 처분에 앞서 원고에 대한 세무조사를 진행하였어야 함에도, CC에 대한 세무조사만을 진행한 후 관련 자료를 피고에게 통보하였다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2) 피고는 세무조사 종결 이후 약 4년이 경과한 시점에 이르러서야 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 과세관청의 세무조사권 및 과세권한 남용에 따른 것으로서 위법하다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

3) 피고는 당초에 ‘CC가 원고의 현장부서에 불과하다’는 점을 처분사유로 삼아 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건 소송 계속 중 ‘CC가 원고에게 명의를 대여하였으므로 실사업자(실질귀속자)가 원고이다’라는 취지로 처분사유를 변경하였는 바, 이는 기본적 사실관계의 동일성이 인정되지 않는 처분사유의 변경이므로 허용될 수 없다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

4) 관련 형사판결의 범죄일람표 (8)에 따르면 D가 2012년에 E 명의의 계좌로 송금함으로써 횡령한 금액은 총 72,523,440원이므로, 원고의 2012 사업연도 법인세 과세표준이 종전에 신고한 금액과 비교하여 72,523,440원만큼 증가하였음을 전제로 정당한 법인세액을 산정하여야 하며, 이 사건 처분 중 위와 같이 재산정된 금액을 초과하는 부분은 위법하다(이하 ‘제4주장’이라 한다).

5) 이 사건 처분이 과세관청의 뒤늦은 과세행정으로 말미암아 2023. 1. 10.이 되어서야 이루어진 점 등에 비추어 원고가 법인세 납세의무를 이행하지 아니한 정당한 이유가 있으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다. 설령 원고에게 가산세 납세의무가 있더라도, 원고에게 부과되어야 할 정당한 가산세액은 법인세법 제75조의8 제1항 제4호 다목에 따라 계산된 3,413,440원이다(이하 ‘제5주장’이라 한다).

나. 제1주장에 관한 판단

제1심의 인정 사실, 제1심이 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 주장한 사정들만으로는 조사관서가 C에 대하여 실시한 세무조사가 위법한 세무조사에 해당한다거나 위 세무조사의 결과에 기초하여 이루어진 이 사건 처분에 절차상 하자가 있다고 볼 수 없다. 원고의 제1주장은 받아들이지 않는다.

1) 원고는 불기소이유통지서(을 제2호증)가 위법하게 수집된 증거에 해당함을 전제로 조사관서가 케이에스씨에 대한 세무조사 과정에서 위 불기소이유통지서를 제출받거나 해당 자료를 기초로 세무조사를 진행한 것이 위법하다는 취지로 주장하고 있으나, 위 불기소이유통지서가 구체적으로 어떠한 점에서 위법수집증거에 해당한다는 것인지에 관하여 아무런 주장ㆍ증명을 하고 있지 아니하고, 달리 위 불기소이유통지서가 위법수집증거에 해당한다고 볼 만한 증거도 찾을 수 없다. 따라서 위 불기소이유통지서가 위법수집증거에 해당함을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에 따르면 세무공무원은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 그러나 조사관서의 C에 대한 세무조사는 2008년 1기부터 2013년 2기까지의 과세기간 동안 C가 신고ㆍ납부한 부가가치세와 관련하여 최초로 이루어진 세무조사로 보일 뿐, 같은 세목 내지 같은 과세기간에 대한 재조사에 해당하지 아니하므로, C에 대한 세무조사가 위법한 중복조사 내지 재조사에 해당한다는 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의11 제1항은 ‘세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다’고 정하고 있다. 이는 세무조사 시 원칙적으로 신고ㆍ납부의무가 있는 수 개의 세목을 통합하여 조사를 실시하여야 한다는 취지의 규정에 불과할 뿐, 위 규정에 의하여 조사관서가 C와 원고에 대한 세무조사를 함께 실시하여야 할 의무가 도출된다고 볼 수 없다. 나아가 피고가 이 사건 처분에 앞서 원고에 대한 세무조사를 실시하여야 한다고 볼 만한 아무런 법적 근거가 없으므로, 피고가 조사관서로부터 통보받은 자료를 기초로 추가적인 세무조사 없이 이 사건 처분을 한 것에 어떠한 위법이 있다고 할 수도 없다.

