서울행정법원 2026. 5. 29. 선고 2025구단53770 판결 [이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부]

피고가 2024. 4. 4. 원고에게 한 2023년 귀속분 양도소득세 145,008,830원 및 가산세 20,179,420원 합계 165,188,250원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017. 2. 15. 서울 〇〇구 〇〇동 〇〇번지 주택(정착면적 141.39㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다) 및 부수토지 479㎡, 〇〇동 〇〇번지 토지 168㎡를 취득하였고, 2017. 3. 8. 〇〇동 〇〇번지 토지 168㎡가 00번지 토지에 합병되어 이 사건 주택의 부수토지는 647㎡가 되었다(이하 위 647㎡를 ‘이 사건 부수토지’라 한다).

나. 원고는 2023. 7. 26. AAAAA에게 이 사건 주택 및 이 사건 부수토지를 매매대금 14,517,000,000원에 양도한 후, 1세대 1주택 비과세(고가주택) 및 이 사건 주택 정착면적 141.39㎡의 3배를 초과하는 면적에 대하여 일반세율을 적용하여 계산한 양도소득세 1,831,959,620원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 2024. 2. 14.부터 2024. 3. 4.까지 양도소득세 조사를 실시한 결과, 부수토지 중 주택정착면적의 3배를 초과하는 면적인 222.83㎡ 상당의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 비사업용토지로 보아 10% 추가세율을 적용하여, 2024. 4. 4. 원고에게 2023년 귀속 양도소득세 165,188,250원(가산세 20,179,420원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 5. 13. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 주택 및 부속토지를 5년 이상 소유하였고, 이 사건 토지가 비사업용 토지가 되려면 소득세법 시행령 제168조의6에 정한 기간 요건을 모두 충족하여야 한다. 그런데 이 사건 토지는 소득세법 시행령이 2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전에는 이 사건 주택 정착면적의 5배 이내의 토지로서 비사업용토지에 해당하지 아니하였고, 2022. 1. 1. 개정 조항이 시행됨에 따라 이 사건 주택 정착면적의 3배를 넘는 부분에 한하여 비사업용 토지가 되었다고 보아야 한다. 이와 다르게 소득세법 시행령 개정 후의 배율을 기준으로 개정 전 기간까지 비사업용토지에 해당하였다고 보는 것은 법적 상태의 변동 이전 기간에까지 후행 개념을 투사하는 것으로 문언해석에 반한다. 소득세법 시행령 제168조의6 제1항 소정의 기간요건을 만족하지 못하고 있다. 따라서 이 사건 토지는 기간요건을 만족하지 못하여 비사업용토지에 해당하지 아니함에도 그와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령 : 별지 기재와 같다.

다. 구체적 판단

1) 소득세법 제104조의3은 동법 제104조 제1항 제8호 비사업용 토지를 “해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 각호의 하나에 해당하는 토지”로 규정하면서, 그 중 주택의 부속토지를 ‘지방세법 제106조 제2항에 따른 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지’라고 정하였다. 구 소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 이전에 시행되었던 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제168조의12에서는 주거지역에 위치하는 토지에 관한 ‘대통령령으로 정하는 배율’은 5배로 정하고 있었으나, 2020. 2. 11. 같은 시행령이 개정되면서 수도권 도시지역 내 토지에 관하여는 대통령령으로 정하는 배율을 3배로 하였고, 해당 조항은 부칙에 따라 2022. 1. 1. 시행되었다.

2) 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도 자산에 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석할 것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조). 앞서 본 처분의 경위에 따르면 이 사건 토지의 양도로 인한 원고의 양도소득세 납세의무는 원고가 2023. 7. 26. 이 사건 토지를 양도함으로써 비로소 성립하였으므로, 그 양도소득세의 과세요건과 범위는 2023. 7. 26. 당시 시행되고 있던 법령에 의하여야 할 것이다. 그런데 구 소득세법 제168조의12는 구 소득세법 시행령이 2020. 2. 11. 개정되면서 신설되었고, 같은 시행령 부칙 제1조 제3호는 위 조항은 2022. 1. 1.부터 시행된다고 규정하고 있으므로, 원고의 이 사건 토지 양도에 따른 양도소득에 대하여는 구 소득세법 제168조의12가 적용되어야 한다. 원고는 이 사건 토지에 대하여 구 소득세법 시행령 제168조의12가 시행되기 전의 기간에 대하여는 개정 전 시행령 제168조의12가 적용되어야 하고, 그러한 경우 구 소득세법 시행령 제168조의6 기간기준을 만족하지 못하여 이 사건 토지가 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나 구 소득세법 시행령 부칙 제2조 제2항은 “이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다”고 명백하게 규정하고 있는 이상 부칙 문언과 달리 구 소득세법 시행령 시행 이후에 이루어진 이 사건 주택 및 부수토지의 양도에 대하여 위 조항의 적용을 일부 배제하는 것으로 해석할 수는 없다. 또한 원고가 들고 있는 구 소득세법 시행령 제168조의6은 보유기간별 사용실태에 따른 비사업용 토지의 기간기준에 해당하는바, 이 사건 토지는 사용실태가 변경됨이 없이 보유기간 동안 계속하여 주택의 부수토지로 사용되었고, 단지 그 양도에 적용되는 법령에 따라 비사업용 토지에 해당하게 될 뿐이어서, 이 사건 토지가 구 소득세법 시행령 제168조의6의 기간요건을 충족하지 못하여 비사업용토지에 해당하지 않는다는 취지의 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.