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대통령령 재정경제부 시행 2026. 7. 1.
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조세특례제한법 시행령 제28조 (중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

①법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2010.2.18, 2013.2.15>

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

②법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18, 2025.12.30>

③법 제31조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29, 2025.12.30>

④법 제31조제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지 및 「지역중소기업 육성 및 혁신촉진에 관한 법률」 제23조에 따른 중소기업특별지원지역(이하 "중소기업특별지원지역"이라 한다)의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도까지 그 감면을 받을 수 있다. <개정 2000.1.10, 2015.2.3, 2016.9.29, 2022.1.25, 2024.2.29>

⑤법 제31조제4항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인은 제5조제26항 또는 제61조제7항을 준용하여 감면신청을 하여야 한다. <개정 2013.2.15, 2018.8.28, 2019.2.12, 2020.2.11>

⑥법 제31조제5항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30>

⑦법 제31조제5항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인의 감면신청에 관하여는 제60조제5항 또는 제65조의 규정은 이를 준용한다. <개정 2001.12.31, 2010.2.18, 2013.2.15>

⑧법 제31조제6항의 규정에 의하여 미공제세액을 승계한 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자의 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다. <개정 2002.12.30>

⑨ 통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 제2항의 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제31조제7항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <신설 2013.2.15>

1. 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 통합법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 삭제 <2018.2.13>

4. 통합법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

⑩ 법 제31조제7항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2013.2.15, 2014.2.21, 2015.2.3, 2018.2.13>

1. 법 제31조제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 "해당 내국인"이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

2. 해당 내국인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

3. 해당 내국법인이 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

4. 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

5. 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

6. 해당 내국인이 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우

⑪ 제10항제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 내국인으로 보아 법 제31조제7항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다. <신설 2015.2.3>

개정연혁

이 조문의 문언이 바뀐 시행본입니다. 누르면 그 시점의 문언을 볼 수 있습니다.

이 조문을 인용한 판례 28건

수원지방법원 2024구합672532026. 1. 15.
양도소득세부과처분취소

령령이 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.”라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제29조 제5항, 제28조 제1항 제2호에 의하면 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있도록 하되, 새로 설립되는 법인의 자본금이

서울고등법원 2024누684172025. 10. 31.
양도소득세부과처분취소

이 사건에는 적용될 수 없다)』 2. 추가 판단 가. 이 사건 사업장의 사업과 관련하여 발생한 부채만이 공제대상인지 여부 1) 원고는 명문의 규정 없이 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호의 ‘순자산가액’ 산정 시 공제되는 부채를 현물출자 전 사업장의 사업과 직접 관련된 것으로 한정하는 것은 조세법률주의에 위반되고, 이월과세 규정의 적용 여부가 피고의 자의

의정부지방법원 2024구합123872025. 8. 19.
양도소득세부과처분취소

, 같은조 제2항은 ‘제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인경우에만 적용한다’고 규정하고 있다. 구 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호, 제29조제5항에 의하면, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있도록 하되, 새로 설립되는 법인의 자본금이

대법원 2022두532042025. 7. 18.
종합소득세부과처분취소[중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용한 사건]

구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 정한 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’의 의미(=당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 시가 자체)

수원지방법원 2023구단137402024. 7. 10.
양도소득세등 부과처분취소

없으므로 이 사건 법인의 순자산가액은 600,000,000원이고 자본금은 500,000,000원이어서 조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호에 따라 출자한 자본금이 순자산가액보다 이상이어야 한다는 이월과세적용 요건을 충족하지 않는다고 보고 피고에게 감사 결과를 통보하였다. 사. 그러자 피고는 2023. 4. 8. 원고에게

서울행정법원 2023구단791382024. 11. 8.
법인전환에 의한 양도세 이월과세 해당 여부

다’고 하면서, 제2항에서 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다’고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 조특법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제2호, 제29조 제5항은 위 ‘대통령령이 정하는 금액’에 관하여 ‘사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여

서울행정법원 2023구합851232024. 10. 25.
양도소득세부과처분취소

4,813,780,000원[1]보다 크지 않고, ② 신청기간을 도과한 후에 이월과세의 적용을 신청하였으므로 조특법 제31조, 조특법 시행령 제28조 제1항, 제3항에서 정한 양도소득세 이월과세의 요건을 충족하지 못하였다'고 판단하였다. 아. 이에 따라 피고 용산세무서장은 2022. 3. 2. 원고에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 2,028

광주고등법원(제주) 2021누17272022. 1. 12.
양도소득세등부과처분취소

같은 조 제2항은 ‘제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다’고 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행령(2021. 2.17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제2호, 제29조 제5항에 의하면, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자

