수원지방법원 2026. 4. 22. 선고 2025구합61044 판결 [법인세부과처분취소]

피고가 2023. 8. 9. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 43,579,940원, 2020 사업연도 법인세 61,329,180원, 2021 사업연도 법인세 57,175,030원(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 1. 3. 방수층 보호재 제조업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사이고, 그 대표이사는 채CC이다.

나. 채CC은 20xx. x. x. 및 20xx. x. x. 원고에게 아래와 같은 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’이라 하고, 개별로는 순번에 따라 ‘이 사건 제○ 특허권’이라 한다)을 양도하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 원고는 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상한 후 아래와 같이 이에 대한 감각상각비를 손금으로 산입하여 2019 내지 2021 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

라. DD지방국세청장은 20xx. x. x.부터 20xx. x. xx.까지, 원고의 2018 사업연도 내지 2021 사업연도를 대상으로 법인통합조사를 실시하였다. DD지방국세청장은 아래와 같이 피고에게, 원고가 이 사건 특허권의 실질적 소유자임에도 채CC으로부터 이 사건 특허권에게 양도대금을 지급함으로써 법인자금을 부당하게 유출하였다는 내용 등의 법인통합조사 실시 결과를 통보하였다.

마. 피고는 2023. 8. 1. 법인세법 제52조 제1항 등에 따라 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하는 행위를 부인한 후 이 사건 특허권에 대한 감가상각비를 손금불산입하는 등으로, 원고에게 아래와 같이 2019 내지 2021 사업연도 법인세 합계 162,084,150원을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)1)하였다.

바. 원고는 2023. 10. 19. 이 사건 처분 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2024. 11. 11. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 10호증, 을 제1 내지 3, 8, 12호증(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 특허권의 대상이 된 발명의 발명자는 원고가 아니라 원고의 대표이사인 채CC이고, 원고는 그 필요에 따라 채CC으로부터 이 사건 특허권을 양수한 것일 뿐이다. 이 사건 계약은 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이 아니므로 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

1) 원고가 이 사건 소로서 취소를 구하는 이 사건 처분의 고지세액은 162,084,150원이나, 원고가 다투고 있는 이 사건 특허권에 관한 감가상각비 손금불산입으로 인한 부분은 본문 아래 표에서 보는 바와 같이 86,761,820원에 불과하다.

4. 판단

가. 관련 법리

법인세법 제52조에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조). 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시․부가․보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언․지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320 판결 등 참조). 그리고 발명자에 해당하는지 여부는 특허출원서의 발명자란의 기재 여부와 관계없이 실질적으로 정해지는 것이다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011도10525 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거, 갑 제9호증, 을 제4, 내지 7, 9 내지 11, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정에 비추어 볼 때, 원고가 채CC과 이 사건 계약을 체결함으로써 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되므로 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장을 받아들이지 않는다. ① 아래와 같은 이유로 채CC이 이 사건 특허권의 대상이 된 발명의 발명자라고 보기 어렵다. 발명자로 보기 어려운 사람으로부터 특허권을 양수하는 내용의 이 사건 계약을 체결하는 행위가 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다. ㉮ 채CC은 이 사건 특허권의 대상이 된 발명과 관련하여 연구개발 일지, 아이디어 스케치, 시제품 제작 등 연구개발 관련 자료를 보관하고 있지 않고, 발명, 개발,연구활동 등에 소요된 비용을 증빙할 수 있는 자료도 제출하지 못하고 있다. ㉯ 앞서 본 바와 같이 이 사건 제2 특허권의 출원일은 2016. 9. 23.인데, 원고는 그 이전인 2016. 7. 25. EE테크에 대하여 이 사건 제2 특허권의 대상이 된 발명과 관련한 기계의 제작을 발주한 바 있기도 하다. 이와 관련하여 EE테크는 약 7,000만원의 비용을 원고에게 청구하였을 것으로 보이고, 여기에 채EE이 어떠한 비용을 부담하였다고 볼 만한 자료가 제출되지 않았다. ㉰ 원고는 이 사건 계약이 체결되기 이전인 2018. 7. 13. 주식회사 FF, 주식회사 GG 등에게 ‘특허권의 침해에 대한 경고장’을 발송하였고, 그 경고장에 원고가 이 사건 제1, 2 특허권의 특허권자임을 명시하고 있다. ② 설령 채CC이 이 사건 특허권의 대상이 된 발명의 발명자라고 하더라도, 이는 직무발명으로서(발명진흥법 제2조 제2호), 원고는 무상의 통상실시권을 가지게 된다(발명진흥법 제10조 제1항). 원고가 채CC에게 16억 8,000만 원이라는 거액을 지급하면서까지 이 사건 특허권을 이전받는 행위가 경제적으로 합리적이라고 볼 만한 특별한 사정을 발견하기 어렵다. ③ 원고는, 통상실시권은 단지 특허권을 사용할 수 있는 권한일 뿐, 배타적 사용권을 확보하고 제3자의 침해에 대한 대응하는 등 특허권 침해나 분쟁을 해결하기 위하여 원고에게 특허권 이전이 필수적이라 주장한다. 그러나 이러한 대응은 채CC 개인이, 또는 원고가 채CC을 대위하거나 그 위임을 받아 충분히 이루어질 수 있으므로, 위와 같은 거액의 돈을 지급해야만 하는 사정으로 보기는 어렵다. 설령 원고가 주장하는 바와 같이 특허권 이전이 필수적이라고 하더라도 이미 앞서 본 바와 같이 이 사건 특허권의 대상이 된 발명을 함에 있어 원고가 자본적으로 기여한 부분이 존재하고, 원고가 이 사건 특허권에 대한 통상실시권을 가지고 있었으므로 이러한 사정이 이 사건 계약에서 정하는 양도가액에 반영되어야 한다. 그런데 이 사건 계약에서는 이 사건 특허권의 감정평가액을 그대로 양도금액으로 정하였고, 이러한 점에서도 이 사건 계약이 경제적으로 합리적이라고 보기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.