다. 제2주장에 관한 판단

1) 인정 사실

다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 5호증, 을 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

가) FF경찰서장은 2016년 D가 E와 원고의 전 직원인 G 등을 횡령 등의 혐의로 고발한 사건을 수사하는 과정에서, ‘E가 원고로부터 허위세금계산서를 발급 요청받아 발행하고 부가가치세를 제외한 나머지를 현금으로 원고에게 반환하는 등 조세포탈 일체를 자백하였다’는 사유로, 2016. 7. 26. 서울지방국세청장에게 원고 및 대표자 사내이사 D의 고발을 요청하는 공문을 통보하였다.

나) 위 통보내용에 따라 피고는 ‘2008. 7. 1.부터 2011. 12. 31.까지’를 조사대상기간으로 하여 2017. 4. 10.부터 2017. 7. 11.까지 원고에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하였고(이하 ‘이 사건 제1조사’라 한다), 그 결과 원고가 C 외 3개 업체와 행한 거래 중 일부를 가공거래로 보아 2017. 8. 16. 원고에 대하여 2008 내지 2011 사업연도 부가가치세 및 2008 내지 2010 사업연도 법인세를 경정ㆍ고지하고, C에 대한 과세자료를 조사관서에 통보하였다.

다) 조사관서는 2018. 2. 28.부터 2018. 4. 10.까지 C에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하고(이하 ‘이 사건 제2조사’라 한다), ‘C와 원고 간 계약서 및 발주서 등 거래 관계를 증명할 만한 증빙이 전혀 없는 점, 원고가 공사를 수주한 후 E에게 업무지시를 하는 방식으로 설치용역이 이루어진 점 등을 고려할 때, C가 독립된 사업장이 아닌 원고의 현장부서에 불과하다’고 판단하여 C와 원고 사이의 거래를 부인하고 피고에게 관련 자료를 통보하였다.

라) 조사관서의 자료통보 내용에 따라 피고는 2019. 5. 1. 원고에게 2009 내지 2011 사업연도에 관한 부가가치세 부과처분을 하였고, 2020. 2. 7. 원고에게 2009 내지2011 사업연도에 관한 법인세를 경정ㆍ고지하였으며, 2023. 1. 10. 누락된 2012 사업 연도에 관한 법인세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2) 구체적 판단

가) 위 인정 사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 세무조사 이후 상당한 기간이 경과한 2023. 1. 10. 이 사건 처분을 하였다는 사정만으로는 피고가 세무조사권 내지 과세권한을 남용하였다고 볼 수 없다. 원고의 제2주장도 받아들이지 않는다.

(1) D는 비자금 조성 등 조세포탈의 목적에 기초하여 E으로 하여금 C 명의의 사업자등록을 하도록 하고, 사실상 원고의 현장작업부서에 불과한 C의 명의로 허위의 세금계산서를 발급하는 방식으로 매입을 조작하였으며, 이로 인하여 피고는 상당한 기간 원고에 대하여 정당한 액수의 법인세 및 부가가치세를 부과ㆍ징수할 수 없었다. 이 사건 처분을 비롯하여 원고에 대한 법인세 및 부가가치세의 경정ㆍ고지가 뒤늦게 이루어지게 된 데에는 위와 같이 부정한 행위로써 조세를 포탈한 원고의 책임이 가장 크다.

(2) 피고는 2016. 7. 26.경 FF경찰서장의 고발요청에 의해 비로소 원고가 C 등의 업체들로부터 허위세금계산서를 수취함으로써 조세를 포탈한 사실을 인지하고 이 사건 제1조사를 실시하였으나, 위 세무조사는 송파경찰서장의 통보내용에 따라 ‘2008. 7. 1.부터 2011. 12. 31.까지’를 조사대상기간으로 하여 실시되었고, 이 사건에서 문제되는 과세기간인 2012 사업연도에 대한 조사는 이루어지지 아니하였다. 이와 같이 이 사건 제1조사 당시 2012 사업연도에 대한 세무조사가 이루어지지 아니함에 따라, 2009 내지 2011 사업연도 법인세 부과처분에 비하여 이 사건 처분이 다소 늦게 이루어진 것으로 보인다.

(3) 조사관서로부터 이 사건 제2조사 결과 등을 통보받은 피고는 이를 처리하는 과정에서 원고에게 C와의 거래내역에 대한 해명을 요청하였으나, 원고는 피고의 해명 요청에 반발하면서 C와의 진정한 거래관계를 증명할 만한 자료를 제출하지 아니하였다. 이에 피고는 이 사건 제1조사를 통해 이미 과세자료가 확보된 2009 내지 2011 사업연도 법인세를 우선 부과하고 해당 부과처분에 대한 원고의 불복 내용 및 불복절차의 진행 경과 등을 확인한 후에 2012 사업연도 법인세를 부과하고자 하였고, 2020. 2. 7. 원고에게 2009 내지 2011 사업연도 법인세를 부과한 후2023. 1. 10. 이 사건 처분을 하였다. 이와 같은 피고의 조치는 2012 사업연도에 관한 세무조사가 이루어지지 아니하였고 원고도 피고의 해명 요구에 응하지 아니하는 상황에서 원고의 해명 내용 및 사법기관의 판단 결과를 최대한 반영하여 법인세를 과세하기 위한 것으로서 그 합리성을 인정할 수 있고, 원고의 주장과 같이 피고가 과세권한을 남용하여 고의로 과세처분을 지연한 것으로 볼 수 없다.