서울행정법원 2021구합621262022. 5. 17.
양도소득세부과처분취소

018. 5. 31. II세무서장에게 양도소득세를 신고하면서 이 사건 부동산에 관한 양도소득세에 관하여 조세특례제한법 제31조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호 등에 따른 이월과세를 신청하였다. 바. 피고는 2019. 6. 10.부터 2019. 8. 4.까지 세무조사를 실시하면서, 2019. 7. 12. 원고들에게 이 사건 부동산의 순자산가

서울고등법원 2021누693032022. 7. 19.
종합소득세부과처분취소

니라 ‘통합 당시 당사자 사이의 합의에 의하여 정하여진 발행가액’을 의미한다고 인정된다. 결국 원고의 주장은 이유 있다. 가) 이 사건 조항의 전신인 구 조세감면규제법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항 제2호는 이월과세의 요건으로 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여

서울고등법원 2021누367092022. 6. 21.
취득세 등 부과처분 취소(종전 규정에 의한 조세감면 신뢰 및 공적인 견해 표명)

업 간의 통합’에 의한 것에 해당하여 자산 취득으로 인한 취득세 등을 면제받기 위해서는 해당 거래가 구 조특법 제31조 제2항에 의하여 위임받은 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3.대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것,이하‘구 조특법 시행령’이라 한다)제28조 제1항에 정한 요건을 충족하여야 한다.구체적으로 위 시행령 제28조 제1항은‘사업을

제주지방법원 2020구합56872021. 7. 6.
양도소득세등부과처분취소

계 법령의 규정 및 관련 법리 이 사건에 관계된 법령의 규정 내용은 [별지] 기재와 같다. 그 중 구 조세특례제한법 제32조, 구 조세특례제한법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제2호, 제29조 제2항, 제5항에 의하면, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업

서울행정법원 2020구합851082021. 10. 12.
종합소득세부과처분취소

세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제31조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제28조 제1항에 따라 중소기업 간의 통합으로 인한 양도소득세 이월과세를 적용받았다. 바. 원고는 소

인천지방법원 2017구합500692018. 1. 25.
양도소득세등부과처분취소

, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제5항,제28조 제1항 제2호 등에 따른 이월과세를 신청하였다. 그런데 피고는 원고가 이 사건 법인 설립 직전인 2012. 6. 29. SC은행으로부터 대출받은 단기차입금 1,855,000,000원(위 대출금 채

대법원 2018두401882018. 7. 20.
취득세등부과처분취소

구 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1항, 제2항 및 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에 따라 중소기업 간의 통합에 의하여 존속하는 법인이 통합으로 인하여 소멸하는 기업으로부터 취득하는 사업용 재산에 관한 취득세를 면제받기 위한 요건 및 이때 사업용 재산 취득 이후 ‘통합의 대가로 취득하는 주식’이 ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식’에 포함되는지 여부(적극) / 존속하는 법인이 발행하여 소멸하는 기업의 중소기업자가 취득한 주식이 이러한 주식에 해당하는지를 판단하는 방법

창원지방법원 2016구합518232017. 5. 30.
양도소득세등부과처분취소

다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당 액을 법인세로 납부하는 것을 의미하고, 구 조세특례제한법 제32조, 구 조세특례제한법시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제2호, 제29조 제4항에 의하면, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자

수원지방법원 2016구단80922017. 3. 8.
양도소득세부과처분취소

같은 조 제2항은 “제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다”고 규정하고 있다. 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제2호, 제29조 제5항에 의하면 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업

서울행정법원 2016구합687862017. 9. 15.
취득세등부과처분취소

액 11,847,644,277원보다 낮아 이 사건 각 부동산이 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1, 2항, 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 정한 취득세 면제요건을 충족하지 못하였다고 보아 원고에게 취득세 942,932,070원, 농어촌특별세 38,629,810원 합계 981,561,880원을 부과하였다(이하 ‘이 사

전주지방법원 2013구합6252014. 5. 14.
양도소득세부과처분취소

3,675원(= 23,981주×27,175원)으로 각 산정하여 신주취득가액 651,683,675원이 순자산가액 600,400,080원 이상에 해당한다고 주장하면서 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제28조 제1항 제2호에 따라 2008년 귀속 양도소득세 이월과

창원지방법원 2013구합207812014. 1. 28.
존재하지 아니하는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 부적법함.

를 수정하였으므로, 하자가 치유되었다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 구 조세특례제한법 제31조 제3항, 같은 법 시행령 제28조 제3항에 의하면 이월과세적용을 받으려는 사람은 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고 시 이월과세적용신청서를 제출하여야 한다. 따라서 이월과세적용신청서의 제출이 이월과세의 적용 요건이므로, 단순한

법령 계산식 확대