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법률 재정경제부 시행 2026. 7. 1.
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조세특례제한법 제31조 (중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1>

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다. <개정 2014.12.23>

⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013.1.1, 2014.12.23>

1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

개정연혁

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이 조문을 인용한 판례 33건

서울고등법원 2024누684172025. 10. 31.
양도소득세부과처분취소

조세법률주의에 위반하여 법이 정하지 않은 요건을 새로이 창설하였다고 할 것은 아니므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ① 조특법 제31조 제1항, 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호는 “통합으로 인하여 소 멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 통합으 로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일

대법원 2022두532042025. 7. 18.
종합소득세부과처분취소[중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용한 사건]

구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 정한 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’의 의미(=당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 시가 자체)

서울행정법원 2023구합616602024. 8. 22.
양도소득세경정거부처분취소

포함된다고 보는 것이 통상적이고 그와 다른 취지의 명시적 제한 규정이 없는 한 이러한 해석이 비합리적이라고 보기 어렵다. 나) 구 조특법 제31조는 중소기업 간 통합 관련 과세특례규정을 두면서 제1항에서 소멸되는 중소기업이 통합 후 존속하는 법인에 사업용 고정자산을 ‘양도’하는 경우 그 사업용 고정자산에 대한 양도소득세가 이월과세 된다고 규

서울행정법원 2023구합851232024. 10. 25.
양도소득세부과처분취소

저당권자 D은행, 채무자 이 사건 법인, 채권최고액 12억 원의 근저당권설정등기가 마쳐졌다. 바. 원고는 2019. 4. 1. 성북세무서장에게 이 사건 각 부동산에 관하여 양도소득을 예정신고하면서 조세특례제한법(이하 '조특법'이라 한다) 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)에 따른 양도소득세 이월과세의 적용을 신청하였다. 사. 피고

부산지방법원 2023구합232492024. 5. 2.
이 사건 계약이 적법하게 취소되어 그에 기한 취득세 과세처분이 위법하다고 볼 수 있는지 여부

원고에게 포괄적 현물출자에 의한 중소기업간 통합함으로써 부가가치세법 제10조 제9항 제2호의 규정에 의한 사업 양도를 하고, 조세특례제한법 제31조에 의한 양도소득세 이월과세 조세특례와 지방세특례제한법 제57조 제3항 제5호에 의한 취득세 면제를 받는 중소기업 간 통합에 따른 현물출자를 함에 그 목적이 있다.제2조(사업의 포괄승계) 현물출자에

부산고등법원 2024누211882024. 12. 11.
이 사건 계약이 적법하게 취소되어 그에 기한 취득세 과세처분이 위법하다고 볼 수 있는지 여부

소되었는지 여부 가)앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면,원고와○○○는‘원고가 중소기업기본법상 중소기업에 해당하므로,이 사건 계약에 따른 이행과정에서 조세특례제한법 제31조 및 지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호 등이 적용되어,원고에 대하여는 취득세 등이 감면되고,○○○에 대하여도 양도소득세가 이월과세되는 것으로 착오한 것으로 보인다. 나아가

수원고등법원 2022누122472023. 8. 30.
원고들은 종전 사업체와 무관하게 새로운 사업을 최초로 개시하는 창업중소기업으로 볼 수 없으므로 취득세 감면 대상 아님

시하는 것으로 보기 곤란한 경우 ⑦다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다.다만,「조세특례제한법」제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서"중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서"법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다. 1.정당한

대전지방법원 2021구합10622023. 3. 15.
창업중소기업 감면 적용시 정당한 사유 여부

서"창업벤처중소기업"이라 한다) ⑦다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다.다만,「조세특례제한법」제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서"중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서"법인전환"이라한다)을 하는 경우는 제외한다. 1.정당한 사

서울행정법원 2021구합621262022. 5. 17.
양도소득세부과처분취소

계약을 원인으로 위 법인에게 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳐주었다. 마. 원고들은 2018. 5. 31. II세무서장에게 양도소득세를 신고하면서 이 사건 부동산에 관한 양도소득세에 관하여 조세특례제한법 제31조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호 등에 따른 이월과세를 신청하였다. 바. 피고는 2019. 6. 10.부터 2019. 8.