나) 설령 제2주장을 ‘피고가 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 채 이 사건 처분을 하였으므로 위법하다’는 취지의 주장으로 선해하더라도, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 채 이 사건 처분을 하였더라도 위법하다고 할 수 없다. 원고의 제2주장은 결국 이유 없다.

(1) 이 사건 처분이 이루어진 2023. 1. 10.은 2012 사업연도 법인세의 부과제척기간 만료일인 2023. 3. 31.이 매우 임박한 시점이었는바, 피고가 이 사건 처분에 앞서 원고에 대하여 과세전적부심사의 기회를 부여할 시간적 여유가 없었다.

(2) 앞서 본 것과 같이 조사관서로부터 자료를 통보받은 피고가 원고에게 C와의 거래내역에 대한 해명을 요청하였음에도 원고가 이에 응하지 아니하였다. 더욱이 이 사건 제1조사 당시에도 2012 사업연도에 관한 세무조사는 시행되지 아니하였기에, 피고로서는 이미 과세자료가 확보된 2009 내지 2011 사업연도의 법인세를 먼저 과세한 이후 그에 관한 불복절차 등의 진행 경과를 확인하여 2012 사업연도 법인세의 과세 여부 및 세액을 확정할 필요가 있었다. 이처럼 이 사건 처분이 부과제척기간 만료일에 임박하여 이루어지게 된 주된 이유는 법인세를 포탈한 원고가 과세관청의 해명 요구에도 응하지 아니하여 시간이 상당히 지체되었기 때문으로 보일 뿐, 피고가 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태하였기 때문이라고 할 수는 없다.

(3) 원고에 대한 2009 내지 2011 사업연도 부가가치세 및 법인세 부과처분이 이루어진 2019. 5. 1. 내지 2020. 2. 7. 무렵에는 원고로서도 가까운 장래에 2012 사업연도 법인세 부과처분이 이루어질 것을 충분히 예견할 수 있었을 것으로 보인다. 더욱이 원고가 2009 내지 2011 사업연도 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대한 취소소송 등의 불복절차를 거치며, 원고와 C 사이의 거래가 진정한 거래인지 여부 등 이 사건에서 주로 문제되는 쟁점에 대한 심리 및 판단도 상당 부분 이루어진 것으로 보인다. 따라서 피고가 원고에 대하여 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 곧바로 이 사건 처분으로 나아갔다고 하더라도, 원고의 방어권이나 절차적 이익이 침해되는 등으로 절차적 정당성을 상실하였다고 할 수 없다.

라. 제3주장에 관한 판단

1) 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환ㆍ변경할 수 있고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결 등 참조). 나아가 행정청이 처분 당시에 제시한 구체적 사실을 변경하지 않는 범위 내에서 단지 처분의 근거 법령만을 추가ㆍ변경하거나 당초의 처분사유를 구체적으로 표시하는 것에 불과한 경우에는 새로운 처분사유를 추가하거나 변경하는 것이라고 볼 수 없다(대법원 2020. 8. 27. 선고 2019두60776 판결 등 참조).

2) 이 사건 처분의 처분사유는 ‘C를 원고와 독립된 사업자로 볼 수 없고, 원고와 C 사이에 실제 거래가 있었다고 볼 수 없다’는 것으로서, 피고는 이 사건 처분 당시부터 이 사건 소송에 이르기까지 위와 같은 처분사유를 주장하고 있을 뿐 이와 별개의 처분사유를 주장한 바 없다[원고는 피고가 이 사건 소송에 이르러 ‘C가 원고에게 명의를 대여하였으므로 실사업자(실질귀속자)가 원고이다’라는 처분사유를 새롭게 추가하였다고 주장하나, 피고는 이 사건 소송에서 C가 원고에게 명의를 대여하였다는 취지의 주장을 한 사실이 없다]. 피고가 이 사건 소송 과정에서 ‘C는 원고의 현장부서에 불과하다’라는 표현과 ‘C의 실사업자가 원고이다’라는 표현을 혼용하였다고 하더라도, 이는 모두 ‘C를 원고와 독립된 사업자로 볼 수 없다’는 처분사유와 동일한 취지로서 단지 구체적인 표현만을 달리한 것일 뿐, 새로운 처분사유를 추가하거나 기존 처분사유를 변경한 것으로 보기는 어렵다. 원고의 제3주장도 받아들이지 않는다.

