대전고등법원 2024. 5. 16. 선고 2024누10148 판결 [현물출자 이월과세 부인 양도세 부과 적법여부]

1. 처분의 경위

가. 원고와 김**, 박**, 임**, 노**은 2017. 3. 13. 영농조합법인 설립을 위한 창립총회를 개최하였고, 그에 따라 2017. 3. 14. 농산물 재배, 가공 및 판매업 등을 목적으로 한 대서양 영농조합법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 법인설립 등기가 마쳐졌다.

나. 아울러 원고는 이 사건 법인 창립총회가 개최된 2017. 3. 13. 이 사건 법인과 사이에 ‘원고 소유의 대전 유성구 구암동 433-1 답 10,235㎡(이후 2019. 1. 2. 지적재조사로 면적이 10,704.4㎡로 변경되었다. 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)의 평가액을 39억 원으로 하여 이를 이 사건 법인에 현물출자한다‘는 내용의 계약을 체결하였다. 이후 2017. 3. 20. 이 사건 법인 앞으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

다. 원고는 2017. 9. 8. 이 사건 부동산의 현물출자에 따른 양도소득세를 921,019,813 원으로 신고하면서, 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제66조 제7항에 따른 양도소득세 이월과세를 신청하였다.

라. 피고는 세무조사를 실시하여 ‘이 사건 법인은 원고 1인 출자법인으로서 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 적용대상인 영농조합법인으로 볼 수 없다’는 이유로 원고의 양도소득세 이월과세 신청을 부인하고, 2022. 12. 22. 원고에게 2017년 귀속분 양도소득세 1,251,932,050원(= 결정세액 921,019,812원 – 자경농지 감면 100,000,000원 +가산세 430,912,247원)을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2023. 1. 10. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2023. 7. 11. 위 청구가 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 7, 21, 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

김**, 박**, 임**, 노**(이하 ‘김** 외 3인’이라 한다)이 실제 출자의무를이행하지 아니하였다고 하더라도 이 사건 법인의 조합원 지위를 취득하지 못한 것이라고 볼 수 없고, 이 사건 법인에 매출이 없어도 법인 설립의 효력을 부정할 수는 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 법인이 영농조합법인으로 유효하게 설립되지 않았다는 잘못된 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로 위법하다. 또한 이 사건 법인은 2017. 3. 13. 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2017.3. 21. 법률 제14646호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 농어업경영체법’이라 한다) 제16조 및 정관에 따라 요건을 구비하여 영농조합법인 설립신고를 하였고, **광역시 **구청장이 이를 수리하여 공정력이 발생하였으므로, 위 수리행위가 위법함을 이유로 취소되지 않는 이상 피고가 그 효력을 다툴 수 없다. 이 사건 처분은 행정행위의 공정력에 반하는 것으로 위법하다. 원고가 이 사건 법인에 이 사건 부동산을 현물출자한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 볼 수 없어 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않음에도 불구하고, 원고의 현물출자 행위의 적법·유효성을 부인한 이 사건 처분은 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인 법리에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 구 조세특례제한법상 이월과세 적용대상인 영농조합법인

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2004두2684 판결 등 참조).

2) 구 조세특례제한법 제66조 제7항은 ‘대통령령으로 정하는 농업인이 2018. 12.31. 이전에 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 농업·농촌 및 식품산업 기본법(이하’농업식품기본법‘이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지 제외)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 정하고 있다. 그리고 구 농어업경영체법은 ‘협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업생산자단체는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다(제16조 제1항)‘, ‘영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다(제17조 제1항)’고 각 규정하고 있고, 여기서 위 농업인은 농업식품기본법 제3조 제2호에 따른 농업인을 말한다(제2조 제1호)고 규정하고 있는데, 농업식품기본법 제3조 제2호, 그 시행령 제3조 제1항은 농업인에 관하여 ‘농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 ① 1,000㎡ 이상의 농지를 경영하거나 경작하는 사람, ② 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만 원 이상인 사람, ③ 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람, ④ 농어업경영체법 제16조 제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람, ⑤ 농어업경영체법 제19조 제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여고용된 사람 중 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다’고 규정하고 있다. 결국 구 조세특례제한법 제66조 제7항에서 정한 이월과세 적용대상이 되기 위해서는 구 농어업경영체법에서 정한 5인 이상의 농업인 등을 조합원으로 하여 적법하게 설립된 영농조합법인임이 전제되어야 한다[한편 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제4항은 영농조합법인 요건과 별개로 원고가 현물출자하고 이월과세 적용을 받을 수 있는 지위에 있는지와 관련하여 법 제66조 제7항이 정하는 농업인이란 농업식품기본법 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 현물출자 농지 소재지 시·군·구 또는 연접 시·군·구 내지 직선거리 30㎞ 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경영한 자를 말한다고 정하고 있는데, 이 사건 처분 당시 원고가 이에 해당하는지 여부에 관하여 구체적으로 검토되었는지는 분명하지 않다].

