대법원 2025. 1. 9. 선고 2021두56299 판결 [법인세경정청구거부처분취소]

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

가. 금융지주회사인 원고는 △△△ 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)를 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고하여 왔다.

나. 카드·금융업을 영위하는 소외 회사는 2011. 2.경부터 2012. 10.경까지 상품·서비스 개발 및 전산화, 서버 안정화, 고객정보 관리 및 맞춤형 서비스 제공 등의 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 전산시스템’이라고 한다)의 개발을 주식회사 □□□ 등(이하 ‘수탁업체’라고 한다)에 위탁하였다.

다. 원고는 2016. 12. 29. 피고에게 이 사건 전산시스템의 개발비용 합계 60,513,032,799원(이하 ‘쟁점 비용’이라고 한다)이 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구·인력개발비 세액공제(이하 연구개발비에 대한 세액공제를 ‘쟁점 세액공제’라고 한다)의 적용대상에 해당한다고 주장하면서 2011 및 2012 사업연도 각 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 4. 6. 이를 거부하였다.

2. 제1 상고이유에 대하여

가. 관련 법령

구 조특법 제10조 제1항은 ‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.’고 규정하여 쟁점 세액공제 등에 관하여 정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 ‘연구·인력개발비’의 의미를 ‘연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용’으로 정의하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제8조 제1항은 "법 제9조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표 6](이하 ‘이 사건 별표’라고 한다)의 비용을 말한다."라고 규정하고, 구 조특법 제9조 제5항은 "연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ‘과학기술활동’이라고 한다)과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 ‘서비스활동’이라고 한다)을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있다.

나. 이 사건의 쟁점

구 조특법 제9조 제2항 제1호는 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구·인력개발비에 해당한다.’고 규정하고 있으므로, 서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 그런데 소외 회사가 이 사건 전산시스템을 수탁업체에 위탁하여 개발하였으므로, 원고는 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 과학기술활동에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 비용에 대하여 쟁점 세액공제를 적용받을 수 있다. 따라서 이 사건의 주된 쟁점은 ‘이 사건 전산시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부’이다.

다. 원심의 판단

원심은 그 판시와 같은 이유로, 위탁연구개발의 경우 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전’ 여부는 위탁자를 기준으로 하여 위탁자의 사업에 관한 기존의 지식 또는 기술의 수준이 해당 연구개발을 통하여 진보·발전하였는지에 의하여 판정하여야 하고, 이미 수립된 절차, 시스템, 서비스의 주요한 개선을 이루는 경우에도 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당한다고 전제하였다. 그런 다음 원심은, 이 사건 전산시스템은 수탁업체가 소외 회사로부터 위탁받아 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 개발한 것으로, 기업 내부의 인적·물적 자원을 하나의 체계로 통합하여 운영·관리하는 협의의 전사적 자원관리 시스템에 고객 등 기업 외부의 자원을 효율적으로 관리하기 위한 기능을 추가한 ‘확장형 전사적 자원관리 시스템’ 또는 그와 유사한 시스템에 해당하는데, 그 개발과정에서 전산시스템 구축에 관한 소프트웨어 개발 기술 등 정보기술의 진전이 이루어지지는 않았으나, 기존에 수립된 소외 회사의 업무 절차, 시스템, 서비스의 주요한 개선을 이루어 소외 회사의 카드·금융기술이 진전되었다고 볼 수 있으므로, 구 조특법 제9조 제5항의 기술적 진전이 있었다고 판단하였다.

