부산고등법원 2002. 2. 1. 선고 2001누3259 판결 [취득세등부과처분취소]

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 변론의 전취지에 의해서도 명백히 다투지 아니한 것으로 인정된다.

가.주식회사 삼미(1997. 12. 4. 서울지방법원에서 회사정리절차 개시결정을 받았는데, 이하에서는 위 회사 및 그 정리회사를 구분하지 아니하고 그냥 원고 회사라 한다)는 1991. 11. 12.대명목재공업주식회사(나중에삼미금속주식회사에 합병되었다)와 공동으로해운항만청장으로부터 부산 사하구다대동 316-8앞의 공유수면 142,178㎡에 대한 매립면허를 받은 다음, 1992. 3. 4.부산지방해운항만청장으로부터 공유수면 매립공사에 대한 실시계획인가를 받고,삼림종합건설주식회사에 위 매립공사를 도급하여 이를 시공하게 하였다.

나. 원고 회사는 위 매립공사가 완공되자 1998. 7. 20.삼미금속주식회사(이하삼미금속이라 한다) 및삼림종합건설주식회사와 함께부산지방해양수산청장으로부터 매립면적 140,022.5㎡에 대한 준공인가를 받는 한편, 위 매립공사와 관련하여 취득한 토지의 취득세 및 등록세 등을 신고납부하였다.

다. 피고는 2000. 8. 16. 원고에 대하여, ‘원고 회사가 위 매립공사와 관련하여 취득한 토지의 취득세 및 등록세 등을 신고납부함에 있어, (1)삼미금속과 공유하던 부산 사하구다대동 1575잡종지 10,316.5㎡를같은 동 1575잡종지 2,589.9㎡와같은 동 1575-1잡종지 7,726.6㎡(이하 위 1575-1 토지를 이 사건 1. 토지라 한다)로 각 분할하여 이 사건 1. 토지를 원고 회사 명의로 등기하면서, 그에 대한 등록세의 과세표준을 별지 1.나.항 기재구 지방세법 제130조 제3항,제111조 제5항 제3호의 규정에 따라 사실상의 취득가격인 법인장부상 가액에 의하여 산정하여야 함에도 불구하고같은 법 제130조 제2항의 규정에 따라 시가표준액에 의하여 산정하였고, (2) 부산 사하구다대동 1585잡종지 3,683.4㎡,같은 동 1588잡종지 4,365.8㎡ 및같은 동 1589잡종지 3,689.9㎡(이하 위 토지 3필지를 통틀어 이 사건 2. 토지라 한다)를 취득하고서도 그에 대한 취득세 신고를 누락하였다’는 등의 사유로, 취득세 78,864,320원 및 농어촌특별세 7,229,

220원, 등록세 35,903,870원 및 교육세 6,582,350원(각 가산세 포함)을 각 부과·고지하였다.

라. 원고는 위 부과처분에 불복하여 심사청구를 제기하였는데, 행정자치부장관은 2000. 10. 31. ‘위 매립공사를 시행하면서 지출한 부가가치세 3,440,363,636원은 취득가액에서 제외하여야 한다’는 이유를 들어, 원고에 대한 위 부과처분을, 취득세 63,924,

650원 및 농어촌특별세 5,859,750원, 등록세 23,743,920원 및 교육세 4,353,030원으로 각 감액하는 내용의 경정결정을 하였고, 이에 따라 피고는 같은 해 11. 29. 원고에 대하여 행정자치부장관의 경정결정내용대로 감액경정하였다(이하 당초 처분일자인 2000. 8. 16.을 처분일자로, 감액경정에 따라 감액된 세액을 부과세액으로 한 것을 이 사건 처분이라 한다).

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장하면서, 그 위법 부분의 취소를 구하고 있다.

(1) 등록세 및 교육세 부분

이 사건 1. 토지의 취득은 공유물 분할로 인한 취득으로서 무상취득에 해당하고,구 지방세법 제111조 제5항 제3호에는, ‘증여·기부 기타 무상취득의 경우’는 사실상의 취득가격인 법인장부상 가액에 의하여 과세표준으로 하는 경우에서 제외한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 1. 토지에 대한 등록세의 과세표준은 법인장부상의 가액이 아니라 시가표준액에 의하여야 한다.

(2) 취득세 및 농어촌특별세 부분

(가) 이 사건 2. 토지는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지로서 별지 1.가.항 기재구 공유수면매립법 제14조,제15조,같은 법 시행령 제20조등의 규정에 의하여 준공인가시에 국가가 이를 원시취득한 것이지 원고 회사가 취득한 것이 아니므로, 이에 대하여는 원고에게 취득세를 부과할 수 없다.