나. 이 사건 법인이 이월과세 적용대상인 영농조합법인에 해당하는지 여부

1) 인정 사실

갑 제1, 3 내지 6, 8, 9, 11 내지 14호증, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 따르면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) 이 사건 법인의 설립 당시 조합원은 원고와 김** 외 3인이고, 출자 총 좌수는39,200좌, 납입출자액 총액은 3,920,000,000원이다.

나) 원고와 김** 외 3인은 2017. 3. 13. 이 사건 법인의 정관을 작성하여 인증을 받고 아래 표와 같은 내용의 출자자산 내역 및 이행증명서를 작성하였다.

다) 이 사건 법인은 2020. 11. 9. 주식회사 **개발과 사이에 이 사건 부동산 및 원고 소유의 대전 유성구 ## 하천 101.6㎡에 관하여 매매대금 86억 원으로한 매매계약을 체결하면서 ‘양수인이 이 사건 법인과 출자좌수 전부를 43억 원에 인수하고 대표이사를 변경하기로 한다’는 특약을 부가하였다. 이후 원고는 2020. 11. 17. 정**에게 이 사건 법인 출자좌수 39,200좌를 양도가액 3,949,810,796원(1좌당 약100,760원)으로 양도하되 정**가 **농업협동조합 대출금 등을 인수하여 대금지급에 갈음한다는 내용의 계약을 체결하였고, 같은 날 조합원 총회를 통해 정**가 이 사건 법인의 이사로 선임되었다. 한편 2009. 10. 8.부터 2020. 3. 18.까지 사이에 이 사건 부동산에는 2018. 4. 11. 자 근저당권설정등기(채무자 신영진, 채권최고액 4억 8,000만 원) 1건을 제외하고 모두 채무자를 원고로 한 근저당권설정등기가 경료되어 있었다.

라) 이 사건 법인과 주식회사 **농업회사법인(2020. 11. 20. 설립)은 2020. 11.23. 이 사건 부동산에 관하여 매매대금 85억 7,000만 원으로 정한 매매계약을 체결하였고, 2020. 12. 11. 이 사건 부동산에 관하여 주식회사 **농업회사법인 앞으로 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

마) 원고는 2022. 9. 15. 양도소득세 조사 과정에서 ‘이 사건 법인 설립 후 스마트 조합원 성명 출자내역 현물 현금 평가액 출자좌수 원고 이 사건 부동산 3,900,000,000원 39,000좌 김** 5,000,000원 5,000,000원 50좌 박** 5,000,000원 5,000,000원 50좌 임** 5,000,000원 5,000,000원 50좌 노** 5,000,000원 5,000,000원 50좌 계 20,000,000원 3,920,000,000원 39,200좌 농업 실현이 불가능하여 실제적 매출이 없고, 김** 외 3인으로부터 현금출자를 받은 바 없이 원고가 이를 대납하였다’는 내용의 문답서를 작성하였다. 또한 김**, 박**, 임**은 2022. 9. 15. ‘이 사건 법인에 현금 500만 원을 출자하거나 이익금을 분배받은 사실이 없고, 이 사건 법인에서 설립일부터 현재까지 영농, 협업 등에 종사한 사실이 없다’는 내용의 확인서를 작성하였고, 노회창은 2022. 9. 16. 위와 같은 내용에 더하여 ‘오랜 지인, 고객으로서 부탁에 의해서 명의를 빌려준 것이다’라는 내용의 확인서를 작성하였다.

