서울행정법원 2015. 7. 17. 선고 2015구합53183 판결 [등록세등부과처분취소]

1. 피고가 2013. 7. 10. 원고에게 한 ① 등록세(부동산) 수시분 99,733,860원(등록세 54,199,660원, 가산세 29,815,230원, 지방교육세 15,718,970원), ② 취득세(부동산) 수시분 92,416,360원(취득세 54,199,660원, 가산세 29,815,230원, 농특세 8,401,470원), ③ 재산세(토지) 2010년 9월분 7,010,950원(재산세 4,252,230원, 도시계획세 1,908,280원, 지방교육세 850,440원), ④ 재산세(토지) 2011년 9월분 7,123,980원(재산세 4,329,270원, 과세특례분 1,928,860원, 지방교육세 865,850원), ⑤ 재산세(토지) 2012년 9월분 7,138,090원(재산세 4,331,820원, 과세특례분 1,939,910원, 지방교육세 866,360원), ⑥ 재산세(건축물) 2010년 7월분 1,700,360원(재산세 639,120원, 도시계획세 364,300원, 공동시설세 569,120원, 지방교육세 127,820원), ⑦ 재산세(건축물) 2011년 7월분 1,800,130원(재산세 675,720원, 과세특례분 378,400원, 지역자원시설세 610,870원, 지방교육세 135,140원), ⑧ 재산세(건축물) 2012년 7월분 1,819,250원(재산세 682,780원, 과세특례분 382,350원, 지역자원시설세 617,570원, 지방교육세 136,550원), ⑨ 재산세(건축물) 2013년 7월분 1,764,200원(재산세 662,760원, 도시지역분 371,150원, 지역자원시설세 597,740원, 지방교육세 132,550원)의 각 부과처분을 취소한다.

2. 피고가 2013. 9. 10. 원고에게 한 재산세(토지) 2013년 9월분 10,465,670원 중 8,316,430원(재산세 5,078,848원, 도시지역분 2,221,822원, 지방교육세 1,015,760원)의 부과처분을 취소한다.

3. 피고가 2015. 1. 12. 원고에게 한 ① 취득세(부동산) 수시분 8,136,260원(취득세 5,465,140원, 가산세 2,030,830원, 농특세 640,290원), ② 등록세(부동산) 수시분 6,582,420원(등록세 4,098,850원, 가산세 1,523,130원, 지방교육세 960,440원), ③ 재산세(토지) 수시분(2010년) 1,175,340원(재산세 758,280원, 도시계획세 265,400원, 지방교육세 151,660원), ④ 재산세(토지) 수시분(2011년) 1,194,710원(재산세 770,780원, 도시지역분 269,770원, 지방교육세 154,160원), ⑤ 재산세(토지) 수시분(2012년) 1,211,770원(재산세 781,790원, 도시지역분 273,620원, 지방교육세 156,360원), ⑥ 재산세(토지) 수시분(2013년) 1,235,080원(재산세 796,820원, 도시지역분 278,890원, 지방교육세 159,370원)의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 종교사업을 목적으로 하는 단체로서 원고 소속 용두동교회(이하 '이 사건 교회'라 한다)의 교육관 및 주차장으로 사용할 목적으로 2007. 5. 23. ① 서울 동대문구 용두동 231-2, 231-3, 150-12 토지 및 그 지상 연면적 1,406.53㎡인 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 매매대금 3,808,000,000원에, ② 같은 동 231-8 토지¹⁾ 및 그 지상 건물²⁾을 매매대금 517,200,000원에 취득하고, 구 지방세법(2007. 5. 25. 법률 제8491호로 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항에 따라 감면을 신청하여 취득세 및 등록세를 전액 감면받았다. 또한 원고는 2010. 5. 24. 이 사건 건물의 주차장으로 사용하기 위해 증여를 원인으로 서울 동대문구 용두동 231-1, 150-30 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득한 후 마찬가지로 취득세 및 등록세 합계 15,310,990원을 감면받았다.

