서울행정법원 2026. 1. 16. 선고 2025구단53130 판결 [양도소득세경정거부처분취소]

피고가 2024. 7. 4. 원고 장AA에게 한 2020년 귀속 양도소득세 50,188,058원(가산세 포함) 및 원고 최BB에게 한 2018년 귀속 양도소득세 255,889,638원(가산세 포함)의 각 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 이 사건 제1주택의 양도 등

1) 원고 장AA는 2017. 6. 23. 서울 ○○구 ○○동 000 ○○아파트 000동 0000호(이하 ‘이 사건 제1주택’이라 한다)를 취득하였고, 2020. 11. 5. 양도하였다.

2) 원고 장AA는 이 사건 제1주택이 고가주택에 해당함을 전제로 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 계산한 2020년 귀속 양도소득세 184,221,823원을 2021. 1. 31. 신고·납부하였다.

나. 이 사건 제2주택의 양도 등

1) 원고 최BB은 1999. 9. 16. 서울 ◇◇구 ◇◇동 000 ◇◇아파트 000동 000호(이하 ‘이 사건 제2주택’이라 한다)을 취득하였고, 2018. 6. 11. 양도하였다.

2) 원고 최BB은 이 사건 제2주택이 고가주택에 해당함을 전제로 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율을 적용하여 계산한 2018년 귀속 양도소득세 15,646,410원을 2018. 7. 25. 신고·납부하였다.

3) 원고 최BB은 2020. 2. 21. 이 사건 제2주택의 양도와 관련한 2018년 귀속 양도소득세를 중과세율을 적용하여 계산한 280,807,220원으로 수정신고 하였다.

다. 원고들의 양도소득세 경정청구

1) 원고들은 이 사건 제1주택 및 제2주택(이하 ‘이 사건 각 주택’이라 한다)의 양도는 소득세법 제104조 제7항 제3호에 의한 중과세율 적용 대상에 해당하나, 같은 법 제95조 제3항에서 위 조항의 적용 대상에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 있지 아니하여, 이 사건 각 주택에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 취지로 주장하며 각 경정청구를 하였다.

2) 피고는 원고들에게 2024. 7. 4. ‘이 사건 각 주택은 조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 중과세율이 적용되고, 소득세법 제95조 제2항에 규정한 장기보유특별공제의 적용 배제 대상에 해당한다’는 이유로 경정거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 각 거부처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(각 가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 거부처분의 위법 여부

가. 원고들의 주장

1) 이 사건 각 주택은 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항의 적용대상인바, 구 소득세법 제95조 제3항에서는 동조 제2항과 달리 장기보유특별공제 배제 규정을 두고 있지 않으므로 이 사건 각 주택의 양도에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

2) 이 사건 제2주택은 원고 최BB이 18년 이상 보유하고 8년 이상 거주한 주택임에도 다주택에 해당한다는 이유만으로 기계적, 획일적으로 장기보유특별공제를 적용할 수 없도록 한 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정은 위헌이다.

나. 관련 법령 : 별지 기재와 같다.

다. 구체적 판단

1) 제1주장에 관한 판단

가) 구 소득세법 제95조 제1항은 양도소득금액을 계산하는 방식(= 양도가액 - 필요경비 – 장기보유 특별공제액)을 정하고, 동조 제2항은 장기보유 특별공제의 적용요건과 보유기간별 인정되는 특별공제액(공제율)을 규정하고 있다. 즉 제2항 본문에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것’에 대하여 표1에 기재된 보유기간별 공제율을 정하고 있고, 같은 항 단서에서는 ‘위 자산 중 대통령령으로 정하는 1세대 1주택으로서 보유기간이 3년 이상인 것‘에 대하여 표2에 기재된 보유기간별 공제율을 정하고 있다.

나) 한편 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하지만 양도가액이 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’의 양도는 비과세대상에 해당하지 않으므로, 이에 대하여도 원칙적으로 구 소득세법 제95조 제1항과 제2항에 따라 양도차익과 장기보유 특별공제액을 산정하여야 한다. 다만 구 소득세법 제95조 제3항은 이런 경우에는 대통령령이 정하는 방식으로 양도차익과 장기보유 특별공제를 “계산”한다고 규정하고 있는바, 구 소득세법 제95조 제3항은 ‘고가주택’에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항과 독자적으로 장기보유 특별공제를 인정하는 근거규정에 해당하지 않고, 구 소득세법 제95조 제2항에 의하여 장기보유 특별공제가 인정될 경우 장기보유 특별공제액을 계산하는 구체적인 계산식을 규율한 것으로 봄이 타당하다.

다) 구 소득세법 제95조 제3항은 고가주택에 해당하는 자산의 ‘장기보유 특별공제액’의 계산을 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항 제2호로 위임하고, 같은 호는 고가주택에 해당하는 자산의 장기보유 특별공제액의 계산방법을 ‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 × (양도가액 – 9억 원)/양도가액’으로 규정하고 있다. 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 “제1항에서 장기보유 특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 … 에 대하여 그 자산의 양도차익(…)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금 액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”라고 규정하고 있다. 구 소득세법 제104조 제7항 제3호는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 들고 있으므로, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’에서 제외된다.

라) 원고들이 이 사건 각 주택을 양도할 당시 1세대 3주택 이상에 해당하였던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 각 주택은 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3이 규정한 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제의 대상이 될 수 없다. 결국 구 소득세법 제95조 제3항 내용 중 장기보유 특별공제에 관한 부분은 적용될 여지가 없으므로, 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 제2주장에 관한 판단

다음과 같은 이유에서 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 일부개정되어 2019. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제95조 제2항의 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다” 부분이 과잉금지의 원칙 등에 위배되어 원고 최BB의 재산권을 침해한다고 볼 수 없으므로, 원고 최BB의 주장은 받아들이지 아니한다(구체적 판단내용은 이 법원 2025아12146호 결정 내용과 같다).

가) 해당 조항은 투기 목적이 있는 주택 소유를 억제하여 국민 다수의 주거생활 안정과 주택 가격안정을 이룩하려는 공익을 위한 것이므로 입법목적의 정당성이 인정된다.

나) 해당 조항 및 그 위임 조항에서는 1세대 2주택 이상의 다주택자의 주택양도에 관하여 예외 없이 일률적으로 장기보유 특별공제를 배제하는 규정이 아니고 오히려 대통령령으로 여러 예외를 규정할 수 있는 여지를 두고 있다. 해당 조항이 입법목적을 달성하는데 부적절한 수단을 채택하였다거나, 침해 최소성 원칙을 벗어났다고도 보기 어렵다.

다) 해당 조항으로 인하여 1세대 3주택에 해당하는 납세의무자가 입게 되는 불이익이 해당 조항이 추구하는 공익에 비하여 균형을 상실할 정도로 크다고 볼 수도 없어, 해당 조항은 법익의 균형성도 충족한다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.