라. 대법원의 판단

그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

1) 이 사건 별표 제1호는 구 조특법 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호의 위임에 따라 쟁점 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비(이하 ‘적격 연구개발비’라고 한다)의 범위를 ‘자체연구개발’과 ‘위탁 및 공동연구개발’로 나누어 규정하고 있는데, ① 자체연구개발의 경우에는 (가)목에서 연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ‘전담부서 등’이라고 한다)에서 근무하는 직원 등의 인건비 등을 적격 연구개발비로 규정하고, ② 위탁 및 공동연구개발의 경우에는 (나)목에서 전담부서 등을 비롯하여 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ‘위탁적격기관’이라고 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 적격 연구개발비로 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 3. 23. 기획재정부령 제342호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제1호는 이 사건 별표 제1호 (가)목에 따른 전담부서 등의 하나로 ‘「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서’를 들고 있다. 구 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」(2013. 3. 23. 대통령령 제24423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법 시행령’이라고 한다) 제16조는, 제1항 및 제2항에서 기업부설연구소와 연구개발전담부서의 인정기준으로 일정한 요건을 갖춘 ‘연구전담요원’ 및 ‘연구시설’을 갖출 것을 규정하고 있고, 제7항에서 연구전담요원의 자격기준은 교육과학기술부령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 기초연구법 시행령 제2조 제6호에서는 ‘연구시설’이란 ‘연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설’을 말한다고 규정하고 있고, 구 기초연구법 시행령 제16조 제7항의 위임에 따른 구 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」(2013. 3. 24. 미래창조과학부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항에서는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 연구전담요원은 ‘대학에서 기업의 연구개발활동과 관련된 자연계분야를 전공하였거나 해당 연구 분야에서 1년 이상 근무한 사람’ 등 일정한 자격기준을 갖추어야 한다고 규정하고 있다. 이렇듯 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 기업부설연구소 및 연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 ‘연구개발활동’을 위한 연구시설과 연구전담요원을 갖추어야 하는데, 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호는 ‘연구개발활동’의 의미를 ‘과학기술 분야 등의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 정의하고 있다. 이러한 쟁점 세액공제 관련 규정의 문언과 체계, 즉 구 조특법은 위탁연구개발의 경우 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 전담부서 등 위탁적격기관에 위탁한 때에 한하여 그 연구개발에 따른 비용을 쟁점 세액공제의 적용대상인 적격 연구개발비로 인정하는데, 연구개발을 위한 전담부서 등의 인정기준은 구 기초연구법 시행령에서 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘연구개발’의 의미는 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호에서 정한 ‘연구개발활동’의 의미와 연계하여 이해할 필요가 있다. 종래 조세특례제한법은 쟁점 세액공제에 관하여 규정하면서도 연구개발의 의미에 관하여 별도의 정의규정을 두지 않다가, 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 연구개발에 관한 정의규정인 제9조 제5항을 신설하였는데, 당시 개정이유는 연구개발의 정의 및 쟁점 세액공제의 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발조사를 위한 표준지침인 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)의 연구개발 개념에 맞게 정비하기 위한 것이었고, 프라스카티 매뉴얼에서 정한 연구개발의 정의가 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호의 내용과 매우 유사한 점도 이를 뒷받침한다. 따라서 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계·제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미한다고 보아야 한다.

2) 구 조특법이나 구 기초연구법 시행령은 ‘과학기술’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않으므로, 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미를 존중하여야 한다. 사전적 의미에 따르면 ‘과학’은 보편적인 진리나 법칙의 발견을 목적으로 한 체계적인 지식으로서 넓은 뜻으로는 학(學)을 이르고, 좁은 뜻으로는 자연과학을 의미한다. 자연과학은 좁게는 자연현상 그 자체의 법칙을 탐구하는 수학·물리학·화학·생물학·지구과학을 이르고, 넓게는 자연현상을 실생활에 응용함을 목적으로 하는 공학·농학·의학을 포함한다. 그리고 ‘기술’의 사전적인 의미는 ‘과학 이론을 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’이다. 위와 같은 ‘과학’ 및 ‘기술’의 사전적 의미와 앞서 본 관련 규정의 내용 등을 종합하여 보면, 구 조특법 제9조 제5항 및 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호에서 정한 ‘과학기술’이란 ‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다고 보아야 한다.

3) 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 결과의 불확실성이 내재되어 있다. 기업의 연구개발에 소요된 비용을 손금에 산입하는 것에서 더 나아가 구 조특법에서 쟁점 세액공제 제도를 둔 것은, 연구개발의 불확실성에 따른 시행착오나 실패로 인하여 기업이 부담하게 되는 손실에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 또는 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 따라서 연구개발, 그중 과학기술활동에 해당하기 위해서는 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다.

4) 위와 같이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술활동’은 ‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 그런데 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 그 목표와 결과 등에 비추어 볼 때 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않는다. 설령 이 사건 전산시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 소외 회사의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 소외 회사가 영위하는 카드·금융서비스 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다.

5) 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당한다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 과학기술활동의 판단 기준에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고의 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.