2) 구체적인 판단

가) 위 인정 사실에 따르면, 이 사건 법인 설립 당시 김** 외 3인이 각 500만원을 출자한 조합원임을 전제로 출자자산 내역 및 이행증명서가 기재되어 있기는 하나, 다른 한편 이 사건 법인의 조합원으로 등재된 원고와 김** 외 3인 모두 ‘김**외 3인이 위 각 출자금을 부담한 것이 아니다’라는 점을 명확히 진술하였을 뿐만 아니라 진술 내용 등에 비추어 볼 때 이들이 농업식품기본법 등 관계 법령에서 정한 농업인에 해당하는 것으로 보이지도 아니한다. 또한 2020. 11. 9. 자 매매계약, 2020. 11. 17. 자 출자좌수양도계약의 구체적 내용 등을 살펴보더라도 원고가 이 사건 법인 출자금을 모두 지급하였고, 김** 외 3인은 명의를 대여한 것에 불과함을 알 수 있다(이에 더하여 이 사건 부동산에 설정된 근저당권 내역, 이 사건 법인의 매출 내역이 전혀 확인되지 않는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 법인은 형식적으로 설립되어 있는 것에 불과할 뿐 실제 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물 출하, 유통, 가공 및 수출 등을 영위하고 있는 영농조합법인이라고 보이지 않는다). 그렇다면 이 사건 법인은 구 농어업경영체법에서 정한 5인 이상의 농업인 등을 조합원으로 하여 적법하게 설립된 영농조합법인이라고 볼 수 없으므로, 구 조세특례제한법 제66조 제7항에서 정한 이월과세 적용대상에 해당하지 아니한다.

나) 이에 대하여 원고는 ‘이 사건 처분은 이 사건 법인 설립신고를 수리한 **광역시 **구청장 처분의 공정력에 반한다’고 주장하나, 구 농어업경영체법 제16조 제3항은 영농조합법인은 법인으로 하며 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다고 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법인은 2017. 3. 14. 법인설립 등기를 마친 사실이 인정되며, 그와 관련하여 설립신고 및 시장·군수·구청장 등이 이를 수리하는 절차가 없었으므로(농어업경영체법 제16조 제3항이 2021. 8. 17. 법률 제18400호로 개정됨에 따라 그 시행일인 2022. 8. 18.부터 영농조합법인 설립등기에 앞서 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장 등에게 설립신고를 하도록 하는 사전신고제가 시행되었으나, 이 사건 법인 설립 당시에는 위와 같은 규정이 존재하지 아니하였다), 원고의 위 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다(설령 이 사건 법인에 대하여 사전 신고제가 적용되어 법인설립에 관한 수리행위가 있었다고 하더라도, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 그 수리행위의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단에 기속된다고 볼수 없으므로 피고로서는 수리행위의 존재나 유효 여부에 관계없이 이 사건 법인이 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 적용대상인 영농조합법인에 해당하는지 여부를 독자적으로 판단할 수 있을 뿐, 반드시 수리행위가 먼저 취소되어야만 이 사건 처분을 할 수 있다고 볼 수도 없다). 또한 원고는 이 사건 처분이 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인 법리에 반한다는 취지로 주장하기도 하나, 앞서 본 바와 같이 피고는 ‘이 사건 법인은 원고 1인 출자법인으로서 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 적용대상인 영농조합법인으로 볼 수 없다’는 이유로 구 조세특례제한법에 따른 양도소득세 이월과세 신청을 부인하고 이 사건 처분을 한 것으로서, 이는 소득세법 제101조에서 정한 양도소득의 부당행위계산과는 무관하고, 구 조세특례제한법 제66조 제7항에 따른 양도소득세 이월과세 대상에 해당하지 않음을 전제로 실제 원고가 부담해야 하는 양도소득세를 계산하여 부과한 것에 불과하므로 이 사건 처분이 실질과세원칙에 위배된다고 볼 여지도 없다. 원고의 위 주장 또한 받아들일 수 없다.

다. 소결론

이 사건 법인이 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립된 영농조합법인이 아니라고 보아 원고의 구 조세특례제한법 제66조 제7항에 따른 이월과세 적용 신청을 부인한 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 하는데, 제1심판결은 이와 결론이 같 아 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.