(나) 설령 원고 회사가 이 사건 2. 토지를 일단 취득한 것으로 본다 하더라도, 이 사건 2. 토지는 매립면허에 부가된 면허조건에 의하여 국가가 매립공사로 인하여 불용으로 되는 국유지에 갈음하여 이를 취득하게 되어있던 것으로서 원고 회사는 이러한 국가 귀속을 조건으로 이를 취득하였던 것에 불과하므로, 이 사건 2. 토지는구 지방세법 제106조 제2항소정의 국가 귀속을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세대상에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 1.항 기재와 같다.

다. 사실 관계

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑2, 3호증, 갑4, 5호증의 각 1, 2, 갑7호증의 1 내지 5, 을4, 23호증의 각 1, 2, 을5, 6호증, 을22호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정된다.

(1)해운항만청장은 위 1.가.항 판시의 공유수면 매립면허를 함에 있어서 16개항의 면허조건을 붙였는데, 그 면허조건 제9, 10항은 아래와 같다.

(가) 면허조건 제9항 : 불용 국유지의 교환에 관한 것으로, 본 매립면허로 인하여 관리목적을 상실하게 되는 해운항만청 관리 국유재산(부산 사하구다대동 120-14외 4필지 등)에 대하여는 항만운영 효율제고를 위해 필요한 매립지와 교환할 수 있고, 대상 국유지, 교환조건, 교환위치 및 시기 등 제반사항은 실시계획 인가시부산청장(부산지방해운항만청장을 가리킴)의 결정에 따라야 한다.

(나) 면허조건 제10항 : 국유화 및 유지보수에 관한 것으로, 1) 본 매립지 내의 부두운영에 필요한 공공시설부지 8,216㎡를 포장하여 준공과 동시에 국가(해운항만청)에 귀속하여야 하고, 2) 본 매립공사 준공과 동시에 안벽, 에이프론, 파제제, 해안도로, 도시계획도로, 배수(하수)시설 및 기타 공공이용에 필요한 시설은 국가 및 지방자치단체에 귀속하되, 이의 유지보수는 준공인가일로부터 5년간 피면허자의 부담으로 하여야 하고, 귀속대상 및 규모는부산청장이 실시계획인가시 정한다.

(2)부산지방해운항만청장은 1992. 3. 4. 위 면허조건 제9항의 취지를 반영하여 그 인가조건 중의 하나로 ‘본 매립으로 인하여 관리목적을 상실하는 국유지(11,525㎡)는 공유수면매립법 제14조에 의해 국가 귀속되는 부지와 인접한 곳의 매립지와 감정가에 의해 매립준공시 등가교환하며 이에 따른 제비용은 피면허인이 부담하여야 한다’라는 인가조건을 붙여 공유수면 매립공사에 대한 실시계획인가를 하였다.

(3) 원고 회사와삼미금속은 1998. 4. 22. 위 (1)(가)항 판시의 면허조건 제9항 및 위 (2)항 판시의 인가조건의 이행을 위하여공유수면매립법 제15조에 따라 국가(부산지방해양수산청장)와의 사이에 ‘국가(부산지방해양수산청장)는 공유수면 매립공사 준공인가 즉시 원고 회사 및삼미금속에게 부산 사하구다대동 120-18잡종지 628㎡,같은 동 120-19잡종지 5,699㎡ 및같은 동 120-23잡종지 4,030㎡(이하 위 토지 3필지를 통틀어 이 사건 불용 국유지라 한다)를 인계한다’는 내용의 양여계약을 체결하였다.

(4) 원고 회사와삼미금속은 위 1.나.항 판시의 매립공사 준공인가 즉시 위 양여계약에 따라 이 사건 불용 국유지를 국가로부터 취득하고, 그 대신 이 사건 2. 토지를 국가에 귀속시켰는데, 이 사건 2. 토지에 관하여는 같은 해 9. 4. 국가 앞으로 소유권보존등기가 경료되었다.

