서울고등법원 2022. 6. 10. 선고 2020누66710 판결 [양도소득세부과처분취소]

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 7. 1. 원고 김AA에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 416,301,430원(가산세 포함)의 부과처분 및 원고 김BB에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 974,335,670원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심판결의 이유 부분 1.항 기재와 같으므로(제1심판결문 별지 1 목록 포함), 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

구 조세특례제한법 제66조 제4항 관련 주장이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 그 해당 부분을 아래와 같이 고치거나 추가하는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 2.의 가.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제4쪽 제18행의 “영조합법인”을 “영농조합법인”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제5쪽 마지막 행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『3) 원고들이 이 사건 토지의 현물출자에 대하여 구 조세특례제한법 제66조 제4항에 따른 감면배제를 하여 양도소득세를 신고․납부한다는 것은 애초부터 기대가능성이 없는 것이었고, 또한 원고들로서는 이 사건 토지의 현물출자 당시 원고들의 현물출자가위 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 감면요건을 충족하지 못한다는 사실을 알지 못하였을 뿐만 아니라 알 수도 없었다. 이와 같이 원고들의 경우에는 이 사건 현물출자에 대한 양도소득세 신고․납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 적어도 가산세 부분은 취소되어야 한다.』 구 조세특례제한법 제69조 제1항 관련 주장 원고들은 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였음에도 피고는 양도소득세 감면 적용을 배제하고 이 사건 각 처분을 하였는바, 위 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결문 별지 2 관계 법령 기재와 같다. ■ 구 조세특례제한법(2015. 6. 22. 법률 제13372호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. ③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. ■ 구 조세특례제한법 시행령(2016. 1. 22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. ■ 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위등) ① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