마. 제4주장에 관한 판단

관련 형사판결의 범죄일람표 (8)에는 D가 2012. 3. 23.부터 2013. 7. 4.까지 원고가 C로부터 실제로 물품 등을 공급받은 것처럼 가장하여 원고의 자금을 E 명의의 계좌로 송금하여 횡령한 내역(일시, 송금상대방 계좌, 횡령금액)이 기재되어 있다. 반면 피고는 C가 원고와 독립된 사업자에 해당하지 아니하고 원고와 C 사이의 거래를 진정한 거래로 볼 수 없음을 전제로, C가 원고 외의 사업자에게 발급한 매출세금계산서의 공급가액을 익금에, C가 원고 외의 사업자로부터 수취한 매입세금계산서의 공급가액을 손금에 각 산입하고, 원고가 C로부터 수취한 매입세금계산서의 공급가액을 손금에서 제외하고, 익금에 산입된 금액 및 손금에서 제외된 금액에 대응하는 부가가치세액을 손금에 산입함으로써 원고의 2012 사업연도 법인세 과세표준을 산정하였다. 이처럼 피고는 C의 손익을 원고의 손익으로 보고 원고와 C 사이의 거래를 부인하여 원고의 2012 사업연도 법인세 과세표준을 새롭게 계산하였을 뿐, 단순히 C 측에 현실적으로 지급된 횡령금액을 손금에서 제외함으로써 위 과세표준을 계산한 것이 아니므로, 관련 형사판결의 범죄일람표 (8)에 기재된 금액을 원고의 2012 사업연도 법인세 과세표준 증가분으로 보아야 한다고 할 수 없다. 원고의 제4주장도 받아들이지 않는다.

바. 제5주장에 관한 판단

1) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다. 따라서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 가산세가 부과되어야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 제1심의 인정 사실, 제1심이 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① D는 본인의 비자금 조성 등 조세포탈의 목적을 가지고 E으로 하여금 케이에스씨의 사업자등록을 하도록 하고, C가 원고에게 용역을 공급하는 것처럼 거짓세금계산서를 발급하게 하는 방식으로 법인세를 의도적ㆍ적극적으로 포탈한 점, ② 원고를 사실상 단독으로 소유ㆍ지배하였던 D가 거짓세금계산서 발급을 비롯한 조세포탈 행위의 불법성을 인식하면서도 위와 같은 행위를 장기간 감행하였는바, 원고로서는 위와 같이 포탈된 법인세의 납세의무를 충분히 인식하였을 것으로 보이는 점, ③ 피고는 FF경찰서장의 고발요청에 따라 2017. 4. 10.부터 이 사건 제1조사를 실시하였고, 2019. 5. 1. 및 2020. 2. 7. 원고에게 2009 내지 2011 사업연도 법인세 및 부가가치세를 부과하였는바, 늦어도 위 각 일시 무렵에는 원고로서도 2012 사업연도 법인세 부과처분이 가까운 장래에 이루어지리라는 점을 예견할 수 있었을 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 2012 사업연도 법인세의 신고ㆍ납부의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

나) 원고는 설령 원고에게 가산세 납세의무가 있더라도, 원고에게 부과되어야 할 정당한 가산세액은 법인세법 제75조의8 제1항 제4호 다목에 따라 계산된 3,413,440원이라고 주장한다. 그러나 갑 제3호증의 기재에 의하면 피고는 원고에 대하여 구 국세기본법 제47조의3에 따른 부정과소신고가산세 6,789,508원 및 일반과소신고가산세 9,343원, 구 국세기본법 제47조의4에 따른 납부불성실가산세 16,876,899원을 부과하였을 뿐, 법인세법 제75조의8 제1항 제4호에서 정한 계산서 등 제출 불성실 가산세를 부과한 바 없으므로, 법인세법 제75조의8 제1항 제4호에 따라 원고에 대한 정당한 가산세액이 산출되어야 한다고 할 수 없다.

3) 가산세의 납세의무 및 그 범위를 다투는 원고의 제5주장도 받아들이지 않는다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.