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대통령령 재정경제부 시행 2026. 2. 27.
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법인세법 시행령 제80조의4 (적격합병 과세특례에 대한 사후관리)

제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리)

① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다. <개정 2017.2.3>

1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다. <신설 2010.12.30>

③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다. <개정 2010.12.30, 2012.2.2, 2018.2.13>

④ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. <개정 2010.12.30>

⑤ 제4항에 따라 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우 합병매수차익 또는 합병매수차손에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다. <개정 2010.12.30, 2025.2.28>

1. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가에 미달하는 경우: 합병매수차익에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하고, 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 익금에 산입

가. 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 익금에 산입

나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 익금에 산입

2. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우: 합병매수차손에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, 제80조의3제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 손금에 산입

가. 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 손금에 산입

나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 손금에 산입

⑥ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 합병법인의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 제85조제1호에 따라 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼며, 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면 또는 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다. <신설 2010.12.30, 2012.2.2>

⑦ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2010.12.30, 2018.2.13>

1. 법 제44조의3제3항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 합병법인이 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 법 제44조의3제3항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 제9항에 따른 주주등이 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 법 제44조의3제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 합병법인이 제80조의2제1항제3호가목부터 다목까지 중 어느 하나에 해당하는 경우

⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. <개정 2010.12.30, 2019.2.12>

⑨ 법 제44조의3제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 제80조의2제5항에 따른 주주등을 말한다. <개정 2010.12.30>

⑩ 법 제44조의3제3항제3호에서 "대통령령으로 정하는 근로자"란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 말한다. <신설 2018.2.13>

⑪ 제1항에 따라 자산조정계정을 계상한 합병법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 자산조정계정에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2010.12.30, 2018.2.13, 2025.12.30>

이 조문을 인용한 판례 14건

서울행정법원 2024구합723602025. 11. 13.
법인세 경정거부처분 취소청구

제3호 가목은 합병법인이적격합병에 따라 취득한 자산의 취득가액을 제80조의4 제1항에 따른 장부가액으로 하도록 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호는 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인으로부터 양수한 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하고, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하

대법원 2022두539212025. 11. 6.
법인세부과처분취소

구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호 각 목의 규정은 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계함에 따라, 각 사업연도 소득금액 및 법인세액을 계산할 때 구체적인 감면 또는 공제의 적용 방법 및 공제의 한도 등을 정한 것인지 여부(적극) / 위 각 목 규정의 존재로 법인세법령 외의 다른 법령에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 구체적인 방법 및 공제 등 범위를 정하는 것이 금지되거나 원천적으로 차단되는지 여부(소극)

서울행정법원 2022구합614652023. 6. 22.
법인세등부과처분취소

시가로 평가한 7,380,192,182원을 차감한 금액인 69,192,439,967원(이하 ‘이 사건 합병매수차손’이라 한다)을 구 법인세법 시행령 제80조의4 제5항 제2호 본문에 따라 2012사업연도 익금에 산입하면서, 이 사건 피합병법인의 “상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치(이하 ‘사업상 가치’라 한다)가 있다고 보아

서울행정법원 2021구합612772023. 7. 6.
경정거부처분 취소청구

사후관리에 있어서는 자산과 부채를 결산서상 시가로 계상하고 시가와 피합병법인의 장부가액과의 차액을 자산조정계정으로 계상하는데(법인세법 시행령 제80조의4 제1항), 이는 향후 적격합병에서 이탈할 경우 비적격합병으로 보아 합병법인에게 세금을 추징하기 위한 것으로, 구 법인세법 제44조의3 제3항은 합병법인이 실제로 적격합병에서 이탈하게 될 경우 적격

서울고등법원 2021누499272022. 7. 6.
법인세부과처분취소

도에 공제받지 못하고 이월된 이 사건 추가공제금액에 대한 세액공제를 승계받아 적용할 수 있다. 구 법인세법 제44조의3 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은 적격합병의 경우 합병법인이 세액공제의 요건을 갖춘 경우에는 피합병법인이 합병 전에 적용받던 세액공제를 승계하여 세액공제의 적용을 받을 수 있다고 규정하고 있어 세액공제의 승계