다. 원고들의 주장에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심판결문 제12쪽 제6행부터 제14쪽 제6행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 2.의 다.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다. 『㈎ 원고들은 변OO, 김CC이 농업인인 사실이 각 농업경영체 등록확인서에 따라 증명된다고 주장한다. 그러나 농업경영체 등록확인서는 구 농어업경영체법 제4조, 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 3. 24. 농림축산식품부령 제203호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 농어업경영체법 시행규칙’이라 한다) 제3조에 따라 농업경영체가 등록신청을 하면 국립농산물품질관리원장이 농업경영체가 신청한 등록신청서에 따라 농업경영정보 등록부를 작성하고, 신청인에게 발급하여 주는 것으로, 국립농산물품질관리원장에게 신청한 농업경영정보의 진위 여부를 확인할 의무를 부과하고 있지 않으므로(2020. 8. 25. 농림축산식품부령 제444호로 개정된 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙 제3조 제4항은 위와 달리 국립농산물품질관리원장이 등록신청서를 받으면 등록신청 정보의 사실 여부를 확인하여 사실과 부합하면 농업경영정보 등록부를 작성하도록 변경되었다), 농업경영체 등록확인서에 기재된 농업경영정보가 실질에 부합한다고 단정하기 어렵다. ㈏ 농업경영체 등록확인서에는 김CC이 OO OO구 OO로 OO, OO동 OO호(OO, OO아파트)에 거주하면서, OO OO구 OO동 소재 농지 2,648㎡에서 농산물을 생산한다는 취지로 기재되어 있으나(갑 제8호증 참조), 앞서 인정한 바와 같이 김CC은 금융업에 종사하는 고액급여소득자로, 2006년부터 2019년까지 연평균 2억원이 넘는 근로소득을 얻었고, 2006년부터 2015년까지로 보더라도 연평균 1억원이 넘는 근로소득을 얻었으므로, 금융회사의 근로에 종사하는 것과 별도로 면적이 2,648㎡에 달하는 농지에서 농산물을 생산하였다고 보기 어렵다. [갑 제36, 37호증의 각 기재에 따르면, 김CC이 2013. 5. 23.까지 OO 한국지점을 사업장으로 하는 건강보험 직장가입자였다가 2014. 5. 1. OO 주식회사를 사업장으로 하는 직장가입자가 된 사실 및 2013. 12. 20. OO대학교 OO대학원의 위탁교육기관인 OO(주)의 농업경영아카데미 제1기 농업법인․그린벨트 전문 CEO 과정을 수료한 사실 등이 인정되고, 앞서 본 바와 같이 김CC의 2013년도 근로소득은 77,548,502원, 2014년도 근로소득은 21,600,000원, 2015년도 근로소득은 53,400,000원에 그친 사실도 인정되나(다만 2011년도의 경우 근로소득이 합계 104,622,665원이었고, 2016년도의 경우 138,900,000원, 2017년도는 246,400,000원, 2018년도의 경우 합계 726,866,656원으로 증가되었다), 그러한 사실만으로 김CC이 2015년경 위 농지를 경영하거나 경작하였다거나, 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만 원 이상이었다거나, 1년 중 90일 이상 농업에 종사하였다거나, 영농조합법인의 농산물 출하․유통․가공․수출활동에 1년 이상 계속하여 고용되었다거나, 농업회사법인의 농산물 유통․가공․판매활동에 1년 이상 계속하여 고용되었던 사람으로 볼 수는 없다.] 한편 원고들은, 김CC이 농업경영주로서 위 농지를 임대하여 경작하였다는 취지로도 주장하나, 김CC이 위 농지를 타인에게 임대하였다고 볼 만한 아무런 증거가 없다. 또한 원고들은, ① 김CC 소유의 농지에서 아로니아, 오가피, 고추, 감자 등의 농작물이 경작되었던 점은 농지의 현황사진, 김CC으로부터 그 소유의 농지를 현물출자 받은 KKK이 2017년경 위 농지의 일부수용과 관련하여 농작물에 대한 보상을 받은 사실이 있는 점 등에 비추어 명백할 뿐만 아니라, ② 피고 역시 김CC 소유의 농지에서 농작물이 경작된 점에 대하여는 특별한 이의를 제기하지 않고 있고, ③ 김CC은 그 소유 농지의 경작과 관련하여 OO농협으로부터 2012년도부터 2015년도 사이에11,600,000원 상당의 퇴비(가축분, 유박, 일반퇴비 등)를 구입한 사실이 있으며, 위 퇴비구입과 별도로 위 기간 동안에 1,097,780원 상당의 비료를 구입한 사실이 있고, 농작업에 필요한 농기구를 구입하여 사용한 사실이 있으며, ④ 김CC이 비록 금융업에 종사하고 있었다고 하더라도, 부모인 원고 김AA과 변OO이 앞서 본 바와 같이 김CC 소유의 농지가 소재하는 곳에서 농막을 짓고 수시로 기거하면서 농사를 짓고 있었기에 김CC도 주말은 물론이고 주중에 수시로 위 장소로 가서 농사일을 거들 수밖에 없는 처지였는바, 김CC이 그 소유의 농지를 자기의 책임과 계산 하에 부모인 원고 김AA과 변OO의 도움을 받아 경영하거나 1년 중 90일 이상의 기간을 농업에 종사하였다고 보아야 한다고 주장한다. 