서울행정법원 2026. 1. 16. 선고 2025구단52597 판결 [양도소득세부과처분취소]

피고가 2023. 10. 17. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 328,917,180원(가산세50,504,127원 포함)을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 이 사건 주택의 양도와 양도소득세 신고·납부

1) 원고는 2006. 8. 25. □□시 △△면 ◇◇리 792-10 지상 단층 단독주택 262.96㎥, 부속건물 단층주차장 33.75㎥(이하 “이 사건 주택”이라 한다)의 소유권보존등기를 마쳤고, 2022. 7. 6. 이를 DD에 4,200,000,000원에 양도하였다.

2) 원고는 이 사건 주택에 대하여 일시적 1세대 2주택 특례가 적용된다고 보아 12억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제(15년 이상 보유에 따른 30%)와 일반 양도소득세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

3) 이 사건 주택의 양도 당시 원고가 속한 세대는 다음의 건물을 소유하고 있었다.

※ 이하 순번 2번 건물을 “이 사건 ●● 건물”이라고 하고 이 중 ‘부속 건물 1층 주택 97㎡’를 “이 사건 쟁점 건물”이라고 한다.

나. 피고의 부과처분

피고는 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시 소유하고 있었던 이 사건 쟁점 건물이 소득세법상 주택에 해당하므로 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령(2022. 8. 2. 대통령령 제32830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조, 제155조에 따른 일시적 2주택의 특례가 인정될 수 없다고 보아 전체 양도차익을 과세대상으로 산정한 다음, 이 사건 주택은 상시주거용으로 사용되지 않는 별장에 해당한다고 보고 소득세법 제104조 제1항 제8호에 따른 중과세율(최고세율 55%)을 적용하여 2023. 10. 12. 원고에 대하여 양도소득세 328,917,180원(가산세 50,504,127원 포함)을 부과하는 처분을 하였다(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 7호증, 을 제1, 14호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 위법여부

가. 원고의 주장

이 사건 쟁점 건물은 공부상으로 주택으로 되어 있지만, ‘BB수산식품’의 창고 및 사무실과 기능상·사용상 일체를 이루는 시설로서 일부는 사무실, 그리고 나머지는 근로자 식사제공 및 여성직원 숙소의 용도로 사용되었고 위 ‘BB수산식품’의 폐업 이후에는 사용되고 있지 않다. 그렇다면 이 사건 쟁점 건물은 사업용으로 사용되었을 뿐 주거용으로 사용된 건물에 해당하지 않으므로 소득세법상 ‘주택’에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법리

가) 소득세법 제88조 제7호는 “주택”이란 허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계 없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 의미하고 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 규정하고 있다.

나) 건물이 소득세법 제88조 제7호가 정한 주택에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 등 참조). 또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조).

2) 판단

위의 각 증거들, 갑 제8 내지 13, 17 내지 20호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 쟁점 건물은 계속적으로 ‘BB수산식품’의 사업용 시설로 사용되어 왔다고 할 것이고 건물의 위치와 구조, 기능 역시 주거용으로 적합한 상태에 해당한다고 평가하기 어려우므로, 소득세법이 규정한 주택에 해당한다고 보기 어렵다. 원고의 주장은 이유 있고, 이 사건 부과처분은 위법하다. ① 이 사건 ●● 건물은 1985. 9. 23. 사용승인을 받았고, 건축물대장상 1층 벽돌조 작업장(창고) 575.7㎡, 1층 경량철골구조 작업장 213.84㎡, 1층 벽돌조/슬라브 주택(이 사건 쟁점 건물) 97㎡로 구성되어 있다. 원고의 아버지인 故CCC은 2020. 12. 31.까지 ●●시 ▲▲포구 ◆◆면 ■■리 45-1, 45, 42-2, 68-1 지상에서 ‘BB수산식품’이라는 상호로 이 사건 ●●건물을 포함하여 아래와 같이 여러 건물들을 작업장과 사무실 및 창고로 사용하여 멸치 건조·가공 공급업을 영위하였다(이하 이를 “이 사건 사업장”이라고 한다). 이 사건 사업장 부지는 바닷가에 위치하고 있으며 아래 일체의 건물은 모두 펜스로 둘러쌓인 사업장 부지 내에 위치해 있다.