(5)부산지방해양수산청장은 위 매립공사 완공 무렵 원고 회사 등이 지출한 사업비 등을 정산한 결과, 그 사업비(구 공유수면매립법 제14조 제1항)는 43,492,362,829원(순공사비 27,791,790,115원 + 조사비 1,919,909,820원 + 보상비 1,808,500,000원 + 기타 비용 11,972,162,894원)이고, 총사업비(같은 법 시행령 제20조 제2항)는 52,847,570,072원(사업비 43,492,362,829원 + 이윤 4,349,236,282원 + 건설이자 5,005,970,961원)으로, 그 총사업비가 공용 및 공공부지 69,403.5㎡를 제외한 나머지 매립지 70,619㎡(여기에는 이 사건 2. 토지가 포함되어 있다)의 감정가격을 상회함으로써 잔여매립지가 남지 아니하여 결과적으로 원고 회사 등이 취득할 매립지는 70,619㎡가 되는 것으로 나타났고, 1998. 7. 20. 이러한 정산결과를 토대로 위 1.나.항 판시의 매립공사 준공인가를 하였다.

(6) 그런데 원고 회사 등이부산지방해양수산청장으로부터 교부받은 준공인가필증에는, ‘매립공사의 준공면적이 모두 140,022.5㎡로서, 그 중 사유지는 70,619㎡{매립자 취득 : 58,879.9㎡, 국가귀속(국유지와 교환) : 11,739.1㎡(이 사건 2. 토지의 면적과 같다)}이고, 공공부지는 69,403.5㎡인 것’으로 기재되어 있고, 거기에 첨부된 매립준공인가 내역에는, ‘이 사건 2. 토지는 그 소유자가 국가(해양수산부)로서, 국가가구 공유수면매립법 제14조및같은 법 시행령 제20조에 근거하여 이를 취득한 것’으로 기재되어 있다.

(7) 그리하여 원고 회사와삼미금속은 매립지인 부산 사하구다대동 1573잡종지 7,644.5㎡,같은 동 1575잡종지 10,316.5㎡ 및 이 사건 불용 국유지 등을 공동으로 취득하게 되었는데, 원고 회사는 위 1.나.항 판시의 매립공사 준공인가 무렵삼미금속과의 사이에, 위 1573 토지에 관하여는 원고 회사 지분 7,644.5분의 60,삼미금속지분 7,644.5분의 7,584.5으로, 위 1575 토지에 관하여는 원고 회사 지분 10,316.5분의 7,726.6,삼미금속지분 10,316.5분의 2,589.9으로, 이 사건 불용 국유지 중 위 120-18 토지에 관하여는 원고 회사 지분 628분의 608,삼미금속지분 20으로, 위 210-19 토지에 관하여는 원고 회사 지분 5,699분의 5,679,삼미금속지분 5,699분의 20으로, 위 120-23 토지에 관하여는 원고 회사 지분 4,030분의 4,010,삼미금속지분 4,030분의 20으로 이들 토지의 각 지분을 취득하기로 하고 나중에 그 지분에 따라 이들 토지를 분할하여 각각 단독소유하기로 약정하고, 이에 따라 이들 토지에 대하여 위와 같은 내용대로 공유지분보존등기를 각 경료하였다.

(8) 그 후 원고 회사는 1998. 11. 19.삼미금속과의 사이에 위 1573 토지 중 원고 회사 지분과 이 사건 불용 국유지 중삼미금속지분을 서로 교환하기로 하는 한편, 그 무렵 위 1575 토지를 그 소유 지분에 상응하는 면적만큼씩 분할하여 그 분할된 토지를 각각 단독소유로 하기로 합의한 다음, 같은 해 12. 7. 위 1575 토지를 이 사건 1. 토지와같은 동 1575잡종지 2,589.9㎡로 분할등기하고, 같은 달 10. 이 사건 1. 토지는 원고 회사 앞으로, 분할된 1575 토지는삼미금속앞으로 같은 달 8. 공유물 분할을 원인으로 한 소유권등기를 각 경료하였다.

라. 판단

(1) 위 가.(1)항 주장 부분(등록세 및 교육세 부분)