그러나 ① 농업경영이란 자기의 계산과 책임으로 농업을 영위하는 것을 의미하고, 단순히 농지를 보유하고 있다고 하여 곧바로 농업을 경영하고 있다고 볼 수는 없으며, ② 앞서 본 바와 같이 김CC은 금융전문직 종사자로 2006년부터 2019년까지 증권사, 자산운용사 등으로부터 고액의 급여를 받고 있었던 이상, 막연히 부모님 등의 농사를 도왔다고 하여, 자기의 책임과 계산 하에 농업을 영위한 것으로 볼 수 없다[원고 김AA은 세무조사 과정에서, ‘아들인 김CC이 상무이사로 근무하는 것으로 알고 있고, 농업에 종사하는 것을 어릴 적부터 좋아했다’는 취지로 진술하였고, 원고 김BB은 세무조사 과정에서 ‘조카 김CC은 고등학교 1학년 때 미국으로 유학을 갔고 방학 때 국내에 올 때 방송국 번역 일을 할 정도로 영어실력이 뛰어나며, 수시로 틈나는 대로 같이 일을 도와주고 본인이 필요한 것 있으면 수확해 갔다’는 취지로 진술하였는바(을 제1호증의 1, 2 참조), 원고들의 진술 자체로부터 보더라도 김CC은 시간이 나면 농사를 도와주고, 일부 수확물을 가져간 것으로 보일 뿐이다]. 또한, ③ 원고들이 제출한 농지의 현황사진(갑 제21호증의 1 내지 5)은 사진을 찍을 당시 농지의 상태만을 보여주는 것이고, 누가 실제 그 농지를 경작․경영한 내역을 보여주는 자료가 아니며, KKK의 농작물보상 내역(갑 제22호증)도 마찬가지로 KKK의 농작 사실에 관한 것이지 김CC 개인이 현물출자 이전에 농업에 종사하였다는 것을 뒷받침하는 자료로 볼 수는 없고, ④ 김CC의 구매내역(갑 제23 내지 27호증 등)을 보더라도, 당시 김CC 소유의 농지가 소재하는 곳에서 농막을 짓고 수시로 기거하면서 농사를 짓고 있었던 아버지인 원고 김AA이 사용한 비료․퇴비나 농기계를 아들인 김CC 명의로 구입한 것으로 보일 뿐이며, 나아가 그러한 구매내역 만으로 김CC이 어떠한 작물을 재배하면서 농업경영을 한 것인지도 알 수 없다. ⑤ 더구나 농업경영체등록 정보열람 시스템에 김CC은 2015. 7. 31. 농업경영체 등록에서 제외된 사실도 알 수 있다(을 제15호증의 3 농업경영체등록 정보열람 참조). 따라서 김CC을 구 농어업경영체법 및 구 농업식품기본법령상의 요건을 갖춘 농업인으로 볼 수 없다. ㈐ 앞서 인정한 바와 같이 김EE은 2013년부터 2015년까지 김DD가 대표자인 OO시 소재 재활용플라스틱 도소매업체인 OO에서 매년 1,440만 원의 근로소득을 얻은 것으로 신고되어 있다. 그러나 ① 농업경영체 등록확인서에는 김EE이 OO OO군 OO면 OO길 OO-OO(OO OO군 OO면 OO리 OO)에 주소를 두고 OO OO군 OO면 OO리 소재농지 5필지 2,799㎡에서 농산물을 생산하고 있다고 기재되어 있는 점(갑 제9호증 참조), ② 원고들은 세무조사 과정에서 OO를 운영하고 있던 김EE의 형인 김DD가 ‘동생인 김EE에게 4대 보험 등 혜택을 주기 위한 목적’ 등으로 김EE을 OO의 직원으로 등재하고 급여를 주었고, 김EE은 농사일이 없을 때 가끔씩 이에 대한 보답으로 형의 일을 거들어 주었을 뿐이라고 진술한 점(을 제1호증의 1, 2), ③2013년부터 2015년까지의 기간 동안에 김EE의 주소지는 농업경영체 등록확인서에 기재되어 있는 주소지인 OO OO군 OO면 OO길 OO-OO과 동일한 점(갑 제28호증), ④ 위 기간 중 김EE은 위 주소지에서 전기를 사용하고, 전기료를 납부한 점(갑 제29호증), ⑤ 김EE 명의로 위 주소지에서 KT와 인터넷 이용계약 및 TV 상품계약이 체결된 점(갑 제30 내지 32호증), ⑥ 위성사진상 위 농지가 경작된 사실이 확인되는 점(갑 제33호증), ⑦ 김EE은 농지의 경작에 필요한 농기구 등을 구입한 점(갑 제34호증), ⑧ 김EE은 농업인으로 면세유 187리터(휘발유 15리터, 경유 172리터)를 배정받아 사용한 점(갑 제9호증) 등의 사정이 인정되고, 여기에 김EE이 OO가 있는 양주 부근에 거주하였음을 확인할 수 있는 자료가 전혀 없고, 김EE이 거주한 OO OO군 OO면 OO길 OO-OO에서 OO까지는 자동차로 대략 3시간 정도 소요되는 거리이기에 위 거주지에서의 출퇴근은 사실상 불가능한 점 및 OO OO군 OO면 OO리 이장은 “김EE이 독신으로서 위 주소지에서 2011. 10. 28.경부터 2020. 7. 12.경까지 상시 거주하면서 밭농사와 묘목 등을 재배하였다”는 취지의 사실확인서를작성한 점(갑 제38호증) 등을 보태어 보면, 김EE은 1,000㎡가 넘는 위 농지를 경영하거나 경작하였거나, 1년 중 90일 이상 농업에 종사하였던 것으로 보여, 구 농어업경영체법 및 구 농업식품기본법령상의 요건을 갖춘 농업인으로 보아야 한다. 이에 배치되는 피고의 주장은 받아들일 수 없다. ⑶ 앞서 본 바와 같이 김CC을 구 농어업경영체법 및 구 농업식품기본법령상의 요건을 갖춘 농업인으로 보기 어려운 이상, 원고들 및 변OO, 김EE이 농업인이라고 하더라도, 이 사건 영농조합법인은 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되지 않아 적법한 영농조합법인이라고 볼 수 없으므로, 원고들의 구 조세특례제한법 제66조 제4항에 따른 양도소득세 감면신청은 받아들일 수 없다.

