서울행정법원 2024. 2. 14. 선고 2022구합56524 판결 [법인지방소득세 경정거부처분 취소]

가. 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정(이하 ‘이 사건 개정’이라 하고, 이 사건 개정 전 지방세법을 ‘구 지방세법’, 이 사건 개정 후 지방세법을 ‘개정 지방세법’이라 한다)되면서, 내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서 ‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 독자적인 세율을 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었다. 이 사건 개정에 따른 개정 지방세법 부칙은 제1조 본문에서 ‘이 법은 2014. 1. 1.부터 시행한다’고 규정하고, 제2조 단서에서 ‘법인지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 규정하는 한편, 제15조에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다)고 규정하였다.

나. 원고들은 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제2항에 따라 2013 사업연도 외국납부세액 공제한도를 초과한 부분에 대하여 이월공제를 적용하여 2014 사업연도 이후 법인세를 신고·납부하였는데, 2014 사업연도 이후 법인지방소득세에 대하여는 개정 지방세법에 따라 이월공제를 적용하지 아니한 채로 신고·납부하였다.

다. 원고들은 별지 목록 기재와 같이, 2021. 4. 28. 또는 2021. 4. 29. 해당 피고들에게 외국납부세액이 이월공제 되어야 함을 전제로 감액경정을 청구하였으나, 피고들은 이를 거부(의제거부 포함, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 13호증(가지번호 있는 것은 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

이 사건 경과규정에서의 ‘종전의 규정’에는 구 법인세법 제57조 제2항의 이월공제 규정이 포함되고, 이에 대한 원고들의 신뢰는 마땅히 보호되어야 하므로, 이 사건 경과규정에 따라 이 사건 법인지방소득세에도 외국납부세액 이월공제가 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

살피건대, “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”와 같은 개정된 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에까지 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결, 대법원 2023. 12. 7. 선고 2020두42668 판결 등 참조).

또한 이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, 이 사건 경과규정에서의 ‘종전의 규정’은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 하고, 구 지방세법 본칙에 있지 않고 이 사건 개정의 대상이 되지도 않은 구 법인세법 규정 등은 여기서의 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2023. 12. 7. 선고 2020두42668 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위와 같은 관련 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 보건대, 원고들이 주장하는 구 법인세법 제57조 제2항 등은 법인세에 대한 세액공제·이월공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정이 아니고, 구 법인세법 관련 규정은 이 사건 경과규정에서의 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수도 없으며, 구 지방세법 본칙에 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 만한 규정도 없는바, 결국 이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한’ 종전의 규정이 존재한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없으므로, 이와 다른 전제에서 나온 원고들의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.