나. 피고는 원고가 별지 건물사용내역 목록 기재와 같이 이 사건 건물 연면적 1,406.53㎡ 중 일부인 878.63㎡(= 2층 전체 미사용 면적 383.75㎡ + 3층 일부 미사용 면적 257.67㎡ + 공용부분 중 위 미사용 부분에 해당하는 비율에 따른 환산면적 237.21㎡)를 종교목적에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 위 가.항 기재 부동산의 매매대금 합계액 4,325,200,000원(= 3,808,000,000원 + 517,200,000원)에 부동산중개수수료 13,000,000원을 합한 4,338,200,000원을 취득가액으로 산정하고, 과세표준액을 2,709,983,190원(≒ 4,338,200,000원 × 878.63/1,406.53, 원 이하 버림)으로 산출하였다.

다. 이에 따라 피고는 원고에게, 2013. 7. 10. ① 등록세(부동산) 수시분 99,733,860원, ② 취득세(부동산) 수시분 92,416,360원, ③ 재산세(토지) 2010년 9월분 7,010,950원, ④ 재산세(토지) 2011년 9월분 7,123,980원, ⑤ 재산세(토지) 2012년 9월분 7,138,090원, ⑥ 재산세(건축물) 2010년 7월분 1,700,360원, ⑦ 재산세(건축물) 2011년 7월분 1,800,130원, ⑨ 재산세(건축물) 2012년 7월분 1,819,250원, ⑩ 재산세(건축물) 2013년 7월분 1,764,200원의 부과처분을 하였고, 2013. 9. 10. 재산세(토지) 2013년 9월분 10,465,670원의 부과처분(그중 취소를 구하는 부분은 8,316,430원)을 하였다.

라. 또한 피고는 2015. 1. 12. 원고에게 이 사건 건물의 주차장으로 사용되고 있는 이 사건 토지에 대하여 이 사건 건물 중 직접 사용하지 않는다고 판단한 비율(878.63/1,406.53)에 해당하는 부분에 대한 ① 취득세(부동산) 수시분 8,136,260원, ② 등록세(부동산) 수시분 6,582,420원, ③ 재산세(토지) 수시분(2010년) 1,175,340원, ④ 재산세(토지) 수시분(2011년) 1,194,710원, ⑤ 재산세(토지) 수시분(2012년) 1,211,770원, ⑥ 재산세(토지) 수시분(2013년) 1,235,080원의 부과처분을 하였다(이하 피고가 원고에게 한 위 2013. 7. 10.자, 2015. 1. 12.자 부과처분 및 2013. 9. 10.자 부과처분 중 8,316,430원의 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 건물 전체를 종교목적에 직접 사용하고 있으므로 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령(2007. 7. 23. 대통령령 제20183호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제1호, 제94조 제1항에 의하면, 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하고, 다만 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득 부동산의 전부 또는 일부를 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우, 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있는데, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하는 것이다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 등 참조). 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 참조).

2) 인정사실

가) 피고는 2010. 5. 31. 및 2013. 3. 15. 이 사건 건물이 종교목적에 직접 사용되고 있는지 여부를 조사하기 위해 현장조사를 실시하였다.

나) 이 사건 건물은 이 사건 교회 본당으로부터 약 240m 떨어져 있는 곳에 있고, 이 사건 건물 지하층은 기계실, 보관실, 1층은 관리실, 주차장, 2층은 탁구장, 예능교실, 3층은 예배실, 음악교실, 소그룹실, 찬양연습실, 4층은 물탱크실, 창고로 이루어져 있다.

다) 원고는 이 사건 건물 2층을 사무실에서 탁구장으로 용도변경 신청하여 2011. 5. 6. 공부상 이 사건 건물 2층의 용도가 변경되었다.