등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기 등의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부에 관계없이 그 외형상의 요건을 갖춘 등기 또는 등록행위 자체를 과세객체로 하는 조세인 점, 공유물 분할의 경우 법률상 공유자 상호간의 지분의 교환 또는 매매로서의 성질을 띠고 있는 점, 위 다.항 판시의 사실 관계에 나타난 이 사건 1. 토지에 관한 공유물분할등기의 과정 즉, 원고 회사가삼미금속과 함께 이 사건 1. 토지를 비롯한 매립지 등을 공동으로 취득하고서도 그 매립지 중에서 이 사건 1. 토지 부분을 그 단독 소유로 하기 위하여, 그 방편으로, 분할 전의 토지에 원래의 소유지분을 넘는 공유지분등기를 경료한 다음 이에 기하여 곧바로 공유물 분할을 한 점 등에다가구 지방세법 제111조 제5항,제130조 제1항,제2항,제3항,제131조 제1항등 관계 규정의 내용과 규정 체제 및 취지 등을 종합해 보면, 이 사건에서와 같은 공유물 분할로 인한 소유권 취득의 경우같은 법 제130조 제3항,제111조 제5항본문 소정의 ‘증여·기부 기타 무상취득’에 해당하는 것으로 보기 어려우므로, 이 사건 1. 토지의 취득가격이같은 법 시행령 제82조의2 제1항 제2호소정의 법인장부에 의하여 입증되는 이 사건에 있어서, 그 등록세 과세표준은 시가표준액이 아니라 그 법인장부상의 취득가격으로 함이 상당하다.

따라서, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 위 가.(2)항 주장 부분(취득세 및 농어촌특별세 부분)

(가) 위 가.(2)(가)항 주장 부분

구 공유수면매립법 시행령 제20조 제4항에는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지의 국가 귀속에 관하여는 면허관청이 면허조건으로 지정하도록 규정하고 있는 점,해운항만청장이 매립면허시 부여한 조건들 중 제9항과 제10항을 대비하여 볼 때에, 공용 또는 공공의 용에 필요한 매립지의 국가 귀속에 관한 면허조건을 규정한 것은 제10항인 것으로 보이며, 제9항은 매립자가 ‘취득’할 토지와 불용 국유지의 교환에 관한 면허조건에 불과한 것으로 보이는 점{매립지의 국가 귀속에 관한 사항은 매립면허 조건으로만 이를 정할 수 있는 것이므로(대법원 1985. 5. 28. 선고 81다카490판결참조), 준공인가 내역 등에 그와 다른 기재가 되어 있다 하더라도 이와 달리 볼 수 없다},부산지방해양수산청장이 이 사건 2. 토지를 공용 또는 공공용으로 사용하는 데 필요한 부지에서 제외하여 정산대상으로 삼은 다음 위 토지를 포함한 70,619㎡를 매립면허를 받은 원고 회사 등이 취득하는 것으로 결정한 바 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 2. 토지가 공용 또는 공공용으로 사용하는 데 필요한 토지로서 국가가 준공인가와 동시에 원시취득한 것이라고 볼 수는 없다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 위 가.(2)(나)항 주장 부분

위에서 본 바와 같이 국가가 아니라 원고 회사가 준공인가와 동시에 이 사건 2. 토지를 취득하였다고 하더라도,구 지방세법 제106조 제2항의 내용 및 취지와 위 다.항 판시의 사실 관계에서 나타난 다음과 같은 사정 즉, 원고 회사가 매립면허를 받을 당시부터 일부 매립지를 불용 국유지와 교환하는 것을 조건으로 매립면허를 받았고, 그와 같은 조건은 실시계획 인가시에도 여전히 유지되었던 점, 그 이후 원고 회사가 준공인가와 동시에 이 사건 2. 토지의 소유권을 취득한 다음 국가와 사이에 체결한 양여계약에 따라 그 즉시 위 토지를 국가에 귀속시키고 이 사건 불용 국유지를 양여받았던 점, 이와 같은 사정으로 인하여 이 사건 2. 토지의 소유권보존등기도 국가 앞으로 경료되었던 점을 종합해 보면, 원고 회사의 이 사건 2. 토지의 취득은구 지방세법 제106조 제2항소정의 국가 귀속을 조건으로 취득한 것으로 봄이 상당하고, 비록 원고 회사가 국가로부터 이 사건 불용 국유지를 양여받고 이 사건 2. 토지를 국가에 귀속시켰다 하더라도 이와 달리 볼 수는 없다.

따라서, 원고 회사의 이 사건 2. 토지의 취득은 위 규정 소정의 취득세 비과세대상에 해당한다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(다) 정당한 세액

이에 따라 이 사건 처분의 취득세 및 농어촌특별세 부분의 정당한 세액을 산출하면, 별지 2.항 기재와 같이 취득세 9,827,650원, 농어촌특별세 900,870원이 된다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중에서 위 2.라.(2)(다)항 판시의 정당한 세액을 초과하는 취득세 및 농어촌특별세 부분만 위법하므로, 원고의 이 사건 청구 중 위 위법 부분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소와 원고의 부대항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.