3) 가산세 부분 주장에 관한 판단

원고 김BB은 세무조사 당시 사촌동생인 원고 김AA이 영농조합법인 설립에 관하여 “컨설팅”을 받았고, 영농조합법인 설립을 권유하여 처음에는 반대하였으나, 이후 동의하여 이 사건 영농조합법인 설립에 동의하게 되었음을 인정하였다(을 제1호증의 2 참조). 또한 원고들은 정부지원, 인허가 문제 등 해택을 받기 위하여 이 사건 영농조합법인을 설립한 것이라는 취지로 주장하나, 양도소득세 감면특례를 적용받기 위한 목적도 있었던 것으로 보인다[원고 김AA은 세무조사 과정에서 영농조합법인에 대한 현물출자에 관한 감면이 없었어도 법인을 설립했을 것이냐는 질문에, “조합을 설립했을지는 몰라도 현물출자를 통한 법인설립을 하지 않았을 것이다”라는 취지로 진술하기도 하였다(을 제1호증의 1)]. 이와 같은 원고들의 이 사건 영농조합법인 설립 목적 및 앞서 본 바와 같이 원고들이 농업인이 아닌 자를 조합원으로 하여 위 영농조합법인을 설립한 이상, 원고들 스스로 허위의 외형을 형성한 것으로 보이고, 이와 같은 이 사건 각 처분의 처분 경위 등에 비추어 볼 때, 원고들에게 이 사건 현물출자에 대한 양도소득세 신고․납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

4) 소결론

따라서 원고들의 위 주장은 모두 받아들일 수 없다.』

라. 원고들의 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 면제신청에 관한 규정은 양도인으로 하여금 양도소득세 등의 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 납세의무자로부터의 소정의 기한내의 세액면제신청서의 제출이 없더라도 소정의 면제요건에 해당하는 경우에는 양도소득세를 면제하여야 한다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10628 판결 등 참조).

2) 판단

가) 앞서 본 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제7, 10, 16,41 내지 45호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고 김AA은 2005년경부터 2014년경까지 OO시, 2014년경부터 OO OO구 OO동에서 거주하였고, 원고 김BB은 2002년경부터 OO시에서 거주하면서, 그 인근의 자신 소유의 농지를 자경해 오던 농업인으로, 이 사건 토지 중 제1심판결문 별지 1 목록 3 내지 5 토지의 각 보유 지분을 농지로 8년 이상 직접 경작하고, 원고 김BB은 같은 목록 10 내지 13 토지를 농지로 8년 이상 직접 경작한 사실이 넉넉히 인정되는 반면1), 원고들이 든 증거를 모두 모아 보더라도, 원고들이 나머지 토지를 농지로 8년 이상 직접 경작하였다고 단정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 처분 중 제1심판결문 별지 1 목록 3 내지 5 토지의 원고들 각 보유 지분 및 같은 목록 10 내지 13 토지에 관하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용을 배제한 부분은 위법하다 할 것인바, 원고들의 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있고, 나머지 부분에 관한 주장은 받아들일 수 없다.

나) 한편 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조). 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 각 처분 중 제1심판결문 별지 1 목록 3 내지 5 토지의 원고들 각 보유 지분 및 같은 목록 10 내지 13 토지 부분은 위법하고, 나머지 부분에 관한 원고들의 주장은 모두 이유 없으므로, 이에 따라 원고들에 대한 정당세액을 계산하면 별지 정당세액 기재와 같고(원고들도 이 법원 제5회 변론기일에 피고가 계산한 위와 같은 정당세액 자체는 다툼이 없다고 진술하였다), 그렇다면 피고가 2017. 7.

1. 원고 김AA에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 416,301,430원(가산세 포함)의 부과처분 중 191,738,067원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 원고 김BB에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 974,335,670원(가산세 포함)의 부과처분 중 714,135,671원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 위법하므로 각 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고들의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위에서 취소를 명한 부분에 해당하는 원고들 패소 부분을 각 취소하고, 원고들의 나머지 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.