라) 원고는 2008. 4. 23. 피고와, 피고로부터 서울 동대문구 용두동 231-4 외 1필지에서 2008. 7. 25.부터 2014. 6. 30.까지 구립 용두청소년독서실의 운영을 위탁받는 내용의 위탁약정을 체결하였고, 2010. 3.부터는 위 구립 용두청소년독서실과 인접한 이 사건 건물에서 화, 수, 목, 금요일에 오후 1:30경부터 7:30경까지 미술, 수학, 독서교실 등의 '방과후교실'을 운영하였다.

마) 원고의 정관에는 원고의 목적사업으로 '전도, 교육, 구호를 위한 사업', '국민정신계발과 사회개발에 관한 사업', '사회교화 및 봉사에 관한 사업', '개체교회에서 경영하는 보육시설, 유치원 사업, 노인복지사업, 아동복지사업' 등이 기재되어 있고, 이 사건 교회의 규약에는 이 사건 교회의 목적사업으로 '전도, 교육, 구호를 위한 사업', '사회교화 및 봉사에 관한 사업', '어린이 유아원, 유치원 사업' 등이 기재되어 있다.

[인정사실] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 10호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 위 인정사실에 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 구 지방세법의 감면규정의 취지 및 특혜규정에 대한 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때 종교목적에 간접적으로 사용되는 재산까지 전부 비과세 대상으로 볼 수는 없고 종교목적에 필수불가결한 재산만이 그 대상이 된다고 봄이 타당하므로, 원고나 이 사건 교회의 목적사업에 사회교화 및 봉사에 관한 사업, 복지사업 등이 규정되어 있다고 하더라도 비과세 대상이 되는 부동산은 예배와 포교 등 종교목적에 필수불가결한 재산에 한정되는 것으로 봄이 타당한 점, ② 종교단체가 종교시설 내에서 개별 교회의 여건에 따라 지역주민을 위한 모임, 운동, 복지, 쉼터 등을 제공하더라도, 이는 유·무료를 떠나 별도의 사회복지단체가 수행하여야 할 사회복지사업을 종교단체가 종교시설을 취득한 목적에 맞지 않게 타 용도로 사용하는 것이므로 그 해당 부동산의 경우 용도구분에 의한 비과세 대상에 해당하지 않는 점, ③ 피고는 이 사건 건물 전체를 비과세 대상으로 본 것이 아니라 탁구장, 예능교실로 구성된 이 사건 건물 2층 전체 및 이 사건 건물 3층 중 청소년부 예배장소로 사용되고 있는 예배실을 제외한 나머지 부분만을 비과세 대상으로 보아 이 사건 처분을 한 점, ④ 원고가 이 사건 건물 2층의 탁구장을 주일학교 학생들의 공부방이나 탁구대회를 위한 장소로 활용하였다고 하더라도 이는 예배와 포교와 같이 종교목적에 필수불가결한 활동이라기보다는 교인을 위한 복지활동 내지 교인들의 친교활동 또는 지역주민을 위한 사회봉사활동을 위한 장소로 보이므로 원고의 종교사업에 직접 사용된다고 보기 어려운 점, ⑤ 원고가 피고로부터 위탁받은 구립 용두청소년독서실은 이 사건 건물이 아닌 이 사건 건물 인근의 서울 동대문구 231-4 외 1필지 지상 건물에서 운영되는 것이고, 원고가 이 사건 건물에서 방과후 교실을 운영하는 것을 종교목적에 필수불가결한 것으로 종교활동의 일환이라고 볼 수도 없는 점을 종합하여 보면, 이 사건 건물 2층 전체 면적, 3층 중 예배실을 제외한 면적 및 이 사건 건물의 주차장인 이 사건 토지 가운데 이 사건 건물 중 직접 사용하지 않는다고 판단한 비율에 해당하는 부분이 원고의 종교사업 자체에 직접 사용되지 않는다고 보아 용도구분에 의한 비과세 대상에서 제외한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.