대법원 2018두543232022. 6. 30.
법인세경정청구거부처분취소

합병법인이 구 법인세법 제44조 제2항의 요건을 갖춘 합병으로 취득한 자기주식을 양도한 경우 양도차익을 계산하는 방법

서울행정법원 2019구합869382021. 6. 1.
법인세부과처분취소

도에 공제받지 못하고 이월된 이 사건 추가공제금액에 대한 세액공제를 승계받아 적용할 수 있다. 구 법인세법 제44조의3 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은 적격합병의 경우 합병법인이 세액공제의 요건을 갖춘 경우에는 피합병법인이 합병 전에 적용받던 세액공제를 승계하여 세액공제의 적용을 받을 수 있다고 규정하고 있어 세액공제의 승계

서울고등법원 2019누405382020. 11. 25.
법인세부과처분취소

사건 분할 당시 시행 중이었던 개정 후 법인세법령이 적용되어야 한다. 그런데 ① 개정 후 법인세법 제44조의3 제3항 단서, 개정 후 법인세법 시행령 제80조의4 제7항 제1호, 제80조의2 제1항 제2호 나목에서는 적격분할에 따른 사업의 폐지를 합병평가차익에 대한 과세이연이 종료되는 ‘사업의 폐지’에 해당하지 않는다고 규정하고 있으므로, 이 사건 분할로

서울고등법원 2020누316772020. 11. 4.
교육세경정거부처분취소

가액을 시가로 계상하되, 시가에 서 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하는 방법으로 처리하도록 규정하고 있기는 하나(구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항, 제82조의4 제1항), 위 규정들은 합병․분할로 인하여 자산을 양수받는 합병법인 또는 분할신설법인의 합병매수차익 또 는 분할매수차익의 처리에 관한 규정으로서 합병․분할을 통해 이전되는 자

부산지방법원 2017구합220852018. 2. 1.
법인세경정청구거부처분취소

입대상이라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다. (가) 법인세법 제44조, 제44조의3, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제80조의4 제1항에 의하면, 이른바 합병매수차익 내지 합병양도차익은 과세하되, 적격합병과 같이 과세이연 요건을 갖추는 경우 피합병법인은 자산을 순자산 장부

대법원 2016두515352017. 1. 25.
취득세등부과처분취소

분할신설법인이 분할법인으로부터 지배목적으로 보유하는 주식과 그와 관련한 자산·부채로 구성된 사업부문을 적격분할의 요건을 갖추어 승계받은 경우, 사후관리를 위하여 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단할 때 지배목적 보유 주식의 가액을 분할법인으로부터 승계한 고정자산가액에 포함시켜 판정하여야 하는지 여부(적극) 및 사업의 폐지 여부는 승계받은 사업 전체를 기준으로 판단하여야 하는지 여부(적극)

수원지방법원 2015구합674112016. 11. 15.
(2016.11.15)

받게 되나, 피고가 상정하는 합병절차에 의할경우에는 아aaaaa가 구 법인세법 제44조 제2항, 제44조의3 제1항, 제3항, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제80조의4 제3항에 따라 적격합병으로 인정되어 과세특례를 받기 위해서는 합병대가의 총합계액 중 합병법인인 원고의 주식 등의 가액이 100분의 8

서울고등법원 2015누593052016. 8. 12.
취득세등부과처분취소

다. ① 제6면 제13행의 “보아야 한다.” 다음에 아래 부분을 추가한다. “또, ‘승계받은 사업을 폐지하는 경우’의 의미는 법인세법 시행령 제80조의4 제8항에 정하고 있는 ‘피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우’에 한정되지 아니하고, 위와 같이 승계받은 당해 사업장과 관련된 사업에 사

서울행정법원 2015구합5092015. 9. 3.
취득세등부과처분취소

령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제82조의4 제7항, 제80조의4 제8항은 일정 기간 내에 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보도록 규정하고 있는바, 위 법인세법 시행령 규정을 이 사건

법령 계산식 확대