② 이 사건 쟁점 건물은 지붕, 기둥, 벽 등이 갖추어진 건물로서 아래와 같이 구조 측면에서는 주방공간과 화장실, 방을 갖추고 있고 시설 측면에서는 전기와 수도 등을 갖추어 사람이 의식주를 누릴 수 있는 주택의 구조·시설을 갖추고 있기는 하다. 다만 i) 이 사건 쟁점 건물은 위와 같이 펜스로 둘러쌓인 사업장 부지에 위의 작업장, 창고, 사무실 등 10여 동 이상의 건물과 함께 존재하고 있는 점, ii) 이 사건 사업장의 조업시간과 지리적 현황, 출퇴근여건 등을 고려할 때 멸치 건조·가공작업에 종사하는 근로자들은 사업장 내에서 숙식을 해결할 필요성이 있었고 식사를 제공하는 근로자 역시 사업장 내에 상주할 필요성이 있었던 점, iii) 이 사건 쟁점 건물 역시 최초에는 사업주가 사업장 내에서 최소한의 숙식을 해결하는 용도가 있었던 것으로 보이나 차츰 근로자(특히 조리를 담당하는 여직원)의 숙소와 조리공간으로 사용되었던 것으로 보이는 점, iv) 이 사건 쟁점 건물은 그 지리적 위치와 구조, 형태 등을 고려할 때 이 사건 사업장에 근무하는 근로자나 관리자의 숙식 해결 용도로 사용되었던 것으로 볼 수 있고 이 사건 사업장이 사실상 영업을 종료한 2020. 1. 이후에는 이 사건 쟁점 건물 역시 사용되지 않고 방치되어 있는 점, v) 이 사건 쟁점 건물은 이 사건 사업장 내 다른 작업장 건물 2동과 함께 그 부속건물로서 건축물대장 및 부동산등기부등본이 작성되어 있으며 이 사건 쟁점건물만을 별도로 처분하는 것은 불가능한 점 등을 종합하면, 이 사건 쟁점 건물은 그 위치와 형태, 구조상 이 사건 사업장의 용도에 활용되는 부대시설에 해당한다고 보아야 하고, 독자적인 주택으로 적합한 상태에 있다고 보기 어렵다. ③ 이 사건 쟁점 건물의 실제 사용현황을 살펴보더라도, 확인 가능한 2016년 이후 근로자들에게 식사와 청소 등을 담당할 여성 근로자 2016. 2.부터는 2019. 1.까지는 양O순(1940년생), 2019. 2.부터 2020. 1.까지는 홍O임(1946년생) 가 위의 ‘방1’에서 숙식을 해결하면서 위의 조리공간에서 근로자들을 위한 식사를 준비하였고, 위의 ‘방2’와‘사무실’은 이 사건 사업장을 위한 사무공간과 물품보관창고의 용도로 사용되었다(위의 ‘사무실’은 구조상 숙식공간과 분리되어 있고 위의 ‘방2’는 숙식공간과 연결되어 있기는 하나 자물쇠를 채워 둠으로써, ‘방2’와 ‘사무실’은 여성 근로자의 숙식공간과는 별도로 구분된 사무공간으로 사용되었다). 결국 2016년부터 이 사건 사업장의 폐업시점까지 이 사건 쟁점건물 중 일부 구획은 이 사건 사업장을 위한 사무실과 물품보관창고로, 나머지 구획은 여성 근로자의 숙식 및 조리공간으로 사용되었고(멸치 건조·가공 작업을 수행하면서 이 사건 사업장에서 숙식을 해결하는 남성 근로자들의 숙소는 별도의 건물에 마련되어 있었다), 이러한 활용내역은 이 사건 쟁점 건물이 일시적으로 다른 용도로 사용된 것이라기보다는, 이 사건 쟁점 건물의 구조, 위치, 기능상 본래의 용도대로 사용되었던 것으로 평가할 수 있다. 이 사건 쟁점 건물 중 숙식공간에 화장실과 주방이 갖춰져 있는 것은 이 사건 사업장의 여성 근로자가 숙식을 해결하면서 조리업무를 수행하기 위하여 당연히 요구되는 것이라고 볼 수 있다. ④ 이 사건 사업장이 2020. 1.경 사실상 영업을 종료한 시점부터 이 사건 쟁점 건물은 더 이상 이용되지 않고 방치되어 있는 상태이다. 해당 건물은 창문이 제거되었고 주방시설, 가스시설, 보일러시설도 철거되었으며 건물 앞은 수풀이 우거져 숙식용으로 사용된 구획은 제대로 출입하기도 어려운 상황이다. 이러한 면에서 이 사건 주택의 양도 시점인 2022. 7. 6.을 기준으로 하였을 때 이 사건 쟁점 건물은 주택으로서의 기능을 가지고 있지 못하다. 현재 상태에서 일정한 보수를 하게 되면 이 사건 쟁점 건물 자체로는 사람이 숙식을 해결할 수 있을 정도의 상태가 될 수는 있겠으나, 이 사건 쟁점 건물은 이 사건 사업장 내 다른 건물들과 일체의 용도를 가지고 있으므로 이 사건 사업장 내 다른 건물의 용도와 무관하게 사람의 거주용으로 사용되기는 어렵다(이사건 쟁점 건물의 현재 구조와 위치에 따르면 이 사건 사업장이 사업용도로 활용될 경우에만 그 사업장에 근무하는 근로자나 사업주의 숙식 해결 용도로 사용될 수 있을 뿐이다). ⑤ 피고는 이 사건 쟁점 건물에 대하여는 개별주택가격이 공시되고 단독주택으로 재산세가 부과되고 있음을 지적하기도 하나 이는 이 사건 쟁점 건물이 공부상 주택으로 되어 있는 데 따른 당연한 귀결이라고 할 것이고, 이 사건 쟁점 건물이 본래 주거용에 적합하지 않고 사실상 주거용으로 사용되었다고 볼 수도 없다는 위의 판단에는 지장이 되지 않는다.

3) 취소의 범위

이 사건 쟁점 건물이 ‘주택’에 해당하지 않으므로, 이 사건 주택의 양도 당시 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제154조 제1항의 해석에 의할 때 이 사건 주택의 처분에는 일시적 2주택 특례가 적용되어 고가주택인 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 볼 수 있고 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에 따라 양도차익이 계산되어야 한다. 이에 따라 양도차익을 다시 계산하고 장기보유특별공제와 별장에 해당하는 중과세율(최고세율 55%)을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세를 다시 계산할 경우 정당세액은 140,510,320원(가산세 21,574,887원 포함)으로 산정된다. 이 사건 부과처분 중 위의 금액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

관련 법령

▣ 소득세법 제88조 (정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(공부)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제89조 (비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조 (양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. ▣ 소득세법 시행령(2022. 8. 2. 대통령령 제32830호로 개정되기 전의 것) 제154조 (1세대1주택의 범위) ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. ⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조 (1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 신규 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 제160조 (고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.