서울고등법원 2021누693032022. 7. 19.
종합소득세부과처분취소

, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 라. 판단 1) 구 조특법 제31조 제1항은 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 ‘사업용고정자산’이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 ‘통합

수원지방법원 2021구합642082022. 5. 19.
원고들은 종전 사업체와 무관하게 새로운 사업을 최초로 개시하는 창업중소기업으로 볼 수 없으므로 취득세 감면 대상 아님

시하는 것으로 보기 곤란한 경우 ⑦다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다.다만,「조세특례제한법」제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서"중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서"법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다. 1.정당한

창원지방법원 2021구합505102022. 4. 28.
현물출자 취득 후 흡수합병된 경우 추징 사유인 “처분” 해당 여부

‘처분’에 해당한다고 볼 수 없다. 나.또한,지방세특례제한법 제57조의2제3항 제5호(이하‘이 사건 제2면제조항’이라 한다)는 조세특례제한법 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산을 취득세 면제대상으로 규정하고 있는데,이 사건 합병 후의 존속법인인 원고가 이 사건 부동산을 취득한 것이 위

서울고등법원 2021누367092022. 6. 21.
취득세 등 부과처분 취소(종전 규정에 의한 조세감면 신뢰 및 공적인 견해 표명)

적법하다. 2)조특법상 면제규정 적용 여부에 대한 판단 가)적용 요건 자산의 양도가 구 조특법 제120조 제1항 제2호,제31조에 정해진‘중소기업 간의 통합’에 의한 것에 해당하여 자산 취득으로 인한 취득세 등을 면제받기 위해서는 해당 거래가 구 조특법 제31조 제2항에 의하여 위임받은 구 조세특례제한법 시행령(2015.

서울행정법원 2020구합851082021. 10. 12.
종합소득세부과처분취소

제4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단 1) 관련 법령 및 그 취지 구 조특법 제31조 제1항은 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 ‘사업용고정자산’이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 ‘통합

의정부지방법원 2019구합112362019. 12. 19.
법인세경정거부처분취소

규정은 소득세법에 따른 개인인 거주자와 법인세법에 따른 법인을 구분하여 각종 과세특례나 세액감면을 정하고 있는 것으로 보인다. 또한 구 조특법 제31조 제5항은 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업이 이 사건 조항에 따른 감면기간이 지나기 전에 같은 조 제1항에 따른 일정 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령

대법원 2018두449202018. 9. 13.
산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 취득하여 감면받은 후 2년이상 직접사용하지 아니하고 현물출자 한 경우 추징대상인지 및 가산세 부과처분에 대한 정당한 사유가 있는지 여부

중소기업 등에 대한 감면) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다 만,「조세특례제한법」제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 "중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 "법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다. 1. 정당한

대법원 2018두401882018. 7. 20.
취득세등부과처분취소

구 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1항, 제2항 및 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에 따라 중소기업 간의 통합에 의하여 존속하는 법인이 통합으로 인하여 소멸하는 기업으로부터 취득하는 사업용 재산에 관한 취득세를 면제받기 위한 요건 및 이때 사업용 재산 취득 이후 ‘통합의 대가로 취득하는 주식’이 ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식’에 포함되는지 여부(적극) / 존속하는 법인이 발행하여 소멸하는 기업의 중소기업자가 취득한 주식이 이러한 주식에 해당하는지를 판단하는 방법

서울행정법원 2016구합687862017. 9. 15.
취득세등부과처분취소

장(○○○○)의 순자산가액 11,847,644,277원보다 낮아 이 사건 각 부동산이 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1, 2항, 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 정한 취득세 면제요건을 충족하지 못하였다고 보아 원고에게 취득세 942,932,070원, 농어촌특별세 38,629,810원 합계 98

서울고등법원 2015나20286902016. 4. 29.
사해행위취소

bbb이 피합병법인인 hhh의 실질주주인 자신에게 합병에 의한 의제배당소득이 발생하게 된다는 사실을 몰랐다고 보기 어려운 점, 조세특례제한법 제 31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) 제1항에 의한 이월과세는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 사업용 고정자산을 통합에 의하 여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하

서울행정법원 2016구합681202016. 11. 10.
이의신청만을 거친 경우 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없음

만 원으로 하여 원고에게 순자산가액 약 4억 9,700만 원 상당의 출자지분을 교부하였다. 다. 원고는 2014. 4. 30. 피고에게 조세특례제한법 제31조 소정의 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등 규정을 적용하여 양도소득세 1,286,240,792원에 관한 이월과세를 신청하였으나, 피고는 2015. 9. 25. 이 사건 토지에 관하

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